我既没有突出的理解力，也没有过人的机智。只是在觉察那些稍纵即逝的事物并对其进行精细观察的能力上，我可能在普通人之上。
——达尔文
（一）
1827年秋天，达尔文回到家中，向父亲坦白了自己在大学里的所作所为，并表示自己不会再继续学习医学。罗伯特医生失望极了，他觉得达尔文的行为完全背离了他的初衷，辜负了他的期望，本来打算让达尔文继承自己事业的计划也泡汤了。
最后，罗伯特医生告诉达尔文，既然不愿意学医，那就没必要继续留在爱丁堡大学白白浪费钱财了，干脆去当牧师好了。他要求达尔文结束在爱丁堡大学的求学生活，准备到剑桥大学学习神学。
达尔文对父亲的这个决定感到突然和茫然，他争辩说：
“爸爸，我不适合学医，也没兴趣学习神学，您为什么总是让我去学习那些我不感兴趣的东西呢？”
“那么你对什么感兴趣？除了各种鸟和各种死虫子，你还喜欢什么？”固执的罗伯特医生还是认为儿子的兴趣是不务正业。
达尔文无法拒绝父亲的要求，为了不与父亲发生对抗，他请求父亲允许他“考虑”一段时间。然后，他来到梅庄的乔赛亚舅舅家，请舅舅帮他拿主意。
这时，乔赛亚也收到了罗伯特医生的来信，他答应会帮忙劝劝达尔文去剑桥大学学习神学。因此，当达尔文问舅舅的意见时，乔赛亚说：
“查理，你应该听从你父亲的决定。当然，我并不是劝说你绝对信仰神学，为神学奉献一生。我认为，作为一门学问，神学还是可以研究的。”
“可是，那我喜欢的生物学不就全部报废了吗？”
“学好神学，当上牧师，你还是可以继续坚持你的生物学爱好。”乔赛亚说，“历史上很多着名的人物，像哥白尼、布鲁诺、牛顿，还有现任大学教授赛奇维克都曾学习或研究过神学，有的还担任过圣职。不过，我希望你能像哥白尼、布鲁诺那样，从神学走向科学。”
听了舅舅的话，达尔文觉得很有道理，而且他也没有理由再拒绝父亲了，因为他感到很对不起父亲，总是让父亲失望。
于是，达尔文接受了父亲的建议，申请到剑桥大学基督学院学习。1827年10月，校方批准了他的请求。
然而，由于达尔文在离开布特勒学校后再没翻过一本古典文学方面的书，就连在爱丁堡所学的，也因为老在外面旅游而忘得干干净净。所以，他只好在家猛补功课，以便在开学后能够尽快适应学校的教学进度。
1828年1月8日，达尔文正式进入剑桥大学基督学院，学校期限为三年。
19世纪前半叶的剑桥大学有很多方面都与今天不同。几座古老的学院楼舍虽然历经风雨，在近150年的岁月里并无太大变化，但周围的环境却变得无法辨认了。过去，这里仅是一个拥有大约8000名居民的死气沉沉的集市小镇，如今已经发展成为一个拥有十几万人口的城市了。
达尔文虽然从小就喜爱科学和文学，对神学并没什么兴趣，但他毕竟还是个阅历不深、知识不多的青年，加上无孔不入的神学势力影响，一开始他的各门功课还都不错。他还认真阅读了约翰·皮尔逊的《论教义》，佩里的《基督教教义证验论》、《自然神学》、《伦理学》等各种神学着作，还翻译了一些古希腊文的着作，包括荷马的作品和希腊文的《圣经》，这让父亲很满意。
事实上，达尔文并没有认真的学习神学，也根本没准备当一名牧师。而且在接受了一段时间的神学教育后，达尔文逐渐发现，这里的课程与爱丁堡甚至与布特勒学校的课程安排都是一个模式，古典科目课程占据了很大的比例。达尔文还是无法接受那些妨碍他进行推理和观察兴趣的课程，于是又转而学习其他一些课程。
在布特勒学校期间，达尔文曾对几何学产生过兴趣。在剑桥大学，枯燥乏味的古典课程让达尔文感到厌烦，因此他打算继续学习数学。可对于没接触过多少数学的他来说，这也是一件十分困难的事。为此，他曾在1828年夏天专程跑到一个数学教授家中学习。尽管如此，但学习效果并不好，无奈他只好放弃数学。
此外，他还发展了其他爱好，如美术、音乐等，但这些都是通过朋友那里学来的。上了剑桥之后，达尔文又认识并结交了很多好朋友。
（二）
由于对课程缺乏兴趣，达尔文并不经常去上神学课和语文课等，但为了不让父亲生气，每到考试临近，他都不得不放下对花鸟鱼虫的研究，着手准备功课，以应付考试。一旦考试结束，他就又扔下那些必修课，转到那些让他心驰神往的兴趣上去了。
当考试顺利通过时，他就会高兴得忘乎所以：
“我考试及格了，及格了！……那些主考人很严格的，问了我许多问题。”
这让父亲罗伯特感到很欣慰，他觉得儿子这一次正在按照他安排的道路前进。他并不知道，他的儿子又多么厌恶神学。
后来达尔文也承认，虽然有一段时间他成功地让父亲相信他对学习神学的兴趣，但其实他对英国国教和罗马天主教所传布的教义都已经失去了信仰。他发现，《创世纪》的第一章与他从科学实验中学习的东西无法获得统一。同样的原因，他也不相信圣母玛利亚的单性生殖和基督创造的种种奇迹。他对那一日三次、天天重复的祷告仪式日渐心生厌烦，他所敬仰的哥白尼、布鲁诺、伽利略还在神学院遭受变相的诽谤和攻击……如果自己日后成为一名牧师，也可能会是这样的下场。天哪，想到这些，达尔文简直不寒而栗！
虽然对神学毫无兴趣，但达尔文还是勇敢地向错综复杂的神学攻坚了两个学期。这说明他虽然不太专心，但却是一个很有耐心的学生。当然，他还是将大部分的时间都用在阅读自然科学书籍和到野外采集标本的活动上了。
在剑桥大学求学期间，搜集甲虫是达尔文认为最有兴趣的工作。这时候，他搜集甲虫依然是以兴趣为主，而不是为了研究解剖用。他常常将新收集来的昆虫和手头的昆虫图鉴进行比对，观察它们的外表是否相同。一旦发现差异，他就立即认真地记录下来。对这些昆虫，达尔文有着相当惊人的记忆力和出色的分辨力。在收集昆虫后，他通常都能十分迅速并准确地判断出它们是否属于新品种。
由于观察仔细，很多昆虫的习性都在达尔文的掌握之中。通过观察，他发现垃圾、茅草、湿地、树皮中和青苔里通常都是甲虫的藏身之所。只要多翻翻这些地方，总能找到一些甲虫，有时还能搜集到一些罕见而珍贵的昆虫品种。
有一天，达尔文又在树林中观察甲虫。不一会儿，他就在一棵又粗又高的大树上发现了两只甲虫，样子十分古怪，他以前从没见过。于是，达尔文轻手轻脚地走到树旁，悄悄伸出两只手，紧张地屏住呼吸，然后快速伸手抓住它们，刚好一手抓住一只。
就在这时，忽然飞过来一只长着透明翅膀的黑色飞虫，达尔文本能地想伸出右手去抓，可右手里已经有一只虫子了。他实在舍不得放弃这只虫子，眼看这只虫子就要飞远了，他一时慌乱，随手就把右手中的那只虫子塞入嘴巴里，准备腾出手去抓那只黑色的飞虫。
忽然，达尔文感到自己的嘴里又苦又辣。原来，那只被他放到嘴里的大甲虫见情况危急，马上分泌出一种辛辣的液体。达尔文只好把它吐了出来，大甲虫马上跑掉了。而这时，那只黑色的飞虫也早已飞得无影无踪了。
达尔文的确十分喜欢甲虫，经常孜孜不倦地想要弄清每只甲虫的名称，而且喜欢用他自己发明的一套命名方法。此后很多年，他就坚持这样做。人们为了纪念他，很多甲虫就用达尔文取的名字。后来有一天，当达尔文在昆虫学家斯蒂芬出版的《不列颠昆虫图集》中看到了标着“此虫为查理·达尔文所捕获”字样的昆虫后，别提多高兴了！晚年时，他在自己的回忆录中还提到了这件事，他说：
“诗人第一次看到自己的作品被发表时的快乐，一定比不上我在斯蒂芬的《不列颠昆虫图集》中看到‘此虫为查理·达尔文所捕获’这几个字来的更快乐。”
（三）