合资协议是项目投资结构中的根本性文件。在公司型合资结构中，这种文件通常称为股东协议，但是有些内容也可能被包括进公司章程。
信托基金结构的文件形式略微复杂，一般由三个文件构成：信托契约、管理协议和信托基金单位持有人协议。在合伙制结构中，这种文件称为合伙人协议。在契约型合资结构中，这种文件称为合资协议。除了合资协议外，根据项目的性质和融资安排，投资者之间可能还需要有其他一系列文件作为合资结构的法律基础。这些文件包括：项目管理协议、原材料能源供应协议、市场安排协议、技术转让协议、主要管理人员的聘用协议、项目建设合同、融资文件等。无论项目采用哪一种投资结构，有一些带有共性的关键性问题是所有的合资项目都会面对的，并且需要针对项目的法律结构、投资者的性质和战略目标、项目的生产管理和市场安排、项目的融资方式等一系列问题，通过投资者之间的谈判协商来加以解决。
一、合资项目的经营范围
一个合资结构的建立是为了开发一个特定的项目，这个项目需要在合资协议上中清楚地加以定义和说明。同时，在合资协议中投资者之间的法律经济关系也必须清楚地加以规定。特别是对于契约型合资结构，由于存在混淆契约型合资结构和合伙制结构性质的潜在不确定性因素，所以很重要的一点是要在合资协议中清楚地说明项目的性质，即每一个投资者独立的商业活动是怎样共同地存在于一个合资项目中，以及每一个投资者在项目中所承担的责任。
二、投资者在合资项目中的权益
合资协议中需要规定每个投资者在项目中的投资以及相应占有的比例。对于契约型合资结构，合资协议需要说明投资者在项目中所拥有的资产是全部资产的一个不可分割的部分，投资者同意将项目资产交给合资结构使用，但是保留独立的法律所有权。每一个投资者将有权利从合资结构中获得属于自己投资比例的产品。对于公司型合资结构，投资者持有合资项目公司的股份，项目资产的拥有形式比较简单。然而，对于项目产品的分配与销售、融资担保等关键性问题也需要作出明确的规定。此外，为了安排项目融资，通常也需要投资者提供一定的项目担保和一定的项目资金保证。
三、项目的管理和控制
合资协议中需要建立相应的项目管理机制，其中包括重大问题的决策和日常的生产管理两个方面。在公司型合资结构中，重大问题的决策权在董事会；在非公司型合资结构中，这个决策权在项目的管理委员会。合资协议需要规定会议召开的时间、频率、地点，会议主席的选举，会议代表（或董事）的任命及取消，会议代表（或董事）的投票权以及重大问题的决策程序等主要内容。
关于项目重大问题的决策程序，习惯的做法是将决策问题按照性质的重要性分类。最重要的问题，如修改合资协议，改变或增加项目的经营范围，出售项目资产，停产，年度资本开支和经营预算等要求100%投资者的同意；相对重要的问题，如一定金额以上的费用支出，重大项目合同等要求绝大多数（2/3或3/4）投资者的同意；一般性问题要求多数投资者同意。
四、项目预算的审批程序
在合资协议中需要对预算审批制定严格的程序。项目预算一般由项目经理负责制定，在一个财政年度开始之前，提交项目管理委员会（或合资公司董事会）审批。预算审批程序在合资结构中一般分为三个层次两个阶段。首先，根据项目支出的性质将预算资金分为重大资本支出、日常性资本支出和生产费用支出三个层次。其次，在第一阶段，管理委员会审批项目年度预算，并授权项目经理在预算批准范围内负责日常性资本支出和生产费用支出。但是，在项目进行过程中，对于超出一定金额的重大资本支出，尽管管理委员会在审定项目预算时已原则批准，项目经理在实际支出之前也需要再次报管理委员会审批，即第二阶段审批以确保项目的资金使用完全符合投资者的利益。
五、违约行为的处理方法条款
违约行为是指合资结构中的某一个投资者未能履行合资协议所规定的义务。对于非公司型合资结构或合伙制结构，最常见的违约行为是投资者不承担和无法承担继续支付项目的资本支出或生产费用的责任。对于公司型合资结构或信托基金结构，投资者的违约行为比较复杂，主要取决于投资者在项目中所承担的义务。一个投资者的违约行为有可能立即造成非违约方甚至整个项目的重大损失，因此在合资协议中需要对违约事件的处理作出严格的规定，并对违约行为的补救措施提出多种可选择的方法，为非违约方处理违约事件提供较大的选择余地和利益好处。
六、融资安排条款
融资安排是合资结构中最为复杂的问题之一。对于非公司型合资结构，如果一个投资者以其相应的项目资产和权益作为抵押安排融资，违约行为的出现就将造成贷款银行与非违约方之间的利益冲突，处理两者之间的关系就成为一个相当复杂的法律问题。因此，在一些合资结构中，资金雄厚的投资者可能会要求任何一方均不能用项目资产作为借款抵押。至少在很多情况下，合资结构会要求项目投资者之间的交叉担保的优先序列要高于其中任何一个投资者以项目资产和权益对贷款银行所作出的抵押，但有时这种序列的存在可能会影响融资活动的安排。因此，在建立契约型合资结构时，如果其中一个或几个投资者准备利用其项目资产与权益安排融资，这些问题都必须在起草合资协议时认真加以考虑。
对于公司型合资结构，如果一个投资者以相应的项目公司股权及其他权益作为抵押安排融资也会遇到类似的问题。有些合资协议规定，投资者不能以公司股权作为融资抵押，或者融资安排必须经过其他投资者的批准。