刘肇生母梁贵人，由于母家被窦皇后诬陷获罪，忧愤而死，窦皇后就收养了幼小的刘肇。公元88午，刘肇即位后，窦皇后也顺理成章地改称窦太后。刘肇即位时年纪尚幼，窦太后便将大权掌握在自己手中。窦太后将自己的亲戚和亲信一一提拔，控制了朝廷和皇宫，外戚窦氏集团自此形成。
窦氏集团擅权期间，总算是为东汉王朝做了一些好事。擅权伊始，就碰上了匈奴起了内讧，南匈奴单于在无奈之下，请求东汉政府出兵合击北匈奴。窦氏集团的中坚窦宪请缨出战，于公元89年率军会同南单于万余精锐骑兵，在稽落山(今漠北西北部的额布根山)大败北匈奴，取得辉煌的战果：北匈奴单于逃走；汉军斩首和俘获大量的北匈奴士兵；81个部落共计20多万人先后归附汉朝。汉军乘胜追击，一直追到燕然山(今杭爱山)。两年后，耿夔又大破北匈奴于金微山(今阿尔泰山)，北匈奴单于率领残余部众逃往康居，从此，匈奴的势力退出了漠北地区。
对匈奴作战的胜利，使得窦氏外戚集团的政治势力更上一层楼。窦宪班师回朝后，被封为位在三公之上的大将军，后来又被封为武阳侯。窦宪害怕枪打出头鸟，遭到朝中大臣反对，于是辞去了封爵。不过，窦宪当上大将军，也使得窦氏家族一人得道，鸡犬升天。窦氏父子、兄弟并为卿、校，气焰更加嚣张。但这窦氏集团也不过是秋天的蚂蚱，没几天奔头了。到了公元92年，年满14岁的刘肇开始不满于自己无权的地位，与窦氏集团产生了矛盾。在受到窦氏企图谋害的威胁以后，刘肇先下手为强，准备消灭窦氏集团。但由于窦太后专权，刘肇不能直接接触朝中大臣，因此，他只有依靠自己身边的宦官。这宦官里面也还有些人才，其中中常侍郑众，机敏沉着，足智多谋，得到刘肇的信任，于是刘肇就与郑众暗中商议，决定对窦氏采取行动。在宦官势力的配合下，刘肇出其不意地将窦宪党羽一网打尽，全部处死，又派兵包围大将军府，收回窦宪的大将军印绶，逼令窦氏父子兄弟自杀，而后将为官的窦氏宗族宾客全部罢免。这场夺权斗争，以刘肇的胜利而告终，但自此也开了东汉宦官与外戚争权的先河。消灭外戚窦氏集团后，立下汗马功劳的宦官纷纷得到奖赏，宦官郑众更是因此而受到刘肇的信任，有什么国家大事，刘肇往往先同郑众商量，然后再交大臣们讨论，宦官擅权就此开始。
刘肇虽然消灭了外戚窦氏，但还是没有从扶植外戚势力的怪圈中走出来，而且还使之后的外戚当政有过之而无不及。公元96年，窦太后在孤寂中死去，刘肇的身世也终于真相大白。刘肇知道生母非窦氏而是梁氏后，非常悲痛。朝中大臣赶紧联名上疏，要求依照光武帝贬黜吕太后之事，去掉窦太后尊号，不让她和先帝合葬在一起。刘肇否决了这一动议，他说：“虽然窦宪兄弟横行不法，但太后深明大义，生活俭朴，勤劳国事。我跟她生活了十多年，都很清楚。你们不要多说了。”但是为了表示对生身母亲的怀念，刘肇追尊梁贵人为皇太后，追尊梁贵人的父亲为褒亲愍侯，又派人被发配到边远地区的梁氏家人，然后一一分封。东汉历史上势力最大，为害最烈的外戚集团梁氏就此发萌。
公元108年，刘肇在章德前殿去世，享年27岁。