公司型基金和信托型基金，都可以选择自我管理资产或委托管理资产的模式。但是有限合伙型基金只能选择普通合伙人的自我管理型模式。由于有限合伙型基金的普通合伙人越来越倾向于由机构——即独立注册的咨询类或投资类有限公司担任，从实质意义上看，解决问题的方法颇类似于公司型的“委托管理型模式”。本节只讨论公司型基金和信托型基金。
2.3.1 公司型基金的管理模式
2.3.1.1 自我管理模式
自我管理型模式，与一般公司的经营管理没有本质区别，又称为直接管理模式。公司型创投基金既设董事会管理基金的日常事务，又建立专业的管理团队，管理基金资产，负责基金资产的投资经营业务。基金实行授权经营机制，即董事会行使法人财产所有权以及重大事项的决策权和监督权，直接领导管理团队进行资产投资管理日常活动。
目前，国内的创业投资基金大多实行直接（自我）管理模式，依照现行《公司法》设立并开展投资经营管理活动。由于中国创业投资业尚处于发展初期，相关法律制度还不够完善，“经理人市场”尚未形成，基金通常认为委托代理风险很大，市场远不能充分发挥对基金资产管理人“市场行为”的约束效力，投资风险和道德风险的防范仅仅靠管理团队的自我约束和自觉的敬业精神是远远不够的。另外，作为一个投资基金，在设立时，只有特别强调“投资者主权”的原则，才能吸引更多的投资者，投资者往往并不熟悉私募股权创业投资的具体操作专业，更看重资本的安全和效益，这是完全可以理解的。因此，一个私募股权投资基金的成功募集，必须考虑投资者利益，特别是投资者权益的保障。
从一些创投基金的实践看，“直接（自我）管理型”也暴露出一些弊端，突出的问题是基金董事会对资产管理行使过度的控制权，使专业的管理团队缺乏自主性和积极性。出资人一般不甚懂得创业投资业务，更不了解市场中的具体情况，在投资决策上存在一定的盲目性。投资者往往更注重年度的短期投资回报，这种预期与项目投资相对长期性的创业投资基本特征相悖。自我管理型基金在激励和约束机制方面，也缺乏严格的规范，存在较大的随意性和其他人为因素。
从另一个角度看，基金董事会对资产管理干预的权力过大，也势必会导致责任不清和效率不高。可能出现管理团队在“行政”体制的压力下，为了短期内能够得到年度收益回报，去投资那些短期之内能够显现效益的非创业投资业务，也许还可能会超越规定的投资范围去涉足二级市场的交易，忽略了对高成长性项目的投资，这样，表面上可能获取眼前的短期效益，实际上往往隐藏了更大的风险。行政体制往往会使管理团队承担着很大的压力，因为创业投资本身就有一定的风险性，任何管理团队和职业经理都不可能保证所有投资项目都能够成功，个别项目的失败也应在情理之中。而行政体制往往会因个别项目的失败而否定管理团队的业绩，对投资人来说，打击管理团队的积极性并不是明智的做法。
2.3.1.2 委托管理模式
关于委托代理链条问题
基金的资产委托管理型模式，是指公司型股权投资基金不直接组建资产经营管理团队，而是委托独立的专业投资管理机构负责基金资产的投资经营管理业务，双方通过签订具有法律效力的资产委托管理协议，从而实现管理团队在一定承诺条件下的专业自主化，通过明确责任和量化业绩报酬等约束机制和激励机制达到充分激发管理团队的敬业精神和风险责任意识的目的。
在资产委托管理模式的公司型基金中，基金资产管理的整个过程形成了“委托代理链条”，即（基金股东会—基金董事会）—（基金资产管理公司股东会—董事会—基金资产管理公司管理层）。这种“两个层次”的委托代理关系链条，使各个层面的当事人均行有其权、负有其责、享有其利。
第一，随着委托代理关系链条的延伸，作为初始委托人的基金股东的干预作用下降，作为代理人的基金资产管理公司管理层的自主权相应提高，工作努力水平也相应提升。当然，也加剧了作为初始委托人的基金股东与作为资产最终代理人的基金资产管理公司的信息不对称的程度。
第二，最初委托人与最终代理人之间的委托关系分属不同的类型。在基金股东与基金资产管理公司之间，要签署资产委托管理协议，既体现制度经济学理论意义上的委托代理的“信用关系”，也同时存在委托代理的“法律关系”，而基金资产管理公司的董事会和管理层之间则是一种“隶属关系”。
多重委托代理关系，虽然减少了基金股东对资产管理人的干预，但也削弱了基金资产管理人受基金的制约。特别是私募基金持有的股份的流通性较差，基金公司治理中的外部市场的约束机制也就相对较弱。因此，在基金内部治理结构上实行制度创新更为重要。以下措施供参考：
（1）调整股东结构，即基金股东也可成为基金资产管理公司的股东，基金资产管理公司或其股东也可成为基金的股东。此例已被普遍应用，比如，中比基金的资产管理人——海富公司的股东海通证券公司和富通集团，同时也是中比基金的股东。
（2）在基金董事会下设立若干专业委员会，如审计和财务委员会、风险控制委员会、人力资源及薪酬委员会、发展战略委员会、投资监督委员会等，当然应与基金的运营成本权衡考虑。这些专业委员会并非都必须设立，职能作用可以通过其他方式履行。比如，赋予基金资产托管人对每一笔资产清算的监督职能，聘请专业中介机构实施审计，由基金董事会研究决定某些重大事项等。中比基金董事会根据实际需要只设有投资监督委员会，对资产管理人的业绩进行考核评估，并就资产管理工作中的问题向基金董事会提出建议和意见。
（3）切实保证基金所有股东权利的平等。比如，实行关联关系方回避制度，即便是基金大股东也不具有任何特权。还比如实行股东代为诉讼制度，代为诉讼制度是指股东（特别是中小股东）为了维护其在基金中的利益，超越公司管理层和董事会，而以基金股东身份提出的诉讼，它形成了一种基于司法为前提的内部监控机制，为基金股东提供了一种不必单纯依赖于分散的小股东联合救济的渠道。
（4）基金的董事会定位为整体把握基金发展的方向、阶段性目标等，而将基金资产管理公司的董事会定位为基金的投资管理中的具体事项的决策层（资产管理公司内部的重大事项不在此列），资产运作管理方面的大部分职能和权力由管理团队的经理班子去独立行使，基金董事会主要起到事后考核的监督作用，比如对资产管理人的工作定期进行评价、对需要基金董事会决定的事项进行研究决议等。在战略管理过程中，基金董事会参与资产管理事项的程度取决于两方面的因素：一是董事会能够投入多少时间和打算关注哪些领域；二是公司战略决策的程序以及企业面临的市场机会的性质。为了保证资产管理的运行效率，一般在权限项下，具体的战略方案都是由管理公司的经理班子自主决定并事后告之的。
委托管理模式的基本运作
一般公司型股权投资基金资产委托管理运作机制的运作程序是：基金董事会委托独立的专业投资管理机构，在基金制定的大原则范围内，具体负责项目的选择、评估分析并提出投资建议书，由投资管理机构董事会或投资决策委员会同意后，开始进行项目投资和投资后的跟踪管理。基金法人财产的投资主体和收益主体，均是投资基金本身，而不是受托的专业投资管理机构。
目前在中国注册设立的外资创业投资机构，几乎都实行委托资产管理模式，充裕的资金实力使经理团队拥有丰厚的实力，外资基金因拥有国际市场的经验而使其更具有管理机制的优势，因此，具备很强的市场竞争力。但是，对国内投资市场环境缺乏了解也是他们最大的短板。
我国台湾地区涌现出许多公司型创业投资基金实行委托管理模式的成功典范，其成功的经验值得我们借鉴。自1996～2002年，在实际运作的194家公司型创业投资基金中，委托资产管理的比重由57.4%增加到85.05%，自我管理型基金则由29.79%下降为12.89%。台湾专门制定特别法规，即《创业投资事业管理规则》，明确规定创业投资企业必须实行股份公司的组织形式，注册资本最低限额不低于2亿新台币，并可通过私募发行股票募集资金，还详细规定了资产委托人与资产受托人的权利、义务和责任，要求在申请设立时，必须将创业投资基金公司章程、业务计划书、委托经营契约以及受托的投资顾问管理公司章程、管理团队资质等一并报主管机构审核。在创业投资基金绝对控制财产所有权和剩余索取权的前提下，在“委托—代理”关系中，他们还引入有限合伙制的某些机制，譬如，将创业投资基金（公司）作为免税主体，以避免双重纳税，以实际出资额的一定比例作为投资顾问管理公司的管理费，按基金公司净收入的20%给予投资顾问公司奖励等。同时还要求受托的投资顾问公司也实行股份公司制（注册资本最低限额为新台币100万元），其股东可担任基金执行董事或高层专业管理人员。
2.3.2 信托型基金的管理模式
目前，信托公司设立的PE信托计划，即信托型基金，与公司型基金的管理模式基本类似，一般分为两大类。
一是“自我管理型”PE信托基金。信托公司不仅负责信托型基金的资金募集，而且还从事信托型基金具体的投资管理业务，即通过信托执行经理制，从事基金具体项目投资、项目管理、项目退出等事务。信托公司还可以聘用投资专家提供咨询服务，投资专家在投资项目初期的筛选、中后期的企业管理和变现退出等环节，为信托基金提供智力支持。
二是“委托管理型”PE信托基金。在作为受托人的信托公司尚不具备一定实力的投资管理能力时，也可以发挥其融资平台的作用开发PE产品，即信托型基金。信托公司可选择投资顾问或专业管理团队，合作开发信托产品，并进行专业化分工，信托公司负责信托基金资金的募集与清算、信托财产的监管，投资顾问或专业管理团队负责开发投资项目及对已投资企业的投资管理。目前国内绝大多数信托公司采取此类模式。
在2008年6月中国银监会发布的《信托公司私人股权投资信托业务操作指引》中规定，私人股权投资信托计划设立后，信托公司应亲自处理信托事务，独立自主进行投资决策和风险控制。信托文件事先有约定的，信托公司可以聘请第三方提供投资顾问服务，但投资顾问不得行使投资决策权。从保障投资者权益出发，要求信托公司对投资顾问管理团队的基本情况和过往业绩等开展尽职调查，并在信托文件中载明。投资顾问应满足以下条件：（1）持有不低于该信托计划10%的信托单位；（2）实收资本不低于2000万元人民币；（3）有固定的营业场所和与业务相适应的软硬件设施；（4）有健全的内部管理制度和投资立项、尽职调查及决策流程；（5）投资顾问团队主要成员股权投资业务从业经验不少于3年，业绩记录良好；（6）无不良从业记录；（7）中国银监会规定的其他条件。这些条款是规范信托公司开展股权投资管理业务的市场行为的基础条件，是保证信托型股权投资基金市场信用地位的前提，也是促进信托型基金发展的基本条件。