统治阶级内部并不是平顺的一块整体，为了权力，各种势力勾心斗角，尔虞我诈，而矛盾激化就会发展到兵戎相见。爱新觉罗家族和地方的三大诸侯在权力的分配上产生了不可调和的矛盾，终于导致了一场持久的战争。
康熙亲政后，将处置“三藩”看成是治国安邦的头等大事。所谓“三藩”，即顺治年间清廷派驻云南、广东和福建三地的平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿继茂（后由其子精忠袭爵）。当时，他们奉命南征，击败南明政权及农民军余部，曾为统一中原做过贡献。但是，他们的权势也随之恶性膨胀，至康熙初年，已发展为新的地方割据势力，成为危害国家统一的症结。
遵化清东陵石牌坊诸藩势力的发展，与清初政治形势是有联系的。当时清朝统治者需要以高爵厚禄招降汉族将领，为其统一中原服务。孔有德、耿仲明（继茂之父）、尚可喜，原为辽东人，于天命六年三月清太祖努尔哈赤攻占辽东后，陆续去皮岛，投靠明总兵毛文龙。天聪二年六月，明蓟辽总督袁崇焕擅杀毛文龙，东江大乱，自相残杀，孔、耿、尚等辗转流徙，最后在走投无路的情况下，先后于天聪七、八年投降后金。清太宗皇太极出城十里相迎，隆重接待，并一反过去分拨降人隶属满洲八旗的惯例，授孔有德为都元帅、职仲明为总兵官，命率所部驻辽阳，号“天祜兵”；授尚可喜为总兵官，命率所部驻海州，号“天助兵”。崇德元年六月，皇太极改国号为清，封孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王，并多方给予迁就和照顾。这时出现直属皇帝的三位汉人藩王，不仅于中央集权无害，反而有利于抵制满洲诸王，维护皇帝的地位和权势。崇德七年八月，皇太极分汉军四旗为八旗，命有德、仲明、可喜分隶正红、正黄、镶蓝旗。
清朝进关后，主要是在汉人居住地与汉人交战，所以很注意发挥汉人藩王的作用。顺治元年十月，命孔有德、耿仲明随大将军豫亲王多铎，吴三桂、尚可喜随大将军英亲王阿济格，从南北两路进兵陕西，征伐李白山。二年，下西安后，有德、仲明与多铎移师下江南，克扬州，取南京，消灭南明第一个政权——福王政权，八月班师；三桂、可喜与阿济格进兵湖广，追击李白山，即班师。如果说这时还是满汉合师进讨，那么从第二年起便逐步进入汉人藩王独自专征的阶段，由此也形成了三藩割据一方的局面。“三藩”分镇，曾取得显著效果。吴三桂于顺治十八年十二月率兵攻入缅甸，强行引渡永历帝及其眷属、随行官员，并另遣总兵追击、招降巩昌王白文选，不久晋王李定国亦死，云南底定。耿、尚分守闽、粤，亦曾有效地抵御郑成功的进扰。
随之而来的是“三藩”拥兵自重，权势日涨。云南每年耗饷最多时达九百余万，平时亦不下数百万，所以说“天下财赋，半耗于三藩”。而且三藩分别专制一方，严重侵犯了中央集权。吴三桂以功晋封亲王，总管云南、贵州二省文武军民一切事务。
“三藩”各自把持驻地财源，欺压百姓。在康熙初的十余年间，“三藩”的势力已越来越强，已成尾大不掉之势。居功自傲的功臣在战争结束不久，已成了伏踞南方、危害国家安定的势力。形势的发展，已向年轻的康熙皇帝提出严峻的挑战。
康熙亲政和擒拿鳌拜之后，专心学习经史典籍，更加清楚地认识到，“三藩”不能与宋初的开国功臣相比，而是属于唐末藩镇之流，势在必除。因此，更加紧进行撤藩的准备工作：整顿财政，筹措经费；扩编佐领，加强训练，提高八旗兵的战斗力；采取缓和民族矛盾与阶级矛盾的措施，以争取民心。此外，他还关心因反对吴三桂而遭到处罚的官员。九年，将因揭发三桂“阴谋不轨”而被判死刑的原甘肃庆阳府知府傅宏烈免死遣戍广西梧州；十年，康熙东巡至奉天（今沈阳），亲自召见因劾奏三桂而被流徙尚阳堡的郝浴。浴向皇帝“具陈始末”，康熙听后为之动容，“慰劳良久”，对他们寄予深切的同情与关怀。之后不久，又有南明遗臣查如龙窜至云南，煽动吴三桂反叛朝廷。此人于事泄之后被处死。从此朝廷对吴三桂的怀疑更深。三藩必撤之势已成，只待有利时机。
康熙十二年三月十二日，年已七旬的平南王尚可喜疏请归老辽东，并请以子尚之信袭爵，留镇广东。康熙觉得撤藩的机会来了，遂令议政王大臣会同户部、兵部以及吏部“确议具奏”。吏部以“藩王见存，子无移袭之例”驳回袭爵之请；议政王大臣会议又以“尚之信仍带领官兵居住粤东，则是父子分离，而藩下官兵父子兄弟宗族亦至分离”为由，作出“既议迁移，似应将该藩家属兵丁均行议迁”的议处，康熙立即批准撤藩之议。
该年七月初三，平西王吴三桂为窥清廷意向，疏请撤藩。同年七月初九，靖南王耿精忠疏请撤藩，议政王大臣遵旨会议，作出“应将王本身并标下十五佐领官兵家口均行迁移”的决定。八月初六，议政王大臣在对吴三桂疏请撤藩一事会议时，康熙作出“著王率领所属官兵家口，俱行迁移前来”的决断。
康熙皇帝便服写字像加图《二十四史》的675的S2359八月十五日，清廷派遣礼部侍郎折尔肯、翰林院学士傅达理前往云南经办撤藩事宜，遣户部尚书梁清标前往广东、吏部侍郎陈一炳前往福建办理撤藩，于是三藩并撤。不久三藩公开反叛，正式起兵对抗清朝政府。历时八年，三藩之乱才被平定。这次平叛战争的胜利，清除了地方割据势力，避免了一次国家大分裂，有利于多民族统一国家的巩固和发展。同时，中央集权制力量得到加强，提高了抗御外敌的能力。康熙在平叛战争结束后，没收藩产入宫充当军饷，撤藩回京师。除吴三桂部调往边区站、台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿营兵镇守，彻底消除了藩镇制。此外，这次平叛战争的胜利，意味着受“三藩”割据之害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于边疆和内地经济、文化的交流。
在这次战争中，康熙玄烨表现出杰出的政治、军事才能。他指挥有方，处置得当，临危不躁，谨慎地对待战局的变化，不急于求成，也不放过良好的进攻时机。对待将领，不论亲疏贵贱，一律赏罚严明，因而最终取得了战争的胜利。