传播自然科学，是鲁迅一贯重视的工作。后来由于重点放在文艺方面，所想作的事太多，故精力投入就少了一些，但他并未放弃宣传。在他的著述中，时时提及科学的意义，主张看科学的书，掌握科学的道理。就翻译介绍而言，也没有停止和完全放弃。一九三〇年，他翻译了日本刈米达夫著的《药用植物》一书，发表在《自然界》杂志上。直到晚年，他还念念不忘要与周建人一起翻译法国科学家法布尔的《昆虫记》，虽未动笔就不幸去世，可他传播科学的不灭热情却实实在在，足令后世感动。
作为思想家，鲁迅不仅希望通过传播自然科学来增强国人的科技意识，使国富民强，而且更重视科学思想精神对社会和人的改良，他指出：“其实中国自维新以来，何尝真有科学。现在儒道诸公，却径把历史上一味捣鬼不治人事的恶果，都移到科学身上，也不问什么叫道德，怎样是科学，只是信口开河，造谣生事；使国人格外惑乱，社会上罩满了妖气。以上所引的话，不过随手拈出的几点黑影；此外自大埠以至僻地，还不知有多少奇谈。但即此几条，已足可推测我们周围的空气，以及将来的情形，如何黑暗可怕了。于是他极力呼吁要以科学来医治昏乱与黑暗的思想病：“我希望也有一种七百零七的药，可以医治思想上的病。这药原来也已发明，就是‘科学一味。为什么呢？“因为科学能教道理明白，能教人思路清楚，不许鬼混。当我们读了鲁迅在“五四时期讲的这些话，就明白了他致力于科学传播的意义所在，他的劳绩并非一时情感冲动或兴趣所致。
对植物学的不衰热情
在自然科学的学科中，鲁迅情有独钟的是植物学，从幼年开始直到生命的晚年，都保持了不衰减的热情。
可以说，鲁迅对植物有一种自然的亲情，只要读读他关于百草园的描写便可领略到这种感情：我家的后面有一个很大的园，相传叫做百草园。现在是早已并屋子一起卖给朱文公的子孙了，连那最末次的相见也已经隔了七八年，其中似乎确凿只有一些野草；但那时却是我的乐园。
不必说碧绿的菜畦，光滑的石井栏，高大的皂荚树，紫红的桑椹；也不必说鸣蝉在树叶里长吟，肥胖的黄蜂伏在菜花上，轻捷的叫天子（云雀）忽然从草间里直窜向云霄里去了。单是周围的短短的泥墙根一带，就有无限趣味。油蛉在这里低唱，蟋蟀们在这里弹琴。翻开断砖来，有时会遇见蜈蚣；还有斑蝥，倘若用手指按住它的脊梁，便会啪的一声，从后窍喷出一阵烟雾。何首乌藤和木莲藤缠络着，木莲有莲房一般的果实，何首乌有拥肿的根。有人说，何首乌根是有像人形的，吃了便可以成仙，我于是常常拔它起来，牵连不断地拔起来，也曾因此弄坏了泥墙，却从来没有见过有一块根像人样。如果不怕刺，还可以摘到覆盆子，像小珊瑚珠攒成的小球，又酸又甜，色味都比桑椹要好得远。这是一个生物的世界，生机盎然，情趣无限，草木在鲁迅的眼里，具有了生命的乐趣，美的愉悦。在这样的乐园里，鲁迅认识了自然，认识了自然界的种种生命；只有在生命的经验中，保留了那一片美好的记忆，才会将一个杂草丛生树木乱植的园子描绘得如此生动，富有生命的情趣。
然而，这样的日子并没有伴随他走完生命的童年。他不得不遵从家长的意志，告别了百草园，告别了蟋蟀、覆盆子和木莲，进入另一个对儿童来说是沉闷了无生趣的世界：书塾。他是带着依依惜别、怅然若失以及极大遗憾离开了百草园的。但是，童年时留下的美好印象，再也难以抹去。当他不能在自然的草木花丛中去享受自然生命所带来的欢乐时，就以另一种方式，来继续维持对植物世界的热情，即从书本中，从植物学中，寻找生命的绿色和生命的鲜花。他一生都钟情于植物学，对植物始终持有敏感的感知力，与童年时在百草园的体验是分不开的，不能说童年的经验是他热爱植物学的主要动力，但至少是他对植物学喜欢的情感、心理及认知基础。
在离开家乡之前，是鲁迅在感性上接触植物学的主要阶段，这一时期，接受更多的是感性知识。在三味书屋读书期间，课余看的书相当多，但植物学方面的书是他最爱看的，周建人的回忆很能说明这一点。他说：“鲁迅先生小时候买的书多数是‘花书，便是各种画谱，细细翻阅，收藏起来，对于书，他非常宝贵，舍不得有一点污损或折皱。翻书页时很当心。买来如见有污损，便拿去掉换。因为书店里钉得不好，常常自己钉过。空闲时也种花，有若干种月季，及石竹，文竹，郁李，映山红等等，因此又看或抄讲种花的书，如《花镜》，便是他常看的。他不单是知道种法，大部分还要知道花的名称，因为他得到一种花时，喜欢盆上插一条短竹签，写上植物的名字。这一时期，他读抄过《南方草木状》、《兰蕙同心录》、《广群芳谱》、《释草小记》、《毛诗品物图考》、《茶经》、《五木经》、《耒耜经》等有关植物方面的书。特别需要指出的，他还抄过《野菜谱》。此书是讲遇到荒年，食粮不够，野菜可以充饥，谱上所画就是可食之野菜。鲁迅为什么要抄写此书，周作人有过说明：“这书还有一样特色，它的品种虽是收得比较少些，但是编得很有意思，在每一幅植物图上都题有一首赞，似歌似谣，虽或有点牵强，大都能自圆其说。鲁迅影写这一卷书，我想喜欢这题词大概是一部分原因，不过原本并非借自他人，乃是家中所有，皮纸大本，是《农政全书》的末一册，全书没有了，只剩此一册残本，存在大书橱的乱书堆中。依理来说，自家的书可以不必再抄了，但是鲁迅却也影写了一遍，实在只是对于《野菜谱》特别的喜欢，所以要描写出来，比附载在书末的更便于赏玩罢了。
上面提过，鲁迅在少年时代，常看的植物学书是《花镜》。鲁迅不仅看了此书，还在上面写下了许多自己的注解。《花镜》，作者陈子，又名扶摇，别号西湖花隐翁，杭州人。一六八八年，他完成了这部专门论说种花技术及相关理论的著作。全书共六卷，第一卷是栽花月历，第二卷栽培总论，第三至第五卷是栽培各论，第六卷附禽兽麟虫考。作者在《自序》中说：“余生无所好，惟嗜书与花。年来虚度二万八千日，大半沉酣于断简残编，半驰情于园林花鸟，故赢笔乘书囊。枕有秘函，所载花经、药谱。所以《花镜》又名《秘传花镜》，显然凝聚了作者一生的心血，是经验之总结。该书尤为值得注意的，是提出了通过人工培育，可以改变植物特性的观点。鲁迅看过的那本《花镜》，现存绍兴鲁迅纪念馆。
这个时期接触植物学，一是爱好兴趣所使，但也不排除他作为课余的调节，是摆脱成天读古书所带来的沉闷的一种方法，从花木之中寻找生的灵气，我想应是他喜欢植物学书的另一理由。
离开家乡，到南京到日本，以后在北京、上海等地生活，他对植物学的兴趣不减。这时期，由于学业、工作乃至生活等关系，他没有将植物学作为他的主业来研究，但他随时留心，心中对植物学的那片亲情始终留存不泯。他抄录古籍中的植物学内容，校勘古代植物学典籍，翻译外国植物学著作，逢人便讲草木，在居住点种树栽花。这时，他既有少年时的相同点，体现出对绿色生命的渴望，是解除沉重生活压力，抵制没有生机社会的一种手段；但又有所不同，他更注重将植物学的知识与生物进化论联系起来，他比较注意吸收植物学学科的理论与方法，更系统地掌握近代植物学的科学知识体系。所以，既是感性知识的积累，又是理性思想的升华。
南京，是他学习近代自然科学的起点。这时主要学的是有关开矿的基础和专业课，植物学不是专业的内容。可鲁迅还是留心观察植物，搜集材料，现存他所作的《莳花杂志》二则可见一斑：晚香玉本名土螺斯（英语tuberose的音译），出塞外，叶阔似吉祥草，花生穗间，每穗四五球，每球四五朵，色白，至夜尤香，形如喇叭，长寸余，瓣五六七不等，都中最盛。昔圣祖仁皇帝（指康熙帝）因其名俗，改赐今名。
里低母斯（英语litmus的音译，即石蕊），苔类也，取其汁为水，可染蓝色纸，遇酸水则变为红，遇硷水又复为蓝。其色变换不定，西人每以之试验化学。
在南京时，鲁迅还写过一些诗，从这些诗中，也可窥视他对植物的一往情深：
莲蓬人
芰裳荇带处仙乡，风定犹闻碧玉香。
鹭影不来秋瑟瑟，苇花伴宿露瀼瀼。
扫除腻粉呈风骨，褪却红衣学淡妆。
好向濂溪称净植，莫随残叶堕寒塘。
又《别诸弟三首》之二：
日暮舟停老圃家，棘篱绕屋树交加。
怅然回忆家乡乐，抱瓮何时共养花？
一九〇一年初夏，寓居上海的湖南长沙人林步青，写了《惜花四律》，鲁迅从《海上文社日录》读到此诗后，写了《惜花四律·步湘州藏春园主人元韵》。从这些诗中，可以看到鲁迅对植物的款款深情，现录二首如下：
鸟啼铃语梦常萦，闲立花阴盼嫩晴。
怵目飞红随蝶舞，关心茸碧绕阶生。
天于绝代偏多妒，时至将离倍有情。
最是令人愁不解，四檐疏雨送秋声。
繁英绕甸竞呈妍，叶底闲看蛱蝶眠。
室外独留滋卉地，年来幸得养花天。
文禽共惜春将去，秀野欣逢红欲然。
戏仿唐宫护佳种，金铃轻绾赤阑边。
惜花之情跃然纸上，对植物生命之爱，还用我们再多费笔墨么？
旅日几年，他对植物学不再停留在直观认识接触的阶段，而是从学科的角度去加以接受和研究，知识更为丰富系统，理论水平得到提高，对他认识科学本身以及他思想上真正接受进化论，都有重要作用。他读了相当多的近代植物学家的著作，从他所写的《人之历史》、《科学史教篇》等文看，他接触或读过瑞典生物学家、动植物系统分类的创立者林奈、法国生物学家兰麻克、大诗人歌德、瑞士植物学家德堪多以及达尔文等人有关植物学方面的著作。如他在《人之历史》一文中介绍了林奈和歌德的著作的特点及贡献。他介绍林奈时说：“林那者，瑞典耆宿也，病其时诸国之治天物者，率以方言命名，繁杂而不可理，则著《天物系统论》（现通译《自然界系统》），悉名动植物以腊丁（即拉丁文），立二名法，与以属名与种名二。……且所著书中，复各各记其特点，使一披而了然。在讲到歌德时说：“著《植物形态论》，谓诸种植物，皆出原型，即其机关，亦悉从原官而出；原官者，叶也。介绍言简意赅，特点与贡献顿时呈献出来。据许寿裳讲：在日本弘文学院时，鲁迅买了日本人三好学著的《植物学》两厚册，且发动同学在所住的地方一起种花草。
留学归国后，在杭州、绍兴时，他一方面积极采制植物标本（下一节详述），一方面从古书中抄录有关植物学的内容。他所抄录的两大册《说郛录要》，所录皆是花木类的谱录。在此类手抄的谱录中，他最看重的是《南方草木状》和《岭表录异》。他为了想更好地保存和传播这两种典籍，想将它们校刊予以出版，其中的《岭表录异》已经辑录校勘完成，时间是在一九一〇年至一九一一年初，鲁迅根据武英殿聚珍本为底本，进行增补校订。在一九一三年十一月四日的日记中提到了校勘稿：“下午得二弟所寄书一束，内《急就篇》一册，写本《岭表录异》及校勘各一册。后来，他在《三闲集·鲁迅译著书目》一文中的“所校勘者，为栏里，清楚地写上“唐刘恂《岭表录异》三卷（以唐宋类书所引校《永乐大典》本，并补遗。未印。）该书分上中下三卷。上卷收四十一条，讲的多为岭南的地理气候，风土人情；中卷也收了四十一条，内容系岭南的花草菜果，树木禽鸟；下卷共四十二条，讲的是鱼虾水产昆虫等物。不知何因，此书未能出版，现鲁迅的校勘本仍存北京鲁迅博物馆中。《南方草木状》未校勘，抄本现藏绍兴鲁迅纪念馆。此外，辛亥前后，鲁迅还抄录过竹谱、笋谱。