在我生命的最后一天，我希望后人会说：“在这里长眠的人，尽到了他对国家和人民的责任。”
——1999年曼德拉卸任后回到库努村的讲话
除了政治和经济，新南非依然面临不少难题，“土改”就是其中之一。白人殖民者在统治南非的300多年里，通过种种手段非法、“合法”地占领了大量土地，许多黑人失去土地，只得四处流浪，这也是南非治安混乱的主要因素之一。为了平衡土地分配，新政府于1994年11月颁布了《土地回归权利法》，以1913年实施的《土著土地法》为标准，规定此法之前白人取得的土地都属合法，此法之后只要有人能举出自己土地被侵占的确凿证据，即可收回自己的土地。但是，在实际操作中，由于年代久远，很多黑人无法出具确凿的凭证，所以无法收回自己的房产。后来，曼德拉希望通过政府主导的“赎买”行为将一部分白人的土地收归国有，并分发给黑人，结果因为白人的坚决抵制而收效甚微。对此，曼德拉一方面坚持不对白人采取强压，一方面也提不出更好的方案，“土改”陷入僵局。
媒体也是改革中颇为重要的一个环节，曼德拉认为，媒体是让南非人民彼此了解的一个重要窗口。之前，几乎所有媒体都在白人的掌控之下，并且受政府严格监督。曼德拉上任之后，任命西苏鲁的儿子为南非广播公司主席，对南非媒体进行改革，让黑人新闻和面孔重新回到公众的视野。另一方面，曼德拉坚持媒体的新闻自由。他很清楚讨好记者是一件多么重要的事，他多年来一直得益于媒体对他的神化，虽然他本人对这种神化并不感冒，但他知道无论是自己的重获自由还是非国大的斗争事业，都需要这种神化，因此他很多时候都在有意无意地影响着记者们的行为。
不过，曼德拉在上台后发现南非的白人媒体并没有他想象中的那么开明，很多白人编辑拒绝改革，他们不希望被黑人抢走自己的工作和话语权，所以即使黑人记者增多了，他们的稿子有时也会被白人保守编辑给毙掉。曼德拉对此表示失望，但他不希望通过监督和压制来损害言论自由精神，他说：“我想要的不是非国大的喉舌，或者政府的传声筒。我想要的是一面可以拿来正衣冠的镜子。”当然，曼德拉也不能什么都不做，当有媒体的报道明显歪曲事实时，他也会代表政府进行反击。但他失望地看到：这些媒体一方面强调言论自由，一方面却不允许政府发表自己的观点。
矛盾重重，改革艰难；步履缓缓，仍在进步。这就是曼德拉政府当政前3年在诸多困境下交出的答卷。问题尚未解决，前路也未清晰，但近80岁的曼德拉需要考虑卸任以及挑选接班人的问题了。
曼德拉并不贪恋权力，虽然他的身体依然健康，但他不希望这个国家继续在一个80岁的老头的治理下缓缓前进。他反对个人崇拜，也清楚自己的执政能力，他知道自己当政期间的主要职责就是作为一种和解的精神象征。但随着时间的推移，他发现人们一边抨击非国大的政策，一边赞扬他的伟大，这让他感到警惕和担忧。他不希望自己被过度神化，进而影响整个国家的改革与进步。他不希望自己成为那个用耀眼的光环掩盖所有缺点和不足的人。
在自己78岁的生日宴会上，曼德拉宣布自己将在1997年12月之前卸任非国大主席的位子，南非总统的职位干满5年后也不再谋求连任。有人担心这会削弱他的影响力，但他斩钉截铁地回答：“我们是靠思想，而不是职位来管理这个国家的。”虽然他不再连任，但南非人民为了表彰他的贡献，最后尊其为“南非终身名誉总统”。
确定卸任后，剩下的就是挑选接班人的问题。当时，副总统姆贝基是不二人选。他的权力通过自己的实干与努力已经十分稳固，曼德拉在1996年就确定了让他担任自己的接班人，非国大成员也都赞成这个决定。继任者没有异议，但新的副总统人选分歧颇大。因为新任副总统基本上就是下下任继任者，这个职位颇为敏感，而且竞争也不像现在这样明朗。领导层多推荐在治理祖鲁问题上表现突出的雅各布·祖马，但此时，一个让曼德拉意想不到的人出现了，那就是他的前妻——温妮。
温妮虽然丑闻缠身，但依然在民众中拥有强大的影响力。有人就是欣赏温妮的鲜明个性和过人的胆识，甚至她的那些风流韵事都增加了她的传奇色彩。温妮代表的是一种对从前单调生活的彻底逃离，这是许多从前生存在贫困和歧视里的黑人心底真正渴求的东西。从这点来说，曼德拉是他们的“救世主”，温妮则是他们的“偶像”。虽然温妮依然饱受抨击，但1997年4月她依然凭借超高的人气当选为妇女联盟主席，后来妇女联盟便在非国大上提名她为非国大副主席候选人。温妮不改自己一向的张扬，她在各种场合猛烈抨击非国大的政策，甚至称呼非国大成员为“罪犯”——事实上，几个月后，她才是真相与和解委员会经过调查认定的罪犯。
最后，在1997年年底举行的非国大第十五次全体会议上，曼德拉宣布卸任主席，由姆贝基接替他的职位，副主席则由呼声最高的祖马担任，温妮只得到3500票中的137票。
大会最后一天，曼德拉向非国大全体成员告别，他的告别演说感动了所有人：“时势造人，一个人的命运往往和他所处的时代紧密相连。所以，一个人也常常会被作为一个时代的象征或符号。交过这支接力棒，我需要感谢非国大：感谢非国大成就了我，让我成为它的象征和代表……今天，我在这里向大家告别，只有这样，年轻、有能力的一代人才能有机会带领大家迈入新的千年！我希望有一天我能回到我的故乡库努村，在朝阳中苏醒，安静地漫步在乡间……”
同时，他还不忘提醒继任者姆贝基要警惕权力的腐蚀，并强调自己现在作为一个普通的非国大成员，在提出意见方面会更加无所顾忌。姆贝基也很清楚，成就英雄和神话的时代已经过去，他接下来要面对的，是无数失望而愤怒的选民。
曼德拉做完这些，便带上自己最爱的《战争与和平》、《卡拉马佐夫兄弟》和《伯格的女儿》回到自己的故乡去度假了。