科学就是整理事实，以便从中得出普遍的规律或结论。
——达尔文
（一）
1834年1月12日，“贝格尔”号开进了宽阔的圣胡利安港海湾。
这个地区的内陆十分荒凉，大家本来已经十分疲惫，可在这里却找不到淡水，都渴得要命。后来，他们登上一个小山丘远眺，发现距离他们很远的地方有两个闪闪发光的湖泊，可大家都累得筋疲力尽，根本没有力气再去那里找水。如果到那里后发现是两个咸水湖的话，那他们就没有力气再走回来了。
最后，达尔文自告奋勇地表示要单独过去看看，如果有水的话，他就发出信号通知大家。
大家都不安地目送着达尔文，看到他在地图上被人们称为“渴丘”的丘巅之上走下山，走到一个湖边。可他很快就离开了这个湖，又向另一个湖走去，同样很快又离开了。原来，远处的两个貌似“湖”的地方只是盐的堆积物，根本不是湖。
既然没有淡水，这里就不能停留。几天后，“贝格尔”号又重新扬帆，向麦哲伦海峡驶去。
麦哲伦海峡的两岸具有过渡性特征。在这里，巴塔哥尼亚的生物和火地岛的生物混合在一起共同生存着。每个地方的植物都很多，沿途的植物也是随处可见。
2月初，“贝格尔”号停泊在饥饿港。随后，达尔文登上了海拔600米左右的塔尔恩山进行考察。山上树木茂密，海峡里暴风怒号，可山上的树叶却一动不动。山上堆满了大量腐烂树干的深沟和河谷，人只要一踏到这些树干上就会陷下去。有时想靠一下某些树干，但轻轻一碰这些树干就会变得粉碎。
继续往上走，树木越来越矮小，到了山顶便光秃秃的什么都没有了。站在山顶远眺，周围全是一些不规则的山脉，上面点缀着片片雪迹，还能隐约看到绿里透黄的河谷和一些大海的支流。
“贝克尔”号本来打算去测量火地岛的东湖，但有消息传来说，高楚人发生了暴动。因此，“贝格尔”号只好向南拐，继续测量东火地岛的东岸。
在圣塞瓦斯蒂安港，达尔文看到了一副壮观的景象：无数条口内有齿的抹香鲸正在嬉戏。它们全身跳出水面后，再侧身扣打下去，发出巨大的拍水声，这种声音就像大炮发射的声音一样。
“贝格尔”号绕过位于东火地岛东南端的圣地亚哥角时，陷入了一个又大又危险的漩涡。“贝格尔”号在漩涡中左右摇晃，最后被冲到乌拉斯图岛。
达尔文以前曾在这里碰到过最可怜的火地岛人。这些部落完全处于不开化的状态，相互之间都会为一片荒无人烟的地带或中立地区所隔离，彼此争夺那少得可怜的生活资料，即悬崖下和海岸上的贝壳、鱼类和海豹等。同处于原始状态的人的多次相见，让达尔文开始扪心自问：我们的祖先以前就是这样子吗？我们对他们的手势、动作和表情的了解，还不如对家畜了解得多！
2月26日，“贝格尔”号进入他们曾经探过险的贝格尔河。3月初，达尔文和菲茨罗伊舰长在一个晴朗的日子一起参观了朋松布海峡的北部，还参观了付里阿海港。随后，“贝格尔”号又停泊在福克兰群岛附近的巴尔克里湾。
在这里，达尔文带着两名高楚人，环绕该岛进行考察。他在途中经常碰到一小群大雁和田鹬。而野牛和从前法国人运到这里的马匹却引起了达尔文的注意。他看到高楚人灵活地用绳子套住野牛，用刀刺牛的后腿跟腱，刹那间就将刀刺入牛的脊髓顶端，然后将野牛杀死。达尔文与高楚人一起分享了一顿野牛肉，连皮都烧烤着吃掉了。
达尔文发现，在福克兰群岛上，野牛在不断增多，而且健壮结实；可野马却在不断退化，许多野马都患上了跛脚痛。达尔文认为，马的跛脚病是由蹄子变长引起的。这些都表明，有一类型的生物能比其他类型的生物更能适应新的生存环境。
这次考察是十分艰苦的，因为一开始他们就遭遇了几场夹杂着冰雹和雪的大雨，但高楚人对环境的适应能力很强，能在毫无防风措施的情况下将火吹旺，燃起篝火。后来虽然天气日渐暖和，可随行的马匹却经常滑倒，达尔文的马就滑倒了十几次之多。无奈之下，达尔文一行只好涉水经过海湾进行考察。
（二）
4月7日，“贝格尔”号起锚，向巴塔哥尼亚驶去。13日，它停泊在圣克鲁斯河。
4月18日，菲茨罗伊舰长带着25名船员乘坐三只捕鲸船，动身沿着圣克鲁斯河上游对该河进行考察。
河谷中都是光秃秃的沙漠，上面稀稀拉拉地长着一些毫无生气的植物和带刺的灌木。在各种动物之中，以羊驼最多，沿途他们还发现许多脖子脱臼和骨折的羊驼骨骼，这是天空中的秃鹫、白兀鹫和地上的美洲狮共同的战绩。灌木丛中还有许多经常受小狐狸追逐的小鼠，它们长着一对大耳朵和一身软软的毛。
此后，达尔文一行又发现了这里的一些新情况。这里的地质情况发生了变化，稀疏的小玄武岩砾石没有了，出现了更坚硬的石块，然后是一整座玄武岩地台，河水穿过它们流动。玄武岩的厚度显着增大。达尔文认为，这是海底上升，河水又找到了另外的通道所造成的结果。
29日，科迪勒拉山脉的一群雪峰出现在地平线上。开始时，达尔文遇到了大量的斑岩砾石。根据地质情况进行考察后，达尔文认为，从前这里可能是一片大海，当时这些斑岩砾石就在浮动的冰块上被冲来了。
5月初，达尔文等人开始返回。至此，对南美洲东岸旷日持久的测量工作终于结束了。月底，“贝格尔”号第二次进入麦哲伦海峡，经麦哲伦海峡向西岸驶去。
6月8日，“贝格尔”号驶入不久前发现的玛格尔雷纳河，并经马格尔雷纳河来到塔尔那角。那里的岩石、冰雪、风、水都令人生畏。不过到了早晨，覆盖着一层薄雪的萨尔明托山又显露出来，山麓下是一片片阴森的树林和一条条通往海边的冰川。
6月10日，“贝格尔”号又从两大悬崖——东符里岛和西符里岛之间进入太平洋。
经过半个多月的航行，6月28日，“贝格尔”号在奇洛埃岛上的圣卡尔洛斯港湾停泊。奇洛埃是个山峦起伏的大岛，到处都被密林覆盖着，生长着各种常绿树木和热带植物。岛上的居民是具有印第安血统的混血人，使用着最原始的工具开垦那里的土地。他们的主要食物是鱼类、马铃薯和肉类等。
7月14日，“贝格尔”号离开了这个潮湿多雨的地方，于23日到达智利的主要海港瓦尔帕莱索。这个地名原意为“天堂中的河谷”。从阴郁的火地岛来到这里，人们顿时感到心旷神怡，真有一种进入“天堂”的感觉。
智利是安第斯山脉和太平洋之间的一条狭长地带，这条地带又被几条与主脉平行的山脉隔开。几个最大的城市就位于这些山脉中间的盆地中。
一个月后，达尔文开始出发去考察安第斯山脉的地质构造。在西海岸，现代的贝壳在距离海面几百米高的地方出现，有些贝壳在离海几乎有400米高的地方出现。达尔文发现，这些贝壳存在在黑里透红的土壤层原来是海里的淤泥，它里面还充满着微小海洋生物的残存物。由此他断定，这个地方应该有着大规模海岸上升的历史。
达尔文还注意观察了这里许多动物的习性和生活的有趣情形。干燥和荒芜的山岳上的灌木丛中，生活着一种燕科的鸟，智利人都称其为“土耳其鸟”。它总是笔直地翘起尾巴，急速地挪动着高跷一般的长腿，一蹦一跳地从一个土丘跑到另一个土丘。
还有一种燕科的鸟，智利人称其为“塔巴克罗”，意思是遮住后背。这种鸟总是将尾巴弯在背上，然后急速地从一棵灌木跳到另一棵灌木上，还时常发出不同的叫声，十分美妙。
在瓦尔帕莱索停留的数月里，达尔文最高兴的事就是收到了一封姐姐卡洛琳写来的信，信中告诉他一连串的好消息：
第一件是达尔文的名字第一次出现在英国报纸《泰晤士报》上，写的是他将标本寄给亨斯洛教授的事情。不过，报纸却将他和亨斯洛教授的名字都拼错了，达尔文被拼成了“达尔森”，亨斯洛被拼成了“亨尔顿”。尽管如此，达尔文还是非常高兴。
第二件事是伦敦博物馆馆长认真地研究了达尔文寄回去的各种化石，对其价值给予了极高的评价。
（三）
1834年10月，达尔文突然病倒了，躺在床上昏昏沉沉了半个多月才缓过来。病情好转后，达尔文决定对安第斯山脉进行一个月的探险。尽管舰长反对他这样做，因为那里山连山、峰连峰，一共有5000多英里长，人很难闯过去。但达尔文下定了决心，一定要亲自去那里考察。
舰长被达尔文的热情和信念所感动，给他派了两个向导、10头骡子和一匹马，组成了一个登山队。
当他们登上海拔4200米的高峰时，达尔文发现了贝壳的化石。这些曾经在海底爬行的软体动物，现在怎么会升到这么高的山上来呢？达尔文经过研究推敲，确定这是安第斯山逐渐上升的缘故。他认为，脚下的这座高山原本应该是一片汪洋大海。这一重要的发现，也让达尔文对安第斯山形成的历史有了较为清晰的认识。
由于气压的变化，越往高处攀登，空气越稀薄，气候也越冷。每前进一步，都要大口大口地喘气。但最让人苦恼的是，带上去的马铃薯无法煮烂，他们不得不吃下半生不熟的马铃薯充饥。