证券市场的特殊地位和证券市场缺陷问题的复杂性决定了证券市场政府管制手段的多样性。我国早期证券市场由于受社会经济诸方面条件制约，法律手段不健全而经济手段效率低，造成管制不足，故需要行政手段的积极补充。然而，伴随经济的高度发展，证券市场的市场经济特性必然要求逐步减少行政干预，从而减少管制过度导致扭曲市场机制的现象。由于中国的证券市场尚处于初始阶段，证券的供给力量与需求力量都受到很多非市场因素的约束，造成了行政手段的过度干预，“政策市”特征明显。表现在：一是在体制转轨时期，政府在传统体制下控制一切经济活动的做法仍在惯性延续，存在着干预证券市场的强烈愿望与偏好，影响了我国证券市场的市场化进程；二是我国先有证券市场后有股份制的形式决定了我国证券的发展不是来自于企业和投资者的市场自发力量，而是来自于政府行政干预的力量，造成上市公司经营机制不变，机构法人违规操作，投资服务机构不遵守职业道德问题等；三是当证券交易价格出现较大幅度的上扬或下挫时，政府往往通过各种手段托市或抑市，试图将证券交易价格控制在一定的幅度之内，扼杀了市场机制的正常作用，使得证券交易不能真正反映证券的供求关系，导致市场效率的下降。证券市场政府管制中，过多使用行政手段，存在以下问题。
一、行政管制的错位
证券市场的管制者与主办者错位，使我国证券市场与西方发达国家的证券市场有着很大的不同。西方发达国家的证券市场是自然生长出来的，政府从来就不是市场的创造者和主办者，而我国的证券市场从一开始就是由政府创办的，且政府一直主导着这个市场的各个方面，成为市场的主办者。政府主办市场的地位由法律加以固化，我国《证券法》第95条中规定：“证券交易所的设立和解散由国务院决定。”这里用的是“决定”而非“批准”，说明国务院是证券市场的主导者和主办者。另一方面，《证券法》第7 条又规定：“国务院证券监督管理机构依法对全国证券市场实行集中统一监督管理。”表明国务院又是证券市场的主要管制者。然而，一个市场的主办者与管制者同为一体，必然会带来管制功能的紊乱，因为两者的行为可能会有冲突。因为在证监会之外，国务院并没有设定特别部门负责办理证券市场的发展事务，政府及社会对证券市场发展的希望和要求最后还是落在证监会的身上。这样，在事实上，证监会长期以来都是一身二任，既是管制者又是证券市场的主办者，两个角色的行为逻辑又是有冲突的。这就是证监会常常有尴尬和痛苦的根源所在，也正是因为一身二任的角色定位，才使证监会被迫承担了过多的可能有冲突的责任和目标。证监会管制工作的指导思想是以“规范促发展，在规范中发展，在发展中规范”。这在根本上是有道理的，但在实际中，往往会有为了发展牺牲规范，或者为了规范不得不影响（短期）发展的矛盾存在。证券监会往往很难把握和处置。
一般而言，政府的一个机构应该只有一个明确的目标，如果目标多元甚至还有冲突，那么，这个机构的工作是很难搞好的。证监会作为对全国证券市场实行集中统一监督管理的行政机构，本不应该承担市场主办者的职能。否则就少不了又当“裁判员”又当“运动员”的尴尬。但在实践中，证监会不得不考虑市场的发展问题，不得不考虑政府对证券市场的希望和要求，以致在过去相当长时间里证监会常常发出一些与管制者身份不甚相符的声音，比如 1999年当上证综指上涨到1650多点的当时历史高位时。证监会某副主席放言是“恢复性上涨”，表达的就是政府当时希望以股市繁荣解决某些经济困难的愿望和要求。现在看来很“滑稽”，成为市场的笑柄。
二、行政管制承担责任繁重
与行政管制的功能错位相联系的是，中国证监会被要求承担了太多的责任。它不仅要对市场的管制负责，还要对市场的发展负责。
目前的行政管制手段，主要表现为政府以行政命令的方式过多地干预证券市场。用行政管理代替市场选择。在这个问题中最突出的表现是在股票发行和上市的额度管理上，在以行政干预为主导的监管模式下，人为地控制市场扩容速度，使公开发行和上市的股票成为一种稀缺资源，从而人为地抬高了股票的发行价格，使得一级市场供求长期处于失衡状态。尽管目前股票发行制度已由原来的审批制变为现在的核准制，但相应的具体政策和措施却并未出台。
同时，政府还干预二级市场价格。由于市场的非协调性发展，股市经常出现剧烈波动，严重背离企业的生产和经营实际，管理者为了稳定市场和保护投资者的利益，采取行政手段干预市场价格，其结果却不尽如人意。股市作为准确传递综合经济信息、宏观经济运行态势的“晴雨表”，却因政策的朝令夕改而大起大落，极不利于证券市场的健康发展。
三、行政管制的功能及方式定位不明
在很长时间里，由于理论上对行政管制执法与法院执法的差别与联系的认识不足，导致实践中对行政管制执法优势和执法目标的认识不到位，没有明确行政管制的最大优势在于主动性执法，即通过不断的主动执法减少市场损害行为的发生，并通过行使主动灵活的法规制定权不断地完善法律法规，填补因市场的快速发展变化带来的法律法规“空白”，进而提高法律对市场损害行为的阻吓水平。即：行政管制的突出优势在于事前预防，事中禁止，而不在于事后处罚。对此，我国的学术界和证券管制官员长期以来没有充分的认识。使中国证监会没有形成明确的工作重点和思路，影响了其对市场管制的绩效，至今，在这方面的认识仍不到位。
四、管制权力配置不合理
行政管制授权不足与行政管制的范围过宽。一方面由于对证券行政管制特点和优势认识不足，我国证券法没有授予证券行政管制机构进行主动执法所需的充分权力，使证监会应有的主动管制的功能和作用没有得到充分发挥。另一方面，中国证监会的工作又过多地集中在对证券市场的日常管理上，替代了许多应由自律性组织做的工作以及应由市场去决定的事情。即对自己应该做的做得不够，自己不该做的做了很多，并且压制了自律组织的独立地位和管制权力。尽管这种情况现在已开始改变，但对证监会功能的准确、精细定位仍然不够清晰，原因在于对行政管制的理论认识尚不到位。
表7-2对美中两国证监会法律授权内容作了对比，从中可以看到中国证监会在调查权和禁止权方面的法律授权不足。
五、行政处罚比重过大
中国证券市场政府管制往往首先采取责令改正，没收违法所得，罚款等手段；其次是采取刑事手段，而对于民事制裁不够重视，对违反证券法、公司法，或是违反规章和证监会的规范性文件是否可以构成民事诉讼的诉因规定还不明确，如何依据实体法解决此类民事纠纷更是困难重重。从而使一些基于证券违规行为蒙受损失的中小投资者试图通过民事诉讼方式获得赔偿成了空想与奢望。为此有必要完善有关法律，尤其是民事法律规范，特别是在具体责任人的责任能力不一定能够同时承担所有责任时，应大力倡导民事赔偿优先原则。这一原则的适用，可以唤醒广大投资者的证券权利意识，调动人们同一切证券违法、违规行为作斗争的积极性，从而构筑起整个社会对证券市场监督的大架构。这一工作任重而道远。