此时，各省表面似乎很平静，但在各督抚的部署下正暗地紧锣密鼓地进行查访活动。过了不久，山西巡抚阿思哈上奏，说流寓山西介休县的直隶民人王肇基呈献诗联，毁谤圣贤，狂妄悖逆。王肇基是一个屡试不中的穷书生，居住在山西介休县，籍贯是河北直隶人，几乎被中举做官折腾得近于疯癫。乾隆十六年（1751年）八月初九，皇太后生日前后，也是山西追查伪奏稿最紧张的时刻，王肇基写了一首颂扬皇太后的诗联，疯疯癫癫将此诗投呈给了山西汾州府同知图桑阿的衙门，他想通过这首阿谀诗联得到官府的举荐而做个小官。图桑阿本是个旗人，但是早已汉化，对汉文字与文学也是驾轻就熟，晓得王肇基诗联里的意思，图桑阿看出诗歌部分不过是颂扬皇太后的阿谀之词句，然而诗歌下面附有的一小段议论却让图桑阿大感不妙，这几句议论除了词句颠三倒四之外还有“毁谤圣贤、狂妄悖逆”的地方。于是图桑阿便将王肇基投入大牢，将其写的《恭颂万寿诗联》向知府李果呈交了上去，李果又向山西巡抚阿思哈做了汇报。阿思哈看后，将此事件定性为“借名献颂、妄肆狂言”的文字大案。于是将王肇基提解到自己衙门看管后，便给乾隆呈递奏折并附上诗联，说明情况。同时阿思哈还命令图桑阿到王肇基家中搜查，意图发现更多的违禁字迹以及器物。乾隆看了阿思哈的奏折后，立刻降旨命其悉心根究，“是否为伪奏稿案的党羽”。阿思哈立即开始严审王肇基，王肇基供说：“我献诗恭祝皇太后万岁，不过乃是尽我小民之忠心，并希望得到圣上的喜欢，求得一官半职而已，并无他意。”几般用刑之后，王肇基仍是这般说辞，看来确实是因为官迷心窍而胡乱呈词，与伪稿无关。乾隆也认为王肇基是个疯人，与伪奏稿没关系。但乾隆说王肇基“病废之时”尚且“毁谤圣贤”，可见他“平昔”原是一个“作奸犯科”的恶人，于是就将王肇基“立毙杖下”了。
过了不久，乾隆又接到山东按察使和其衷的密奏，说本年四月即在山东发现传抄的“孙嘉淦奏稿”，报知巡抚准泰，准泰以为这不过是常见的匿名揭帖，不必细究，也不需具奏，将传抄人打了顿板子就放了。乾隆勃然大怒，认为准泰身为满洲大臣，严重失职，立刻将其革职拿问，调河南巡抚鄂容安接替其职。这两件事对乾隆皇帝触动很大。前者说明，虽然王肇基与伪稿无关，但伪稿流传甚广，肯定其“党羽”不少；后者说明，地方官员在办理此案时，存在故意推诿、拖延的情况。于是乾隆皇帝在八月二十八日下令各省，凡是诬捏撰写、分散传播都是首犯，为这封奏稿写注释，私自记载的，也是重要从犯，都要从重办理。又向各督抚提出警告，“倘若姑息养奸，苟且了事，不实心查办者，均按对准泰的处置办理！”
在乾隆皇帝的督贵之下，各省督抚全力缉查，不敢怠慢。九到十二月之间，各省先后查出伪稿有加注批语的情况：浙江郭县知县、巡检、千总曾传阅伪稿；甘肃也查出抄传伪稿的人犯若干名，更有甚者在西南的土司境内的土官家也有传抄的。除上述省份发现伪奏稿外，广东、广西、四川、贵州、江苏、江西、陕西，还有塞外蒙古王爷也发现了伪奏稿。一时间各省查出伪稿传抄的奏报像雪片一样，飞送京师。各地所传奏稿，内容体例不尽相同，所参劾的朝臣有多有少，但指斥皇帝“五不可解，十大过”的内容则处处皆有。乾隆皇帝叹道：“此等逆恶之词，蔓延各省，甚竟传入土司内，其流传之广，一至于此！”到该年的年底，各省已查拿了不少的人犯，从各级官员、举员生徒到乡绅、商贾、僧人等三教九流的人员都有，其中以湖广、江西为最多，仅四川一省就逮捕了嫌疑犯280多人。案件至此，再秘密查访已经不可能了，于是从1752年以后，乾隆干脆通令全国，公开严查，于是掀起了全国范围内追查伪奏稿的高潮。
这样一来搞得全国草木皆兵，乾隆也被弄得有些神经质。查到湖北，正值马朝柱聚众起事，马朝柱是圻州（今圻春县）大同乡张家榜人，乾隆十二年至十七年（公元1747-1752年）马朝柱在罗田多云山（今天堂寨）组织反清起义，聚义民众遍及湖北、安徽、河南、四川等数省，震撼了大江南北。马朝柱起义，使乾隆皇帝十分震惊，并亲自动手抓这件大案。这次伪奏稿事件，因乾隆发现起义军散发的檄文风格上与伪奏稿有异曲同工之处，于是乾隆认为伪奏稿是出自马朝柱等人之手，可是查来查去却又没有实据。查到湖南，乾隆又怀疑是曾静和张熙（雍正朝投书策反朝廷重臣岳钟琪，后被乾隆所杀）的余党在作祟，元凶应该在湖南，可是湖南也找不到；查到贵州，乾隆以为伪奏稿是为张广泗鸣冤，张广泗又做过贵州总督，那么撰稿的元凶很可能就在贵州，可是贵州又查不出来。如此查来查去，一直也没捋出个头绪。被逮捕的涉嫌者及传抄之人，不是互相指责，就是将责任推向已故之人，有的在严刑逼供下认罪，松刑又复呼冤，使案情纷繁和复杂起来，到年终整个案情仍毫无结果，办案人员焦头烂额，乾隆皇帝也甚为头痛。到了六月二十九日，乾隆再次命军机大臣将历次奏报各案逐一分析查奏，列出已有线索的清单，分别寄发各省，按清单所开各案，迅速查办。各省遵照乾隆皇帝的指示，根据开具的清单，继续追查。
到了十月十九日，伪稿一案追查不力，乾隆皇帝迁怒于督抚雇员，再次通饬各督抚，谕称：“查办伪稿至今已一载有余，茫如人海拣沙，万无头绪，此皆因各督抚等一切委之雇员，惟据详索供词，虚文塞责，并未悉心研究，实力查办，致使线索迷乱，首犯尚悠然事外。”乾隆皇帝深知，此案进展缓慢与各省督抚互相推诿有很大关系，而承办人员怕担当责任，往往将案情向他省引发，致使隔省隔属，辗转往复，拖延了时日。十一月二十三日，乾隆皇帝下令将他认为追查不力的两江总督尹继善、江西巡抚鄂昌等解任侯旨，并宣称“他省督抚有似此者均照此办理。”为此案多名大臣遭遇贬斥，而且此案旷日持久的查下去将会影响朝纲的稳定，于是一些廷臣联名上书劝谏。山东巡抚以为“毋庸深究”，被乾隆革职查办；御史书成上疏委婉提出劝阻，说此案旷日持久，“株连终所难免，恳将人犯即行免释”，乾隆阅后大怒，连降二道谕旨申斥书成为“丧心病狂之言”，书成被革职服苦役，此后无人敢谏。
此时的伪奏稿案在全国追查了一年半的时间，受牵连者有上千人之众，一些“重大案犯”全部解京审办，你咬我，我咬他，他又咬他，咬嚼了一年多，元凶并未捕获，倒是搞得全国风风雨雨，人心惶惶。乾隆皇帝认为既已延及数省，迟至经年，断无骤然中止之理，但要继续查下去也很困难。这时他觉得这样下去等于是自己跟自己过不去，该断不断，反受其乱，何不快刀斩乱麻，把自己和臣下从中解脱出来呢？就在一筹莫展之际，军机处查出了一个线索：江西巡抚鄂容安查获的传抄伪稿的长淮千总卢鲁生父子，经舒赫德审讯，供出其稿得自南昌守备刘时达。刘时达供称，乾隆十五年七月间，他收到时任浙江金华县典史的儿子刘守朴托人捎来的家信，刘时达看到信内附有孙嘉淦伪稿一张。这个线索对乾隆来说无疑是“山穷水尽疑无路，柳暗花明又一村”，经分析伪稿最早出自卢刘二人，应该是卢刘两人共同的杰作。乾隆遂命江浙两省承办此案的周承勃、钱度速往金华密访查办，又指示两广总督阿里衮，将第一紧要之犯刘守朴速押解进京。卢鲁生、刘时达父子押到北京之后，乾隆皇帝责成军机处对其进行审讯。在乾隆皇帝看来，伪稿一案似乎有了头绪，根源似乎就要找到，如不出意外，伪稿必定为卢鲁生及刘氏父子所捏造。但事情偏偏不像乾隆皇帝所想像的那样，卢鲁生说伪稿是刘时达所供，但刘守朴的幕友孔则明供说，封寄伪稿给刘时达系其代为经手，其伪稿乃得自苏州。从苏州什么人得来，这孔则明也说不出个所以然来，这下无疑又给乾隆兜头一盆凉水。案情横生枝节，又陷入追不到源头的困境。
乾隆有些不耐烦了，一年来，全国上下大张旗鼓追查伪稿，他在一年之中发的诏谕即有三万言之多，逮捕的人犯有一千余人，因查办不力而遭撤职查办的五品以上大员就有十多名，不知花费了多少人力财力，也不知牵连了多少人心。连乾隆自己也感慨：“一载有余，茫如入海算沙，了无头绪。”在乾隆皇帝看来，这样旷日持久的查下去将使朝臣陷入惶惶自危之境，不利于朝邦安定，而且即使伪稿查不出真正的捏造者，但经过这一番清查，对政治上的异己力量及不满情绪，也起到了不小的震慑威力，于是开始考虑如何收场。而摆在他面前的卢、刘二犯，正可作为替罪羊。于是，在乾隆的授意下，军机大臣好好“开导”了下卢鲁生，经反复开导，卢鲁生也承认了与刘时达共同捏造伪稿的“实情”，就这样卢鲁生把这件惊天大案揽了下来。
乾隆十八年（1753年）三月，皇帝迫不及待地宣布，伪稿-案已全行昭著，“主犯”卢鲁生，涉嫌伪造大臣奏折，攻击朝廷，判处凌迟；刘时达等俱定秋后斩决，家属照例连坐；其他传抄犯人，加恩宽免；传抄过伪奏稿的官员，照律治罪；办案不力的大员如江西巡抚鄂昌、按察使丁廷让、知府戚振鹭等俱被革职拿问，甚至漕运总督瑚宝、两江总督尹继善、闽浙总督喀尔吉善这类封疆大臣也被牵连革职，交刑部严议治罪。
至此，这场轰动全国的清查伪孙嘉淦奏稿案，在一片闹剧中草草收场。
伪孙嘉淦奏稿案在清朝历史上不仅是一件大案，同时也是一件奇案。说“大”，是因为此案前后历时三年，涉及全国包括京师、山东、山西、江西、江苏、安徽、浙江、福建、湖南、湖北、贵州、广东、广西十多个省以及边远土司等地区，大批官员、文人甚至普通百姓被牵连，以至逮捕入狱问罪；说“奇”，则是因为此案虽然经过最高统治者的亲自过问，命令地方大力予以严厉追查，折腾了几年却也没有弄清真相，最后只得找了一个其实并不是真凶的人定罪，草草了事，留下许多疑点，成为清朝历史上的一大疑案。
而一向以胆大闻名的孙嘉淦，这次却被吓死了。案件发生以后，乾隆虽未加罪于他，但在雍正乾隆两朝文字狱的高压政治环境下过了几十年，已年近七旬的孙嘉淦，这次脊梁却被压弯了。他被吓得心惊肉跳，对家人说：“先帝（指雍正）及今上，尝戒我好名，今独假我名，殆生平好名之累未尽，有此致之。”孙嘉淦自悔以前不该耿直敢奏，致使别人冒己名写伪奏稿。孙嘉淦于乾隆十八年（1753年）因惊惧而死，时年71岁。
伪稿遍及全国，正说明此议深得人心，乾隆皇帝应该“闻过即改”才是。然而乾隆帝丝毫不认为是自己的过错，并没有采取孙嘉淦的建议，力戒“三习一弊”，而是认为“皆因以往实行的宽大之政”，是“请宽妖言”、“禁挟仇诬告诗文”等政策纵容了“诽谤”。于是乾隆帝决定改变“妇人之仁”的“宽缓方针”，决定继承列祖列宗的严猛苛政，“继续用文字狱来收拾知识分子那份社会良心。”从此文字狱波澜壮阔，一发而不可收拾。