治国除奸抵御满清
朱由检对天命的降临是有些思想准备的。他的父亲虽然生了5个儿子，但长大成人的只有由校和他两个。由校嫔妃成群，却无子嗣。这样，皇位的惟一继承人就是由检了。
朱由检从他哥哥手中接下的是一个烂摊子，一个只保留着强大躯壳的腐朽政权。满目疮痍、百废待兴，可以说是当时情况的真实写照。千头万绪，从何做起？朱由检心里早已有打算，第一个应当解决的是天怒人怨的“客魏集团”。
朱由检要清除魏忠贤也没有那么容易。朝廷中都是魏忠贤的人，他没有一个帮手，操之过急只能逼魏忠贤孤注一掷、狗急跳墙。力量的对比是不利于朱由检的，他要谨慎地、耐心地等待时机。
他首先将全部精力都投入到治理国政中去。这时的明王朝象一个垂死的老人四肢麻痹、行动不便、指挥失灵。国家的财政经过魏忠贤时期的破坏已濒临绝境。每年固定的财政收入不能如数收缴国库，各地都有拖欠，而国家用项却越来越多。一是军费开支，当时已较3O年前增加3倍多，如果满足军方需要，就要用掉年收入的97%。二是皇室费用、百官俸禄都成倍增加。由此造成年年入不敷出，寅吃卯粮。天启以来，全国灾荒不断，大量人口逃亡，转死沟壑，土地荒芜，社会动荡，这已在许多有识之士中间引起了深深的恐慌。尤其是陕西，连年大旱、赤地千里，已经传来了人吃人的消息。陕西已经成了一个火药桶，随时都可能爆炸。在东北，建州女真自万历末年起兵发难，建立了后金政权，目前已经羽翼丰满，不断侵掠明边。明朝将大量兵力财力抛到辽东，而辽东局势根本没有缓和。这些问题使由检心乱如麻。为了尽快使帝国起死回生，登基后，他只得夜以继日地工作。
自天启七年八月始，一道诏谕传遍天下。由检罢除了为皇室服务的织造、烧造、采办等一切不急之役，与民休息。停止了皇宫的一切土木营造，削减自己和后妃们的吃用开支。撤回了天下镇守太监，严禁宦官干政。严禁官僚结交太监。向边镇发去银两，安定军心，戒谕官僚结党，建立完备的监察制度。明令提高政府的工作效率。下诏免除了许多受灾地方的赋税。这一道道诏令又重新在帝国臣民心中唤起了希望。
朱由检把解决“辽事”，即后金问题作为继位后要办的大事之一，这一方面有恢复故土，重振帝国之威的意义，另一方面可以尽快结束战争状态，节约大量军费，解决国家财政困难。自上台后，他就积极地物色能担负这一重任的重臣。朝廷许多大员推荐了前任辽东巡抚袁崇焕。对袁崇焕，由检是有所耳闻的，袁崇焕天启年间久镇辽东，熟知敌我情势、山川险易，胸有韬略，屡建大功，由下吏而渐升至巡抚。天启七年的宁锦之役，他固守宁远，挫败了努尔哈赤的凶锋，在崩溃的边缘挽回了整个辽东战局。但他在举国如狂为魏忠贤建生祠的热潮中不随流俗，被太监告到魏忠贤那里，魏忠贤很不高兴。为了国家，为了辽东，袁崇焕最后还是屈服了，但他留给魏忠贤的印象却改变不了。宁锦大捷使朝中高官显宦、太监阉党都得一一加官晋级，封爵加荫，而袁崇焕仅仅是加了一级。在这种情况下，袁崇焕只得请求解甲归田，回到广东老家。粉碎魏党之后，东林党许多人因袁崇焕有颂美活动将他看作阉党。虽然侥幸未入逆案，东林人私下却称为漏网小人。由检权衡了一番，决心不顾东林党人的反对，起用袁崇焕。任命他为兵部尚书兼右副都御史督师蓟、辽兼督登、莱、天津军务，实际上将整个对金防务交给了他。崇祯元年（1628）七月，袁崇焕从广东赶回北京。十四日，由检在建极殿东面的高台上（俗称平台）召见了他。
由检看着这个黑瘦精干的中年人，对他忠心为国，长途赶来表示赞赏。袁崇焕非常激动，他表示，我受皇帝陛下特殊眷顾，刻骨铭心。倘若假我以便宜，我5年便可恢复全辽疆土。由检很是高兴，说：“你能五年复辽，朕决不吝惜封侯之赏。”
在对国政进行了初步治理，他的皇位初步巩固后，朱由检开始集中精力解决客魏集团。他准备采用先稳住他们，然后再逐个击破的方式将客魏集团消灭。由于朱由检继位后，对魏忠贤不冷不热，魏忠贤深怕前景不妙。九月一日，魏忠贤提出辞去东厂职务来试探由检的态度，由检没有批准。次日，客氏提出出宫，由检马上表示同意。第二天，天还未明，客氏素服到由校的灵前将她保存的由校胎发、指甲焚化，痛哭一场，离开了紫禁城，住进由校赐给她的府第里。魏忠贤的主要爪牙王体乾、李永贞照样得到由检的信任，九、十两个月的登极恩赏照样给予他们。只不过，朱由检新重用的太监徐应元、曹化淳比魏忠贤更加得意。
朝廷大臣中那些魏忠贤党羽也心神不定，他们预感到形势将要变化，许多聪明人开始寻找退路。魏党的分化使形势开始明朗。九月十六日，南京通政使杨所修疏奏宦党崔呈秀父丧不奔，夺情视事非制，请放他归籍丁忧守制，由检不允。十月十四日，魏党首恶分子杨维垣丢卒保车，主动疏劾崔呈秀专权乱政，说魏忠贤是听信了崔呈秀，被他所误。崔呈秀慌了，要求守制，由检还是不放他走。十月十八日，杨维垣再劾崔呈秀通内，连累了魏忠贤，并颂扬魏忠贤一心为公，矢忠体国。杨维垣疏中还弹劾了其他几个魏党人物，由检继续保持沉默。
十月二十三日，独立于魏党之外的下级官员也行动了起来。工部主事陆澄源参劾崔呈秀，词中涉及魏忠贤建造生祠问题。由检薄责陆澄源越位擅言，但心里高兴，遂将崔呈秀放归。二十五日，兵部主事钱元悫直接弹劾魏忠贤，言词激烈，天下震动。二十七日，海盐贡生钱嘉微上疏，将魏忠贤罪行列为十项，要求将魏忠贤明正典刑，以泄天下之愤。由检拿这本奏章让人读给魏忠贤听，魏忠贤知道事不好，马上以患病为由提出辞去东厂职务。由检令他出宫调理，随后传令将魏忠贤集中在宫中的军士解散。
接着，由检又点了几个魏党首要分子的名，下令吏部调查崔呈秀等人的罪行。
十一月一日，由检下诏，公布了魏忠贤的罪行，宣布本应将魏忠贤寸磔以谢天下，念先帝还未出殡，姑且安置于凤阳。客魏二犯家产籍没，冒封的爵位革除，子孙人等俱到烟瘴之地充军。
魏忠贤离京，带了许多人和车辆。由检以此为理由，令兵部差人将魏忠贤押往凤阳。十一月六日，魏忠贤一行走到阜城县，闻知了由检的命令，知道末日到了，魏忠贤当晚上吊自杀于旅舍。崔呈秀在蓟州家里听到魏忠贤的死信也自缢身亡。十一月七日，客氏被押往浣衣局打死。随后，客魏两家子孙人等皆被斩首。
朱由检在剪除客魏集团的斗争中大获全胜，为大明帝国清除了最大的隐患，显示了他不可低估的行政才能。
魏忠贤除掉了，但把持朝政的魏党羽翼其势力仍然庞大。当时，内阁、六部，各院寺首脑都是魏的死党，身居要职者都与魏忠贤有瓜葛。杨所修、杨维垣、安伸、贾继春等人以弹劾魏忠贤的功臣自居，上窜下跳，他们的目的就是保护同党，使由检不再追究他们，从而达到维护现状、继续压抑东林党人的目的。
朱由检深知，魏忠贤如果没有朝廷中这些寡廉鲜耻之徒的帮助是不会造成这么严重的危害的。朱由检当然不会放过他们，让他们继续把持朝政。十一月份，他下令逮捕了魏忠贤的主要爪牙“五虎”和“五彪”，交法司议罪。从十二月到崇祯元年（1628）五月，朱由检亲自主持选拔了4批共132个给事中、御史。这些新进言官除个别人依附魏忠贤，此外，皆是与魏党无关联之人。他们以清除魏党为己任，言路渐趋清明，由检因此了解到更多的真实情况。对被魏忠贤害死、削夺的官员，该平反的平反，该起用的起用。
但朱由检这时也犯了一个大错。原来，袁崇焕出关后，整顿兵马，修缮城池，使山海关一线的防务稳定下来，清帝皇太极一看在山海关无机可趁，决定从别处入关，一者骚扰内地，再者找机会设计除掉袁崇焕，以去掉这一危险对手。
崇祯二年十月，秋高马肥之时。后金十数万精兵分道由龙井关、大安口入犯，连下遵化等名城。山海关总兵赵率教回师救援，全军覆没。正在宁远的袁崇焕闻警兼程回救，屯于通州。但金兵绕开袁崇焕，直扑北京。
面对气势汹汹的金兵，京师守卫益显薄弱，由检心中忐忑不安。待闻袁崇焕率师赶来才放下了颗悬着的心。他任命大将满桂为武经略，总理各镇援兵、保卫京师。满桂与袁崇焕分屯于安定门和广渠门，打败了敌人的数次进攻，由检为此召见了袁崇焕。他向袁崇焕表示慰劳，并解下自己的貂裘赐给他，袁部下将领皆得到赏赐。袁崇焕向由检表示一定要尽快赶走敌人。十一月底，东便门之战，袁崇焕大破金兵，自己的兵力也损失过半，又因补给不及时，袁兵疲劳已极，要求入城稍做休整。就在这时，情况突变，由检中了皇太极的反间计。
皇太极曾在北京城下俘获两个太监，他让营中广泛宣传与袁督师有约在先，袁督师让路让我们来打北京。故意让两个太监听到，然后放了他们。太监回到宫内便把这个消息报告了由检。本来由检对袁已心中有气，倡言五年复辽击败金兵，现在辽东未复却把金兵引到了家门口，听太监一说，心中不免起疑，是不是与金真有勾结？由检越想越觉得有可能，就在十二月一日召对时逮捕了袁崇焕，袁部在城外遂大溃，后为孙承宗收抚。孙承宗接替袁崇焕的职务。十二月中旬满桂战死，孙承宗督率各镇援兵力战克敌，解了京师之围。后金兵在畿内大肆抢掠，到次年四五月间，金兵才退出关外。
后金兵退走后，崇祯愈感袁崇焕有负他的厚望，怒气难消，于是下令将袁崇焕凌迟处死，从而自毁了长城。
镇压起义损兵折将
明末农民起义军自天启中期大规模爆发后，规模越来越大。在袁崇焕出关抗御清兵，边防形势好转后，崇祯任命洪承畴任三边总督，加紧了对农民军的镇压，陕西义军王嘉胤、张献忠、李自成、罗汝才等部在明军的压力下先后离开了陕西，东渡黄河、进入山西。山西饥民群起响应，全省震动。洪承畴迅速派悍将曹文诏、马科、曹变蛟等人统兵追入山西。起义军闻讯东越太行进入畿辅平原地带，所向披靡，直接威胁到京师的安全。为解畿南之危，明廷调集大军3万余人，在崇祯六年冬天将义军包围在豫北。为了摆脱困境，起义军诈降明廷，使明军停止了进攻。待十月底，黄河结冰，义军遂出其不意溃围而出，南渡黄河进入中原，分道直扑安徽、湖广、四川。农民起义从局部问题变成了明廷的心腹之患。
怎么对付这种形势，朱由检一筹莫展。大臣们提出，农民军之所以没有被消灭于畿南就是因为事权不一，明军各自为战、步调不一致，各怀观望，不肯用命。建议朝廷设立总督，统一指挥。由检同意这个意见。可是，这个总督让谁当呢？洪承畴这时已调防辽东肩负边防重任，“未可轻易”。过了数月，有人推荐了延绥巡抚陈奇瑜总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，总办剿灭义军军事。
崇祯七年（1634），陈奇瑜集中各路明军在湖北打了几个胜仗，将义军赶回陕西。义军在向陕西退却的路上误入汉中栈道险区，被明军包围在车厢峡，进入死地。义军又采用伪降手段，派人以重金贿赂陈奇瑜手下将领，陈奇瑜认为可以不费吹灰之力收服义军，主张招抚，得到由检批准。义军走出死地后，立刻又砍杀官军重举义旗。朱由检羞恼成怒，下令将陈奇瑜下狱治罪，调洪承畴接任五省总督。崇祯七年底义军返回河南，次年正月打下朱元璋的老家凤阳，掘了朱家的祖坟。
凤阳失陷的消息传到北京，朱由检在群臣面前痛哭流涕，他觉得自己对不起苍天，对不起祖宗。一连几天，他布衣角带避殿办公以表示自己的痛苦，亲赴太庙，祭告祖宗，同时发布《罪己诏》引咎认罪。由检不甘心失败，他严令吏兵二部追查凤阳失陷的原因，凤阳巡抚杨一鹏被逮捕处死，一大批有责任官员被遣戍。随之，又调发拼凑了7万官兵，拨军费1OO多万两，限洪承畴6个月之内荡平义军。
洪承畴在皇上的催督下提兵入河南。义军避开明军又回到陕西，消灭了明军艾万年、柳国镇部。李自成在真宁消灭了明军精锐曹文诏部，高迎祥等则继续在中原活动。为了应付这种局面，由检又起用卢象升总督直隶、河南、山东、四川、湖广等处军务，与洪承畴一个西北，一个东南，分区剿灭义军。到崇祯九年（1636）正月，六个月期限将过，东南、西北两路皆无捷报。朱由检一面给洪、卢二人施加压力，一面下达大赦令，表示赦免起义农民，企图分化瓦解农民军。
崇祯九年（1636）五月，卢象升会合洪承畴在周至地区击败高迎祥所部，生俘了高迎祥。明军乘胜收降了张妙手、蝎子块等部。李自成也在明军追击下离开陕西进入宁夏、甘肃。一时间，出现了天下将平的征兆。可是，好景不长，只不过几个月时间李自成又死灰复燃，领兵从甘肃直扑四川，烽烟再起，张献忠、罗汝才复又驰骋于中原，天下骚乱如故。
崇祯十年（1637）三月，朱由检起用宣大总督杨嗣昌为兵部尚书，委他负责内外军政。对于剿灭农民起义，杨嗣昌提出“四正六隅”十面张网的战略。由总督和总理分别统兵，各负其责。总督由洪承畴担任，总理则是杨嗣昌推荐的两广总督熊文灿，嗣昌居中调度。整饬兵马，期以三月消灭全国农民起义。
增兵就要增饷，根据杨嗣昌的计划，增兵12万，增饷28O万两。28O万出自何方，当然还是百姓。想到再次加派，由检不禁大费踌躇。正在这时，有一个在京考选的知县在召对时慷慨陈词，说百姓之困，皆由吏之不廉，不在于加派与否。守令只要廉，再加一些也无妨，这个知县深知由检最恨贪污，最急兵饷，因此投由检所好，以求大用，由检果然龙心大悦，认为此人来自地方，知地方弊病，加派还是可行的。过了几天，朱由检便发下诏令，说：“不集兵无以平寇，不增饷无以养兵，着勉从廷议，暂累吾民一年。”这就是剿饷的加派。崇祯十二年（1639），杨嗣昌又以兵弱不可用，请增练边兵以成劲旅，于是又加练饷，剿饷练饷总共1OOO万两，加上辽饷，加派达17OO余万两。远远超过正赋之数，民间由此私自呼崇祯为“重征”。这更给燎原的农民起义火上浇油。
本来明军在首辅杨嗣昌的调动下，崇祯十一年在剿灭农民军方面取得了很大进展。在江淮地区，总理熊文灿招降了张献忠，小股农民军投诚者颇多。西北方面，总督洪承畴、陕西巡抚孙传庭穷追猛打李自成。在十一年底将李自成部荡平，李自成捡了一条性命逃进了深山。
但在重重加征之下，人民水深火热无法生存，崇祯十二年（1639）五月，张献忠不得不再叛于谷城，一时诸降明农民军皆云起响应，攻城掠地，天下又趋大乱。
崇祯万般无奈无将可派，只好对杨嗣昌寄与厚望，让他亲临前线督师，以遏制农民起义军的燎原之势。
杨嗣昌到达军中，在襄阳建起大本营，积蓄粮草兵仗，整顿士卒，誓师扑灭张献忠。杨的“剿贼”实际上是“赶贼”。他想把张献忠赶到四川去，然后封闭四川加以围攻，因此他督军跟在张献忠屁股后面鼓噪，却不积极进攻。四川的军队又被杨嗣昌调了出来，张献忠乘虚入川，连下重庆等几十个州县，由检急令嗣昌跟踪剿灭。待嗣昌赶到四川，张献忠却虚晃一枪返头又折回湖广，直奔襄阳。就在这个时候，李自成在陕西复起，率领18骑出现在河南，饥民从者如流，旬日众至1O万。崇祯十四年（1641）正月李自成打下洛阳，杀由检亲叔福王，其子由赵逃往江淮。朱由检刚得到洛阳失陷之报，张献忠又已攻下襄阳，活捉了襄王。张献忠端起一杯酒对襄王说：“请亲王痛快地喝下这杯酒。我要借殿下的人头杀掉杨嗣昌。”遂杀襄王，一个月中间连失两个亲藩。洛阳福王聚敛金银无数，襄阳杨嗣昌积蓄的军马兵仗又全被农民军缴获。时谓“洛阳国帑，襄阳军资”全归了张李。杨嗣昌知道自己的死期就要到了，由检不会饶过他，与其被诛于西市，不如自裁，遂在军中服毒自尽。崇祯十四年（1641）九月，明原兵部尚书、陕西总督付宗龙在与李自成起义军作战中又兵败被杀于顶城，明军精锐人马损失净尽，河南的州县也几乎全部被农民军攻占。到崇祯十五年（1642）二月，继任的陕督汪乔年也被李自成打败杀死。这时张献忠起义军攻占了湖广四川绝大部分地区。在辽东方面，洪承畴13万大军在朝廷一味催战下又陷入清军重围，到崇祯十六年（1643）二月，坚持一年的明军全军覆灭，明王朝山海关外军事要地尽失，清军又将兵锋指向关内。
大厦将倾。崇祯十六年（1643）春，李自成在襄阳建立了他的政权，准备加紧夺取全国政权。同年，张献忠在武昌建立了大西政权。接着挥师挺进四川，崇祯十六年九月，潼关之战，孙传庭兵败身死，由检手中最后一支生力军也丢掉了。李自成又乘胜夺取西安，建立大顺国，据有了明王朝的半壁江山。
崇祯十七年（1644）正月初一，李自成誓师伐明，亲率4O万大军渡河东征，直扑北京。面对天下的四分五裂、李自成的猛烈进攻，朱由检已经无能为力了。
回天无术上吊煤山
严重的内忧外患把朱由检搞的焦头烂额，精疲力竭。眼看着满朝文武结党营私，全不以帝国的命运为重，他非常苦闷。自崇祯十五年后，宫中人等都感到朱由检的性格越来越多疑乖僻、暴躁、易怒，常常表现出不可控制的神经质，他快要支持不住了。皇冠给别人带来的是权势、荣誉、享乐，而给他带来的却是痛苦和劳碌。
朱由检自奉节俭，由于国家财政困难，他多次减少皇室的开支。皇帝和后妃的衣服本来是穿一次就要换，后宫库内堆积如山的箱子里盛的就是历代帝后的衣物。由检觉得这样太浪费，他自己带头穿经过浆洗的旧衣。周皇后有时还亲自动手洗衣。为他讲课的大臣曾看到过他衬衣袖口磨烂，吊着线头。宫中旧有的金银器皿皆摒而不用，也不再制造新的，到最后，许多金银制品都拿到银作局化掉充饷了。由检当政17年，宫中没有进行过任何营建，节省了大量经费。他有时晚上看奏章到深夜，肚子饿了就让太监拿几个零钱去买点宵夜。宫中原有的大批宫女，由检亦大批遣出宫去。
由检的勤政超过任何帝王，工作起来不分昼夜。平时，白天在文华殿批阅章奏，接见群臣，晚上在乾清宫看章奏，军情紧急时他连续几昼夜不休息。
由检没有特殊的嗜好，吃穿用住，概不讲究，狗马声色统不沾身。他登基之后，有天晚上他在文华殿批奏章，忽然间到一股特殊的香味，随之觉得血液沸腾，阳兴思春。他觉得奇怪，仔细搜索殿内，最后发现一个小太监坐在大殿角落里，香味是从他手中的那柱香中发出的。经过盘问，才知道这是宫中旧规，那香是特殊秘方配制的。由检感叹父兄皆为此香所误，立斥内侍毁掉秘方，再也不许制造使用。由检的嫔妃很少，这与历代君王夺天下女儿以自奉的情况比较起来，堪称天壤之别。
崇祯十七年（1644）正月初一，京城大风，黄雾满天、黑气沉沉，凤阳祖陵又发生了地震，京师人心惶惶，人们都预感到明帝国的末日来到了，朝中有的官僚大多为自己谋求后路了。
正月初十，李自成逼近京师的消息传到了京城。由检手拿奏疏，浑身颤抖，痛哭流涕地说：“朕非亡国之君，事事皆亡国之象。祖宗天下一旦失之，何面目见祖宗于地下。朕愿督师亲决一战，身死沙场无恨，但死不瞑目耳！”听到由检要亲自出马，陈演等大学士一个个报名请替，李建泰尤其迫切。李家住山西曲江，为地方巨富，他表示愿出私财饷军，在山西建立武装，抵挡李自成的进攻。朱由检大喜，当即决定李建泰以督师辅臣身份“代朕亲征”。
正月二十六日，朱由检行隆重的遣将礼，然后在正阳门城楼上摆上宴席为李建泰饯行，朱由检亲自用金杯赐李三杯酒，过后又拿出自己亲笔书写的《钦赐督辅手敕》交给李建泰在敕书里授给李建泰莫大的权力。“行间一切调度赏罚俱不遥制。不论何人，只要不服从李建泰便可以尚方剑从事。”李建泰分外感激，誓以死报。饯别后，由检站在城楼上久久地望着李建泰远去的征尘，他把天下安危之重任寄托在李的身上。
可是，李建泰刚出京，轿框就折了，朝野上下皆以为不吉利。此时，北京城外好象已不是明朝的天下，李建泰处处受阻，沿途州县根本不供给吃用。到了河北定兴，县令竟不许进城。待闻知李自成的大顺军已过黄河时，李建泰慌忙撤退，带领几百名亲军进了保定，不久就在保定投降了大顺军。
李建泰出师山西后，北京城守怎么办？全国已无兵力可抽，只好抽调在宁远的总兵吴三桂了。正月十九日，由检指示调吴三桂回来。但吴三桂一撤，就等于将关外之地拱手送给了清王朝。大学士们深知弃地意味着什么，也深知由检思想易反复，爱诿过，故都不敢承担责任。首辅陈演以各种借口拖延，多次召集大臣会议，研究吴三桂内撤后，边民怎么安顿，费用怎么出？山海关怎么守？一直拖拉到二月底，吴三桂还没撤。三月初，大顺军已经拿下山西，逼近北京。朱由检急了，才下令封吴三桂为平西伯，率军入关拱卫京师，但这时已缓不济急了。随着京师日益危急，朱由检拼尽气力支撑局面。崇祯十七年（1644）二月，户部便告称国库已经空空，为了应付眼前的困难，朱由检下令勋戚、在京的百官捐助，以纳银3万两为等。朱由检派太监去找皇后的父亲周奎，让他拿12万，为百官做个榜样。周奎不答应，只拿1万，太监含泪而去。朱由检听了再次派人让他拿2万。周奎暗中向女儿求救，周后给了他5OOO两，他扣下2OOO两，只上交了3OOO两，可后来大顺军从他家抄出现银5O多万两。由检嫂子张皇后的父亲张国纪拿了2万，晋封侯爵。文武百官捐助的只不过几十两、几百两而已。由检看收不上来，便实行摊派，按衙门收。后来又按籍贯收，规定8OOO、4OOO、3OOO不等。太监也奉命捐助，平时最富的太监如王之心等人此时也大大哭穷。折腾了一个月，共得银2O余万两。而大顺军进城后从文武百官、太监贵族那儿共得到两千余万两金银。
在这种急转直下的形势下，朱由检两次发表《罪己诏》，向天向臣下百姓表示承担一切罪责，下令停征一切加派，企图稳定民心，鼓舞士气，作困兽斗。但是，这时候的空言已经毫无意义。
三月十五日，大顺军进攻居庸关，守关的唐通和太监社之秩投降。三月十六日打下昌平，当天便有部队到达北京城下。
此时的北京城乱成了一锅粥。京军在城外溃败，城上守者有太监亦有官军，号令不一，兵部、五军都督府，还有太监各自为政，谁也管不了谁，没有个统一指挥。城上兵士吃不上，喝不上，士气低落。太监们回报由检，由检也没有办法。
三月十八日，李自成派投降的太监杜勋去与由检谈判，提出双方中分天下，由检拿出8OO万两白银犒军，双方罢兵言和。守城太监曹化淳、王德化将杜勋带上城来，杜勋对由检说明了来意。由检当时未表示意见。他根本不想投降，但又不想放弃这个拖延时间的机会，于是令亲信太监与杜谈判，希望拖到各地勤王兵到来解围。可是，李自成不想再等了。三月十八日晚上，农民军大举攻城，曹化淳打开城门迎降，李自成占领了外城。
由检听到外城陷落的消息，知道大势已去，他率领宫内一群太监在城内无目的的转了一圈，回到宫内，登上了煤山。看到外城烽火连天，由检长叹一声，潸然泪下。他默默地站了一会，便回宫去处理后事。
由检首先让人叫来了太子和永、定二王。看着16岁的太子和一个11岁，一个9岁的皇子，由检心里非常痛苦。他告诉他们，北京就要失陷，国破家亡了。你们要逃出去，将来有时机为我报仇。又令人拿来破旧的衣服给三个儿子穿上，由检说：“今天你们是太子和王子，明天就是普通百姓。出去后，见到老者叫伯伯，年青的叫先生。你们要学会保护自己，快快逃命吧。”由检说到这里哽咽了，三个孩子也哭作一团。由检挥手让太监分别将弟兄三个送到周、田二位皇亲家中，并随手写了一张诏谕，令百官“俱赴东宫行在”，让人送到内阁，这时内阁已经没有人了。
送走了三个皇子，由检让太监王承恩给他拿了酒来，他自斟自饮，不多时便醉了。他走出宫门，怅望黑压压的紫禁城，内心百感交集。17年的呕心沥血，17年的惨淡经营，如今毁于一旦，他只能以死向祖宗之灵赎罪，向万民赎罪了。他要壮烈地象英雄一样地死去，自己及家庭不能受到任何侮辱。由检令身边的太监向各宫传旨，皇后嫔妃速速自裁。少顷，由检来坤宁宫，周后哭得泪人一般，看到由检进来她止住哭声，二人泪眼相望，眼睁睁地看着爱妻自缢身亡，由检感到一阵晕眩，随即“哈哈”狂笑起来，提剑走出坤宁宫。
由检从坤宁宫到了袁妃的西宫，几个嫔妃都惊慌地躲在这里。由检看到袁妃已自缢，但从凳子上摔了下来，口中尚有呼吸。他抽出宝剑咬着牙向袁妃砍去，袁妃血流如注。由检似乎疯了，他挥动宝剑又连砍了几位嫔妃。然后直奔寿宁宫。
他的次女，16岁的长平公主住在寿宁宫，16岁，正是如花似玉的年龄，由检很喜欢她。去年，他就在贵族子弟中替她物色驸马的人选，初步选定了一位周姓贵族的公子，由于形势的突变，此事放了下来。此时，国将亡了，明天乱贼将要入宫，一个少女怎么逃命？由检不敢想象爱女的命运。他宁愿让她去死也不愿她落入贼手苟活。由检到寿宁宫时，长平公主已准备自缢。看到爹爹浑身血迹，手提宝剑，长平公主大叫一声“父皇”，就朝由检扑过来。由检心如刀搅，怕爱女扑进怀中后他再也举不起宝剑，便声嘶力竭地大喊一声：“你为什么要生在我家！”一剑砍去，长平公主顿时倒在血泊中。杀了长平公主，由检又去昭仁殿杀了三女昭仁公主。
干了这些后，他在宫中稍稍停留，便由太监王承恩架着出宫登上煤山。他跑掉了一只鞋子，沾有血迹的长袍也脱掉了，只穿着一件宽松的内袍。进了寿皇殿，他让王承恩在梁上搭上一根白绫，吩咐自己死后，王承恩可以逃命去。王承恩涕泪交流；表示要随皇上去死，由检心中稍觉宽慰。他最后望了一眼宫城，望了一眼远处农民军点起的熊熊篝火，心中产生了一种解脱感，自己将白绫套上了脖子。王承恩眼看着君主死后自己也吊死在他的对面。历经16帝276年的大明王朝终结。此时，正是1644年四月二十五日的黎明。
由检死后，与周后一起由清方用柳木棺成殓，寄于寺庙。多尔衮下令以礼安葬他，允许明朝遗老遗少哭临祭典。祭典完后，决定将由检夫妻殡入田妃的陵墓。开掘墓道，建立碑亭，估工价约3OOO两白银。清廷从十三陵陵租中拨给15OO两，其余由曹化淳等太监和明朝遗老遗少自筹。曹化淳为此多次上奏，多尔衮也数次责成有司速速完工。直拖到当年十一月二十九日，开掘墓道的工作方才开始。到了年底，才将墓道修好，打开了田妃陵墓。凑巧的是，安放棺木的陵床非常宽大，放三棺材没问题。于是由检与他的周后、田妃便安息于此了。
南明建立后，谥由检为烈皇帝，庙号思宗。清谥为“庄烈愍皇帝”，无庙号，陵曰“思陵”。