早在入关之前，清政府就与西藏有了联系。清朝初期对青藏高原蒙古和硕特部固始汗和达赖喇嘛封给名号，维持他们的统治地位。顺治元年（1644），清朝派使者入藏，邀请五世达赖。顺治九年（1652）正月，五世达赖喇嘛应召到北京觐见顺治帝。为迎接五世达赖，顺治帝专门为他在安定门外建造了黄寺，由户部拨9万两白银作为供养。次年清政府册封五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，册封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”。自此，达赖喇嘛的封号和其在西藏的政教地位遂正式被确定下来，确定了清朝对西藏地方的主权。
固始汗和五世达赖喇嘛去世后，在拉藏汗和摄政第巴桑结嘉措联合执政时期，围绕所谓真假六世达赖喇嘛（即第巴所立仓央嘉措和拉藏汗所立意希嘉措）之争，西藏统治集团内部出现了严重的矛盾分歧，政局动荡不安。蒙古准噶尔部乘机攻入西藏。康熙五十九年（1720），清政府驱逐了准噶尔部势力后，次年春对西藏政权进行了改革：彻底废除了蒙古和硕特部汗王和格鲁派的第巴共同管理西藏政务的制度，任命抗击准军有功的康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐3人为噶伦（意为“发布命令的官员”）共同管理西藏行政。另外，清政府还在拉萨、昌都、里塘等地驻兵，保卫地方。
雍正元年（1723）清廷又增加颇罗鼐和代表黄教寺院集团的扎尔鼐为噶伦，会同以前任命的3名噶伦管理藏务。但是5名噶伦之间早有矛盾，康济鼐、颇罗鼐同属后藏贵族，又曾联合抗击准军，因而结成一派；阿尔布巴、隆布鼐加上代表黄教势力的扎尔鼐，结成另一派。而七世达赖之父索南达杰，也与阿尔布巴一派串通，两派势成水火，斗争激烈。
雍正五年（1727）初，清廷派出僧格、马腊两人赴藏查看，阿尔布巴先发制人，于六月间杀死康济鼐，又发兵攻打颇罗鼐。颇罗鼐一面组织抵抗，一面派人奏报雍正帝。次年，颇罗鼐攻入拉萨，擒获阿尔布巴等人，交由僧格、马腊处置。颇罗鼐精明能干，对朝廷忠心，雍正帝遂令他一人总理西藏事务。次年，清廷正式在西藏设立了“驻藏办事衙门大臣”，大学士僧格、副都统马腊为正、副驻藏大臣，分驻前后藏，监督西藏地方行政。此后直到乾隆十二年（1747），西藏在颇罗鼐的主持下，社会稳定，生产发展。颇罗鼐也因此先后被晋封为贝子、贝勒、多罗贝勒、郡王。
乾隆十二年，颇罗鼐病逝，其子珠尔墨特承袭父爵后，野心显露，暗通准噶尔。乾隆十五年（1750），驻藏大臣傅清、拉布敦诱杀珠尔墨特，他们二人也被珠尔墨特部下所杀。事变发生后，七世达赖迅速擒获凶手，奏闻朝廷。乾隆帝随即派四川总督策楞、提督岳钟琪率军入藏处理善后事宜。总结西藏历次动乱教训，乾隆帝决定废除封王制度。乾隆十六年，清政府正式在西藏建立噶厦（西藏地方政府），设置4名噶伦，规定3俗1僧，共同处理政务。同时，清廷授权达赖掌政，遇有大事，噶伦须向达赖和驻藏大臣请示，自此西藏确立了“政教合一”的地方政权。
乾隆五十六年（1791）八月，尼泊尔的廓尔喀军入侵西藏。同年十一月，乾隆帝派福康安、海兰察率1.7万大军入藏驱逐廓尔喀军。次年五月，将廓尔喀军逐出西藏；七月攻入尼泊尔境内，廓尔喀王请降，九月，清军班师凯旋。乾隆五十八年（1793），清政府颁布了《钦定藏内善后章程二十九条》，由八世达赖在全藏公布，成为法典。《二十九条》的主要内容包括：明确规定驻藏大臣的地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，监督办理西藏事务（这是对驻藏大臣职责和地位的首次明确规定）。噶伦、代本等高级僧俗官员由达赖喇嘛和驻藏大臣会同选择，呈请中央政府任命；下级官员则由驻藏大臣与达赖喇嘛会同挑选。建立西藏地方的常备军，定额3000人，分驻前、后藏，拉萨、日喀则各驻1000，江孜、定日各驻500，驻藏大臣负责管理和训练西藏常备军队。确定了著名的金瓶掣签制度，即每世达赖、班禅的转世灵童必须在驻藏大臣监督下，经由乾隆帝所赐的金瓶掣出，再报中央政府批准；其后坐床，也须由驻藏大臣“看视”，报告皇帝。西藏的一切涉外事务均由驻藏大臣办理。西藏地方政府的收入统由驻藏大臣稽查。由驻藏大臣派员监督铸造银币。从此，驻藏大臣的政治权力更加巩固，达赖喇嘛和班禅额尔德尼平等的宗教地位和政治地位进一步确立，清朝治理西藏的制度更加完善。
经过对边疆地区100年之久的用兵，到乾隆时，形成了幅员辽阔的清帝国，实现了空前的巩固和统一。在这块辽阔的疆域内，生活着汉、满、蒙、回、藏、维吾尔、壮、苗、彝、布依、畲、纳西、侗、白、土家、黎等50多个民族，形成了统一的多民族国家，基本奠定了近代以来中国的民族格局。
最后的盛世繁华