明太祖和历代封建帝王一样，三宫六院，妻妾成群。明太祖后宫的妃嫔究竟有多少，至今仍是个谜。《万历野获编》记载，为他殉葬的后宫妃嫔就多达四十六人，实际后宫的人数远比这要多。
帝王有多少妻妾不单是生活的需要和享受，也是权力的象征。皇后在后宫中等级最高，地位最尊。在她下面有皇贵妃、贵妃、妃子之别。妃子在洪武年间已经有了位号，即贤、淑、庄、敬、惠、顺、康、宁等，妃子以下设宫嫔。不过，洪武年间没有设宫嫔，九嫔之选是洪武以后的事了。
1368年，朱元璋初登帝位，立即封亢配夫人马氏为皇后，让她母仪天下，掌管六宫。在众多的妻妾中，马皇后对明太祖事业的发展贡献最大，也最得明太祖的信赖和尊重。
马皇后原为郭子兴的养女，二十一岁时嫁给朱元璋，从此他们便患难与共，成为朱元璋的贤内助。早年，郭子兴受人挑拨，经常猜忌怀疑朱元璋，全凭马夫人拿出自己的私房钱从中周旋。一次，朱元璋被郭子兴关了禁闭，是马夫人偷偷给他送炊饼。她怕朱元璋在军中吃不饱挨饿，时间长了便养成贮藏干粮和干肉的习惯。她宁可自己挨饿也得让朱元璋吃饱。更为可贵的是，马夫人识字达理，朱元璋行军作战的军令文书以及备忘录、札记等，均交给马夫人妥善保管。她都能整理有序，遇到朱元璋查询或使用时，无论何时何地，她都能立即取出，从不会耽误事的。横渡长江，又是马夫人率领全军将士的妻妾渡江的，陈友谅舟师主力攻应天，是马夫人散尽宫中的财物犒劳将士的，激励他们去前方厮杀。明王朝创建后，太祖在群臣面前称述马皇后贤德时说：“皇后与朕同是布衣出身，与朕同甘共苦，比起光武帝危难时冯异献的豆粥麦饭来，更是劳苦功高。她还多次对朕说：夫妇相保容易，君臣相处难。常请求朕赦免臣下过失，保全大臣，她是朕的得力助手。”明太祖把马皇后比作唐太宗时的长孙皇后。回宫后讲给马皇后听，马皇后说：陛下不忘与妾贫贱时的苦难日子，也愿陛下不要忘记与群臣共渡过的那些艰难岁月，妾哪里敢比长孙皇后呢？
马皇后做人富而不奢，贵而不骄。虽位居皇后，但仍保持节俭朴实的生活作风。她勤于后宫之事，以自己的表率作用，督理六宫妃嫔。皇后平日穿的是洗过多遍的旧衣服，她听说元世祖的皇后曾率领宫女收集旧弓弦洗净煮烂，织成粗绸缝制成衣的故事，于是马皇后也让后宫妃嫔仿此做法，将织成的粗绸，赐给孤寡老人，还用零碎的布头、粗丝线制成衣服，赐给诸王妃及公主们，让他们养成节俭的风气，使她们了解老百姓的疾苦，民间养蚕巢丝的艰辛。凡遇上荒年，她亲率后宫妃嫔们食素，还时常食用麦饭野羹。她常向太祖建议，多积蓄粮食，以备荒年赈灾。她对太祖说：“灾后救济，不如事先储备以防灾。”太祖认为有理，于是下令在全国各府州县设立预备仓，以备荒年。
马皇后统帅六宫，不骄不躁，治理整肃得法，一有时间就学习古训，命女史录其家法，申明大义。一次，她问女史范儒人：“汉唐以来，哪位皇后最贤德？哪一朝代的家法最严正？”范儒人回答说：“要数宋代”。于是马皇后就让人将宋代的家法和贤德的言行全都记录下来，并让人念给她听。
宫中有人对她说：“宋代过于仁厚。”马皇后说：“过于仁厚要比刻薄好。”当时，她还学习黄老思想，主张宽厚仁慈，清静无为。
徐达率军攻克元大都后，缴获了数以万计的珍宝，运到南京后献给明太祖，马皇后见到这些金光闪闪的宝物后，并不是兴奋异常。她说：“元朝有这么多珠宝，可他们却不能保住它们，我想，帝王还应有比这更贵重的宝贝吧！”太祖马上领悟道说：“朕知道你说的是以得贤为宝。”马皇后马上拜谢说：“正如陛下所说，妾与陛下出于贫贱，能有今天实属不易，常常怕奢侈带来浮华的骄纵，往往细小之事处理不当就可导致危亡。所以愿得贤德之人，与陛下共同治理天下，而不希望陛下仅仅得到这些珍宝玉器。”同时她又劝太祖，不要经常更改法令，使百姓感到困扰，难以为生，祸乱也就随之而起。明太祖认为她说的很有道理，于是命女史记录在册。
根据记载，有一年元宵节，明太祖微服到街上看灯谜，与民同乐。灯谜中大都是歌功颂德的内容，有颂扬“天子万年”的，也有歌颂“大明一统”的，明太祖看了非常高兴，但突然见一灯上写着“好肩并肩，乘艘，荡舟去，忽然少一人，却向月边住。”其谜底是“好双大脚”，明太祖看后，认为这是有意讥讽马皇后的，于是勃然大怒，下令要严惩此人，若找不到此人，拿全城百姓问罪。马皇后知道后，规劝太祖说：“妾大脚，自己不嫌，陛下不嫌，别人纵然是嫌，有何相干呢？何况说了还不一定是嫌呢？说不定是羡慕妾因大脚而当上皇后呢！陛下不是曾说幸妾脚大，才能背着陛下逃生吗？我看脚大并无坏处，只要于己无害，别人说说，有什么值得动怒的呢？天子民之父母，子女们随便说说自己的父母，并没有伤害父母之心，做父母的就可以大怒不止，要置子女死地吗？”马皇后这一番话说得明太祖是心服口服，遂收回命令，使许多百姓免去一场祸患。同时也充分表现了马皇后宽厚仁慈的品质以及她以情动人的进谏艺术。
早在朱元璋南征北战的时候，马夫人常对朱元璋讲，成大业之人，应有容人之量，宽大为怀，不能滥施刑罚；还说，平定天下应当以不杀人为本，为此，她曾解救过明太祖的侄子朱文正，又为明太祖的外甥求过情，也为太子朱标的老师解过围，使其三人免于死或减轻刑罚。有一次，教诸王读书的李希颜因一个小王子不听教诲，气愤之下打了一下小王子的额头，小王子跑到太祖面前哭诉，太祖大怒，要治李希颜的罪。马皇后立即劝说：“哪有老师用圣人之道训导孩子，孩子的父亲却对老师生气的？”明太祖冷静下来一想，此话有理，不再生气，反而提升李希颜做了左春坊右赞善。
马皇后对明太祖多次地委婉劝解，使不少官员免于牢狱之苦或免遭杀戮。
还有一次，一宫女侍奉不周，遭明太祖责骂，马皇后怕太祖火气上来，严惩宫女，马上装作发脾气，下令把宫女交付宫正司处罚，明太祖见她一反常态，便问她为何这样？马皇后解释说：“帝王之家执法应当公正，不能高兴了就加赏，不高兴就加刑，我担心陛下在盛怒时，会加重定罪，难免出现偏差，把她交给宫正司处罚，不会出现偏差，陛下在朝廷上判刑不也交给三法司办理吗？”明太祖听了马皇后的这一番话，气反而消了，自然也就不会惩罚了。又有一次，太祖下令叫判了死罪的囚徒去修筑都城用以赎罪。马皇后再一次规劝太祖说：用服役赎罪，免其一死，这是陛下的大恩大德，但这些囚犯在监狱里关了那么长的时间，又受过重刑，身体都很软弱，再叫他们去做苦役，难免还是一死，虽说给了他们一条生路，大多还是要死。明太祖采纳了她的建议，下令将他们释放。
有一关兴人，名叫沈万三，是江南首富，他家财万贯。
据说他拥有一个聚宝盆，总之他财大气粗，修建都城时，其中三分之一的都城是他出资修建的，这还不算，他又请求出钱犒劳朱元璋的军队。太祖讲：“平民百姓犒劳天子的军队，一定是乱民，应当杀掉。”马皇后又委婉劝谏说：“妾听说刑法是用来对付违法现象的，不是用来杀不祥的，百姓富比君王，自有不祥之处，上天将惩罚他，不必陛下烦心。”最后，明太祖将沈万三流放云南，把他的聚宝盆也埋在了城门之下，故此城门得名聚宝门。
马皇后人品高尚，她对后宫的妃嫔宫人非常仁慈厚道，妃嫔中凡得宠生子的，马皇后都能厚待她们，从不给她们出难题。她掌管的后宫，尊卑秩序井然有序，没有那些你争我斗，争风吃醋等烦人的事，后宫妃嫔全都非常尊崇她，明太祖对马皇后治理后宫有方大加赞赏。
早在1368年（洪武元年）三月，太祖就命人修《女诫》以古代贤德妇女和后妃的言行，教育后宫妃嫔及宫人，并规定后宫不得干政。1372年（洪武五年），太祖又命工部制造红牌，上面刻有告谕后妃的条文，并将此置于宫中。
明太祖对马皇后始终感情深厚，两人相濡以沫，这在历代封建帝王中是少见的；为了马皇后，明太祖想方设法派人查找她的族人，真心实意地想授给马皇后亲戚们官做。马皇后深明大义，婉言拒绝。她对明太祖说：“如果皇上要对妾的家族施恩，就请给他们一些赏赐就是了。”太祖对马皇后的言行、品德更加敬佩。
1382年八月，马皇后病重，在马皇后有病期间，明太祖寝食不安，为她召集名医，群臣也请求祈祷山川，想尽一切办法为她寻名医治病。马皇后是个非常仁慈宽厚的人，她非常诚恳地对太祖讲：“人的生死，是由命运决定的，祈祷祭神有什么用处呢？而且医生只能治病，不能治命，已经是得了死症的人，一旦医治无效，皇上必然要怪罪医生，这倒是加重了妾身的罪。”为此，马皇后重病期间，不服药，生怕连累那些医生，临终前，她还没忘叮嘱太祖：“愿陛下求贤纳谏，始终如一，使子孙贤德，臣民得以安居乐业。”明太祖一一点头，失声痛哭。八月初十，马皇后与世长辞，终年五十一岁。九月，葬于南京孝陵，谥为孝慈高皇后。
马皇后以一代开国帝王之皇后，以其品德之高尚，见解之宏远，举止之超群，实为历代帝王皇后之典范，中华巾帼之英雄。
马皇后与明太祖风雨同舟几十载，两人情深意笃。她的谢世，使明太祖悲痛欲绝，他失去了一面镜子，一位贤内助，失去了一位生活上体贴人微，事业上最可信赖的人，一个不可多得的好妻子。明太祖为她大做佛事，大办丧事，但仍不能寄托他的哀思。最后决心以不立皇后来表达对她的怀念，在明太祖的心目中，没有人能取代她。
马皇后去世后，后宫的妃嫔中有名的还有：成穆贵妃孙氏、昭敬充妃胡氏、淑妃李氏、安妃郑氏、庄靖安荣惠妃崔氏、硕妃、定妃达氏、宁妃郭氏、惠妃郭氏、顺妃胡氏、贤妃李氏、惠妃刘氏、丽妃葛氏，以及郜氏、韩氏、余氏、杨氏、周氏、赵氏。洪武年间只有一个贵妃，即孙贵妃，她是河南陈州人，父亲叫孙和卿，元朝时在常州为官，元末兵乱，父母先后去世，她随哥哥孙蕃跑到扬州。青军攻陷扬州后，她哥也死了，她被青军元帅马世熊收为义女。明太祖兵克扬州，听说她很有姿色。马世熊将她献给朱元璋为妾。她知书达礼，又聪慧漂亮，很得太祖宠爱。连马皇后都非常喜欢她；朱元璋称帝后，册封她为贵妃，位居众妃子之上。她协助马皇后掌管六宫。根据记载，马皇后非常仁慈，而孙贵妃执法严明，两人相济互补，使后宫秩序井然有序。她失散多年的大哥孙瑛找到了，明太祖授他为行省参政，但是非常不幸，她在1374年病死，年仅三十二岁，只生四个女儿，明太祖念她无子，命周王朱？为她服孝三年，又让皇太子及诸王也穿上孝服，随后，明太祖命儒士作《孝慈录》，规定凡庶子必须为生母服孝三年，众子也要为庶母服孝一年，并形成制度。
在众妃子中，受明太祖宠爱的还有李淑妃，她是寿州（今安徽寿县）人，父亲叫李杰，洪武初年被授予广武卫指挥，北征时战死沙场。在1384年（洪武十七年），被册封为淑妃。曾一度掌六宫之事。因为她的原因，明太祖封她的两个哥哥均为金吾指挥，与锦衣卫共掌诏狱。但红颜命薄，不久病故。
李淑妃死后，就属郭宁妃了。宁妃是濠州郭山甫之女，据说郭山甫善于相面。他曾为他的两个儿子郭兴、郭英相过面，说二人有富贵相，将来必被封侯。渡江前的朱元璋曾路过他家，被郭山甫看见，他一见朱元璋就大吃一惊，说他其貌贵不可言，忙叫夫人设宴款待朱元璋，并对郭兴、郭英讲：“我以前给你们看相，说你们都将要封侯，而能给你们封侯的，就是他。”于是急忙为他们哥俩收拾行装，让他两个儿子跟太祖渡江打天下，同时将女儿给朱元璋做了妾。称帝后，太祖册封她为郭宁妃，在李淑妃死后，她也曾一度掌后宫之事，为此，郭山甫也被赐国公，郭兴、郭英也因功封侯，郭兴被封为巩昌侯；郭英被封为武定侯。郭宁妃生有一子，即鲁王朱檀。
在众妃中还有一个姓郭的妃子，即郭惠妃，她是郭子兴小张夫人的女儿，从小和马皇后一起长大，后来小张夫人也把女儿嫁给了朱元璋，被册封为惠妃。她为太祖生了三个儿子，即蜀王朱椿、代王朱桂、谷王朱。另外还有两个公主，即永嘉公主和汝阳公主。
有一年轻守寡，长得如花似玉的胡姓女人，父亲叫胡泉，朱元璋很想得到她，但她的母亲不愿意，后来朱元璋发迹了，渡江占领应天后，听说他在淮安，仍未嫁人，于是朱元璋写信给赵君用，请他出面撮合。不久赵君用将胡氏送到应天，使朱元璋如愿以偿。她非常得宠。其父胡泉被授为定元卫指挥。太祖册封她为充妃。她生有一子，即楚王朱桢。
后来，因被太祖怀疑坠胎，被杀，并弃尸城外。史载楚王来朝，哭着向太祖索要尸体，只得到其母一条练带，回封国后以带下葬。过了一段时间，太祖觉得此事处理得有些过分，为表示遗憾，特追封胡充妃为昭敬皇妃。在后宫众妃子中被明太祖杀死的还有湘王朱柏的母亲胡顺妃，鲁王的母亲郭宁妃，唐王的母亲李贤妃，伊王的母亲葛丽妃。
洪武晚年，有李贤妃年轻貌美，是明太祖晚年最受宠的一个妃子。根据记载，他侍侯明太祖有礼数，办事干练，工于心计，做事有板有眼，明太祖曾把她比作汉成帝时那个能干的班婕妤，她的两个哥也升为亲军金吾卫指挥，与锦衣卫指挥共掌诏狱。据说太祖一度曾想将燕王朱椋给她，希望她能暗助朱棣成为皇位的继承人，但被李贤妃婉言拒绝。
1398年，明太祖驾崩前一个月左右，他预感自己病情危重，恐怕是活不长了，为了朱氏一统天下，他要除掉李贤妃，怕她在自己死后，会步吕后武则天后坐，夺权乱政，明太祖命人先将她的两个哥哥召进宫来，在便殿赐宴，随后又对李贤妃说：你去见见两个哥哥，尽尽骨肉同胞的情分，李贤妃立即领悟了皇上的意思，她万没有想到自己会落得如此下场，于是跪拜在地，哭着说：妾知道了，死就死吧，何必见兄长。回宫后立即自尽身亡。明太祖也大哭一场。又对她的两个哥哥说：“朕不是不知道你们妹妹的贤明，只是考虑到日后会有武后之祸，才不得已抑制自己的感情这样做，不要认为朕薄情少德。”不久，明太祖驾崩，便用李贤妃殉葬。
在后宫妃子中，有一个美人，叫玄妙，是宝庆公主的母亲。明太祖病重时，她领着四岁的女儿来到病榻前，跪下叩头请死，明太祖见四岁女儿太可怜，动了恻隐之心，留下张美人抚养宝庆公主，才免于殉葬。
“伴君如伴虎”，先前早死的不算，仅为明太祖殉葬的后宫妃子就多达四十六人，明太祖开创了明王朝，也开了明代残忍的殉葬制度的先河。