还有许多原告歧视性地控诉标准石油在输油管道方面的强大优势。但是，直到《州际商务法案》在1906年修订时，管道明显地并不是该法案规定的普通运输工具；而该法案规定的运输方式只包括“完全通过铁路、或者部分通过铁路部分通过水路来运送乘客或者财物”。另外，关于标准石油与铁路同谋并支付非法折扣的传闻从来就没有消失过。在工业委员会举行的听证会上，阿克伯德坦诚地承认在被《州际商务法案》宣布为违法之前，标准石油确实与铁路方面谈判达成了许多种折扣方案，但是在被宣布为违法之后就再也没有这么做过；他还出示了所有主要铁路的总裁们所写的信件，从而证明他说的话确实是真的。但是，这方面的指控并没有被撤消，而最耸人听闻的是政府在1906年提出的一项诉讼，结果导致对标准石油进行了评估。用罗恩？切尔诺的话来说，“对很久以前就已经放弃的行为做出了公司历史上最大的处罚。”法院对这项诉讼的一些细节进行了调查。
在这起诉讼中，政府起诉标准石油在把它的油品从位于印第安纳州怀亭的炼油厂运出的过程中，从芝加哥和奥尔顿铁路那里获得了折扣：正常的运费是每100磅18美分，而标准石油获得的折扣价为6美分。在陪审团做出了一个有利于政府的判决之后，地区法院的法官肯尼索？芒廷？兰迪斯（后来成为一个著名的棒球改革者）[21]也决定对标准石油做出处罚：三年（1903-1905）之中一共运输了1462列油罐车的油品，每列油罐车罚款2万美元，总计2924万美元；这位法官计算了一下，这相当于炼油厂的母公司——标准石油新泽西公司净资产的三分之一。
根据这一案件的案卷，奥尔顿铁路的档案中记录的1895年每100磅商品的运输费率为18美分；这一费率有一个很长的适用商品清单，但其中却并没有包括油品。但是，伊利诺斯州的一个委员会后来却裁定，油品属于运输费率清单适用商品的一种。标准石油的货运经理辩称，当他向奥尔顿铁路询问油品的运费时，他得到了由对方总部出具的一份运费单，上面标明油品的运价为6美分；而且还有一份提交给州际商务委员会的运价申请复印件。但是，兰迪斯对他的陈述不予考虑。铁路运输的代理人也证实了标准石油货运经理的说法，称他从未听说还规定有别的运价。但是，兰迪斯对他的陈述同样不予考虑。然而，明显是出于书记员的错误，这个6美分的运价在诉讼涉及的期限内在档案中并没有记录。
标准石油主要的辩护理由是，它合理地依赖铁路方的陈述；但同时又指出，在这条线路上除奥尔顿铁路之外只有一条铁路，即东伊利诺斯铁路，而这条铁路的运费也是6美分。但是，兰迪斯认为东伊利诺斯铁路的运价也是不合理的。在与奥尔顿铁路共同实行1895年商品运价之后，东伊利诺斯铁路的档案确实在一个月后记录有6美分的运价。但是，1903年，它在最初的1895档案中又出现了另外一个运价，从而“证实”了18美分运价这一说法。它也明显意识到新的档案与独立的1895年的运价记录存在着矛盾，于是在第二天又拿出了一个修正过的档案，再次证实了6美分的运价。但是，东伊利诺斯铁路未能拿出1905年之前的、完全的、经过修正的档案。兰迪斯裁定标准石油有责任确定铁路方是否对运价做了正确的归档；而且，由于没有任何可以减轻标准石油的责任的因素，所以他对标准石油处以法律允许范围内的最高额罚款。
标准石油在印第安纳州所处的地位对理解这一案件也有重要意义。1890年开工后，怀亭炼油厂是标准石油旗下最大的炼油厂，也是当时世界上最大的炼油厂。它在很大程度上是洛克菲勒个人的项目，而标准石油在印第安纳-伊利诺斯地区获得的统治性地位也可以认为是他留给他的公司的最后一笔大遗产。石油商人们早就知道中西部有很大的原油储量，但那儿的石油却是含硫量高的“酸油”，不能用于任何商业目的。洛克菲勒也一直担心宾夕法尼亚的油井产量会下降，于是迫切地在中西部寻求大的收购项目以确保有持续的原油供应。有一次，当他的合伙人们投票反对一项收购时，他宣布将用自己的钱来完成收购。（合伙人们最后改变了主意。）在确保中西部的原油基地之后，在洛克菲勒的推动下，标准石油成立了自己的石油研究实验室，并且请来了德国化学家赫尔曼？弗拉施——此人后来成为美国化学和硫矿开采业的一个先驱。19世纪80年代中期，赫尔曼研究出了实用而又便宜的脱硫炼油流程。
（本页插图文字说明：
艾达？塔尔贝尔的《标准石油发家史》出版后，标准石油成为美国国内反托拉斯运动的首要攻击目标。但具有讽刺意味的是，由于标准石油解体后各独立公司的股票价格飞涨，所以洛克菲勒竟然因为公司解体而获得了极大的收益。）