孟传金在给咸丰帝的奏折中说平龄的朱墨不符，指的就是朱卷誊录制度。这一制度的程序如下：考试结束时，文人士子的试卷经内收掌官（考场内的收卷官）收取后，统一交给弥封官弥封（将试卷中有关士子本人的姓名、籍贯、年龄等一切相关内容，经折叠反转后以空白之纸覆盖弥封，然后在骑缝处加弥封官关防和监临官关防）；弥封后的试卷统一交给誊录官，由其分交各位誊录生将试卷如实誊写一遍（考生的原始试卷因用黑墨书写，故称墨卷；而由誊录生统一抄写之卷则用红笔，故称朱卷），誊写完毕，再由对读官交各位对读生负责校对誊录是否正确无误，如确系无误，则由对读官加盖关防后转交外收掌官（考场外的收卷官）；外收掌官将试卷转交阅卷官，阅卷的官员，能够看到的只是考生的朱卷。
显然，在阅卷环节中最重要的就是朱卷墨卷。孟传金说平龄的墨卷和朱卷文字不符，即意味着平龄的试卷已经被篡改或调换。咸丰帝登极之初，本欲对腐败的吏治官风进行大力整顿，且科举考试又是关系清廷后备官员基本素质的“抡才大典”，因此看了奏折感到事态严重。当即传谕怡亲王载垣、郑亲王端华等人，严查这次科考当中可能出现的种种舞弊情节。由此拉开了重治主副考官科场舞弊的序幕。
在审讯过程中，平龄始终强调自己并非戏子，只是偶尔登台去唱戏。按照今天的说法，他相当于是一个“票友”。按照清代的法律，如果要是戏子这是绝对不可以的，平龄是满人，如果自贱为倡优（戏子）的话，是要被除籍的，但是偶尔的登台唱唱戏，做个票友，这本身并不违法。平龄最初被人们议论的，所谓“戏子也可以中高魁”，这样的一种非议就澄清了。然而过了不久，平龄因羞愧成疾病死在了狱中。
与此同时，在对平龄的试卷进行复查的过程中有了惊人的发现。平龄的墨卷内草稿不全，朱卷诗内有七个错别字曾被改过。查询结果，乡试同考官邹石麟称此事是他所为，并以为错别字为誊录时笔误，便代为改正。而且这次乡试共有近三百名士子高中举人，在这三百份中试举人的卷子当中，经过复核竟查出了五十本存在不同程度问题的试卷。其中有十二本试卷问题比较严重，根据当时负责复核试卷的兵部尚书全庆的奏折，这十二本试卷是要依法追究责任的。至此，由平龄一案牵连出的科场舞弊越闹越大，使得参与这次科考的同考官，人人难免嫌疑。
咸丰皇帝接到全庆上呈的核查结果后勃然大怒，下令将主考官柏葰革职，副考官朱凤标、程庭桂解任听侯查办。柏葰立时从一人之下万人之上的人臣极顶，跌入了政治生涯的谷底。
似乎事情就应到此为止了，可户部尚书肃顺却觉得此事只是冰山一角，于是他暗中派人继续追查，竟然查出了主考官、同考官受贿舞弊之事。其中最为严重的是广东肇庆人罗鸿绎，托请同乡兵部主事李鹤龄，向同考官翰林院编修蒲安递“条子”，这就变为了违法的受贿舞弊罪。柏葰也因两个人直接卷入了舞弊案：一个就是柏葰的家仆靳祥，而另外一个人是直接参与了“疏通关节”的同考官浦安。
参加顺天府乡试的考生罗鸿绎通过同乡兵部侍郎李鹤龄的关系，向同考官浦安（按照考场的内部规定，同考官只有推荐的权利）递了条子。罗鸿绎与同考官约定，其考试时的第一篇文章最后用“也夫”二字结尾；第二篇用“而已矣”三字结尾；第三篇用“岂不惜哉”四字结尾；诗则用“帝泽”结尾。浦安批改考卷时，果然就见到了与条子上说法相符的这样一份试卷，便留中待荐。柏葰阅卷，将错误百出的罗卷定为副榜（考试被录取，称为正榜，同时也获得了参加会试的资格；副榜则入国子监学习、肄业，不得参加会试。），并让靳祥告知浦安，欲将此卷撤下。浦安言其房内中式之卷只此一份，并嘱托靳祥劝说柏葰恳求留中，不知出于什么样的原因，柏葰竟听从了靳祥的劝说，将一名叫李成忠的试卷撤下，取中了罗鸿绎，使罗鸿绎得中正榜。事成后，浦安向柏葰送贽敬银十六两，李鹤龄则向罗鸿绎索要银五百两，其中三百两转了给浦安。
柏葰科场舞弊的全过程被查清楚之后，载垣、端华向咸丰帝上奏了案情。接下来如何对主考官柏葰进行定罪处罚，成为本案接下来的重要问题。像柏葰这样只是听取了请托，而未参与交通关节的情况应该如何定罪，在大清律法中没有明文规定。柏葰由于平龄一案，已经被罚俸一年，因五十本错卷，又被罚俸九个月，等到了柏葰自己案发的时候，他已经被革职了。这个时候对已经没有任何职务的柏葰再进行罚俸已经没有实际的意义了。
这时专案组开始对柏葰进行审查。与此同时，柏葰的家人靳祥也被抓获，在酷刑之下，靳祥把所有自己知道的考场当中作弊的情节一一招供。如此一来，加上前面浦安的招供，柏葰的罪名就坐实了。刑部的官员根据已经审得的案情，参照《钦定科场条例》的规定，认为柏葰只能被定为听受嘱托，而不应定为交通嘱托。按照刑部的解释，“听受嘱托”与“交通嘱托”两个词的意思大有区别，听受嘱托是说别人告诉柏葰有这样一件事情，他没反对，只是接受；而交通嘱托则意味着是柏葰主动去和别人勾结促成舞弊一事。但是会同刑部审案的肃顺却毫不手软，他裁定将柏葰等五人弃市（在闹市执行死刑并将犯人暴尸街头的一种刑法）、并将涉案的几十人处以流放等刑罚，并将这一决定交给咸丰皇帝定夺。由于柏葰身为当朝大学士，地位显赫，是否批准这一奏请就成了当时严重的政治问题。
咸丰皇帝对此案极为重视，特别召见惠亲王绵愉、怡亲王载垣、郑亲王端华及军机大臣、内务府大臣、各部尚书等议处此事。咸丰帝因柏葰老成宿望，不愿杀他，本打算从宽处理。肃顺则按律力争，认为科举是“取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习”，柏葰罪不可恕，“非正法不足以儆在位”，咸丰皇帝出于无奈，最后他还是听从了肃顺的意见。
咸丰皇帝无奈的原因何在呢？除了此案在社会上造成不良影响之外，还跟当时大的社会背景有关，也就是与朝中大臣们不同的势力相交织在一起。这次受命审案的载垣、端华刚好在朝中政争上是与柏葰相对的一党，政见不合，而这背后还有一个更重要的人就是肃顺。
肃顺（1816～1861年）是清末满洲镶蓝旗人，宗室贵族，爱新觉罗氏，字雨亭，是郑亲王端华的胞弟。道光二十六年（1846年）授三等辅国将军，在道光朝并无显赫的地位与官职，直到道光三十年（1850年）才迁至内阁学士兼礼部侍郎衔。
肃顺不但具有政治家的卓识与远见，还有大刀阔斧改革弊政的胆识与气魄。咸丰皇帝即位以后，在载垣、端华等人的极力举荐下，肃顺逐渐得到了咸丰的赏识和重用。先授内阁学士，再兼副都统、护军统领、銮仪使等职，又授御前侍卫，迁工部侍郎，历任礼部、户部侍郎。到咸丰七年（1857年），更擢升左都御史、理籓院尚书，兼都统等，这就算是“大用”了。后又调礼部尚书，仍管理籓院事务，又调户部尚书，出任御前大臣，拜协办大学士，便成“宰相”了。
肃顺本人虽然是旗人贵族出身，但他却一向很瞧不起旗人，常说旗人只知道吃喝玩乐，一点用都没有，这使得他得罪了很多旗人贵族阶级中的代表人物。相反，肃顺却十分维护和重用汉人中的杰出人才。不但后来指挥镇压太平天国、“戡平大乱”的曾国藩是被肃顺最先看中并竭力保荐的，而且还有像左宗棠、胡林翼等很多“同（治）光（绪）中兴”的名臣，都曾受到肃顺的赏识和提拔。尤其是左宗棠，他早年在湖南巡抚骆秉章衙门里做幕僚的时候，因事得罪湖广总督官文，被官文“严劾”，差点丢了脑袋，幸亏肃顺从中斡旋，才得以保住性命。可以说，清王朝所以能在内忧外患中多支撑了四十余年不倒，虽然主要得力于恭亲王、曾国藩等后来的全力维持，但追本溯源，则主要还是依靠肃顺的种因于前。而且肃顺非常注意在自己的身边网罗汉人中的杰出人才，如王闿运、郭嵩焘、尹耕云、高心夔等清末名重一时的才子，都曾在他幕府中长期效力。
随着肃顺权势的膨胀，在他周围逐渐聚集了一批官员，到咸丰十年（1860年）左右，基本形成了以肃顺为核心，包括怡亲王载垣，郑亲王端华，军机大臣穆荫、匡源、杜翰（杜受田之子）、焦祐瀛等人在内的官僚集团，时人称之为“肃党”。肃党跟柏葰在政见上是相左的，对柏葰早已“如鲠在喉，不除不快”。
肃顺进入最高统治决策集团以后，在咸丰帝的支持下，针对清政府存在的诸多弊端，进行了一些较为重大的整顿改革。面对当时内忧外患的局面，肃顺深信“治乱世，用重典”的古法，明确主张“严禁令、重法纪、锄奸宄”。
对于戊午顺天科场舞弊案的发生，肃顺认为这正是一个杀一儆百、整顿吏治的绝好机会，因此他坚持对柏葰立即执行死刑。当咸丰皇帝替柏葰辩解说“法难宽宥，情有可原”时，肃顺反驳说：“虽属情有可原，究竟法难宽宥”。在原则面前，皇帝被搞得无话可说，终于无奈地在咸丰九年（1859年）二月十三做出了决定：对一品大员、大学士、军机大臣柏葰处以斩刑，与此案有关的罗鸿绎、李鹤龄、浦安三人一同问斩。
当时很多人、甚至包括柏葰自己都以为他断不会真的被处以极刑，因为按照传统法律制度当中的八议制度，像他这样身份的人，即使被判处死刑，最后也大都能够被减死从流（充军），所以柏葰在临上刑场的时候，还很轻松地吩咐他儿子替他准备好充军路上的生活用品，在城门外的夕照寺等他，一旦皇帝减刑充军的上谕下来，就好马上离京上路。咸丰皇帝确实也准备将柏葰充军了事，因为究其性质而言，柏葰本人在本案中最多也就是个“失察之罪”，而且清朝开国二百余年，还从来没有在菜市口（清朝斩杀高级官员的刑场）公开杀过一个大学士兼军机大臣的先例。但柏葰的希望最终落空了，他等到的不是减刑的圣旨而是在菜市口等待行刑的刽子手。
有反对者认为肃顺对戊午科场案的处置过于“严酷”，但自从严厉处理了顺天府科场舞弊案以后，科场的风纪的确有了较大的好转与改变。
柏葰被押赴刑场处斩后，似乎顺天科场舞弊案也可以尘埃落定了，但实际上此案远远没有那么简单，这个案件并未随柏葰四人被杀而终结，案情还在进一步发展。咸丰皇帝在痛失一员爱将之后，又将面对让他更加难堪的一件案子，那就是副主考程庭桂父子的案中案。
在之前的审讯中，浦安供称他听说副主考程庭桂曾烧毁过请托者递送的条子，程庭桂因此被捕，招认他的儿子程炳采接到过几个人的条子，都是通过几位高官子弟的关系转送的，其中竟包括了参与审案的兵部尚书陈孚恩的儿子陈景彦。于是这些请托者和递送条子的高官子弟全部被捕。咸丰九年（1859年）七月全案审结，载垣等拟将程庭桂、程炳采父子共同斩首，咸丰念及程庭桂是两朝老臣，不忍将他们父子一起处死，法外开恩将程庭桂发配军台效力（与柏葰比起来程庭桂要幸运得多），其子程炳采仍然处斩，案中的请托者七人宽大免死发配新疆。
戊午科场案虽至此结束，但盖棺却未定论。咸丰十一年（1861年）九月，慈禧太后联合恭亲王奕发动了辛酉政变，处死了肃顺、载垣、端华，将陈孚恩遣戍新疆。
肃顺和慈禧太后的矛盾也是由来已久。《清史拾遗》里说，咸丰帝临终前，也曾担心自己死后因为儿子年幼而导致母亲慈禧干政的局面。于是肃顺就给咸丰讲“钩弋夫人”的故事，意图除掉慈禧太后，免得日后皇太后专权。
《汉书？外戚传上》记载：汉武帝宠幸钩弋夫人赵婕妤，汉武帝很想立她的儿子为太子，但汉武帝担心钩弋夫人效仿吕后专权，于是有一天找了个借口责罚钩弋夫人，并命令将钩弋夫人处死了。但是，咸丰皇帝没有像汉武帝那样做，而是用“御赏”和“同道堂”两枚印章来平衡肃顺等顾命大臣与两宫太后之间的关系，并加以控制。
咸丰驾崩后，肃顺根本不把两宫皇太后放在眼里，他向慈禧叫板，不让两宫太后干涉谕旨的拟订。此时的慈禧身陷肃顺集团的势力包围之中，面对肃顺的飞扬跋扈、不可一世，慈禧将同道堂印章善加利用，并联合恭亲王奕发动政变，处置了肃顺等八大顾命大臣，开始了垂帘听政的政治生涯。
事后，给事中高延祜和监察御史沈兆坚先后奏请为戊午科场案翻案，前者指出“科场例文简浑，请予注文明晰”，并奏请起用科场案中被革职的同考官徐桐；后者明确请求为柏葰昭雪，其他官员纷纷效尤。这个案子虽说已经很久远了，但影响很大。于是慈禧太后征询大家的意见。恭亲王奕说：“柏葰对家人舞弊失察，致使我朝廷取士不公，贻误人才，理应严惩；然而此案处理过严，弄得士人满狱，有失本意，朝野微辞颇多。臣恳请降旨，交礼部、刑部会同复审。”
慈禧最终采纳了奕的建议，谕令礼、刑两部对科场一案重新核查。同治元年（1862年）正月二十四日，根据复审结果，慈禧太后以同治帝名义发布上谕，指出肃顺等人因与柏葰“平日挟有私仇”，便借科场案之际，“擅作威福”，“以牵连蒙混之词，致柏葰身罹重辟”。但一些官员为柏葰奏请昭雪“未免措辞失当”。最后以“法外之仁”的名义，由同治帝当即召见柏葰之子，并录为正式官员，以抚慰臣心。并将参与审查此案的吏部尚书全庆以定案时“不能悉心核议”的罪名，降级调用。御史孟传金弹劾科场舞弊也被朝中同僚视为“多事”，“遂摭他事发回原衙门”。
至此，旷日持久的顺天府戊午科场舞弊案的争执得以平息。