翠微峰匪首黄镇中，原系国民党江西省第八专署专员兼保安司令，后又任豫章山区绥靖司令，统治宁都、云都、兴国等8县达10年之久。渡江战役之前，黄匪即在山区开始了“苦心经营”，强拉群众数百名，费时4个多月，改造地形，修建工事。同时，搜刮民粮万余担，抢劫大批财物，连同修造所、发电厂、碾米厂等一起搬进了翠微峰各大小山洞，企图顽抗。黄匪吹嘘“翠微峰乃上帝为我设计的天然险地”，要坚守3年。人民解放军发起赣南战役后，黄匪乃聚集其所属宁都常备团、独立团、兴国保安大队、戡乱大队、特务营等将近2000名匪徒，携带种种炮10余门、轻重机枪20余挺、长短枪1000余支，退踞翠微峰。解放军第48军之第144师奉命剿灭该匪，经过多次侦察，摸清了翠微峰的地形和黄匪的兵力部署，制定了周密的作战计划，并在部队中进行了深入的政治动员。8月31日，部队开始外围扫荡式作战，至9月19日，攻占土匪的大部分外围据点，并将土匪分别包围在几个孤立的山洞内，迫使部分土匪缴械投降。接着，剿匪部队采取夜攻昼停的办法，使土匪白天疏于戒备。9月23日上午，突然发起总攻，经7个小时战斗，俘获匪首黄镇中，全歼土匪1800多人，首创中南军区剿匪攻坚战的成功范例。
盘踞井冈山地区的肖家壁股匪，为国民党“井冈山绥靖区反共自卫军第一纵队”。肖匪有嫡系武装“民防指挥部”，共600余人。解放军第48军之142师奉命剿灭井冈山地区匪患，解放革命老区。9月22日，剿匪部队开始行动，按照“擒贼先擒王”的原则，采取奔袭战术，先捕肖匪。28日，在群众的协助下，将肖匪捕获。“司令”落网，残匪“树倒猢狲散”，大部土匪纷纷向解放军投诚。解放军乘势由永新向井冈山区前进，又连续剿灭陈振华、王子华股匪，接着又在遂宁歼灭陈树勋匪部。彻底平息了井冈山区土匪，使失陷达15年之久的中央革命根据地又回到了人民手中。
湖南地区的剿匪作战。1949年8月，湖南军区开始先以收编方式在湖南解决了4.3万多人的游击武装。11月中旬，第46军在湖南，相继展开对土匪清剿。在短短一个月之内，共歼灭匪众2.1万多人，匪首王春晖所率的交警“湘南纵队”，保一师和“湘赣反共救国军”陈光中部等主要股匪基本被歼灭。接着各部队乘胜追歼，扩大战果，至12月底，又收编游击武装8万之众，歼匪4.6万余人。初步稳定了湘东北、湘南的社会秩序，为湘西地区剿匪工作的全面展开打下了基础。
湘西地区和常德、邹阳的边沿地区，古往今来就是土匪的老巢，早在300多年前，这里土匪已开始成灾，尤其是近百年来的各色反动统治者又奉行养匪害民政策，对土匪头子封官加爵，使土匪成为难割的毒瘤。白崇禧、宋希濂在逃离湖南之前就曾数度前往湘西地区，召集各路匪首开会，把土匪武装编为国民党的“暂编军”和“反共游击队”。国民党的地方团队和散兵游勇成了土匪的骨干，土匪头子皆是国民党军官和地方官员，因此，湘西便成了解放后全国少有的匪患重灾区之一。
1950年初，湖南军区根据中南军区的指示，集中第46军、第47军和第二野战军驻湖南的第144师及地方部队共20万人，全面进剿匪患重灾区的土匪。头3个月，解放军先后经过在八面山、长田弯、湛（江）怀（化）黔f阳）边界、麻阳、兴隆场、古丈、江垭地区和牙冈地区的8次较大合围，共歼灭土匪2.2万多人，解放了湘西8座县城及广大农村地区，初步打开了湘西地区的局面。其中，攻打八面山“湘川黔反共根据地”是这个时期湘西剿匪的重要一仗。
大土匪头子、暂编第一军军长陈子贤，于1949年12月底在台湾国民党指示下，与湘西着名的匪首翟渡平、师兴周等在龙山县之岩科洛，召开会议。最后商定要统一军政组织，建立以八面山为中心的“湘鄂川黔反共游击根据地”，与解放军长期对抗。八面山东西长90华里、南北宽40华里，四面均是悬崖陡壁，仅有大小岩石、鹅公头、望乡台、新门峡和其他几个岩梯可以上山，地势非常险要。陈子贤纠集4000多人，盘踞山中，他们在通往山上的路口和岩梯上均设有闸门、碉堡和堆积大量的滚木雷石。岩间有4个洞，陈子贤的司令部即在洞里，洞里屯粮数万斤。为此陈匪给蒋介石打电报大吹，要把八面山建成大陆的“小台湾”，“解放军是不可能打下八面山”。蒋介石即刻回电打气，“在八面山空投支援”。解放军第46军141师为了消灭八面山上的土匪，准备了许多绳索、梯和长杆挠钩，并积极研究和反复演习爬岩攻洞的方法。1950年1月19日，攻山战斗打响。解放军似神兵天降，并未从土匪已把守好的大小岩门攻击，巧妙地从大小岩间的悬崖壁上攀援而上，占领了八面山，消灭了把守路口的土匪，匪首师兴周见势不妙，率主力向四川境内逃去。攻击部队接着攻进土匪司令部所在地营子洞，攻下了八面山，歼匪800多人。土匪主力3000余人在逃跑中，被解放军全歼。仅有匪首陈子贤漏网。
广西是桂系军阀的老巢，是中南地区匪情最为严重的地区之一。1949年12月中旬，广西军区集中10个师、连同地方部队共14万余人，开始进剿广西境内的土匪。剿匪部队巧妙地应用军事打击和政治争取两种手段，在不到两个月的时间内，运用和平改编和劝降的方式，就收降改编桂西北滇桂边区国民党残余武装20股，计1.4万多人。中期有国民党桂西军政长官莫树杰、桂北军政区司令周祖晃、桂北纵队司令莫致、滇桂边区司令张光伟等人及所部。由于解放军声势浩大，动作迅速，土匪的骨干力量迅速被歼，各种反动措施未及开展即被打乱，使土匪来不及组织抵抗，全省获得暂时稳定局面。与此同时，广东省军区也集中第41军2个师、第48军1个师和包括两广纵队在内的地方部队，从1949年11月至1950年3月底，重点进剿了北口地区的阳山、连山、连县和西江地区去浮县西山一带的股匪，全歼“广东反共救国军”第九军李楚瀛等主要股匪3.8万多人，使广东的匪情得到了暂时缓解。有力保障了解放军渡海作战。
西南地区，是解放最晚的地区。由于蒋介石亲自在该地区精心策划，使得西南地区刚解放时，土匪就开始掀起了大规模暴乱，匪情极为严重。1950年1月下旬，解放军驻四川的部队，根据西南军区司令员贺龙、政治委员邓小平的指示，推迟进军西藏的准备工作，开始全面进剿四川各地的大股土匪。其部署为：以王近山、谢富治指挥第1l、第12军的6个师进剿川东地区的土匪；由第10军军长杜义德、政委王维钢指挥第10、第18军各3个师和第15军2个师共计8个师，进剿川南地区的土匪；由张祖谅、李井泉指挥第60军3个师、第62军和第6军各2个师，共7个师，进剿川西地区的土匪。2月9日，西南局召开了第一次全体会议。会议强调指出：“剿匪已成为西南全面的中心任务，不剿灭土匪一切均无从着手。”要求各级党组织、人民政府、解放军指战员必须坚决完成好剿匪作战任务。各剿匪部队经过一个多月的作战，在川东、川西3个地区共计歼匪4.5万多人，初步打击了土匪的气焰。
西北地区的初期剿匪是从1949年11月开始的。西北军区部队对境内股匪进行了全面清剿。1949年10月中旬，盘踞甘肃临夏地区的阿里马兔和马匪残部马金山、马保等股匪约3000人，与“大陆忠义救国军西北回民支队”钱勇戈、马积福匪部近千人，围攻临夏、定西的新生政权。驻青海西宁的解放军第一军第一师，于28日赶赴临夏、定西，在1个月内共进行大小战斗6次，全歼阿里马兔股匪1000余人。临夏、定西解围后，解放军第4军第11、第12师和该军骑兵团相继开赴这个地区，分区驻剿残匪。12月，钱勇戈被俘，马积福被迫投降。
1949年11月，青海境内马步芳、马鸿逵残部近万人，在甘肃临夏、定西散匪配合下，先后在大通、门源、湟中等地及西宁附近，有计划发动一系列的武装暴乱。西北军区急令驻青海的第一军进行清剿，迅速平息匪乱。第一军第二、三师立即投入战斗。在强大的军事打击下，解放军模范执行民族政策，分化瓦解土匪，使土匪纷纷就歼、投降，至月底，彻底平息了西宁周围地区的土匪暴乱。
与此同时，解放军第19军第55师的两个团，展开对陕南王凌云指挥的“鄂陕边自卫总队”、“川陕边人民自卫军”等股匪的清剿。全歼该地区土匪，共计300多人。解放军第一军第一师和第四军第11、第12师及陕西榆林军分区第五团、伊克昭盟骑兵第五师等部，分别清剿陕北高怀雄、张延芝，甘肃马英贵、马镇中，青海马成贤、马老五和宁夏马绍武等股匪，取得重大胜利，并歼匪2600多人。至此，西北除新疆省外，主要股匪大部被歼，残部被迫分散隐蔽起来。
整个西北地区出现了一个暂时平静的时期。
重点清剿大股土匪
1950年春，新解放地区的全面剿匪作战取得了一定的成绩，在一些地区基本上平息了匪患。但是，由于多方面因素，使得匪患再度抬头。其一，人民解放军在继续向沿海岛屿、陆地边缘地区进军，继续完成消灭国民党军残余力量，守卫边、海防的任务，一时无法抽调足够力量对付土匪。并且第一阶段的剿匪作战，对土匪的歼灭性打击不多，大多是被击溃、打散。其二，台湾当局稍稍稳定后，便开始成批派遣特务头子和特务武装，潜人大陆充当土匪骨干。加之朝鲜战争爆发，美国的介入，台湾当局又聒噪一时，大肆吹嘘“第三次世界大战已经爆发”、“国民党军即将反攻大陆”，无疑又使各地的土匪有恃无恐。据不完全统计：仅华东地区，从3月到6月，内窜的匪特就达155股，共3700多人。其三，人民解放军在剿匪作战中，不仅对匪患的实质、严重性认识不足，造成军事上分散用兵，未能给土匪歼灭性打击，并且在剿匪过程中又普遍出了“宽大无边”的政策性失误，许多土匪尤其是那些罪大恶极的匪首被轻易宽大处理，该杀的不杀，轻而易举地登记后又放走。
对这些反动分子实行宽大，实际上是放虎归山，是对人民的犯罪。这一失误产生了极严重的后果。一方面剿匪剿之不灭，造成军事上被动，另一方面助长了匪焰，使广大已解放地区又陷入土匪的控制之下，广大人民和新建立的人民政府受到了更加野蛮的摧残。如在广西桂北地区匪首李基率匪4000余人到处抢劫，单烧民房即达数千间，被解放军捕获后不久释放了，后来该匪重组党羽，杀群众数百人，烧民房若干间。博白县一农会主席捉一匪首，被人民解放军宽大释放了，该匪将农会主席全家42口全部杀掉。这样的血债太多了。大别山区的群众曾一度怀疑解放军是否和土匪是一伙的。广西的群众更喊出了“天不怕，地不怕，就怕毛主席讲宽大”、“入农会被土匪杀头，当土匪共产党宽大”等。
从1950年3月开始，新解放军的土匪在台湾国民党特务的操纵指挥下，重新整顿队伍，公开以“反共求国”为旗帜，并利用春旱造成的灾荒，蛊惑群众，扩大其势力，有计划有组织地进行全面地破坏活动。早有匪患的地区又重起，中南、西南、华东、西北各地区土匪又开始成倍增加，土匪暴乱的规模也更大，组织也更严密，手段也更为残忍。广西就是当时中南地区乃至全解放区匪情最为严重的地区。据不完全统计，自4月下旬至5月下旬30多天中，全省发生暴乱达80余次，其中52个区被匪攻陷，烧毁桥10多座，抢粮60万斤。不仅如此，广西全境的土匪的组织指挥日渐统一。据中南军区1950年9月份的匪情综合记载：广西省除部分无一定组织之股散匪以外，大部股匪统由“中国人民反共救国军”广西“总指挥”李品仙指挥，下辖第一方面军姚槐部，“第十兵团”夏威部，“桂中军政区”向天雷部，“桂东军政区”部，“桂南区反共救国军”罗治郭部，“反共救国军西南指挥部”庞清部，“黔桂连军政区”陈兴参部，“湘桂黔边人民自卫军”等共约17个军、33个师、28个纵队、11个独立支队、19个独立团。以上土匪均为白崇禧、李品仙、张发奎、夏威共同指挥。在行政组织方面，统由广东“省长”方一引及“广西军政区长官公署主任”夏威指挥，除积极建立县、区、乡等政权外，已划定12个专区均由各“师长”兼任“专员”。广西的匪患已达到登峰造极的程度。
华北地区，50年上半年新增加土匪万余人，土匪策动的暴乱达40起。1月至8月全区被土匪杀害和抓走的干部就有2200多人。西北地区的甘肃、新疆，1950年3月以来发生大规模的土匪暴乱。陕西、宁夏的残匪也蠢蠢欲动。西南地区虽然是第一阶段剿匪较为彻底的地区，但因西南地区的封建势力、宗教迷信势力、国民党残余势力根深蒂固，自1950年2月以来也发生大规模土匪暴乱。四川境内被剿灭的残匪也慢慢开始重新作猖。西南地区的贵州省匪情发展极为严重。自1950年2月土匪开始大规模暴乱以来，贵州省全境，土匪已发展到百万余人、3700余股，遍布全省所有的县、区、乡。80%以上的各级地方政权被捣毁、夺占，各地工作陷于瘫痪。解放军剿匪部队的作战行动也处于被动甚至挨打的局面，有的小部队竟然被土匪包围消灭。3月23日，贵州军区司令员杨勇、政委苏振华召开剿匪作战会议，被迫作出了“为集中兵力剿匪、摆脱被动，主动放弃已解放的23座县城”的决定。可见匪患已成为威胁新生的人民民主政权乃至共和国安全的重大政治性问题。如果不彻底剿灭土匪，将会演成难以预料的局面，轻则国无宁日，重则会使新生的人民政权遭到颠覆。
1950年春的匪患，引起了中共中央、中国人民解放军总部以及全国人民的高度重视。从3月开始，中共中央、中央军委向全党、全军、全国发布了剿灭土匪的指示。3月16日，在《剿灭土匪，建立革命新秩序》的方针指导下及党政军各界、人民解放军又在新解放的地区展开了剿灭匪患的第二阶段大规模作战。