企图以迫切的祷告祈求上帝的祝福，来取代自己所该付出的努力，是一种不诚实的行为，是出于人性的懦弱。
——牛顿
（一）
1687年对牛顿的一生来说是一个转折点，他不但在科学界成为叱咤风云的人物，也开始在英国政坛崭露头角。
1685年，英国国王查理二世病逝，但他并没有合法子女可以继承王位。于是乎，他的弟弟詹姆斯继位为王，称詹姆斯二世（1685-1688年在位）。
詹姆斯二世虔诚地信奉天主教，是英国历史上最后一位天主教国王。登基之后，他不顾一切地想把英国纳入罗马天主教会的势力范围，扫荡政治和宗教改革的一切成果。然而，大多数英国人已经厌倦了纷争和动荡，不愿再走回头路。人们纷纷团结起来，激烈地反对詹姆斯二世的各种反动措施。
牛顿也在不知不觉之中卷进了这场政治斗争。当时，包括剑桥大学和牛津大学在内的诸多高校都坚决排斥天主教。为了扭转这种局面，詹姆斯二世决定先拿大学开刀，继而在全国范围内清除国教教徒。一时间，国教徒和天主教徒都陷入一片恐慌之中，因为刚刚平静没多久的英国很可能再次陷入动乱和内战之中。
然而，詹姆斯二世却不管这么多。他颁布了一条法令，强迫大学设置一个管理职位，由国王指定一名天主教徒担任。当时，英国的大学具有高度自治权，即使是国王的命令也需要经过校方的同意才能在校内实施。耐人寻味的是，一向追求教授治校的牛津大学却在詹姆斯二世的淫威下屈服了。
詹姆斯二世洋洋得意，满心以为恢复天主教在英国的统治地位已经是指日可待的事情了。1687年2月，詹姆斯二世开始用对付牛津大学的办法对付英国另外一所着名的高校——剑桥大学。他颁布一道敕令，要求学校越过考试和宣誓，授予一个天主教神父奥尔本·弗兰西斯文学硕士学位。
文学硕士的地位很高，拥有这一头衔的教师在大学评议会上具有表决权，可以否定校方的任何提案。这是詹姆斯二世对剑桥大学一次试探。如果剑桥大学方面作出让步，那么，他将会源源不断地在剑桥大学安插天主教信徒。
剑桥大学的副校长约翰·潘切尔博士识破了国王的诡计，十分礼貌地回绝了他的要求。他在给国王的回信中写道：
“除非弗兰西斯宣誓忠诚于大学而不是别的机构，否则我们无权授予他文学硕士的学位。这是剑桥大学的惯例，任何人都无法违背！”
碰了一鼻子灰的詹姆斯二世勃然大怒，将潘切尔博士的回信往地上一扔，大吼道：
“快来人，去给我通知那该死的潘切尔，让他到高等法院去说吧！”
这一下，剑桥大学沸腾了。人们纷纷联合起来，反对国王强行干涉大学的内部事务。在潘切尔博士的组织下，剑桥大学成立了一个九人委员会，领导校方向宫廷提交请愿书，反对在大学内部进行天主教化的运动。
有意思的是，向来两耳不闻窗外事的牛顿居然是九人委员中的一员。牛顿经历了英国内战的全部过程，并亲眼目睹了查理二世的复辟，对野蛮和虚伪有着天生的厌恶感，从心底里仇恨暴政和压迫。因此，他在九人委员会中十分活跃，态度也十分坚决。
（二）
九人委员会成立不久后，潘切尔博士便带着牛顿等人来到伦敦的威斯敏斯特皇家高等法院出席大学诉讼案的审理会议。首席法官乔治·杰弗里斯大法官是一个天主教徒，他在詹姆斯二世的授意下，准备用他那套惯用的“愤怒”方式恫吓九人委员会。
一开庭，杰弗里斯就吹胡子瞪眼地说：
“约翰·潘切尔先生，你知道你都做了些什么？我为你的行为感到愤怒和耻辱！难道你忘了你是英王陛下的臣民吗？难道你不是在对抗陛下、对抗法律、对抗整个大英帝国吗？”
潘切尔博士温文尔雅，一身的书卷气，但他绝不是一个胆小如鼠之辈。他“噌”地站起来，反驳道：
“剑桥大学具有高度自治的传统，即使是国王陛下也无权过问学校的内政。”
杰弗里斯继续恶狠狠地威吓道：
“潘切尔先生，你还要反对到底吗？法律可是至高无上的，是无情的！”
潘切尔没有想到杰弗里斯会避实就虚，与九人委员会死缠烂打，一时竟不知道该如何应对了。
就在这时，众人听到一个低沉地声音说道：
“您说得对极了，大法官先生！法律是至高无上的，是无情的，但按照剑桥大学的惯例，凡是没有宣誓忠于大学的人，大学只能授予他们名誉学位。”
说这话的人就是平素里沉默寡言的牛顿。他头发蓬乱，面色苍白，一点也不像能战胜杰弗里斯的雄辩家。但正是因为如此，杰弗里斯并没有将牛顿放在眼里。杰弗里斯懒洋洋地问：
“名誉学位有什么用处呢？”
牛顿铿锵有力地说：
“名誉学位与普通的学位别无二致，只不过，获得名誉学位的人在大学的评议委员会中是没有发言权和表决权的。既然尊敬的弗兰西斯神父不愿宣誓效忠大学，那我们只好发给他一个名誉学位了。”
杰弗里斯没想到看上去不起眼的牛顿会说出这样一段思路清晰的话，一时竟然张口结舌，不知该说什么了。牛顿则趁机略带讽刺地说道：
“我相信大法官先生会按法律办事的，因为法律是至高无上的，是无情的。”
牛顿的话激怒了杰弗里斯。他涨红着脸，强忍着怒气喝道：
“这里没你们的事了，都给我出去吧！你们大多是耶酥教的教士，我要用《圣经》的经文送你们回家去。去吧，不要再犯罪，否则最坏的事会降临到你们头上！”
牛顿轻蔑地看了一眼杰弗里斯，耸了耸肩。
剑桥大学的代表们都忍不住“哈哈”大笑起来，然而潘切尔却笑不起来。他知道，这件事情还没有完全结束，一定会有更糟糕的情况出现。
果然没过多久，潘切尔博士便因组织九人委员会与国王对抗而被免职了。
但无论如何，九人委员会粉碎了詹姆斯二世的阴谋，保住了剑桥大学的尊严。就这件事情，牛顿曾经在笔记上写道：
“根据上帝和人类的戒律，所有高贵的人都有责任听从国王的符合法律的命令。但如果国王陛下执意提出一项不合法的要求，那就没有一个人会因拒不执行而感到苦恼！”
连牛顿这样足不出户的科学家都已深受民主思想的影响了，倒行逆施的詹姆斯二世自然无法安安稳稳地坐在国王的位子上。1688年，英国爆发了光荣革命。詹姆斯二世的女婿，荷兰执政威廉·冯·奥拉宁应资产阶级之邀，率领舰队在英国登陆，用武力赶跑了詹姆斯二世，继位为新的英国国王，称威廉三世（1688-1702年在位，与其妻英国女王玛丽二世共同执政）。最终，英国建立起了君主立宪制的政体，逐步走向民主。
光荣革命的胜利让牛顿获得了登上政坛的机会。由于在“奥尔本”事件中的突出表现，牛顿于1689年的大选中在剑桥选区获得了122张选票，位列第二，顺利进入了刚刚成立的众议院。
怀着对新政权的无限希望，牛顿接受了议员的职务。但牛顿根本不是当政治家的材料，他对政治丝毫不感兴趣，依然沉浸在科学研究之中。虽然在议会中颇受敬重，但牛顿从未提交过任何议案，甚至没有发过言。据说，牛顿在众议院说的唯一一句话是：
“风太大了，请把窗户关上！”
（三）
由于要经常参加下议院的会议，牛顿在伦敦租了一个房间。或许受到了伦敦灯红酒绿生活的影响，牛顿的生活方式也渐渐发生了变化。他不再蓬头垢面，也不再整天呆在实验室里了。他穿上了剑桥大学红色的学袍，白发梳得整整齐齐，垂到肩膀上，让伦敦最受欢迎的肖像画家为自己画像……
《自然哲学的数学原理》已经成为最受欢迎的科普书籍。当时，谈论科学是一件非常时髦的事情。伦敦街头的咖啡馆里和社交晚会上，牛顿的《自然哲学的数学原理》自然而然地成为了热门话题。
作为《自然哲学的数学原理》一书的作者，牛顿成了伦敦社交界最受欢迎的人。有一次，牛顿在参加皇家学会的晚会时遇到了正在伦敦度假的惠更斯、皇家学会的新任主席佩皮斯和英国政治活动家兼哲学家约翰·洛克（1632-1704）。
惠更斯是牛顿在学术上的老对手，但他在现实中却对牛顿非常友善。他读了牛顿的书，并且非常有气度地向别人推荐这本书。惠更斯的瑞士好友数学家法蒂奥·丢勒便是在这个时候由一个笛卡尔信徒转变为牛顿的追随者的。法蒂奥·丢勒比牛顿年轻20岁，性格鲁莽，十分崇拜牛顿，也深得牛顿的喜爱。与牛顿一样，法蒂奥也痴迷于炼金术。
牛顿与他的年轻崇拜者经常在一起讨论这个神秘的话题。两人之间的友谊发展得很迅速，当法蒂奥在伦敦逗留期间，牛顿甚至邀请他住在自己的家中。
有一次，法蒂奥得了重感冒。牛顿得知这一消息后非常着急，立即给他写了一封信，要他搬到三一学院的校园，就住在自己的隔壁。他甚至在信的结尾诚恳地说：
“我唯恐你的经济窘迫，已经为你准备一笔款子。”
不过，正是由于牛顿对法蒂奥过于热情，当时流传这样一说法：牛顿和这个英俊的年轻人有同性恋倾向。当时，同性恋行为在英国不但是违法的，而且还会受到严惩。实际上，一些反同性恋和反对牛顿的人士已经盯上了牛顿和法蒂奥。
这种闲言碎语无疑给牛顿在社会上的形象带来了恶劣的负面影响。当时，牛顿已成为英国的科学英雄和学术偶像，甚至有人提名他为皇家学会主席。
或许是为了维护自己的形象和学术声誉，也或许是与法蒂奥之间产生了裂隙，牛顿突然在1893年停止了与法蒂奥之间的联系。这两种可能性都存在：一，牛顿与法蒂奥中断联系之后，马上就再次被剑桥选区选为议员；二，法蒂奥确实在公开场合谈论过炼金术的事情。
可能是法蒂奥的行为犯了牛顿的大忌，因为牛顿将炼金术视为隐秘之事，从来不会在公共场合讨论它。更何况，牛顿的脾气本来就十分古怪，想要与他长期和平相处似乎并不是一件容易的事情。
无论如何，这件事情给年过50岁的牛顿带来了不小的打击。牛顿在给佩皮斯的一封信中写道：
“这12个月中，我一直吃不好睡不好，头脑也不像过去那么清晰了。”
牛顿的信让皮尔斯深感不安，他为这位朋友的健康感到担忧。这时，洛克又收到了牛顿的信。他在信上说：
“我已经两周没有睡一个小时的觉了，整整5个晚上连眼睛也没有眨一下……”
这是一个危险的信号，说明牛顿已经被神经衰弱之类的精神问题折磨得痛苦不堪了。洛克非常担忧，他害怕这位伟大的科学家要撑不下去了。
（四）
1693年的秋季，牛顿在与神经衰弱作斗争的同时，依然在继续着他的研究工作。在这个特殊的年份，牛顿在炼金术方面投入的精力似乎比以往任何时候都要多。在许多方面，人们都可以看到牛顿参与炼金术活动的蛛丝马迹。从牛顿的纯科学着作中，有时也可以听到炼金术的弦外之音。此外，从牛顿的大量的文章、通信中都可以轻而易举地看到炼金术的影子。
与普通炼金术士不同的是，牛顿是一名名副其实的科学家。他要解释自然科学的本质，而不是用一种神秘去解释另一种神秘。牛顿一直致力于把自然科学应用到实际和自然哲学当中，而不是像炼金术士的名言“以更不知之物解释不知之物”那样，以带有宗教性的神秘色彩来看待炼金术。
不过，牛顿也继承了一些古代炼金术士的传统，如将炼金活动视为隐秘的活动，用一套特殊的符号来记载整个过程。直到牛顿去世200多年后，牛顿的炼金术文稿才在索斯比拍卖中才流传出来。文稿多达65万字，大部分都从未公布发表过，鲜为人知。
在文稿中，牛顿把一种铁、铜、锑的混合物称为“栎树”，把锡和铋的合金叫作“狄安娜”，把氢氧化钠称为“绿色的狮子”……还有许许多多怪异的名称很难解释，至今也还没搞明白是什么意思。大概除了牛顿那颗智慧的脑袋之外，没有人能够想得出来。
牛顿把这些神秘的符号串成句子，读起来简直就像是一篇神话故事。文稿中有一段记录是这样写的：
如果在维纳斯的拍卖中心肢解绿色的长翅膀的狮子，那么蒸馏部分是绿狮的灵魂，绿狮的血是维纳斯，巴比伦的龙是汞，龙用它的毒杀死了一切。但是，狄安娜的鸽子用镇静剂战胜了龙，带三叉戟的海神把哲学带进了真理探求者的花园。这样，海神是一种稀薄的矿物溶剂……
这些东西恐怕只有牛顿自己才能理解。像牛顿这样一位理性的科学家，为什么会采用这种神秘的记录方式呢？或许牛顿觉得，破译和解释那些神秘的语言是对一个人的智力最好的检验，只有智者才能看破其中的奥妙。如果他把这一点或那一点解释清楚了，他会兴奋地为自己鼓掌喝彩！
牛顿的炼金活动在1693年迎来了一个转折。一天早晨，晨光渐渐洒入牛顿的实验室，他仍然低着头在烛光中写着什么。过了好一会儿，他才习惯性地放下手中的鹅毛笔，抬头向窗外望去。他看到了三一学院教堂尖尖的钟楼，它在晨光的照耀下闪闪发光，甚是好看。
牛顿突然想起，当天是星期天，他应该到教堂做礼拜了。他可是一个不折不扣的基督徒。无论实验多么艰苦，他都没有放弃过祷告和做礼拜。
牛顿站起身，揉揉惺松的眼睛，伸展一下疲惫的腰身，走出了实验室。
精神恍惚的牛顿没有发现，他忘记了熄灭桌子上的蜡烛，那铺了一桌子的稿纸也没有收起来。牛顿在教堂里安静地祈祷着，实验室里的蜡烛也一点一点燃烧着。牛顿默默地祈祷着：
“全知全能的上帝啊，恳请你减轻我的痛苦和孤独……”
突然，教堂外面的小路上骚动起来。很多学生一边跑，一边高声喊道：
“着火啦，着火啦……”
牛顿听到了人们的喊声，心头猛得一惊：
“完了，完了，我忘记熄灭实验室里的蜡烛了。”
牛顿做完了祷告，“噌”地站起来，向门外跑去。冒着熊熊大火的房子不正是自己的实验室吗？牛顿惊呆了，愣在那儿一动也不动。人们往返穿梭着，一桶一桶地提水，希望能扑灭熊熊燃烧的烈焰。但一切都太晚了，大火过后，原来的那座两层木楼只剩下一片焦土烂瓦。
牛顿几乎流出眼泪，他心疼的不是房子，而是房子放在房子里的手稿。他的光学手稿和化学手稿以及部分论文都已化为灰烬。
此后，牛顿再也没有写过化学手稿和论文，只是重写了有关光学的内容。人们永远无法猜测，那场大火到底埋葬了多少智慧的火花和深邃的思想，这成为一页无法弥补的空白，也成为牛顿留给后人的一个回味无穷的谜。