除了组建微软中国研究院时的种种困难，李开复遇到的最大困境还是在其离开微软加盟Google之时。
根据2005年9月13日的法庭裁决，李开复可以立即为Google工作，但工作范围将受到限制。年底，微软与Google正式就李开复跳槽达成和解，此时的微软还不忘嘲讽李开复几句。微软副法律顾问汤姆·伯特称：“我们对法官的裁决实在是感到满意。因为他拿了1000万美元只能去面试学生，去当一个出租代理人。”就因为这句话，李开复被戴上了“最昂贵的人力资源经理”的帽子。
微软研究院与Google中国的区别在于，前者是一个很纯粹的研究机构，不必太多考虑科研以外的问题；后者虽然也包含Google中国工程院，但从本质上来说是一个独立核算的单位，所花出去的每一分钱都要从日后的经营中得到回报。既然李开复是Google中国的负责人，那么他就有义务考虑，Google应如何在中国获得成功，这也是他在Google和在微软的工作的最大区别。
由于李开复的工作范围受到限制，Google中国相继聘请了前UT斯达康中国区总裁周韶宁担任Google中国联席总裁，前雅虎的高级营销总监、一拍网CEO王怀南担任亚太区市场总监。三人的分工是，李开复负责人才招聘和公关，周韶宁负责在中国的销售和渠道业务，王怀南负责市场拓展。Google中国“三驾马车”的格局由此形成。
虽然做好了面对各种困难的准备，在加盟Google时，李开复或许不会想到，2005年那场因他跳槽而起的长达半年的官司只是一个序曲，而接下来的2006年，对于Google中国和李开复来说，都可以算得上是最长的一年。
回顾历史，我们不得不说，Google错过了进入中国最好的时期。2002年，只有五个工程师在美国运作的Google拿下中文搜索引擎的大部分份额，当这年有传言Google即将进入中国时，百度上下如临大敌。
这一年，在Google的压力下，李彦宏亲自挂帅，干起一个小小的产品经理应该干的活，亲自抓起旨在赶超Google的“闪电计划”；到第二年，百度已经在媒体上造势：百度至少和Google一样好。
三年来，百度一直很惧怕Google进入中国，一旦Google进入中国，就是和Google这个巨无霸正式开战的时候。但是当Google真的进来了，百度反而不怕了——这个时候的百度市场份额已经超过了Google，再说百度为了这场仗准备了三年，或许在Google没来的时候，百度多少也会有点期待Google的到来吧？
以有备算无备，整个2006年，谷歌给人的感觉是在竞争对手的紧逼下节节败退。
谷歌给人的感觉是从春节起就流年不利。先是Google。cn与赶集网共用ICP证东窗事发，谷歌被信产部调查，整个公司人心涣散，员工每天上班的第一件事情就是等待从信产部回来的同事的消息，看看是否有什么严厉的处罚措施；紧接着又传出谷歌输入法抄袭搜狗词库的消息，谷歌的声誉受到了极大的损害；同时，谷歌中国的市场份额从2005年的30%左右滑落到20%以下，留下了“进入中国市场后份额反而下降了”的尴尬。不仅谷歌的市场份额跌到了最低点，到了年底，谷歌中国的“三驾马车”也三去其二，周韶宁、王怀南相继离职，只剩下李开复一人支撑，有舆论甚至开始猜测，谷歌中国什么时候会撤出中国市场。
事实上，谷歌中国2006年的市场份额的下降固然令人沮丧，但对谷歌来说，在2006年所遭遇的最大厄运，是管理层思想的不统一，以及由此带来的战略飘忽不定。在Google中国的管理团队形成之时，在未来的发展战略上就存在分歧：李开复认为，Google中国与其去寻找100种改善流量的方法，不如坚持改善搜索引擎技术，但他的搭档周韶宁和王怀南对此无法完全认同。