明朝的皇权集中达到空前的水平，皇帝有至高无上的权力，直接操纵统治大权。在这种君主专制中央集权的体制下，系统而分工严格的政权机构威力强大，国家依靠它得以清除混乱，开疆拓域，维护国家领土和主权。然而，明朝高度集中的权力设置、严酷的刑法、恐怖的特务机构和权倾朝野的宦官，使得整个社会陷入僵化和无理由的顺从，人们的思想和行动都被牢牢地束缚起来。
太祖朱元璋在制度上为子孙后代做出的设计，超过了之前任何一代开国者，可谓用心良苦，其统治政策概括起来就是分权，以利互相牵制。在建立明朝之后，他设计了一整套利于中央和皇帝集权的统治结构。朱元璋为巩固朱明王朝的万世基业，既大力推行中央集权制度，加强权力机构的互相牵制，以便皇帝个人控制；又以分封制将地方权力分散到朱姓王子的手中，但施行这个措施的后果，是朱元璋始料不及的。
■分权：朱元璋的集权之道
朱元璋在中央统治机构的分权上做得很彻底，也很极端，颠覆了中国几千年的丞相制。他认为历史上太多的权臣擅权篡位，要从根本上予以杜绝。尽管一开始明朝就设置了左、右丞相以防一相专权，但是朱元璋仍不放心。洪武十三年（1380），朱元璋给左丞相胡惟庸加上威福自用、暗通倭寇、勾结北元、图谋不轨等罪名，将他处死；并废除中书省，不再设丞相，改由皇帝直接君临百官，将国家与政府首脑合而为一，从体制上保证君主在中央集权政治中的绝对权威。这也使朱元璋成为历史上最忙的皇帝，他每天要看200件奏疏，处理400件政事，每天早中晚3次上朝。在地方，明朝最初继承了元朝的行省制度，洪武九年（1376）朱元璋废除行中书省，把行省的权力一分为三，分设承宣布政使司管理钱粮民事，提刑按察使司掌司法，都指挥使司掌军权。三权分立，互不统属，大权归于中央。
军事上，他将开国之初的大都督府分为中、左、右、前、后五军都督府，以防止军权过度集中。各府分别掌管京师和全国各地的都指挥使的军队，又分设左、右都督为长官。
监察方面，朱元璋大幅度拆分掌管监察的御史台。他把御史台改为都察院，设左右都御史，并扩大御史队伍，置监察御史110人监察百官，出视民情。作为皇帝的耳目，这些御史一旦受命出巡（称巡按御史），就权同钦差，小事立断，大事奏裁，对地方官颇有威慑力。都察院中还设置了六科给事中，负责驳正和稽核六部百官之事。深通民情的朱元璋在设置这些官职的时候做了一个聪明的手脚，就是一方面给这些官员以巨大的权力，另一方面又只给他们低微的品级。巡按御史和给事中只是七品官，但是他们的权力大到可以弹劾一品大员，这样的权力设置不仅有利于御史更好地发挥监察职能，也有利于皇帝对两方面的控制。另外，朱元璋还设通政司，这个机构专门负责给皇帝递送各地承奏上来的奏章、建议和检举文件。它能多途径地收集信息，利于皇帝掌握真实情况，尽快做出处置，防止被下属蒙蔽。
朱元璋对行政、军事、监察等重要权力机构做出了巨大改革，使其权力分散、互相牵制，便于皇帝独断指挥，突出君主意志和绝对权威。
■削藩：多磨的事业
朱元璋建立明朝之后，分封24个皇子，让他们领兵出镇全国各地。一部分镇守北方，阻挡蒙古贵族的侵扰，如燕王朱棣守北平（今北京），宁王朱权守大宁（今内蒙古宁城县西大名城）；另外派部分皇子分驻内地，如周王、齐王等，负责监督地方官吏，巩固朱家对全国的控制，将叛乱扼杀于萌芽状态。在北方守边的9王中，燕王、晋王和宁王的势力最为强大，宁王有甲士8万，战车6000.燕王和晋王得到朱元璋的特许，可以根据需要任意扩展军事实力，军中事大者才要奏闻。为防止朝廷中奸臣篡位，朱元璋又规定诸王可以移文中央索取奸臣，必要时可以奉天子密诏领兵靖难。为防止诸王跋扈，朱元璋又允许后世皇帝在必要时下令削藩。朱元璋认为这样的设置可以保证万无一失，但是分封制度造成了地方势力的逐渐强大，中央削藩的目标难以达成，骨肉相残的悲剧很快就发生了。
洪武三十一年（1398），朱元璋死，皇太孙朱允即位，是为建文帝。鉴于地方诸王势力日渐强大，建文帝与其亲信大臣密谋削藩。他们首先逮捕周王，又拘执代王、囚齐王，并把燕王朱棣的护卫精兵调往塞外，在京城周围和城中部署兵力，准备削除燕王。但是对燕王的秘密逮捕没有成功，朱棣打着“清君侧”的旗号起兵南下。4年以后，朱棣打败了建文帝的军队，占领南京，即皇帝位，年号永乐，是为明成祖。这样，建文帝削藩加强中央集权的任务就落在朱棣的身上。
即位之后，朱棣吸收建文帝失败的教训，积极削藩。在北方掌握兵权的诸王，有的被迁往南方，有的被削去护卫，有的被废为庶人。藩王势力大大削弱，军政大权更加集中到皇帝手中。