之后SGI与微软曾合作开发OpenGL++，但一样是无疾而终。SGI声称，微软缺乏合作的诚意，只是想把OpenGL技术应用到Direct 3D里。SGI试图与微软合作的计划全面失败。
这次失败对李开复来说是刻骨铭心的。李开复一心想着只要自己的产品好，就会使得微软要么接受合作，要么接受竞争。根本没有想到微软会如此打太极，在以Windows的活力赢得了全世界之后，竟然会反过来拒绝其他有活力的产品。
被微软拒绝后，李开复不得不为自己偏爱的“多媒体之梦”做最后挣扎，寻找其他合作伙伴。熬过几周之后，事情终于有了眉目，与SGI颇有渊源的网景公司（SGI和网景的创始人均为吉姆·克拉克）伸出了援助之手，接受了李开复的产品。网景浏览器占有60%的互联网市场，公司也获得了一定的收益，一年的营业额超过了1000万美元。可是公司支出更大，必须照常开门，100多名员工的薪金一分也不能少。一年以后，亏损已经超过2000万美元。
铁打的营盘流水的兵，硅谷的情形就是这样。每年总有大约30%的人离开自己的企业，而且越优秀的人才离开得越快。几乎所有的人都是来去匆匆，能在一个地方呆上两年，就已经是老员工了。由于公司的财务已经无法继续维持，人心涣散，有才华的人一个又一个悄无声息地离开了。李开复觉得，两年前在苹果公司的日子似乎正在SGI重演。一开始，李开复还在说服自己坚持下去，直到有一天，李开复接到了他的上司，高级副总裁瑞伯·布吉斯打来的电话，他告诉李开复说，他要走了。
这对李开复来说是一个沉重的打击。瑞伯是个商业天才，曾在加拿大开过一家软件公司，SGI看到他的公司不错，就掏钱连人带公司一起买了过来。瑞伯进入SGI负责公司的软件研制，当初为了说服李开复加入SGI，瑞伯费了不少心血，可以说李开复来到SGI有一部分原因就是冲着他来的，但现在他也离开了。
1998年春天是在一片惨淡的气氛中到来的。全力支持李开复的迈克拉肯也离开了公司，新总裁瑞克·布鲁斯上任。他上任后的第一件事就是找到李开复，询问项目的情况。布鲁斯问了李开复一连串的问题，项目有多少人？今年赚多少钱？赔了这么多钱怎么办？布鲁斯是一个财务出身的经理人，喜欢用财务指标来衡量公司的一切，言下之意，他准备砍掉这个项目。
李开复赶忙跟他解释，这个技术很有价值，比如可以用在索尼的游戏机上，可以用在微软什么产品里或者其他什么公司里面，只要给他一点时间，他可以把这个技术卖掉。瑞克·布鲁斯眼睛就突然亮起来，问道：“好，你可以卖多少钱？”李开复估算了一下，说可以卖1500万美金，布鲁斯说：“好，我给你去卖。给你六个月的时间，卖不掉我就把你们全砍了。”于是李开复告辞准备出门，他又说：“开复你回来，1500万要把这100多人都买走，我可付不起他们薪水，而且你也要走。”
第一次被炒鱿鱼，对李开复来说确实很尴尬。不过他还是很理解布鲁斯的处境。从他的观点来看，因为SGI碰到了种种财务的困境，此举是不得已而为之。
李开复觉得，在衡量一个产品的时候，完全用钱来衡量也太短视了。但在他进一步思考错误的根源时，他发现自己也犯了错误，这个错误就是太过分的用技术人员的眼光来评估一个创新。
这也就是之前提到的“苹果式完美主义”的影响。一开始的时候，李开复是科学家，后来跟程序员在一块，科研领域和产业界往往会有一种“为了创新而创新”的倾向。许多研发成果只是片面地追求“科技领先”或是“概念独特”，许多研究员只是追求发表论文而不考虑创新的结果是否能很好地解决实际问题，是否能被大多数用户接受，他们看待创新往往是看一个东西是不是以前的人从来没做出来、够不够酷、够不够新，一味追求技术的极致，而忽略了市场对它的评价。
事实上，即使是从技术的角度，也并不是做到了极致就是最好，SGI的王牌之一——克雷超级计算机的设计者克雷就是一个例子：曾有人向苹果公司创始人斯蒂夫·乔布斯建议购买一台克雷超级计算机来帮助设计下一代苹果机。听到这个情况，克雷乐了：“实在是有趣，我正在使用一台苹果电脑，用来模拟克雷3号。”
李开复到处奔走，遇到可能的买家就会苦口婆心地讲述自己用智慧、心血和梦想培育起来的公司。花了三四个月的时间，几经周折，他终于把这个部门卖掉了。但是很不幸的是虽然部门卖掉了，但是买这个部门的公司又碰到了种种的问题，因为当时也有经济危机，最后把这个部门几乎全部砍掉，把110个工程师都解雇了。
这件事情对李开复的创伤其实是非常大的。虽然他最后把这个公司卖掉了，但是因为没有去理解创新的真正的意义，使得这个团队中的100多人失去了他们的工作，给他们的家庭带来了困扰。所以李开复的心中感觉非常非常地内疚，因为自己的过失，不但造成了一个技术失败，浪费了公司的资产，浪费了员工的时间，还造成了110个人和他们的家庭因为失业而困顿。直到今天，李开复还是感觉非常对不起那100多人和他们的家庭。
这件事情使得李开复开始反思起过去一些思维习惯。把SGI的公司卖掉后，他又一次地对自己说：“我以后还要不要做产品了？”经过一番思考，李开复得出的结论是，虽然我在做产品时遇到了种种挫折，但在挫折之后不应该把挫折当作惩罚，我们应该想想经过这个挫折学到什么，并把这种经验和教训用到今后的工作中去。
经过这个挫折李开复最大的经验教训是：创新本身并不重要，有用的创新才重要。创新应该是更广义地去理解，比如说商业模式的创新，产品技术的创新，甚至把别人做过的汇集起来，只要最后做出来的东西是新的东西，是有价值的东西，那就好。做一个产品的时候，一定要考虑到你的用户是谁，需要什么技术，你是否能解决他们的问题，在这些前提下，又新又酷的东西是很好，但是作为产品部门，我们最重要的是要忠于我们的用户。两个选择，一个是用户需要的东西，一个是很新很酷的东西，我宁肯选择用户需要的东西，就算它不新不酷，因为这样对得起用户，对得起股东，对得起员工。有用是必须要的，做没有用、又新又酷的东西是浪费时间。
李开复开始发现，无论是苹果还是SGI，他都有机会独自规划一个项目，但最终都失败了，其原因归根结底还是在于自己能力的不足。从一个科学家出身的人去做产品，他的强项在于能够思考问题，能够解决问题，能够长期地思考战略，这是做博士论文培训出来的，但是他的弱点就是不能足够地考虑那些短期的商业和用户的需求。他想，既然自己已经经过了这个挫折，就应该吸取过去的失败教训，既结合科学家的长远的眼光，把工程师根据用户的需求进行开发和企业家的短期的运营方面和实际的执行和操作方面三方面的强项结合起来。后来李开复跳槽微软之后也有遇到过类似的局面，当他手下的工程师向他提出一些看上去很新很炫的方案时，李开复吸取了在苹果和SGI的教训，他提醒自己，不能只做这种没有用的创新，从而作出了正确的选择。