玛雅人以其创造的灿烂文明，赢得了“新世界的希腊人”的美誉。然而，到了公元9世纪，玛雅文明却骤然停止了，玛雅古城逐渐被中美洲一望无际的热带丛林所覆盖，沉睡了好几个世纪，逐渐被人们遗忘。直到西班牙人入侵后，人们才重新看到了这座曾经辉煌的士城。
美国的玛雅学学者莫利从玛雅社会的结构及其生产力关系的发展角度指出，玛雅文明的突然衰落源于落后的生产力与惊人的社会分化所引起的矛盾。
玛雅文明属于城市文明，它的主导政治力量、精神、文化活动以及所有优秀人物都来自城市。然而，这些城市是靠农民劳动来供养的。因而玛雅社会是由贵族和农民两部分构成的，阶级等级是十分森严的。贵族和僧侣们住在居高临下的宫殿和庙字中，掌握着特权；农民居住在城外，辛辛苦苦地劳动以供养城内的特权阶级。农闲时，农民还要和奴隶一起从事建筑工作，将石块和建筑材料运到城市。
僧侣和贵族衣食无忧，沉迷于研究星象、设计城市，忽略了发展最基本的生产力。而愚昧的农民始终用极为原始的方法耕作，他们甚至没有发明耕地的犁。随着人口的增多，为了获得更多的粮食，农民们把树木砍光，烧荒种地土壤肥力耗尽时，就用另一块。时间一长，城市周围的土地日渐紧张，农民必须去更远的地方开垦荒地，越来越远离城市。这样，在农田与城市之间就出现了一条宽阔的贫瘠地带。当许多城市周围干涸的荒地连成一片之后，饥饿就迫使玛雅人弃城而走，原有的城市文明遭到抛弃。同时，由于占绝大多数的农民从未接受过教育，根本无法承担起传承文明的历史使命；而养尊处优的贵族知识分子没有了农民所提供的物质基础，也很难生存下去，很快便消失了。玛雅文明就这样无可挽回地中断了。
另一位考古学家汤普森则从外族侵犯的角度对玛雅文明的湮没之谜进行解释。汤普森认为，某个来自墨西哥中部或墨西哥湾沿岸地区的文明程度较低的民族，来到尤卡坦半岛，并占领了最北部的一座城镇，推翻了那里的统治者。他们的入侵与其说是一次军事侵略，还不如说是一次文化侵略。因为他们颠覆了玛雅人已确立起来的政治和宗教秩序。这种情况一直向南蔓延，而淳朴的玛雅农民不愿向野蛮的入侵者低头，最终导致了农民暴动的发生。但向来热爱和平的玛雅人根本不是侵略者的对手，最后只好弃城而走，玛雅文明便这样中断了。
尽管莫利和汤普森的理论有许多难以解释的地方，但受条件的限制，没有人能提出更合理的结论，所以他们二人的观点便一直主导着玛雅学术界。直到20世纪60年代和70年代，语言学家们终于破译了古代玛雅人的象形文字，发现玛雅人根本不是爱好和平的民族，其统治者也像许多古老民族的领袖一样，那是好战的武士。这一发现使人们对莫利和汤普森的理论产生了怀疑。
考古学家们在摆脱了莫利和汤普森理论的束缚后，发现了更多的证据，向我们展现了玛雅人穷兵黩武的一面。比如，那一块块巨大的石碑上，记载的都是有关战争策略、血腥的战场以及残忍地以被俘的敌人献祭的详尽的描述。在蒂卡尔，人们发现一些曾被当作护城河和胸墙的长而狭窄的壕沟和土埂。在卡拉科尔，人们曾发现建筑物上有烧焦的痕迹，在一座金字塔的地板上发现一个未埋葬的儿童的尸骨。
还有学者在伯利兹的某个地方发现了武器；在危地马拉北部地区挖掘出成堆的、被砍下的人头……种种证据使考古学家们得出较为一致的观点。正是玛雅各个城邦之间的连绵不断的战争最终摧毁了，玛雅文明。
虽然考古学家都普遍认同是无休止的战争摧毁了玛雅文明，但我们也不能否认环境因素在其中起了极大的促进作用。因为在1995年的时候，古气候学家在研究尤卡坦半岛中部的奇彻坎努博湖底的沉积物时，发现在公元800～1000年这一时期的沉积物中，硫酸的含量很高。硫酸通常是在干旱时期才会沉到湖底。这就表明该地区在这一时期可能发生过严重的于旱，造成庄稼欠收、饿殍遍野、疾病盛行。外界环境的压力与无休止的内战、外战结合在一起。极大地削弱了玛雅人的实力，使他们在最终的危机面前不堪一击。当然这最终的危机因城镇而异。
这是目前我们能够看到的最合理的解释了，但这一理论也存在许多漏洞，难以自圆其说。玛雅文明的湮没之谜只能在科学家们掌握更多的资料后才能揭开。但总有一天我们可以依靠先进的科学手段让沉默着的废墟、古迹开口，说出这个谜底。