很早以前，厄瓜多尔和秘鲁沿岸的居民发现，每到圣诞节的前后，随着东南信风的暂时减弱和南美沿岸海水涌升现象的减退，太平洋赤道逆流的一个分支海流，沿着厄瓜多尔海岸南下。随之，南美西海岸附近海域的海水温度增高。起初，人们只知道这种自然现象出现在圣诞节前后。而且每当发生这种情况时，在这一海域里生活的适应冷水环境的浮游生物和鱼类，因水温上升而大量死亡，使得世界着名的秘鲁渔场的鱼产量大幅度减产。
于是，沿岸居民对海面水温升高的自然现象感到迷惑不解，称这是“圣婴”降临了。圣婴在西班牙语中的发音为厄尔尼诺。这样，厄尔尼诺就成了秘鲁沿岸海水温度异常变化的代用名词了。在近几十年里，人们还发现，世界各地的灾异现象多与厄尔尼诺现象有着某种联系。有人甚至认为，世界各地大的自然灾害都是由于发生厄尔尼诺而引起的。因此，海洋学家、气象学家都在研究厄尔尼诺现象的发生规律。
直到今天，人们对太平洋中出现的厄尔尼诺现象，仍有许多迷惑不解之处，发生厄尔尼诺现象时，那巨大的暖水流是从何处来的？它的热源在哪里？过去人们提出过种种假说，如：其热源来自地心，或是因为海底火山爆发等。但是，往往在没有发生大的火山爆发时，也曾发生过厄尔尼诺现象，因此这种假说不能令人信服。这是其一。
其二，太平洋发生厄尔尼诺现象有没有自身发生的规律？例如，它的发生周期长短受什么制约？它的发生与消衰，以及强度变化，是否有代表性的信号。如果有征兆，反映在哪里？
其三，无论是厄尔尼诺现象，或是反厄尔尼诺现象的发生，都是大洋暖水团大范围运动的结果。那么，这种暖流水团运动和北太平洋发生的顺时针大洋环流，以及南太平洋中发生的逆时针方向的大洋环流是否有某种关系？特别引起中国海洋气象专家关注的是，厄尔尼诺与发生在西太平洋上的黑潮暖流又有什么关系？因为黑潮对中国、日本等东亚国家的气候有较大影响。
其四，厄尔尼诺一旦发生，范围大，时间长，引起的自然灾害对人类社会破坏性极大。
因此，能否利用海洋中各种要素的变化规律来预报它的发生呢？
其五，发生在太平洋的南方涛动与厄尔尼诺之间有必然联系吗？如果有联系，其内在的机理又是什么？等等。
总之，厄尔尼诺现象的出现，不是单一因素所能解释的，它的形成机理也许是大自然中海洋水体-大气-天文等诸多因素作用的结果，相信在不久的将来，厄尔尼诺之谜一定能解开。