首先，与明朝相同，清朝的中央司法机关也由刑部、督察院、大理寺组成。三法司是既听命于皇帝又互相制衡的中央最高司法机构。但三法司的职权受到更大的限制。刑部设立于入关前的皇太极时期；入关后，刑部成为全国的最高司法审判机关。刑部的长官为尚书和侍郎，统称为“堂官”。在刑部之下，设有十七省清史司，分别掌管各自省内的司法审判事务。十七司之外，还设有秋审处、律例馆、提牢厅等机构。刑部额定编制的官吏有四百多人，是六部中官职最多的一个部。刑部的主要职责是核拟全国死刑案件，办理秋审、朝审，审理京师地区的案件，批结全国军流遣罪案件，主持修订律例及司法行政事务。督察院也设立于清入关之前，以左都御史为主官，满汉各一人。督察院的主要职能机构有六科、十五道、五城察院以及宗室御史处和稽查内务府御史处等。十五道分管有关省份的刑名。五城察院稽查京城地区治安，也受理词讼。作为三法司之一，督察院与刑部、大理寺共同复核、拟议全国的死刑案件，并作为“九卿”之一，参加“秋审”和朝审。顺治元年设立大理寺，作为平反刑狱的机关，其长官为卿、少卿。大理寺的职责主要是受理复核京内外刑案，复核死刑案件有无冤错，参加朝审、“秋审”。
其次，地方司法机构。清朝地方行政机构的设置分为省、道、府、县四级。司法仍然从属于行政，地方各级行政长官同时也是该地方的司法官。县作为基层政权组织，自秦汉以来历代没有变化。但清朝同时在一些重要的地方设州，在一些边远少数民族地区设厅，其地位与县大致相等。清时全国共有县、州1500个左右。州县是第一审级，对民事案件和轻微的刑事、治安案件可以全权管辖，但必须在20天内完结。州县有权审理处以笞刑、杖刑、枷刑的刑事案件。对涉及人命、强盗等应判处徒刑及徒刑以上的刑事案件，州县只有侦查和初审的权力。清朝在全国设府80多个，府是州县的上一审级。府主要负责复核州县上报的刑事案件，复审州县押送来的人犯，查核有无翻供，查验人证、物证，审查州县的上报案卷是否有错谬，州县的“拟罪”是否妥当。如果没有异议，则做出自己的“看语”（即本级的拟罪意见），再上报省按察司。府还负责受理军民百姓不服州县裁判的上诉和申诉。
按察使司，又称臬司，主管一省治安及保甲，以及审理案件。具体而言，其司法职责包括审理督抚、藩司、学政、提督及本司等衙门内部人员的轻微刑事案件，审理所属州县上诉的民间词讼，复核上报的徒刑案卷，以及对军流、死刑人员进行复审。此外，按察使司还主办全省“秋审”事务、官吏狱政。清律规定每省设一巡抚，两三省设置一总督，有的总督又兼任巡抚。按察使司虽然总理全省刑名事务，但督抚才是全省的最高审级。督抚的司法职能是督促、查檄地方终审；批复按察使司复核无异的徒刑案件，复核按察使司对军流刑的案卷看语，如果没有异议，则上报刑部，听候批复。对死刑案件，由督抚进行复审，做出看语，上奏皇帝，并抄写副本送督察院、大理寺。
在司法机关体系中，还专门设立了审理旗人（旗是满族的一种编制，类似于什伍组织，共有八旗）案件的机构。如内务府所管辖的满人诉讼，由其属下的慎刑司审理，徒刑以上移送刑部，有时也奉旨审理皇帝交办的案件。在外省的满人诉讼，由满洲将军和副都统审理，流刑以上案件则须申报刑部。盛京地区的满人诉讼，由盛京将军及各部府尹一同审理。有关八旗民事、地面案件，如果八旗都统衙门审断不公，可以上诉户部，由户部现审处处理。各省发生的旗人命盗重案，由理事厅与州县一起审理，而州县官无权单独对旗人做出判决。至于贵族宗室的诉讼，归宗人府审理。
（2）刑事诉讼与审判制度
首先，逐级审转复核程序。清律沿用了五刑（笞、杖、徒、流、死）制度，法定五刑反映了刑事犯罪的程度。州县拥有对笞、杖刑的审决权；对于徒、流以上的案件，特别是死刑等重大案件，有一套严密的逐级上报的制度。清律规定，应拟徒刑的案件，由州县初审，依次经府、按察司，直至督抚，逐级复核。督抚有权对徒刑案件作出判决，只是要按照季度报刑部备案。由刑部相应的各司核拟案卷，而后呈送刑部堂官批复后，再批复各省执行。对于已判决徒刑的罪犯，发往省内指定州县服刑。流刑及军遣案件，刑部批复后即可执行，年终由刑部向皇帝汇报，以备监察。死刑案件在执行上有“立决”和“监侯”两种。立决即强盗首犯、谋反、大逆等严重犯罪一经皇帝裁决，则立即执行死刑。案情较为严重的人命、强盗两大类死刑案件只要批复下达，多数也立即执行。监侯（即现在所说的缓期执行），是指对于应判死刑的犯人，在次年秋审时定其生死。属于这种情况的多是案情较为轻微的人命、盗案件以及其他死刑案件。京师的死刑案件，由刑部直接审理，并以题本的形式上奏皇帝，而后由三法司对案卷进行复核。死刑案件执行完毕，要向上申报备案。监侯案件则由初审州县将人犯管押，等候秋审。由上可知，清代地方司法审批制度中，每一级都将不属于自己权限范围内的案件逐级上报，层层复审，直至有权作出判决的审级批准后才算终审，这就是“逐级审转复审制”。
其次，刑讯与证据制度。刑事审判活动的核心是认定犯罪事实，并据此对案件作出判决。因此，证据在刑审中具有十分重要的地位。为取得证据（特别是口供），清代允许刑讯。但对刑讯种类以及适用机关有严格的规定。常规的刑讯手段有笞、杖两种，此外还有枷号、夹棍、拶（指一种用拶子夹手指的酷刑）等加重的刑讯，也为法律所认可。但只有三法司和各省督抚、按察使司和州县的正职长官才有权动用后两种刑讯。州县审理自理案件时不能使用夹讯；如果初审时用过夹、拶，则要报上司“察验”。同时，清律规定“老幼不拷讯”，对于年过70、不满15或有疾病的人，审判时不能用刑。如果司法官因一己之私而对犯人进行拷讯并将其致死的，则会受到严惩，处以斩监侯。其他刑讯致死囚犯的，也有不同的处分从杖一百到流放三千里不等。但是，如果囚犯是受刑之后死亡，或因为疾病发作而死亡的除外，这无疑给司法官滥用刑讯提供了法律依据。
清律对刑事审判中的证据也有一些规定，如尸格（验尸报告）、赃证、失单等都是审判的重要依据。此外，证人证言、被害人陈述也是重要的证据。但是在所有的证据种类中，被告人口供是最重要的一种，口供是定案的关键，也是结案的必要条件。否则，其他证据再充足，也不得结案。为此，先由书吏招供录写，当堂阅读，原告、被告共听，如果没有异议，再由被告画供。清律还规定，官府在审判案件时，应该依照当事人的状子中所记载的诉讼事由进行审问，不得询问与诉讼事由无关的问题，以免出入人罪。
再次，秋审制度。秋审，是指在每年的秋季进行对各省斩监侯、绞监侯案件的复审，它发源于明代的朝审制度，在康熙十二年时正式确立。秋审时，先要由臬司负责核办案犯的招册。在此基础上，由各州县对监侯囚犯一一进行审录。审录主要是为了核实案情，以便将犯人分为情实、缓决、留养承祀等几类，再将招册和案犯转送府、司审录。臬司将州县招册核办后，拟出个案的看语定稿，并会同藩司及在省的道台共同商议定案，再将拟稿上报督抚。臬司的审录和定稿是秋审的关键，犯人是生是死都以此为基础。督抚接到定稿后，即率司道和首府首县到臬司衙门共同审录。乾隆时，督抚会审改在巡抚衙门进行，总督则轮流到所辖各省参加会审。督抚对本省的秋审案件审录完结以后，将转录而成的黄册缮造奏报皇帝，称为“汇题”。汇题由刑部秋审处、堂官等具体负责审核案卷。