在项目融资模式确定以后，如何确定项目的资金结构就成为项目融资结构整体设计工作的下一个关键环节。一般来讲，项目融资的资金结构由两大部分组成：股本资金和债务资金。二者的比例就形成了一个项目的资本结构。虽然这两个部分的资金在一个项目中的构成以及相互之间的比例关系在很大程度上受制于项目的投资结构、融资模式和项目的信用保证结构，但资金结构的安排和资金来源的选择在项目融资中起到了特殊的重要作用。对于项目融资者来说，灵活巧妙地安排项目的资金构成比例，选择适当的资金形式，既可以减少项目投资者自有资金的直接投入，又能够提高项目的综合经济效益。
在项目资金结构的确定过程中，主要应考虑债务资金和股本资金的比例关系，项目资金的合理使用结构以及税务安排对融资成本的影响等三个因素对项目资金结构的影响，多方权衡后合理确定。
一、债务资金和股本资金的比例关系
融资项目的资金安排应尽可能地降低项目的资金成本，这是确定项目资金结构的基本出发点，但其应建立在举债适宜且又不伤害项目的经济强度的前提下。对于具体项目而言，在考虑到公司所得税的基础上，债务资金成本应比股本资金成本低得多，贷款利息的税前支付构成了对这一结论的支持。但这并不意味着一个项目的资金构成可以完全是债务资金。理论上讲，如果一个项目使用的资金全部是债务资金，它的资金成本应该是最低的，但另一方面，项目的财务状况和抗风险能力则会由于承受如此高的负债率而变得相对脆弱起来；相反，如果一个项目使用的资金全部是股本资金，那么项目将会有一个非常稳固的财务基础，而且项目的抗风险能力也会由于减少了资金成本而得以加强，但这却大大提高了资金使用的机会成本，从而使综合资金成本变得十分昂贵。因此，对于绝大多数的项目，资金安排中实际的资金构成和比例必须在以上两个极端中间合理选择。项目融资中的资金安排没有一个绝对的债务股本资金比率作为标准以供参照，确定一个项目债务资金与股本资金比例的主要依据是该项目的经济强度，而且这个比例也会随着部门、投资者状况、融资模式等因素的不同相应变化，并在一定程度上反映出安排资金结构时借贷双方在谈判中的地位、金融市场上资金供求关系和竞争状况以及贷款银行承受风险的能力等。
项目融资方式的重要特点之一是可以增加项目的债务承受能力。在项目融资过程中，贷款银行所面对的只是一个相对简单的独立项目，贷款确定时需要通过项目的全面风险分析，落实项目的最小现金流量水平和债务承受能力；通过对项目整体融资结构，包括资金结构的综合设计，来减少和排除风险因素和不确定性因素，并对潜在的风险建立起较为清醒的认识。虽然采用项目融资方式可以获得较高的债务资金比例，但项目的投资永远不可能完全通过贷款等债务资金途径解决，投资者还必须投入一定比例的股本资金，他们所能做的只能是最大限度地利用项目的信用保证结构来支持项目的经济强度，来搞好项目的建设和经营，保证项目的成功。
二、项目资金的合理使用结构
全面考虑项目资金的合理使用结构，无论是对于投资者还是对于提供融资的贷款机构而言，都是非常重要的一个方面。确定项目资金的合理使用结构，须建立在债务资金与股本资金比例关系合理的基础之上，除此之外，还应考虑以下四个方面：
（一）资金需求准确的总量
制订项目的资金使用计划来确保项目资金的需求总量，是项目融资工作的基础。融资工作开始前，投资者必须周密的确定项目的资金使用计划并在资金使用计划中留有充分的余地。一个新建项目的资金计划至少包括以下三部分内容：
（1）项目资本投资，包括土地、基础设施、厂房、机器设备、工程设计和工程建设等费用；
（2）投资费用超支准备金，即不可预见费用，它一般占到项目总投资的10%～30%；
（3）项目流动资金，这是为了保证项目生产经营活动的顺利开展而安排的资金。
为满足项目不同阶段和不同用途的资金需求，项目总的资金计划以及项目建设期和试生产期的项目现金流量计划必须做细、做好。
（二）资金使用期限
投资者的股本资金是项目资金结构中使用期限最长的资金，它们多与项目的生命周期紧密相联。但项目资金结构中的债务资金大都是有固定期限的，这就要求投资者根据项目的现金流量特点、不同项目阶段的资金需求，采用不同的融资手段，安排不同期限的债务资金，以优化项目的债务结构，降低项目的债务风险，并使融资资金的使用期限与融资项目的需要及融资项目的效益紧密联系在一起。
（三）资金成本及其构成
项目的股本资金成本是相对意义上的成本概念，对投资者而言，它只是一种机会成本。在评价股本资金成本时，一方面要参照投资者获取该部分股本资金时的实际成本，以及当时当地的资本市场利率因素和在可供选择的投资机会之间的比较利益和比较成本等客观因素，另一方面还要参照投资者的长期发展战略以及一些潜在的相关投资利益。而项目的债务资金成本则是一种绝对成本，它主要是指项目贷款的利息成本。
利息成本与利率风险紧密相关，在项目债务资金融通过程中必须考虑利率风险的控制问题，应根据外部经济环境状况，采用固定利率、浮动利率或者两种利率相结合的形式和利率封顶、限底等手段，达到降低利率风险的目的。利率结构的选择既需要考虑项目现金流量的性质，也应考虑利率的发展变化趋势，投资者应在全面权衡的基础上合理安排利率结构。
（四）融资结构确定
适宜的融资结构是保证项目资金使用结构合理的必要前提。对于大多数融资项目而言，混合结构融资是其合理的选择。混合结构融资是指不同利率结构、不同贷款形式或者不同货币种类的债务资金的组合。混合结构融资如果安排得当，不同性质资金的结合可以起到降低项目融资成本、减少项目风险的作用，在一定程度上可促进资金使用结构趋于合理。
三、税务安排对融资成本的影响
目前，世界上许多国家大都实行从源课税原则，即不管纳税人的国籍属于哪个国家，也不管其居住在哪国，只要他的收入来源于某个国家，该国就有权对他在该国取得的收入课税。利息预提税就是其中的一例。这里所说的税务安排对融资成本的影响，主要就是指利息预提税对融资成本的影响。预提税是一个主权国家对外国资金的一种管理方式，预提税可以分为红利预提税和利息预提税两大类，其中以利息预提税应用最为广泛。利息预提税是对非本国居民在其司法管辖地获取的利息收入进行征税，它一般由借款人缴纳，其应付税款金额可以从向境外支付的利息总额中扣减，也可以在应付利息总额之上增加一个附加成本，具体采取哪种方式取决于借贷双方之间的安排。利息预提税率通常为贷款利息的10%～30%，对于以国际债务资金作为重要来源的项目融资，利息预提税无疑增加了项目的资金成本。作为贷款人，所关心的只是如何保证所获取的利息收入不受到或尽可能少地受到利息预提税的影响，或使利息预提税成本以不同的形式转嫁到借款人身上，并不关心投资者的成本高低。因此，在项目融资过程中，融资者在考虑项目的资金结构时应参照国际惯例，运用各种手段，如避免双重征税、债务资金公众化、境外融资转化成境内融资等，将该税种对融资成本的影响程度降到最小。