蒋介石得到飞机侦察的情报，果然误以为红军又要北渡长江，急忙调集各军迅速奔集川南古蔺地区。20日，蒋介石还得意地声称，“剿匪成功，在此一举。”
在达到调动国民党各路军队大举西向的目的后，红军决定立刻掉头再次东渡赤水河，返回贵州。
这时，贵州境内的国民党兵力已十分空虚。红军主力在3月21日晚至22日晨神速地第四次渡过赤水河。红军第四次渡过赤水河，完全出乎蒋介石的意料。红军随即挥师南下，大踏步越过遵义仁怀大道。31日南渡乌江，跳出国民党军队的合围圈，前锋直逼贵阳。
当时，蒋介石正在贵阳督战，敌人在贵阳及其周围只有正规军四个团。蒋介石一面命令各部队火速增援贵阳，一面下令守城部队死守机场，并准备了轿子、马匹、向导，随时准备逃跑。当时，滇军离贵阳较近，蒋介石对滇军十分倚重。3月31日，蒋介石连发两份“限即刻到”的万万火急的电报给滇军孙渡，让滇军前来贵阳增援。蒋介石这着棋，恰恰中了毛泽东的“计”。还在部署威逼贵阳的作战行动时，毛泽东就曾说过：“只要能将滇军调出来，就是胜利。”果然敌人上当了。
为了继续调动滇军，中央红军在毛泽东指挥下，向东佯攻。同时，采取声东击西的战术，4月5日，佯装东渡清水江，摆出要与红二、六军团会合的姿势。蒋介石又一次上当，他除命令孙渡率滇军追击中央红军外，还电令湘军到黔东防堵，桂军在平越线防堵，吴奇伟纵队尾追。一时间，各路敌军齐向黔东奔集。
毛泽东和中革军委看到调出滇军的目的已达到，西进云南的道路已敞开，便决定执行党中央已制定的战略方针：西进云南，抢渡金沙江，北上抗日。进入云南后，红军的主要任务是：抓紧“滇军主力全部东调，云南后方空虚”的机会，以最快的速度抢渡天险金沙江，把一直紧紧尾追堵截的国民党军队远远抛在后面。
在奔袭云南途中，贺子珍所在的干部休养连突然遭到国民党飞机的袭击。她因掩护伤员而被炸得遍体鳞伤，鲜血直流，昏迷过去。经检查，发现挂花17处。她苏醒后对赶来的毛泽民夫妇说：“我负伤的事情，请你们暂时不要告诉主席。他在前线指挥作战很忙，不要再分他的心。请你们把我寄放在附近老百姓家里，将来革命胜利了，再见面。”毛泽东赶到，她又说：“润之，把我留下，你们前进吧！”毛泽东对她说：“子珍，你不要那样想。我和同志们，绝不会把你一个人留在这里！”
贺子珍精神上得到极大的安慰，增强了与伤痛作斗争的力量。她在担架上足足躺了三个月，伤势才逐渐好转，重新迈开自己的双腿继续行进在长征路上。在长征途中的这段经历，她始终铭刻在心。每当回忆这段往事时，她眼睛里总充满了深情，对人说：“是毛泽东救了我的命。”
红军进入云南东部平原后，有一个很大的困难：由于没有地图，对云南的地形道路很陌生，靠一份全省略图，地点路线都很不准确。全军都不知道金沙江渡口的位置在哪里，仅靠询问向导探索前进。用这种侦察方法，至多只能查明两三天的行程，往往要走不少弯路。4月28日，先遣分队在通往昆明的公路上，遇上了昆明方向急驰而来的三辆汽车。在周恩来的指挥下，部队截获一辆汽车，车上有龙云送给薛岳的云南省十万分之一的地图。毛泽东知道后十分高兴。他说：“我们正为没有云南详图而犯愁的时候，敌人就送上门来了，真是解了燃眉之急！”“从一定意义上说，这一战绩比在战场上缴获的武器还重要，可谓巧获呀！”
当晚，毛泽东同中共中央、中革军委负责人立刻开会，研究抢渡金沙江的行动部署。他说：遵义会议后，我军大胆穿插，机动作战，把蒋介石的尾追部队甩在侧后，获得了北渡金沙江的有利时机。云南境内的地形条件，不像湖南、贵州有良好的山区可以利用，我军不宜在昆明东北平川地带同敌人进行大的战斗。我军应该趁沿江敌军空虚，尾追国民党军距我们还有三四天行程，迅速争取渡金沙江的先机。中革军委一面派先锋团直逼昆明，迫使云南当局调兵固守昆明，削弱金沙江的防务，一面率主力迅速北上到金沙江南岸，准备过江。
金沙江，位于长江的上游，两岸崇山峻岭，江水奔流而下，波涛汹涌，水声如雷，被人称为天险。毛泽东和中革军委决定：在洪门渡、龙街渡、皎平渡三个渡口抢渡金沙江。毛泽东等随中央纵队从皎平渡渡江。从5月3日至9日，中央红军主力全部渡过金沙江。国民党追兵在薛岳率领下赶到金沙江边时，已在红军过江后的第七天，红军早已远走高飞，不见了踪影。望着波涛汹涌、浩荡东去的江水，敌人只能望江兴叹。从此，红军跳出了几十万追兵的包围圈，实现了渡江北上、进军川西北的战略意图。
红军渡过金沙江，四渡赤水战役也就结束了。自遵义会议以来，中央红军以3万多人的劣势兵力，同数十万敌军巧妙周旋，反复较量。红军迂回曲折，大步进退，穿插于敌人重兵之间，驰骋于川、滇、黔边境广大地区，迷惑敌人，调动敌人，困疲敌人，歼灭敌人；四渡赤水，威逼贵阳，乘虚入滇，巧渡金沙，示形于东而形于西，真真假假，假假真真，出敌不意，出奇制胜，从而打破了敌人的重兵围堵，扭转了红军被动挨打的局面。毛泽东曾对陈毅说，四渡赤水是他一生中的“得意之笔”。毛泽东统帅全军后，没有辜负遵义会议和广大红军将士的重托，创造了战争史上的奇迹。
反对南下，坚持北上
是谁使红军从死亡的边缘走向复兴的彼岸？是谁使已经触礁的革命航船又扬起了胜利的风帆？是毛泽东和他的战友们。长征给了毛泽东显示其雄才伟略的机遇，使他超乎寻常地增长了成为军事家的才干；毛泽东也赋予长征永恒的魅力，使其成为中国工农红军史上的光辉篇章。从此，作为党的领袖的毛泽东和作为三军统帅的毛泽东就这样同时在长征中产生了。
渡过金沙江后，中共中央在四川会理召开政治局扩大会议，统一了对下一步行动的认识，决定立即北上同红四方面军会合。
红军先是顺利通过了彝族区，尔后又飞夺泸定桥、抢渡大渡河，走通了石达开没有走通的路，于6月中旬来到海拔4900米的夹金山脚下。6月17日，毛泽东身穿夹衣，手持木棍，冒着刺骨的严寒，率领部队胜利翻越了雪山。当天下午，中央红军先头部队在北进达维途中，同红四方面军李先念部胜利会师。
红一方面军与红四方面军两大主力会师，是红军长征史上的一件大事。它大大增强了红军的力量，使集结在这一地区的红军总兵力达到十余万人，为发展革命形势，开创新局面，提供了极为有利的条件。在两军会师的联欢会上，毛泽东兴奋地说：“今天胜利会师了，我们一、四方面军是一家人，要在党中央领导下为彻底消灭蒋介石反动派，赶走日本帝国主义而共同奋斗！”
当时正值日本帝国主义发动了华北事变，将侵略魔爪伸向华北。据此，中革军委提出了在川陕甘建立根据地的战略方针。1935年6月16日，朱德、毛泽东、周恩来、张闻天在给红四方面军领导人的电报中明确提出：“为着把苏维埃运动之发展放在更巩固更有力的基础之上，今后我一、四方面军总的方针应是占领川、陕、甘三省，建立三省苏维埃政权，并于适当时期以一部组织远征军占领新疆。”但是，身为红四方面军主要领导人的张国焘却主张向青海、新疆或西康（今四川西部西藏东部）等偏远地区退却。
张国焘同毛泽东一样，参加过党的一大，又担任过政治局常委，中华苏维埃共和国临时中央政府副主席，在党内的地位和资历可与毛泽东匹敌。他在战略方向上与党中央发生分歧，这就为两军会师蒙上了阴影。
为了消除分歧，统一战略思想，中央政治局于6月26日举行了两河口会议。28日，中共中央政治局作出了《关于一、四方面军会师后的战略方针的决定》。《决定》指出：“在一、四两方面军会合后，我们的战略方针是集中主力向北进攻，在运动中大量消灭敌人。首先取得甘肃南部以创造川陕甘苏区根据地，使中国苏维埃运动放在更巩固、更广大的基础上，以争取中国西北各省以至全中国的胜利。”这就否定了张国焘向青海、新疆或西康等边远地区退却的意见。《决定》还指出：“为了实现这一战略方针，在战役上必须集中主力消灭与打击胡宗南军，夺取松潘与控制松潘以北地区，使主力能够胜利地向甘南前进。”《决议》最后强调：“为了实现这一战略方针，必须坚决反对避免战争退却逃跑，以及保守偷安停止不动的倾向，这些右倾机会主义的动摇是目前创造新苏区的斗争中的主要危险。”
为了进一步贯彻落实这一战略方针，毛泽东与中革军委于6月29日制定了《松潘战役计划》。《计划》规定，除以一部钳制东南两边之敌外，主力37个团分左、中、右三路向松潘及其西北地区开进，消灭松潘地区的胡宗南部队，并控制松潘以北及东北各道路，以利我军向北作战和发展。两河口会议后，中共中央、中革军委率红一方面军北上，执行松潘战役计划。
然而，张国焘在会上虽表示拥护党中央关于北上的战略方针，但会后却反对和破坏这个方针。他不但借口所谓“统一指挥”和“组织问题”没有解决，故意延迟红四方面军的行动，而且还策动其追随者向党中央提出改组军委和红军总司令部的名单，要挟党中央让张国焘任“军委主席”。这些行为，充分暴露了张国焘企图把红四方面军作为个人资本，阴谋篡夺党和红军领导权的野心。对于张国焘向党中央发出的挑战，毛泽东与张闻天等同志反复进行了商量。
毛泽东说：“张国焘是个实力派，他有野心，我看不给他一个相当的职位，一、四方面军很难合成一股绳。”认为：“张国焘想当军委主席，这个职务现在由朱总司令担任，他没法取代。但只当副主席，周恩来、稼祥平起平坐，他不甘心。”
张闻天从团结北上的全局出发，主动表示自愿让出所担任的党中央书记的职位。他说：“我这个总书记的位子让给他好了。”
毛泽东听后说：“不行。他要抓军权，你给他做总书记，他说不定还不满意，但真让他坐上这个宝座，可又麻烦了。”
朱德也提出把自己的职位让出来。毛泽东反复思考，认为应尽量考虑张国焘的要求，但军权又不能让他全抓去，说：“让他当总政委吧。”
于是，毛泽东同担任总政委的周恩来商量。周恩来过夹金山后就病倒了，发着高烧，但病中仍为两军的团结操着心。听了毛泽东的建议，周恩来一点也不计较个人地位，觉得这么安排好，表示赞同。
这样，中革军委公布了由朱德任红军总司令、张国焘任红军总政委的命令，规定“一、四方面军会师后，一切军队均由中国工农红军总司令、总政委直接统率指挥”。
对于这次组织问题的解决，彭德怀评价说：“毛主席在同张国焘的斗争中，表现了高度的原则性和灵活性。在黑水寺开中央会议时（我没参加），张国焘要当总政委，洛甫提议把总书记交给张国焘，毛主席不同意。宁愿交出总政委，不能交总书记。张国焘当时不要总书记，他说，总书记你们当吧，现在是打仗呗。如果当时让掉总书记，他以总书记名义召集会议，成立以后的伪中央，就成为合法的了。这是原则问题。”