到后来，崇祯发展到认为一切皆归于“士大夫误国家”。对身担重责的大臣，崇祯通常是先寄予极大的，甚至是超出实际的期望，一旦令其失望之后，又一变而为切齿愤恨，必杀之而后快。崇祯在位十七年中，总计杀了总督7人，巡抚11人。十四个兵部尚书中，除三人外，都不得善终。其余官员受到惩办的尚有许多。
登基之初，崇祯帝对袁崇焕非常信任，命其以兵部尚书兼右副都御史，督帅蓟辽，兼督登莱、天津军务。袁崇焕守宁远，两次击退兵力占绝对优势的后金军进攻。努尔哈赤本人也在宁远城下受了重伤，以致不治身亡。有了这些资本，袁崇焕开始骄傲起来，并在崇祯皇帝和朝臣面前发表不切实际的言论。崇祯皇帝在平台召见袁崇焕时，曾问他：“边关何日可定？”崇焕回答：“臣受皇上知遇之恩，召臣于万里之外，倘皇上能给臣便宜行事之权，五年而辽东外患可平，全辽可复。”袁崇焕在崇祯帝面前许诺五年之内可恢复全辽境土。崇祯帝闻言大悦。于是又赐给袁崇焕尚方宝剑，同时将满桂、王之臣等边臣的尚方宝剑收回。
实际上，明朝在军事上对于后金已转入战略防御时期，能守住辽西的宁远、锦州数城，已属不易，而谈兴复全辽，简直是痴人说梦。这一点袁崇焕也心知肚明。对于辽东战事他曾说过，“守为正着，战为奇着，款为旁着”，也就是说，辽东的战事，守为上策，辅以战、和，才有望获得转机。然而，面对崇祯皇帝的眷顾，袁崇焕确乎有些忘乎所以，以至于夸下“五年平辽”的海口。
事后，给事中许誉卿问袁崇焕：“你为什么说五年可以恢复辽土？”袁崇焕说：“圣心焦劳，我作臣子如此说，聊慰圣心。”许誉卿责斥道：“皇上英明聪颖之君，到期后问你成效，你如何应付？”袁崇焕这才自知失言。为了亡羊补牢，免蹈熊廷弼、孙承宗受人掣肘的老路，袁崇焕于是向崇祯帝提了许多条件，如要求吏部、兵部、户部、工部给他充分的人、财、物的支持，而且要求在用人调兵上一任所为，不得掣肘。这也就是袁崇焕提出的要崇祯皇帝让他“便宜行事”，并且不许朝臣干预乃至议论。崇祯皇帝当时就一口答应，并且下敕各部如言做到。朝中许多大臣对袁崇焕借皇帝重用之机，要挟需索，得寸进尺，最后竟想钳制言官的所作所为大为不满。
袁崇焕把话说得太满，崇祯平边心切，也不顾是否可行，对袁崇焕的一味依从，使袁崇焕完全没有了退路：五年平辽，即是生路；五年若不能平辽，必定是一条死路。此后接二连三发生的事情，使多疑的崇祯皇帝对袁崇焕不仅失去了耐心，也起了疑心。
辽东战事并未像袁崇焕预言的那样顺利，于是他便想通过和议暂时中止后金凌厉的攻势。还在天启帝时袁崇焕便曾做过类似的和谈，但他却忘了当今天子崇祯帝是一位刚愎自用而又敏感多疑的君主。虽然当时得到了崇祯帝的认同，不过这种与皇太极关于和议的私下书信往来，是比较容易授人以柄，而且极易引发猜疑的事情。崇祯本人对议和的态度表面比较暧昧，但内心绝对反感。
而在这期间，又发生了袁崇焕擅杀皮岛守将毛文龙的事件。在这一事件中，袁崇焕布置周密，而且先斩后奏，看似一劳永逸地解决了毛文龙专擅的问题。但是，对于明廷来说，对于袁崇焕自己来说，其实都是一个错误。崇祯皇帝的本意，自然是不想让毛文龙死。王之臣、满桂等人的尚方宝剑可以收回，而毛文龙的尚方宝剑却不收回，也说明崇祯皇帝对于毛文龙的赏识与倚重。袁崇焕的擅杀，使朝中大臣议论纷纷。
封建君主往往患有猜忌的“职业病”，崇祯帝尤甚。臣下稍有“不逊”或“越权”行为，马上视为侵犯君权，大逆不道，必欲置之死地而后快。崇祯帝又有虚骄之气，每有失误，群臣进谏，就认为触犯了皇帝的尊严，加上“阻旨”、“藐抗”等罪名，横加处罚。正因为如此，袁崇焕任性使气杀了毛文龙，虽然加强了自己支配全辽战局的权力，却无疑也招致了崇祯帝的隐恨，而把自己一步步推向败亡的深渊。
接下来袁崇焕在京师保卫战中的失策，更加重了崇祯欲除掉袁崇焕之心。
崇祯二年（1623年）十月，后金军队绕开锦州、宁远防区，从蓟门大举南下，进逼京师。袁崇焕本人则于十一月初五日率兵入关。按照当时总督京城防卫的大学士孙承宗的意见，明军应当拒敌于顺义、蓟州、三河一线，而不应退守通州、昌平。照袁崇焕部将周文郁的意见，袁崇焕不宜入京，应该及时在京城外围寻机堵截后金军队。但是，袁崇焕以京城安危为念，率军直趋京城。本来，“时所入隘口乃蓟辽总理刘策所辖，而崇焕甫闻变即千里赴救，自谓有功无罪。”不过，京都百姓和一些无知官员不懂这些国家政治军事大事，只觉得既然是袁崇焕戍边，敌大军压境，自是袁崇焕守疆有过，于是怨声载道。一时间，谣言四起，说袁崇焕与后金有密约在先，故意引敌入关。在这种氛围下，朝野上下不能不对他有怀疑，再加上皇太极施用反间计，袁崇焕差不多是走上了一条死路。
崇祯帝杀袁崇焕，其中还有其更深刻的社会原因。
崇祯皇帝即位后，锐意中兴，诛阉党、定逆案，颇有一番新政。然而在他面前仍摆着两个最棘手的难题：一个是农民起义。另一个就是辽东问题。而这两者又是互相关联的。
辽事不结束，对粮饷的加派不会停止，民不得不反；民变迭起，官军不能一意东向，辽事更不易了结。崇祯皇帝将辽事重任委于袁崇焕，袁崇焕许以五年平辽，崇祯似已看到摆脱困境的希望。“已巳之变”后金铁骑震撼京师，“五年平辽”已成画饼，崇祯认定袁崇焕辜负其信任，有被欺之感。
而且明朝存续了276年，真正少数民族攻打到北京城下的只有两次，第一次是正统十四年（1449年），蒙古瓦剌的部队打到北京，俘虏了明英宗皇帝；第二次就是崇祯二年（1629年），皇太极率军队兵临城下，庙社震惊。这对崇祯新政是非常沉重的打击，对崇祯的威望及心理的打击也是极其巨大的。
因此，身为蓟辽总督的袁崇焕及，是难逃其直接责任的。于是崇祯皇帝把责任完全推给了袁崇焕，称袁崇焕致“庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞”！不杀袁崇焕不足以谢天下，不足以慰祖社，所以，崇祯皇帝出于政治上的需要，必杀袁崇焕。袁崇焕成了皇太极入侵北京的一只替罪羊。
由于袁崇焕的冤死，直接间接地打击了抗击后金的军民，削弱了明军的军事力量，使明朝“兵临城下，而自坏万里长城”，失去了真正能负起镇抚辽东的栋梁，《明史？袁崇焕传》说：“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣！”。同时亦为后金进掠明朝江山搬去了大障碍。
此后，东北防务大大削弱，后金军几次攻入关内，威胁北京。崇祯十七年（1644年）三月，以李自成为首的农民起义军攻入北京。崇祯帝在煤山（今景山）自杀，宣布了明王朝的崩溃。
尴尬的平反
袁崇焕死后，“天下冤之。”崇祯非昏君，也在不停地反省，只不知他对冤杀袁崇焕是否也有过一丝悔意。崇祯八年（1635年）八月、十四年（1641年）二月、十五年（1642年）闰十一月、十七年（1644年）二月，崇祯先后四次下诏罪己。后来更一度避正殿，居武英殿，减膳撤乐，如不遇典礼之事，平日着黑衣理政，与将士共甘苦，至“寇”平之日为止。可惜时局已不可挽回。
程本直曾这样评价袁崇焕的为人：“举世皆巧人，而袁公一大痴汉也。唯其痴，故举世最爱者钱，袁公不知爱也；唯其痴，故举世最惜者死，袁公不知惜也。于是乎举世所不敢任之劳怨，袁公直任之而弗辞也；于是乎举世所不得不避之嫌，袁公直不避之而独行也。而且举世所不能耐之饥寒，袁公直耐之以为士卒先也；而且举世所不肯破之体貌，袁公力破之以与诸将吏推心而置腹也。”
然而就是这样一位忠贞廉洁的民族英雄，冤死后竟然没有人敢替他收尸。那么袁崇焕的尸首到底哪儿去了？据说，在袁公被杀的当夜，袁公手下的一位姓佘的义士冒着被灭族的危险把明朝打算“传视九边”的袁公头颅从高高的旗杆上偷了下来，安葬在他生前和后金大战过的广渠门内，并且决心永远守着这座坟墓。佘义士临终前给后世子孙留下了遗训：一不许再回广东老家，要世世代代为袁大将军守墓，二不许做官，三不许不读书。从此，佘家后人开始了对袁崇焕墓的秘密守护，直到乾隆年间，守墓才转为公开，他们也才得到世人的敬重。
袁崇焕的平反工作同样经历了艰辛曲折甚至可以说是尴尬的过程。我们知道岳飞死后，事过20年，由宋高宗的儿子孝宗为其平反；于谦死了8年之后，由明英宗的儿子宪宗为其平反。他们都在当朝平反。袁崇焕呢？却是在他死152年以后，由敌朝也就是清朝的乾隆皇帝平反的。
根据《清高宗实录》乾隆四十七年（1782年）十二月初四日记载：“昨披阅《明史》，袁崇焕督师蓟、辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事。彼时主昏政暗，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。袁崇焕系广东东莞人，现在有无子孙？曾否出仕？著传谕尚安，详悉查明，遇便覆奏。”
乾隆皇帝看《明史？袁崇焕传》后说：“我昨天批阅《明史》，发现明朝袁崇焕督师蓟、辽，虽然是与我朝为敌，但却能忠于所事。那时明朝主昏暗政，不能让他尽其忠诚，以致身遭重刑，深可悯恻。”乾隆皇帝知道袁崇焕忠于明朝而被冤杀，于是命广东巡抚尚安查寻袁崇焕后裔，加以抚恤。至此，袁崇焕的冤屈才渐渐为人所知。后来尚安回复了，袁崇焕没有后代，只好从他本家后裔里找一个孩子来接续袁崇焕的香火。不久，乾隆皇帝又下圣旨，授其五世嗣孙为峡江县丞。史料中也有一处记载说他有子，后来传说黑龙江将军寿山是他的后代。袁崇焕的儿子，是没有、是死了、还是蒙难时被人保护隐藏起来？现在仍然是一个历史之谜。
以后，在东莞还专门建了袁崇焕祠，乾隆题了“忠于所事”匾额，何耘劬撰了一副对联：“天命有归，万里长城空自；人心不死，千秋直道任公评。”嘉庆三年（1798年）九月，又令入祀贤良祠。
民国初年，北京建袁督师庙，庙内正中塑袁崇焕石刻像，石刻像上悬袁崇焕手迹“听雨”一额。解放后，北京市人民政府在1952年采纳李济深、柳亚子、章士钊、叶恭绰、蒋光鼐、蔡廷锴等人的建议，重修了袁祠、袁墓。
自从袁崇焕的冤案平反以后，他的强烈的爱国主义精神，他的崇高的民族气节，他的一往无前的英雄气概，他的善于用兵的军事才能，他的激励人心的爱国诗篇，一直鼓舞着中国人民的民族斗志。
下面这首诗《临刑口占》是袁崇焕被杀前所作，就让我们以此来缅怀和永远记住这位民族英雄吧。
一生事业总成空，
半世功名在梦中。
死后不愁无勇将，
忠魂仍旧守辽东。