因为“濮议”之争，欧阳修蒙受诽谤，虽诬陷者被惩处，神宗也亲派中使宽慰，但经此一事，欧阳修似乎对仕途和人生更有所悟：像他这样刚正不阿的人，是不适合在官场再混下去的。此前他已多次上疏求退，未获恩准，此后更是退意已决。由于他再三请求，终于在治平四年（1067）三月，刚即位的神宗同意他辞去参知政事之职，除观文殿学士、转刑部尚书，知亳州。熙宁元年（1068），转兵部尚书，知青州，充京东东路安抚使。
熙宁二年，神宗用王安石实行“熙宁变法”，变法内容广泛，其中重要的一项是“青苗法”。所谓“青苗法”，简单说，就是政府于青黄不接之时贷款给农民，每年正月底，五月底以前借出，而于五月、十月随夏、秋二税归还贷款，另付二分利息。本来，政府实行青苗法的根本目的就是要“取利于民”，解决国家的财用问题，这是不必讳言的，但如百姓确有需要，也不失为一项解决百姓燃眉之急的办法，而官府的告谕却说这一举措“本为利民”，并非“取利”。对此，欧阳修在其所上《言青苗钱第一札子》中予以严肃的批驳：“臣窃见议者所言青苗钱取利于民为非，而朝廷深恶其说，至烦圣慈（皇帝）命有司具述本末，委曲申谕中外以朝廷本为惠民之意。然告谕之后，搢（jìn）绅（宦官和儒者代称）之士，议论益多。”田野之民，“但见官中放债，每钱一百文要二十文利尔。是以申告虽烦，而莫能谕也……以臣愚见，必欲使天下晓然知取利非朝廷本意，则乞除去二分之息，但令只纳原数本钱。”欧阳修的意思很明白：既收二分利息，就不该说“惠民”；既说不“取利于民”，最好是不收利息。这个意见，无疑是击中了青苗法的要害。
除此之外，在俵（biào，散发，分发）散青苗钱的过程中，还有两项明显的弊端：一是“抑配”（强行摊派），二是“俵散秋料钱”。在《言青苗钱第一札子》中，欧阳修猛烈批评了“抑配”的办法：“臣窃闻议者多以抑配人户为患，所以朝廷屡降指挥，丁宁约束州县官吏，不得抑配百姓。然诸侯各有提举管勾等官，往来催促，必须尽钱俵散而后止”，“以不能催促尽数俵散为失职，州县之吏，亦以俵散不尽为弛慢不才。”因为贷出去的钱多少和官吏们的政绩一挂钩，势必形成“抑配”。因此欧阳修建议：应罢免督促、强迫百姓借贷的提举管勾等官员，然后责令州县不得抑配，百姓愿贷多少就贷多少。对于“俵散秋料钱”，欧阳修在其《言青苗钱第一札子》中有极为透辟的分析：“以臣愚见，若夏料钱于春中俵散，犹是青黄不相接之时，虽不户户缺乏，然其间容有不济者，以为惠政，尚有说焉。若秋料钱于五月俵散，正是蚕麦成熟，人户不乏之时，何名济缺？直是放债取利尔……以此而言，秋料钱可以罢而不散。”欧阳修对青苗钱做了具体的分析，他所不赞成的只是俵散“秋料钱”。他的这些意见是完全正确的。也正是基于这种认识，欧阳修在上奏札的同时，擅自命令在他所管辖的京东东路停止散发秋料青苗钱。
欧阳修一面“奏陈”，一面“擅止”。“奏陈”已为执政者所不喜，而“擅止”更为执政者所不容。青苗法是国家公布推行的法令，不经请示批准而“擅止”，就算是犯了法，应该得到擅止之罪。据说欧阳修此举深为王安石所诋毁。但朝廷宽大为怀，因其是有功的老臣而“特予赦免”，并未真的治罪，欧阳修为此还写了一份《谢擅止散青苗前放罪表》。尽管他口头上认了错，但内心并不服气，于是，他又屡上表札，请求致仕（退休）。
后世有人据此说欧阳修“保守”，理由很简单：王安石是变法、革新的，欧阳修反对青苗法，所以是“保守”的。此说极不公平。首先，欧阳修对青苗法并未一概否定，他只是反对政府言行不一，反对“抑配”和“秋料钱”，而他的意见无疑是正确的，批评青苗法的弊端，其根本出发点是为种田百姓考虑的。青苗法的弊端，在当时即有不少人提出意见，如苏辙、陆游的祖父陆佃等，就连最为服膺王安石的近代学者梁启超也说：“青苗法者，不过一银行之业耳。欲恃之以摧抑兼并，其收益至为微末。”他认为，青苗法的弊端，只有“韩魏公（琦）、欧阳公（修）之奏议，言之至详，殆可称公（王安石）之诤臣（谏诤之臣）也。”此说较为客观、公允。