在李开复组建微软中国研究院的日子里，他也将更多的时间和精力用在对伙伴的提升上。
“就像众多的学者一样，我热爱的是做基础研究，我多年的梦想就是拥有一个环境，能让我和一些才华出众的人在一起，发明突破性的科技，造福世界上数以亿计的电脑用户。今天，我拥有了实现自己梦想的机会。身为微软中国研究院院长，我的新使命是提供一个独一无二的研究环境，和有同样梦想的人合作，共创人类计算的未来。”
这是李开复在《从基础研究说起》中的一段话。文章发表的时间是1998年10月，此时的微软研究院尚未正式挂牌，而李开复已经对未来做好了安排。
毫无疑问，在人才招募方面，李开复是成功的。即便在2005年他与微软对簿公堂，微软取笑李开复是“最昂贵的人力资源经理”，但这事实上仍然折射出一个事实，那就是：在为中国研究院招揽人才的工作中，李开复取得的成果远远超出了微软的想象。而现在，随着他寻找的那些“有同样梦想的人”的一一到位，他的工作精力也从招募人才慢慢地转移到了如何为这些人实现他们的梦想上。
李开复在研究院成立后的一年中为60位研究人员花了1240万元去购置设备，人均超过20万元，大约10倍于中国科研人员的年均经费——包括设备、基建、日常消耗、工资、福利和奖金。在办公室的布置上，李开复也颇费心思。
这并不是如李开复所说的为他的员工提供的“独一无二的研究环境”的全部。研究环境有两种：一种是硬件的，例如以上列举的办公室；另一种是软件的，例如说工作的氛围、研究人员可得到的支持，等等。李开复所强调的“独一无二的研究环境”，更多的是从软件方面入手。
所谓“软件”，更多的是在思想上找问题。学贯中西的李开复很清楚东方文化和西方文化的优缺点，他认为，中国人是聪明的，但是长期以来的一些思想，如官本位、层级观念等，都极大地影响到了他同事们的更好的发挥。这也难怪，那么多年来，这些同事都是在一种“完成领导交代的任务”的指导下学习和工作的，又怎么能够指望他们能一下子就改过来呢？
李开复的经验告诉他，解决这个问题的方法就是让东西方两种文化碰撞，让同事们有机会换一种方式思考。他将微软所倡导的“自由的、真诚的、平等的文化”复制到了中国，用于指导研究院的工作，给予研究院每一位成员最大的空间，让他们做自己想做的事，说自己想说的话。
李开复对“自由的、真诚的、平等的文化”的理解是这样的：
自由、真诚、平等——这是我多年来所负责的每一个机构的共同特点。在一个自由、真诚、平等的机构里，每一个人都深深地互信、互助、互重，无论资格、级别，每一个人都能够直接对任何人提出他的想法。就算是批评、争论，也是在互信、互助、建设性的前提下作出的。在我的机构里，我不容忍官僚作风，不容忍傲慢作风，更不容忍明争暗斗。
自由、真诚、平等，这些词看起来简单，但在中国人的思维中，要真正理解它并不容易。不过在李开复看来，这样的改变是必须的。如果不能互信、互助，那又怎么能突破在自己的小圈子打转的尴尬？如果不能直接提出自己的想法，那又怎么能保证有效的沟通和执行？如果任凭官僚作风和傲慢作风存在，李开复倡导的“独一无二的研究环境”又如何实现？
因此在微软研究院，当有人询问李开复“有什么任务交给我”的时候，得到的却是一个“不是要你做什么，而是你要做什么”的回答，这让他们有点反应不过来的感觉。李开复告诉他们，研究的项目、细节、方法、成败，都由研究员自己来决定，他可以提出意见，但是决定权在研究员手中，就算自己不认同他们的决定，也会全力地支持他们。
新员工的表现让李开复发现了一个问题：从中国大学校园出来的年轻人很不习惯当面对老板说“不”。于是他决定请微软研究院资格最老、最熟悉微软文化的凌小宁给大家“洗脑”。这是研究院迄今为止最令人惊讶的一次演讲，凌小宁告诉同事们，我们中国人总是以为，我是为老板工作的，所以总是想“老板怎样想”。其实，你做事情不是为你的老板，而是为你的公司。你拥有这个项目，你就拥有权力。所以，你的责任就是排除一切干扰，做成你想要做的事，包括你的老板的干扰。如果他说得好，你当然可以接受，你认为他说的不对，就可以不接受，你有权力说“是”或者“不”。
学会说“不”，使得研究院的员工们更多地从自己的实际来考虑问题，这种做法极大地提高了员工们的积极性，也促进了员工们的成长。显然，带着兴趣做自己想要做的事，效率一定会比完成老板交代的任务高得多。员工们开始提出自己感兴趣的研究方向，李开复所做的，就是在最大可能激发员工创造热情的条件下，为他们把握研究的方向和进程。之后微软研究院能成为世界级的研究院，并在不同场合受到比尔·盖茨的多次表扬，与李开复引导同事们以“自由、真诚、平等”的思想来开展工作是分不开的。