书院之制，盛行于宋元，经过元末农民战争的冲击，前代留下的书院所剩无几。明初百年间书院衰颓，也与当时实行的文化政策有莫大的关系。明朝的建立者朱元璋虽不是读书人，但非常有见识，对教育很重视。天下初定，教育机构马上建立起来。在中央设有国学，在地方设有府、州、县儒学，统由朝廷派官管理，官学在社会上占据了主导地位。由于学校是走向科举、步入仕途的惟一门径，读书人便跑到学校里面去，书院因之衰落，出现了百年无人问津的现象。孝宗即曾指出：“本朝无书院之制。”
书院制度的复兴
明代书院的振兴，始于宪宗时期。这时，明朝由盛转衰的迹象已经明显，官学的弊端也显现出来，腐败日益严重。
官学弊，则书院兴。成化元年（1465），白鹿洞书院得以在旧址上重建房舍。成化五年（1469），岳麓书院也开始修复。其后又有象山书院开始重建。这些书院的复兴，进一步促使朝廷的文教政策产生由不准地方创办书院到默许地方办书院，进而明令地方出资创办书院的转变。
明朝书院的全盛期在正德年间之后。有人统计过，明代书院近有1600所，其中正德年之前所建约500所，正德后约1100所。书院的再次兴盛，与王阳明有很大的关系。他集文臣武将于一身，在镇压农民起义和宁王叛乱的过程中，认识到战争不能从根本上解决人的思想问题。他坚持“正人心，息邪说”，从革除朱熹学说的弊端做起，建立了自己独立的心学体系。他采用朱熹广立书院的方式传播自己学说，同时批判程朱。当时又有其他的学者开办了许多书院，例如湛若水，享寿甚高，每到一处即建立书院以纪念他的老师陈献章。湛若水的学生也有创立书院的活动。
书院的再度兴起对明代的教育、学术文化及朝廷的政治都产生了很大影响。明代书院种类较多，但大致可以分为会讲式书院和精艺式书院。
生机勃勃的会讲式书院
洪武二年（1369），太祖发布建学诏书以后，全国各地普建儒学。但随着科举制度的发展，学校的教育功能受到很大影响，暴露出许多弊病。王阳明曾经批评士人追求科举，不重视对治学根本的理解，不重视对身心的内省与修养。在这种情形之下，士人往往背离学校教育的宗旨，德业不修，学艺不讲。为了扭转学校教育只重时艺，忽视对士人伦理道德思想培养的偏颇，正德以后，在各地方官员的倡导主持下，陆续建立了一些书院，旨在讲求身心性命之学，以弥补科举制度对人心的不良影响。
会讲式书院注重校址选择，尽力建于风景秀美之处，如湖南醴陵的平山书院，即建于耸秀奇特比于峨嵋的平山之中，其地俯览大江，烟云杳蔼，鸣湍绝壑，古木参天。书院的构造格局也不像府、州、县儒学那样庄严呆板，而更注重创造学术文化气氛。书院内一般还建有藏书之楼。在收录学生上，有些书院只选择儒学生员入学，有些书院则没有特别的限制。在讲习内容上，注重讲求身心的自我体验，阐扬理学之教，富于哲学色彩。为了修补士人追求科举利禄而忽视道德涵养的弊端，在讲习内容上还以正本清心教育学生。在讲习方式上，多采取会讲之制，这是会讲制书院名称的由来。如江苏无锡的东林书院，仿照白鹿书院例规，每年两次大会讲，每月一次小会讲，每次会讲持续3天。这种讲学的形式也比较灵活，不一定限于讲师专讲，其教学方式有利于增长学生各方面的知识以及加强思辨能力。会讲式书院的建置，大多由官府出资筹措，它们虽大多以推究身心性命之学、传播理学思想为主旨，但并不排斥士人走科举入仕之路。王阳明和湛若水他们都不反对出仕为官，也不认为德业与举业是对立关系。基于这个原因，明代由提学官和地方官员选拔生员所建立的书院，在讲究德业的同时，也重视举业的培养，目的是培养出德才兼备的人材。会讲式书院在明代为数不少，在明代众多书院中占有重要地位，它注重讲学传道，促进了各地区的文化联系和交流。
会讲式书院的发展，也促进了学派的创立以及学术文化的活跃和繁荣，对明代儒学及士人死守经传的沉闷学风有所冲击。明代后期的东林等书院，更注重讲求实学，关心朝政和民生，赋予书院以政治色彩，在社会上产生了更大的影响。
补救时弊的精艺式书院
精艺式书院的出现与学校制度的松弛有直接关系，设置的目的是为了弥补地方儒学在教育上的不足之处，因此它的特点是入学者只限于府、州、县学中多年未能中举的生员。
精艺式书院多由地方守令筹建，并经常亲至督率。书院中订有严密的教学计划，对书院内生员有严格的管理制度。如湖南书院即要求生员鸡鸣即起，黎明时击鼓升堂，升堂后诸生分班对立，堂中置卯簿一本，由诸生画卯，然后分经随教官进学。为弥补地方儒学教学内容的单一和脱离实际，书院还加强了对诸生治事方面的培养，要求诸生要通晓天下大事。教官平时出策试题，要选择大政、大事命题，诸生中如有通达事体、深怀韬略，可授以大用者，教官要具名开报提学道，提学官为之举荐于朝廷选用。精艺式书院的办学目的主要是督促生员读经备考，以取得科名。但有感于府、州、县儒学只重时艺，不重品德培养的缺陷，书院之内也注重对诸生身心品德方面的教育，力图挽救士子沉溺于科举，追求功名利禄而缺乏政治理想和良好品德的颓风。《湖南书院训规》中即要求生员入院之后要立定为圣学之志，弃去以科目为志的外念，讲求“去放心”。这种书院显然是受到明中叶以来会讲式书院讲求义理之学的影响，力图使举业、德业并重，以获得德才兼备的人才。为了给在学生员提供一个较好的学习和生活环境，这类书院的校址也同讲会式书院一样，大都选择在风景优美之处，院内的居住、学习条件也都比较好。
精艺式书院与会讲式书院相互补充，相得益彰，共同推动着明代教育文化事业的发展。
心学的讲坛
明代前期，书院大多被毁，加上官学兴盛，社会稳定，书院因此凋弊。明初，程朱理学占统治地位，涌现出了像方孝孺、吴与弼这样的大儒。得以幸存下来的书院为数不多，宣扬的也是程朱理学。官方学府更是拿理学当作范本，认为只有程朱理学才可以代圣贤言。
说到明代书院学术由朱学到陆王心学的过渡，不得不提吴与弼。他在故乡梅溪山中创建书院，并且培养了两个著名的学生陈献章和娄谅。湛若水师承陈献章，王阳明则是娄谅的弟子。湛、王交情深厚，两人曾于正德元年（1506）订立盟约，终生以倡导圣学为旨，公然打出旗号讨伐理学。
湛若水的老师陈献章只是书院学术由程朱理学归于陆王心学的一个过渡人物。陈献章去世后，湛若水不断创办书院，纪念恩师，宣扬心学。湛、王二人相继在全国各地建立了不少书院，传播他们的学说，如安徽宣城有志学书院、广东韶州有明经书院、江苏溧阳有嘉义书院、浙江有阳明书院等。两人都是大官僚，号召力不同一般。嘉靖三年（1524），王守仁在浙江辟稽山书院，“聚八邑彦士，身率讲习以督之”，四方学者慕名而来，“环坐而听者三百余人”至学舍不能容纳。经过他们持久的努力，程朱理学声势渐微。
王阳明与湛若水在为学方法上有所不同，两人分立门户。王阳明用“致良知”作为格物的基本法则，与湛若水以“天理”去解释格物致知有很大矛盾。湛若水曾说王阳明的格物之法“不敢信者有四”，而夸赞自己的格物之法“可采者有五”。不过两人学问旨向虽然不同，但私交仍然非常要好，思想方法上能互采所长补己之短，不因门户之见而影响相互关系，使得他们的学问相得益彰。他们的弟子继承老师的宽厚人格，不守门户之见，互有借鉴，这在中国教育史上被传为佳话。王、湛的学说在当时就屡受攻击，特别是湛若水，政敌称他的学说是伪学，并极力排挤他，最终湛若水不得不辞官归里，郁郁而终。
王阳明别具一格的心学体系，不断传承发展，取代朱学，一直风靡到明末，左右学界长达百年之久。王阳明的学生有成就的很多，王阳明在浙江绍兴稽山书院讲学时，吸引了四方的学者，如杨仕鸣等人来自广东、王艮等人来自直隶、刘邦采等人来自安徽。这些学生又在各地纷纷设立书院讲学，推动了学术文化的传播，《明儒学案》把王阳明的门生分为浙中、南中、楚中、北方、粤闽、泰州7个学派，其中著名的如王艮、李贽都是王学后人。
明代书院虽然兴盛，但终明一代书院四次被毁。前两次发生在嘉靖年间，被毁书院不多。当时王阳明已辞世多年，这两次书院被毁都是因为湛若水的政敌攻诘他倡导邪说、私创书院而引起的。第三次是万历年间张居正执政时期。张居正生平最讨厌聚众讲学的浮夸之风，希望合书院和学校为一，一统天下的教育，因此政策十分严厉，拆毁书院甚多。第四次在天启五年（1625），由东林党祸而起，书院毁坏最为严重。魏忠贤打击东林党人，最先被毁的是与东林党人过往甚密的由邹元标、冯从吾创办于北京的首善书院，随后波及到全国。
书院在明代前期有100余年不曾创办，后期的100多年中又有数次摧残记录。所以终明一代，书院教育没有达到应有的高度。