“救国团”筹备时，国民党中央委员会决议由蒋经国来负责“救国团”事宜。“大家认为经国先生为青年心里面所崇拜的人物，并曾任职中央干部学校、三民主义青年团，故请他来担任救国团的主任最为恰当。”
“救国团”成立以后，蒋经国在第一次团员的讲话中曾提及“救国团”的目的在于：“爱护保卫国家，发挥青年力量；使青年在战斗的时代中具备应有的战斗技能，以担负起时代的使命；将青年的力量纳入反共抗俄的总体战中；要反攻大陆，唤醒大陆上千百万受‘共匪’欺骗迷醉的青年，重振他们的民族意识。”
鉴于三青团在大陆时期曾与国民党形成党团矛盾，因此蒋经国还强调：“‘救国团’是一个教育机构，是一个服务机构，而不是政治机构。‘救国团’要有政治责任，不能够有政治欲望。凡是要参加选举的‘救国团’工作人员，选前三个月必须辞职，不得利用‘救国团’的组织从事竞选活动，‘救国团’的各级组织，也不能够参与竞选活动。”
随着“救国团”组织的逐渐健全，其活动也按有关规定陆续展开。在干部培养方面，总团部为加强基层干部的组织，举办了八个青年先锋营，以在寒暑假期间集训各学校大队的区分队长，训练内容主要是军事基本技能。“救国团”的另一个重要工作就是对大中院校的学生进行军训，实施“文武合一”的教育。1954年11月2日，蒋经国在学校军训干部训练班的讲话中说：
学校里的军训室是我们“救国团”的基本工作，“救国团”之所以成立，也就是因为政府研究讨论要如何实施学校的军训，而感觉到必须有一个专门组织来统一办理。所以才成立“中国青年反共救国团”，而军训也成为我们“救国团”的一个重要工作。
为了推行高中以上学生的军训，各校设立训导处，下设训育组、生活管理组，训导主任、训育组长、军训教官等一整套班底成员，均由“救国团”负责。训导处负责考核、管理工作，监视学生乃至老师的思想动态，组织各种学习班、演讲会和座谈会，向学生灌输“反共反俄”的思想意识，培养其忠于三民主义、忠于蒋介石的情结。有时连教育厅想要调动学校人事，也需要事先向“救国团”打招呼。台湾几所著名中学，如建国中学、成功中学等，其校长都出自“救国团”系统。若是想在此类中学谋一教职，就必须要走“救国团”的路线。
除了政治训练和军事训练外，“救国团”还成立了青年写作协会、幼狮月刊社、幼狮通讯社、幼狮广播电台、幼狮出版公司，通过各种渠道进行“仇共仇俄”宣传。此外，“救国团”还举办军中服务、农村服务、社会调查，并发动从军报国运动。
蒋经国常对“救国团”的工作人员说：“我们救国团为青年服务，青年为国家、为社会服务。”“救国团”在蒋经国的指导下，迅速延伸到台湾的各大中院校，为政府建立了一套发动青年、服务青年、管理青年的机制，从而一定程度加强了对青年学生意识形态的控制。而蒋经国也凭借“救国团”出入于各个青年团体，与青年打成一片。在党政教育系统和宣传媒体的塑造下，蒋经国逐渐成了台湾青年的导师。
然而，对于蒋经国利用“救国团”组训青年，不同的人基于不同的立场往往却会有不同的评价。李焕认为：
蒋中正将“救国团”主任之责交给了蒋经国。于是，继大陆时期的中央干部学校、三民主义青年团以及青年军的历练，蒋经国在台湾再度担起了安定青年族群的责任，“救国团”也成为他培植青年最主要的根据地。
有人则认为：“救国团这个无法无天的单位，是由蒋经国一手组成，目的无非是控制青年学生。”
不可否认，“救国团”为台湾青年政治精英和专业人才建立了一条进入党政系统的便捷管道，从而为国民党输入了新鲜血液，并逐步培养了许多高级干部。因为，国民党退台后，曾带来了一大批政治和经济干部以及文化人士，他们在台湾的政治、经济、文化等各个领域占据主导地位，但随着岁月的流逝，这批国民党的老臣逐渐老化，急需要培植新的人才。蒋经国曾说：“我们过去的这些人才，慢慢都老化！我们如不培植新一辈人才，将来形成断层，对国家而言，将产生很严重的影响。”然而，蒋经国这一政策被后来的舆论界戏称之为“吹台青”，因为媒体认为蒋经国培养的只是一批会吹牛的台湾青年。
然而，从实际效果来看，“救国团”为蒋经国培养了一批个人势力，为蒋氏父子顺利实现权力交接奠定了干部基础。这也许是蒋介石组建“救国团”不能言传的一个重要目的。他在日记中说：“‘反共救国团’之组织，全省青年学生，皆可由党统一组训矣。”蒋经国自1952年出任“救国团”总团部主任，一直到1972年出任“行政院长”后才卸任，长达20年。期间，“救国团”网罗和培植了一大批忠于蒋经国的干部亲信，成为蒋经国培植政治班底的重要机构。后来台湾政坛上的一些显赫人物，如谢东闵、李焕、李元簇、潘振球、宋时选、高铭辉等人也都曾担任过“救国团”的要职，这些人是蒋经国的基本班底。当时曾任职“救国团”的柏杨说：“救国团”实则是一个“蒋经国培植私人势力的迷你王国”。
正因如此，“救国团”也遭到了不少的反对与批评，甚至国民党的元老派也表示反对，“其中，陈诚以三青团创始者反对最厉害”。他认为，蒋介石应记取抗战胜利后国民党内分裂为党团两大势力，“不顾党之将亡，恶斗不休，搞得天下大乱”的教训，不要再为个人势力的成长而“另外寻一个‘小国民党’”。双方争论许久而互不相让，直至最后蒋介石干脆命令陈诚去主持“救国团”成立仪式，争论才暂时告一段落。
“吴国桢案”发生后，作为团务指导委员的吴国桢于1954年2月27日致台北“国民大会”的政见书中说：
所谓“反共救国青年团”之成立，实系模仿希特勒青年团之成立，此机构究由国民党或政府负责，桢至今不明，其经费曾向省政府索要，经桢拒绝。此后经费究由何出，实可查究。自青年团成立后，动辄要求学校更换教员，压迫学生，以此诱得青年，造成不良风气，实将贻害无穷。
1958年，雷震主办的《自由中国》发表社论说，“救国团”成立迄今，已五年多了，但这一单位究竟是何种性质，社会上还普遍的感到莫名其妙，其实“‘救国团’之几乎无事不可过问，以至无处不可插足”。很显然，这是第二个三民主义青年团，是国民党的预备队，甚至国民党内也有人说，这不过是国民党内新兴的所谓某一派，利用国民党的招牌，公开做的培植私人政治资本的工作而已。因此，社论建议说：“为了保存国家元气，尤其是防止政治掮客残酷利用，青年‘救国团’实在是没有存在的必要，假使青年‘救国团’真是爱护中国青年，根本便该自动撤销才对。”
尽管遭到来自各方的批评，但蒋氏父子是不会撤销“救国团”的。因为他们很清楚，“救国团”可使已经进入台湾党、政、军、特系统的蒋经国，更进一步地对台湾青年加以培养与掌控，可为蒋氏父子的权力交接奠定更加稳固的基础。