我必须承认，幸运喜欢照顾勇敢的人。
——达尔文
（一）
达尔文在考察和研究过程中，与莱尔教授和年轻的植物学家约瑟夫·道尔顿·胡克的通信往来十分密切。
达尔文与胡克的第一次见面是在1839年伦敦法拉特加街的小公园中。那时，胡克还是一位不善交际的青年，正准备跟随詹姆斯·罗斯的舰队去南极进行考察。他的年龄比达尔文小8岁，是着名植物学家、皇家植物园主任W·胡克的第二个儿子。
W·胡克与莱尔教授的父亲关系密切。当莱尔的父亲听说胡克将要去南极考察时，就特地从莱尔那里拿了一本达尔文的《一个博物学家的考察日记》的清样送给胡克。
胡克一下子就被达尔文的《一个博物学家的考察日记》中的内容吸引住了。读完这本书后，胡克对达尔文敏锐的观察力和丰富的博物学知识十分钦佩，他强烈的要求莱尔为他弄一本正式出版的《一个博物学家的考察日记》。
幸运的是，在出航前，胡克拿到了莱尔送给他的刚刚出版的《一个博物学家的考察日记》，并有幸结识了这本书的作者达尔文。
但由于胡克本身不善言谈，因此与达尔文的第一次会面并没有进行太深的沟通。后来经过莱尔教授的详细介绍，达尔文才知道胡克原来是自己的老师亨斯洛教授的女婿。达尔文为自己未能与胡克进行深谈而感到懊悔。
1843年，胡克考察回国。不久，达尔文就给胡克写了一封信，表示希望能早点与胡克会面，并希望胡克能将同欧洲物种近似的那些物种为他做些比较。
同时，达尔文还准备了一些生物种属的地理分布同环境条件有关的问题，打算与胡克进行探讨。这些问题的确定可以为自然选择提供更加广泛的事实根据。接着，达尔文还在信中谈到了他在加拉帕格斯群岛搜集到的植物，希望胡克能关注加拉帕格斯群岛植物区系同圣赫勒拿岛植物区系的比较。
胡克接到达尔文的信后也很高兴，并很快拜访了达尔文。在这次见面中，达尔文将他在加拉帕格斯群岛上搜集的植物都交给了胡克，并告诉他关于独立的岛上一些鸟种和海贝的信息。同时他还告诉胡克，这些鸟种和海贝同美洲大陆的鸟种和海贝有相似之处，请胡克特别注意这些事实并加以研究，是否对加拉帕格斯群岛的植物物种也能作出这样的结论。
接着，达尔文又向胡克指出了同研究各群岛的动物区系有关系的各个作者，并请胡克注意，关于植物是否能认为在世界各地极为普遍的物种数目已经很多？对于这些问题，达尔文都已经深思熟虑过了。胡克是这方面的专家，他希望能得到胡克的帮助。
自从拜访过达尔文之后，胡克与达尔文的交往便日渐密切，书信往来也不断。遇到不同的看法后，他们也各自都能坦诚地表明自己的观点，进行互不相让而又十分友好的辩论。
在达尔文的健康状况恶化后，胡克也是唯一的在唐恩庄园一呆就是几天，有时甚至一呆就是几周的客人。每次来，胡克都会带着自己的着作，并独立地从事研究。吃完早饭后，达尔文把胡克请到自己的工作室，与他聊上半小时，从他那里“吸收”一些有关植物学和植物地理学方面的知识，有些问题是达尔文在钻研“物种”时积累和记录下来的，但他也会征求一下胡克这个专家的意见。
在达尔文的后半生中，胡克是他最亲密的朋友之一，也是他终生的好友。当然，胡克也成了达尔文进化理论最热心的支持者和最坚定的拥护者。他不仅为达尔文建立进化学说提供了大量的资料，还经常向达尔文提出一些疑难问题和建议，从而帮助达尔文使其理论更趋于完善。
后来，在达尔文的进化理论遭到神创论者的抨击时，胡克和赫胥黎坚定地站在达尔文的一边，扞卫达尔文的进化学说。有了他们的支持和回击，才让达尔文的进化学说逐渐得到科学界的认同与广泛传播。
（二）
1845年，达尔文修改了自己的《一个博物学家的考察日记》，并再次出版。这次修改中，达尔文删去了其中的一些累赘的东西，将“关于气候、冰川等冗长的论述”删掉了一半，同时又增加了一些新的内容，如关于珊瑚礁的起源理论、关于南美古生哺乳动物的形态、关于巴塔哥尼亚高地的地质以及关于动物灭绝原因等方面，都进行了增加或补充。
达尔文将《一个博物学家的考察日记》的第二版先给了莱尔教授，认为如果没有莱尔教授的《地质学原理》，他是不会取得这么多科研成果的。
就在这时，英国出版了匿名作者的《创造的痕迹》一书，引起了达尔文的极大关注。达尔文之所以如此关注，是因为该书以一种全新的形式阐述了进化的理论思想。
该书的第一部分按照地质时期分别整理了古生物化石的大量资料，第二部分则提出了有机界的自然发展，并根据《创造的痕迹》和古生物学、解剖学以及其他自然科学的对比，来确定这一发展的自然规律。
同时，作者还在书中强调，他不愿与神学作对，也不反对上帝和上帝的意志，只反对上帝“一切都是注定的”这一说法专门参与新物种的出现。他愿意承认上帝是世界上的第一推动力，但他更扞卫科学应将规律作为上帝提出来的主张而加以研究的权利。
该书一出，立刻引起了读者的极大兴趣，但同时也遭到了博物学家的一致谴责。显然，这本书破坏了进化论思想在博物学家中间的声誉。
达尔文充满惊恐地观察着人们的反应。他很担心，未来关于物种的学说是否也会遭到如此严厉的批评？所以，他决定暂时放下正在写的关于物种的书，并推迟了付排和出版的准备工作。正如他给胡克信中所写的那样：
“当时我正处于思维清醒的博物学家的舆论中，弄不好就会声誉扫地。”
况且，当时达尔文的主要注意力已经放在新的着作上了。达尔文在写完南美地质学后，正如给胡克写的信中说的那样：
“出版一些动物学，以后就欢呼胜利！再出版关于物种的书。”
当年在智利海岸时，达尔文曾找到过一个非常值得注意的蔓足目类型的蟹，它钻进另一个蔓足目蟹的甲壳里。后来，达尔文就开始对蔓足类动物进行研究。从1846年到1854年，他整整用了8年的时间。
蔓足类，或称蔓足目蟹，是一个极为特殊的动物群体。它们是海生形态的幼虫，对于低级的甲壳纲来说，它们是所谓无节幼虫典型的六条腿浮游形态。这个无节幼虫的身后长了很多小腿，后来便变为蔓足目更为复杂的幼虫，幼虫增加了两片鳞，用它的触须固定在任何一个培养基上，并再次蜕变成为成年的“固定动物”，也就是牢牢地固定在培养基上的动物。
它的躯体上的小腿长成触须一般，“蔓足目”的名称也由此而来，同时用这些小腿将食物划动到嘴里。鳞上还覆盖着几块甲壳，有的类型则好像被小塔一样的石灰质薄片围绕起来。在激浪地带，被大量的胶状物质固定在陡峭的海岸上的海中橡实就是如此。
为了弄清这种蔓足动物的构造，达尔文开始解剖和研究其他常见的蔓足目形态，这也不知不觉地让他有必要重新去研究整个的一类动物。
以前，这类动物在分类上十分混乱，每个学者在对蔓足类分类时，都根据自己的喜好进行；加上这类动物在许多品种和变种变化无常，因此在一些科学着作中讲述的种类也让人弄不清到底属于哪一种。
达尔文搜集了大量的蔓足类动物，以便能进行充分的研究。在他的办公桌上，有一个玻璃瓶子，他经常几个小时地望着瓶子，注释着里面这些动物身上的每一个细小的形状，以及每一个器官的活动情况。
通过观察，达尔文发现，蔓足目中的大多数动物都属于两性动物，一会儿是雌性发挥作用，一会儿是雄性发挥作用。它们的固定形态异体受精之所以容易，就是因为浮动的幼虫固定在培养基之上。
经过艰苦的研究，达尔文明白，在确定各个物种和各个变种之间的差别时是多么困难。难怪达尔文后来称变种为“开始发展的品种”，而物种则是“发展完成了的物种”。
比如，他在1853年9月25日在给胡克的信中写道：
……对我本人来说，唯一的疑问就是：这种类型究竟是今天正在变异呢，还是昨天已变异了？
……在把一定数量的类型作为不同物种而加以描述后，我撕毁了手稿，并把这些类型合为一个物种；然后我再次撕毁手稿，把这些类型又分成一些单个的物种；然后，我又把它们合为一个物种（这种事经常发生）。我气得牙齿咬得咯吱咯吱地响，诅咒物种，并且问自己：为什么我要受到这样的惩罚呢？……
（三）
在研究蔓足类动物的期间，达尔文经常病倒，患病的次数甚至比他一生中任何时候都多，1845年他在给胡克的信中写道：
……我的健康几乎总是老样子，时好时坏。我想，在最近的3年内，我没有一天或者一夜不感到胃疼，而且在大多数日子里，我的体力也无时不在急剧地下降。
在他的病情加剧时，由于各种学术争论需要付出力气，并会引起激动，因此每次外出旅行都会让他感到不安，这也会导致他的身体更加不适，结果他可能需要一连躺上几小时，有时甚至要躺上几天。在这个时期，达尔文的工作时间每周只有两天，而一天也仅能工作一两个小时而已。这既影响了他的心情，又影响了他的研究进度。
到了1849年，有人劝达尔文去进行水疗，称也许能对他的病情有利。因此在这一年，达尔文前往伦敦北方的城市莫尔文的一个水疗机关度过了16周。水疗对他的病情有一定的缓解效果，同时也让他每天的工作时间增加了半小时。
在这个时期，达尔文偶尔还去参加英国科学协会的会议，但并非每次都成功而愉快。在1849年时，他到伯明翰参加英国科学协会会议就非常不成功。因为在会议上“由于长时间的朗诵”而使达尔文感到“精疲力竭”。
然而，比这更大的打击是家中不断发生的不幸变故。
1848年11月13日，多年患中风的父亲罗伯特医生去世了，令达尔文十分悲恸，又一病了好一阵子。
更为不幸的是，1851年4月23日，达尔文最疼爱的女儿安妮被猩红热夺去了年仅10岁的生命，达尔文忍不住泪流满面。幸运的是，他的其余子女（共有7个：5个儿子和2个女儿）都比他们的父亲活得久。
最终，达尔文用了8年的辛苦钻研换来了长达1083页的《蔓足亚纲》一书，并分类出版。如果从经济方面考虑的话，这部着作出售所得的款项勉强可以抵得上出版所花的费用，但它令达尔文在生物学领域经受了多方面的严格考验，也弥补了他在青年时期缺乏系统学习和练习的不足。
专心于蔓足目动物的研究，其重要意义首先在于它证实了达尔文提出的进化理论，让达尔文后来无论在细节上，还是在批判地利用各种材料作为理论结论方面，都避免了犯较大的错误。
1853年11月，达尔文荣获伦敦皇家学会皇家奖章。
总之，达尔文在唐恩庄园开始了他一生当中的第二个时期。在这个时期当中，时间就像钟表一样有节奏地过去，使他创作出了许多有价值的、重要的的着作。