宽恕的前提是了解真相。鲜血不能白流，每一个被种族隔离伤害的生命，都有权利获得道歉和补偿。
——1994年曼德拉答记者问
从监狱到总统宝座，从阶下囚到权力巅峰，曼德拉的故事仿佛童话一般。但曼德拉清楚：最困难的部分，才刚刚开始。如果仅仅是恶棍与英雄的争斗，那没关系，他很擅长。若是汇率、企业、官员……他就十分头疼了。他说：“我们这些出身乡野，甚至来自监狱的人，今天却突然要掌握整个国家的权柄，重任落在了我们肩上！”
当然，曼德拉上台后要面对的首要问题并非经济，而是民心和信任。因为，任何不考虑民众团结程度的改革计划都将遭受严重的挫折，在南非这样一个国度尤其如此。南非的黑人和白人经历了漫长的争斗，看似在今天取得了和解，其实依然矛盾重重，如何化解彼此心中的戾气和恐惧，是曼德拉需要解决的首要问题，否则在冲突不断发生的情况下，这个联合政府肯定维持不了多久。
白人不相信黑人掌权后会善待自己，黑人则不相信白人会放弃自己的特权和优势。同时，黑人对白人的愤怒并未平息，那些在曼德拉就职典礼上向他敬礼的军队和警察，同样是几年前对人群开枪的人。曼德拉是个宽容的人，他可以选择原谅，但普通黑人民众仇恨的怒火需要宣泄。但如果对白人的清算过于激烈，必将激起他们的强烈反弹，毕竟现在政府和军队里还有大量的白人掌权者，这种做法只会将南非再次推向内乱。
这时，白人党派建议实行“大赦”：承认白人政府之前犯过错误，对所有人进行大赦，以喜悦和正向引导来降低人们对报复的关注。不过，非国大很清楚这种笼统的大赦并不会起到很好的安抚民心的作用。他们认为：一次性释放所有人有时并不比有针对的释放更有效。因为黑人民众需要的不只是一种补偿，而是一个可以安慰自己的说法。因此，新政府决定采取因人而异的赦免政策，并组建真相与和解委员会，系统地对侵犯人权的案件进行调查、裁定和赔偿。
曼德拉任命图图大主教为真相与和解委员会的主席，因为他的威望最高。同时，图图大主教超越党派的宗教领袖身份，也最适合这个职位。白人需要合理的清算，黑人也需要合理的补偿，图图大主教的判决最容易让大家信服。
1995年，真相与和解委员会成立后，便开始对1960年到1994年之间的所有人权案进行彻查，他们先是调研卷宗，了解事情经过，然后召开听证会，让责任人前来答辩。经过反复质询和辩论，被确定有罪的人将做出道歉，委员会再根据情节轻重进行判决，有的人会被赦免，有的人则会遭受监禁。
早在两年前，德克勒克已经代表南非白人政府向全体民众做过道歉，这次，真相与和解委员会旨在让每个犯下罪行的个人进行道歉，并给予相应的处罚。这批案件中有两个责任人最受人注目，一个是南非前领导人博塔，一个则是曼德拉的妻子温妮。
博塔当政期间指使了一系列针对非国大的暴力袭击行动，导致非国大多人伤亡，但他对此矢口否认，且拒绝出庭，最后被以藐视法庭罪判处一年监禁。温妮也在多番狡辩后最终在确凿的证据面前表示了歉意。
这次的清算不仅针对白人，也针对黑人，针对所有侵犯过他人人权的行为。种族隔离期间，有些组织为了惩治那些告密的黑人，动用了残酷的死刑，这些组织的负责人也一样受到了调查和处理。真相与和解委员会正如它的名字一样，为冤屈寻找真相，也为民众带来和解。黑人的愤怒渐渐消散，白人的恐惧也不再那么强烈。南非终于可以以一个完整而稳定的姿态来面对这个世界的机遇和挑战了。
与此同时，曼德拉也没有闲着，他开始了自己的宽恕之旅。他认同图图大主教等人提出的“彩虹之国”的概念，同时也清楚要想让这道彩虹变得和谐美丽，必须经过循序渐进的融合过程。而他要做的，就是以自己的宽容为榜样，尽量加速这个融合的过程。
曼德拉先是拜访了博塔，然后在巴纳德卸任时为他举行告别晚宴，同时还将罗本岛曾经的监狱长威廉姆斯请了过来。之后，曼德拉拜访了很多黑人领袖的遗孀，希望她们也能尽快融入新的国家。之后，曼德拉戏剧性地招待了曾经在利沃尼亚大审判上迫害过他的检察官尤塔，正是尤塔让曼德拉在监狱中度过了27年光阴，但曼德拉此时对尤塔十分友善，这让尤塔十分感动。面对众人的疑惑，曼德拉说：“我们不需要时刻提醒自己过去有哪些苦难，为了伟大的和平，勇敢的人从不会拒绝宽恕。”
曼德拉的表率作用为黑人和白人的和解事业推波助澜，这是其他任何人当选南非总统都不可能做到的。曼德拉热爱南非，南非需要曼德拉，这就是曼德拉治国的基点，也是新南非腾飞的起点。