倭寇在明初的严密防范之下基本得以控制。到了嘉靖年间，皇帝崇信道教，不理朝政，首辅严嵩专权，政治腐败，海防松弛，倭寇开始猖獗横行，大肆扰乱沿海秩序。这时，日本进入战国时代，局势不稳，各诸侯对商业的要求已是勘合贸易远不能满足的，于是组织武装集团到中国沿海任意抢掠。中国沿海的海商也常常勾结倭寇谋取私利，形成一些亦商亦盗的海盗集团。嘉靖时期的倭患由于有中国海商集团的加入，显得越发棘手。
嘉靖二年（1523），日本左、右京兆尹大夫分别遣使宗设、瑞佐和宋素卿至宁波。宋素卿事先贿赂宁波市舶使，得以先办入境手续，宗设不平，追击瑞佐、宋素卿二人，却波及明朝官兵及居民，都指挥刘锦战死海上，指挥袁琏被俘，而明军竟无力抵抗。世宗闻后大怒，罢市舶司，下令寸板不得下海，断绝了与日本的一切官方贸易。嘉靖二十六年（1547），倭患日盛，明朝命右副都御使朱纨为浙江巡抚，负责浙、闽海防。朱纨到任后，雷厉风行，擒杀海盗及奸商96人。但因触及当地官僚牟利的关节，竟被诬告擅杀良民，被迫服毒自杀。此后，倭寇在沿海如入无人之境。嘉靖三十二年（1553），南京兵部尚书张经奉命征讨，取得了王江泾大捷，而严嵩党羽赵文华的到来，使得这位抗倭英雄背上畏敌失机、糜饷殃民的罪名，被押回京城斩首。
直至戚继光和俞大猷两位抗倭名将的出现，倭患才得以彻底的平定。戚继光于嘉靖三十五年（1556）受命负责浙江御倭事宜。到任后，他在义乌当地招募了农民、矿夫3000人，演练一种专门对付倭寇的“鸳鸯阵”，长短兵器并用，战斗力极强，被称为“戚家军”，在抗倭战斗中连战连捷。随后，戚继光奉命调入闽抗倭，取胜后回浙。但是大批新倭又至福建，朝廷急调俞大猷任镇守福建总兵官，戚继光为副，福建倭患迅速平定。嘉靖四十三年（1564），时任广东总兵官的俞大猷先后击败广东沿海各地倭寇，东南沿海的抗倭斗争终于取得最终胜利。
日本对中国的威胁并未随着倭患的平定而结束，日本于16世纪末期结束战国时代实现统一后，野心勃勃的丰臣秀吉意欲先占朝鲜，后侵中国。万历二十年（1592），丰臣秀吉发兵朝鲜，朝鲜国王李逃到义州（今辽宁义县），派使臣向明朝求援。考虑到中朝两国唇齿相依的关系，神宗派遣宋应昌为经略、李如松为东征提督，在朝鲜军的配合之下，光复平壤，随后收复开城、王京（今首尔）以及汉江以南大片领土。但兵部尚书石星却主张议和，明朝撤兵而回，丰臣秀吉借机卷土重来。万历二十五年（1597），日本再次出兵朝鲜，明政府派兵部尚书邢为总督、都御使杨镐为经略、麻贵为提督，第二次赴朝抗日。此次明朝将领吸取了水师训练不足的教训，加紧招募江南水兵，增强对日作战能力。朝鲜将领李舜臣在第一次抗日战斗中，率领铁甲龟船屡立战功。第二次战争时，他与明朝将领邓之龙密切配合，击毁日船多艘，最后二人壮烈牺牲。万历二十六年（1598），丰臣秀吉死，日本军心动摇，中朝联军乘机反攻，日军大败，历时7年的侵朝战争最终结束。