从整体上讲，鲁迅的小说、杂文充满了对历史和现实的批判意识。批判意识的产生，既来自西方思想家如尼采等人的影响，又来自自然科学家在追求物质世界真理过程中所体现出来的理性精神，而理性精神的重要组成就是批判精神。历史上的一切科学的重大发现，一切重要的思想成果，既是对前人的继承之结果，又是对过去陈说批判的产物。鲁迅作为思想家、文学家的重要特点，就是对历史和现实中的种种谬误，形形色色的旧思想，影响腐蚀民族性、国民性格的封建痼疾，给予了全方位而又具有历史深度的批判，一切阻碍历史和社会、人自身进步的旧有之物，统统都遭到了他无情的鞭挞与严峻的扫荡。他的杂文，被人们视为匕首、视为投枪，恰恰就是战斗批判性的证明。他的小说也是如此。在他主要的小说中，始终洋溢着批判的精神，在同情弱者不幸命运的时候，他始终也在解剖着他们自身的弱点；在把笔锋指向旧有的制度时，枪刺也挑开了灵魂中的阴暗。《狂人日记》对家族礼教制度“吃人的暴露，以及对“被吃者不自觉地参与“吃人的深刻揭示，显示了鲁迅强烈的批判意识。《孔乙己》中的孔乙己是不幸的，但他的丧失自立能力和迂腐的旧知识分子的酸气，在鲁迅笔下，也得到了毫不客气的描写，而批判的真正目标却是千百年来的科举制度的弊端。《药》，虽然作者在描写时是冷静的，给人的感觉也有一种阴冷之气，可给读者最终的效果是惊心动魄的，令人深思的；血腥的反动派的屠杀，在不经意中得到控诉，而华老栓的愚昧与麻木，是一种精神上的堕落，鲁迅着力要批判的就是这种精神之病，所谓“药，正是为治精神愚昧和心灵麻木而设下的象征。这是非常深刻的，其批判力度在古代中国的小说中是罕见的。《一件小事》，对坐车的“我的自私的批判，令人难忘。《故乡》中对造成闰土命运变化的外部环境的揭露，对小市民的描写，亦含有批判的意义。《阿Q正传》是现代小说的经典之作，鲁迅的创作意图旨在描写沉默的国民的魂灵。对阿Q，他当然哀其不幸，但对他的自欺、健忘、怯卑、自尊自大而又自轻自贱、以精神胜利法来消解别人加之于己的屈辱等等弱点，又是怒其不争的，批判的倾向是鲜明的。即使在近于散文的小说《兔和猫》中，对小兔的关心体现了作者对弱者的爱与同情，可对黑猫——害小兔者，他却表现出极大的愤怒。猫在这里，和小兔一样，与其说是两种动物，不如说是两种不同命运者的象征，猫，代表的是滥毁生命的元凶，是残暴的代名词。字里行间，批判激情回荡。《祝福》通过祥林嫂的命运，将锋芒直指封建时代的夫权、神权和族权，把笼罩在祥林嫂周围的、并最终摧毁了祥林嫂精神支柱的礼教、迷信及冷漠的氛围，深刻而生动地展示出来，作者对那些以咀嚼祥林嫂之痛苦而感到快意的、愚昧而少同情心的鲁镇人，既感到悲哀与痛心，又在行笔之中予以了不动声色的谴责。《在酒楼上》、《孤独者》这两篇小说，对曾经在反封建斗争中冲锋陷阵，而后却退缩落伍的知识分子进行了分析和解剖。一方面，人们可以看到现实的负面力量是那样强大和沉重，似乎使革命者们难以抵制；一方面，早先民主战士自身的弱点也是“落伍者们致命的原因。鲁迅既对黑暗现实给予了无情揭露，对“落伍者本身，也进行了深刻反省和适度批判。再如《肥皂》对伪道学家四铭的入木三分的刻划，《弟兄》中对潜意识中自私利己的剖析，《伤逝》中对涓生与子君婚姻的破裂原因之探讨，都在不同的角度，以不同的内容，显现出了作者对现实和人物自身局限的批判意识。《离婚》中对代表权力的七大人的嘲讽，批判锋芒是那样鲜明，而对爱姑从斗争到妥协的历程，作者既看到了那时女性的朦胧觉醒，同时也在客观上批判了她自身不可避免的缺陷，并通过爱姑的命运，向强大的封建势力射出了有力的子弹。即使在《故事新编》那些历史小说中，在历史与现实交织的描写中，种种脸谱和人生世相，五花八门的陈旧的思想，在鲁迅笔下也得到了真实反映，批判意图是清清楚楚的。
早在日本留学时期，鲁迅就接受了科学批判精神的洗礼。他在《科学史教篇》中，对英国哲学家、实验科学的先驱者罗吉尔·培根提出的、造成人类无知的几个原因十分赞同。罗吉尔·培根认为崇拜权威、因循旧习、固执偏见、狂妄自负，是科学落后的重要的思想基础。这本身就含有两层意义：一是对固有的阻碍科学发展的思想提出了批判；一是人们必须要敢于向权威挑战，敢于向各种偏见和旧习惯挑战，也就是说要养成批判的，独立思索的能力和精神。
批判本身不是目的，目的在于创新。鲁迅对国民劣根性的批判，对封建社会的暴露，对各种反动势力的不懈斗争，是为了追求中国的理想人性，建设没有“吃人的“第三样的时代，是为了一个具有健康机体，使人们能真正全面发展的社会，这同科学家的创新，结果虽然不同，性质却是一致的。
鲁迅是具有超越古范、别立新宗的创造能力的。他是中国现代小说的奠基者，这是举世公认的事实。他为现代小说提供了新的主题，尤其是他在农民、知识分子题材方面的开拓，是前无古人的。他一改传统小说帝王将相才子佳人占据主角的情况，第一次真正将普通的农民，生活在底层的不幸人们推到了作品主人公的地位；他吸收了古今中外艺术之长，在揭示人物精神和心理方面，达到了中国古代从未达到过的高度和深度，像对阿Q的“精神胜利法的概括与揭示，就是空前的创造。在艺术表现方面，也显现出了他的巨大的创造力。他的小说之所以新，在于他以全新的语言形式——白话，来写小说，在语言上是一次真正的革命。他的小说格式特别，既有传统小说的优秀手法，又不同于传统；既有西方近代小说的技巧，又不等同。他使用的现实主义创作方法，一方面是严格的客观性和真实性，具有现实主义创作方法的基本特征；一方面他又吸收了浪漫主义、象征主义等创作方法，从而形成了一个开放的现实主义体系。就他的每篇小说来看，各篇在写法上都很有些不同，《狂人日记》和《阿Q正传》即是明证。他的小说，有以写心理见长的，也有以人物行为为主的；有偏于主观抒情的，也有冷静客观描绘的；有情节的，也有近似随笔的；叙述角度也时有变化，人称常各有不同。他将历史与现实浑为一体，在深远的历史背景上，又涂上现代生活的油彩，其历史小说的创新意义大抵在此。所以，鲁迅的小说，是将思想家深邃的历史批判的目光，小说家特殊的观察力、表现力，诗人的热情与奔放的想象，学问家的胆识与学识结合在一起的崭新的艺术世界；是将各种体裁，如杂文、诗、散文，甚至戏剧等手法融汇一体的创造性的形式。所谓奠基者，自然不是人们随便乱封的，实在是鉴于他创造性的必然结论。
科学的另一重要特质是客观求实。尊重事实，以客观的态度对待事物，是科学精神的体现，也是科学研究的主要态度和方法。鲁迅是一位严峻而清醒的现实主义大师，他虽然不乏激情，也有丰富的想象力，但他在创作小说和写散文时，他笔下的一切，都经得起历史和现实的检验。小说是建立在虚构基础上的，一切伟大的优秀的小说，都不可能是生活的原封不动的照搬；但小说的虚构又是建立在生活的真实经验之上的。鲁迅的小说，就是紧紧抓住这一要素的。生活中并不一定有阿Q这个人，然而似乎他又无处不在；“狂人所感到的“吃人的氛围和恐怖，那也是对封建社会本质的真实把握。鲁迅正是以客观的事实和历史、现实为基础，创造出他笔下的人物，建构小说的内容的。这已经是一个客观的共识。他的杂文，有的本身就是从事实立论的，有的是对历史和现实中的各种事实加以概括而成的。像“媚态的猫、“叭儿狗、“嗡嗡叫的蚊子、“挂着铃铛的头羊、“洋场西崽……等等，都是对某一类人的形象概括，具有生活中某一层面的本质真实。尊重客观事实，避免主观妄断，是鲁迅坚持的态度。这一点也是与他接受自然科学训练分不开的。他曾介绍过英国哲学家、科学史家华惠尔的思想，华惠尔认为学术衰落的重要原因之一是“热中之性——即单凭热情而不凭理智的主观武断。他非常熟悉科学史，对科学研究的尊重客观事实和规律的态度与方法，有深刻的认识，因而在他创作时，总是实事求是的，追求着客观的目标。有时写文章也有失误和不准确处，但他很快就会予以更正，如伤害了无辜，他也会予以道歉的。如鲁迅处理有关“杨树达惹是生非一事的态度，就是生动的例证。一九二四年十一月十三日早晨，一位自称叫“杨树达的学生找上门来，极尽无赖之能事。鲁迅后来便怀疑是学界或文界的对立人物，故意让他来找岔的，所以就写了《记“杨树达君的袭来》一文，交给了一编辑部，后来经过证实，并非是后来成为语言文字学家的那个“杨树达，而是一个神经失常，本名叫杨鄂生的人。于是鲁迅又写了《关于杨君袭来事件的辩正》，检讨了自己“太易于猜疑，太易于愤怒的不妥，以致造成了对真杨树达的伤害，并明确表示“由我造出来的酸酒，当然应该由我自己来喝干。这种勇于改过、承担责任的行为，不仅显示出了鲁迅对己严的准则，也体现出了尊重事实的客观态度。
思想、精神、方法的影响已如上述，这当然是从主要方面而言的，其它诸如科学的探索精神等，对鲁迅影响亦深。此外，在知识性方面，鲁迅从自然科学中，获得的东西对创作帮助亦不小。
《狂人日记》是大家熟知的名篇。小说塑造了一个迫害狂患者的形象。这一形象所涉及到的就有心理学、神经病学方面的知识，没有这方面的修养，“狂人的疯狂、混乱与恐惧，就不可能写得那么真实生动。再如《“蜜蜂与“蜜》一文，就是运用他学过的生物学知识，来解释有关现象，并对一些人的不正确的意见，提出自己的看法的。事情的起因是：作者张天翼写了短篇小说《蜜蜂》，小说讲的是一个养蜂场因蜂多花少，致使蜂群伤害了农民的庄稼，农民群起反抗、火烧蜂群的故事。小说发表后，陈思（曹聚仁）写了《“蜜蜂》一文，在文中，有这样一段话：“张天翼先生写《蜜蜂》的原起，也许由于听到无锡乡村人火烧华绎之蜂群的故事。那是土豪劣绅地痞流氓敲诈不遂的报复举动，和无锡农民全无关系；并且那一回正当苜蓿花开，蜂群采蜜，更有利于农事，农民决不反对的。乡村间的斗争，决不是单纯的劳资斗争，若不仔细分析斗争的成分，也要陷于错误的。希望张天翼先生看了我的话，实际去研究调查一下。鲁迅看了这篇文章后，便针对文中蜂群采蜜有利农事的不全面的观点，用生物学知识予以了批评。他说：“昆虫有助于虫媒花的受精，非徒无害，而且有益，就是极简略的生物学上也都这样说，确是不错的。但这是在常态时候的事。假使蜂多花少，情形可就不同了。蜜蜂为了采粉或者求饥，在一花上，可以有数匹甚至十余匹一涌而入，因为争，将花瓣弄伤，因为饿，将花心咬掉，听说日本的果园，就有遭了这种伤害的。它的到风媒花上去，也还是因为饥饿的缘故。这时酿蜜已成次要，它们是吃花粉去了。像这种以科学知识为基础的批评，是有说服力的。
在翻译方面，自然科学给鲁迅的益处也很多。鲁迅一生翻译的文学作品，数量相当多，由于文学作品是对生活的反映，故作品中的内容往往涉及到多方面的知识，缺少自然科学修养者，常常感到难度很大，科学的名词术语不用说有困难，许多动物、植物名的出现，因各国叫法不一，难度就更大。可这些对鲁迅来说，都能加以解决。如鲁迅曾翻译过荷兰作家望·蔼覃的长篇童话《小约翰》，书中涉及到很多植物、动物。为了使读者了解这些植物和动物，他写了《动植物译名小记》，从《小记》中，可以看到翻译的难度，如没有生物学的丰富知识，往往会一筹莫展，连鲁迅有时也颇费踌躇，遑论其他！现抄几则如下：
一：“约翰看见一个蓝色的水蜻蜓（Libelle），想道：‘这是一个蛾儿罢。蛾儿原文是Feuersch metterling，意云火蝴蝶。中国名无可查考，但恐非蝴蝶；我初疑是红蜻蜓，而上文明明云蓝色，则又不然。现在姑且译作蛾儿，以待识者指教。二：“旋花（Winde）一名鼓子花，中国也到处都有的。自生原野上，叶作戟形或箭镞形，花如牵牛花，色淡红或白，午前开，午后萎，所以日本谓之昼颜。三：“Pirol。日本人说中国叫‘剖苇，他们叫‘苇切。形似莺，腹白，尾长，夏天居苇丛中，善鸣噪。我现在译作鹪鹩，不知对否。四：“第八章开首的春天的先驱是松雪草（Schneegl旿ckc灢hen），德国叫它雪钟儿。接着开花的是紫花地丁（Veilchen），其实并不一定是紫色的，也有人译作堇草。最后才开莲馨花（primelodschi sselblume），日本叫樱草，《辞林》云：‘属樱草科，自生山野间。叶作卵状心形。花茎长，顶生伞状的花序。花红紫色，或白色；状似樱花，故有此名。
上面仅举了几例，《小记》里所释动植物名尚多。假使一般读者读书，遇到大量的此类物种，不看译者注释，自然不甚了了的。有的作品，像动物、植物类的物种，并不是单纯为了写物而出现作品中，往往与内容相关，因此了解它们，是有价值的，对理解作品是有用的。鲁迅所译的《小约翰》，象征性本来就强，作出解释尤有必要。我们举这些例子，是为了说明鲁迅喜欢生物学，在这里就派上了用场，而且从他的释名，更看出了他的实事求是的治学态度，对无把握的一一加以说明，并不似有些人，或放过，或将不知当已知，糊弄读者。这就是鲁迅，这就是受过科学训练的文学家鲁迅。