明天启四年（1624），荷兰殖民者盘踞台湾。郑成功北伐失败后，为了坚持长期抗清，决定收复台湾，并以此作为反清根据地。顺治十八年（1661）三月，郑成功率军进击荷兰殖民者。康熙元年（1662）正月，郑成功指挥军队从海陆两方面向荷兰侵略者发动了进攻。面对中国军队的强大攻势，荷军统帅终于在投降书上签字。至此，被荷兰侵略者非法占据38年之久的台湾终于回归祖国。台湾收复后，郑成功采取一系列政治、经济和文化措施经营台湾，促进了台湾的开发建设。郑成功死后，被人讥为“顽童”的郑经即位。
康熙帝开始欲以和平方式解决台湾问题，曾两次派人招降。但郑经请同朝鲜一样，“不剃发、不易衣”，希望维持独立状态，被康熙帝断然拒绝。
“三藩之乱”时，郑经参与了叛乱。康熙二十年（1681）正月，郑经去世，其子争立王位，国轩派战舰包围。施琅督率大船指挥突围，拼死力战，才转危为安。
针对不利形势，施琅迅速调整战略，兵分三路，两翼配合，中路主攻。以50艘出牛心湾；50艘出鸡笼屿为奇兵牵制；施琅亲自率56艘，分8队，攻其中坚，以80艘为后队。随局面混乱，新继位的郑克无力控制局面。康熙帝趁机用兵，下令以施琅为福建水师提督，统舟师进取澎湖、台湾。康熙二十二年（1683），施琅率水师由福建铜山（今山东）出发，进攻澎湖。当时澎湖守将刘国轩严阵以待，各港口均派重兵把守，又在沿岸环20余里筑垒设炮，火力凶猛，清军舰船无法靠岸。这时又逢飓风突起，清军前锋颠荡飘散，被刘后发起攻击，激战竟日，焚敌舰190多艘。刘国轩力不能敌，退守台湾。清军占领澎湖后，乘胜追击，无奈搁浅鹿耳门，泊海中20日候潮竟不至。一日忽起大雾，潮高丈余，清军舟师乘势进攻。郑克哀叹：“先王得台湾，鹿耳门涨，今复然，天也！”七月，遂遣使议降，归顺大清。至此台湾平定，与大陆复归统一。
康熙二十三年（1684），清政府在台湾设1府（台湾府）3县（台湾、凤山、诸罗），隶属福建省管辖；并在台湾设巡道1员，总兵官1员，副将2员，兵8000；在澎湖设副将1员，兵2000.从此，在清朝中央政府的统一治理下，台湾的开发也进入了新的历史时期。