思想是行动的指南，理念的转变是制度变革的前提与基础。清末民初之际，随着西风东渐，在对刑事司法传统进行批判与反思的基础上，一种新型的刑事诉讼理念开始在国内一批开明人士与先进分子中逐渐形成。在刑事诉讼制度的变革中，这无疑起着巨大的“开风气之先”的作用。
一、从司法行政不分到“司法独立”
清末以来，中国一些开明之士深受孟德斯鸠等人分权学说的影响，认识到权力分立的重要性。至民国初年，他们更是极力主张将其付诸实践。梁启超、沈家本、伍廷芳、章太炎等人可谓此中翘楚。
戊戌变法时期，康、梁即对“乾纲独断”、司法行政不分的专制制度提出尖锐批评。在《上清帝第六书》中，康有为指出：“近泰西政论，皆言三权。有议政之官，有行政之官，有司法之官，三权立，然后政体备”。如果权力分立，则“中国之治强，可计日待也”。
根据孟德斯鸠三权分立的理论及中外历史实际，梁启超明确提出，要建立近代法治，必须充分认识“司法独立为立宪政治之根本”
的原则，“以司法独立为第一要件”。因为“司法之权若与立法权或与刑法权同归于一人或同归于一部，则亦有害于国人之自由权。盖司法权与立法权合，则国人之性命及自由权必至危殆”。因此，必须彻底改革中国封建司法制度，建立近代民主司法制度。在中国近代法律史上，梁启超不仅是司法独立理论的积极倡导者，也是在实践上推动司法独立的第一人。１９１３年他在任袁世凯政府司法部长时所写的《政府大政方针宣言》中论道：“今之稍知大体者，咸以养成法治国家为要图。然法治国曷由能成？非守法之观念，普及于社会焉不可也。守法观念如何而使能普及？必人人知法律之可待，油然生信仰之心，则自凛然而莫之犯也。故立宪国必以司法独立为第一要件。”
关于司法独立的含义，沈家本同样认为，其中心问题是裁判独立。西方立宪国家，无论谁都不能干涉裁判的事，虽以君主的命令、总统的权势也只可赦免，而不能改正。同时，沈家本认为，司法独立也是实行宪政的需要，“泰西各国宪政之萌芽，俱本于司法之独立”。
在清末修律中，沈家本所面对的，首要的是将司法从行政中分离出来，所以强调只有司法独立才能“推明法律，专而能精”，因为“人各有能有不能，长于政教者，未必能深通法律；长于治狱者，未必为政事之才。一心兼营，转致两无成就”。所以，司法应当独立并与立法、行政三权“鼎峙”。沈家本为了论证中国确立司法独立的必要性，还使用了在文化专制主义制度下习用的“托古改制”方法，到中国周朝寻找依据，认为“近日欧洲制度，政刑分离颇与周官相合”，称司法独立在中国合于古制，强调早在成周时政官与刑官的职守便各不相侵，“故能各尽所长，政平讼理，风俗休美”。只是到了后世，政刑之权才“丛于一人之身”，而这正是“吏治之日下”的根源。
曾亲身考察西国政情的清廷大臣，对此问题的认识与论述亦颇为深刻。端方认为，数十年来讲求洋务，“求强而反以益弱，求富反而益贫者”，皆因“但效其末而不效其本”，其“本”即为政体。在论及政体的变革时，他特别指出，国家须设立司法裁判所，独立于行政之外，不受行政官之干涉。如此则事权专一，无掣肘之虑，而行政官员负担亦可减轻，因而能“百废俱兴，国力大振”。在与戴鸿慈联合上奏的《奏请改定官制以为立宪预备》一折中，端、戴二人又率先主张“司法之权，各国本皆独立，中国亟应取法”。他们认为，司法与行政两权分峙独立，是世界近百年来通行之“公理”，各国应以此为效法的“准则”。究其原因，这是因为“行政官与地方交接较多，迁就瞻循，势所难免”。而且，社会愈发展，法律愈繁密，“条文隐晦，非专门学者不能深知其意。行政官既已瘁心民事，岂能专心律文，故两职之不能相兼，非惟理所宜然，抑事所当耳”。针对中国司法与行政不分的久远传统，他们分析道，“中国州县向以听讼为重要之图，往往案牍劳形，不暇究心利病”，造成“庶政不举”。为此，今“宜采取各国公例，将全国司法事务离而独立，不与行政官相丽”。在比较中西的基础上，二人提出了许多具体变革法制的主张。如建议将刑部之名更为法部，重划其职；并提出“应俟司法独立之后，改大理寺为都裁判厅，以当其职”。这些建议与主张，基本上为最高统治者所采纳，极大推动了清廷“预备立宪”的进程。
辛亥革命推翻了清朝的统治，但时人对司法独立的呼吁和促动，不但未有丝毫辍步，反更如火如荼。清廷修律大臣之一的伍廷芳曾担任南京临时政府司法总长。由于该政府的存留甚短，伍廷芳没有对司法制度的建设作出长久的贡献。尽管如此，他于《中华民国图治刍议》一书中，仍设两章专门总结、论述司法制度的重要性：“泰西有言，视一国之文明与否，须视其司法能独立与否，并其执法廉明与否。
固知司法者，全国治体命脉所系，非从表面皮相者也。而中国司法，向昧夫独立之一理，循二千馀年之专制，举立法、司法、行政之鼎立三权于一手，中央如是，各省亦如是”。同时，他特别强调司法独立的关键在于“审判官之独扼法权，神圣不可侵犯，其权之重，殆莫与京也审判官为法律之代表，其司法之权，君主总统莫能干预。判断之后，铁案如山，除上控于合格衙门，若再由合格法官判结，无可再反矣”。伍廷芳认为，所谓司法独立，“专指审判官之独扼法权，神圣不可侵犯”；审判官为法律之代表，“其司法之权君主总统莫能干预，更不准行政者越俎违章，稍作民权之侵犯”，只有上下守法，才能四民安谧，“此治国之第一要图也”。在总结历史经验的基础上，他深刻揭露了中国封建时代司法与行政不分所造成的弊害，强调司法独立是一个国家司法文明程度的表现：“司法者，全国治体命脉所系，非从表面皮相者也”；司法要求对诉讼案件必须做到明察秋毫，防止冤抑，“鞫谳重大，为民生性命所托”。中国政治要有所进步，必须从司法一门入手。他认为，文明国家，有三权鼎立，各不相侵，“立法一也，司法二也，行法三也”。三者之中，以司法独立最为重要。这是因为，司法独立，既利于国，也利于民。从利国来说，看一个国家文明与否，须看其司法能否独立，并且其执法能否廉明。因此，他认为改良司法的首要步骤，在于实行三权分立的原则，确保司法独立。伍廷芳还从国家主权角度论证在中国确立司法独立的必要性，他指出，中国一直主张收回治外法权，如不能使司法独立，则“终难望收回之一日”。所以，司法问题，与国家富强实“一脉相承”。伍廷芳则特别指出，“审判官所断之案件，行政官不能过问，如有冤抑，得上控于合格衙门”。
南京临时政府虽执政短暂，但其宪法性文件《临时约法》规定：
“法院以临时大总统及司法总长分别任命之法官组织之”；“法官独立审判，不受上级官厅之干涉”（第５１条）；“法官在任中，不得减俸，或转职，非依法律受刑罚宣告，或应免职之惩戒处分，不得解职”。对司法独立如此明确和严格的规定，是２０世纪里最为彻底的。但针对第５１条的规定，时任外交总长的王宠惠在其《中华民国宪法刍议》中，认为应当将“上级官厅”删去，“法官独立审判不得干涉之”的说法更加适当。这表明他所理解的法官独立审判，不仅不受上级官厅的干涉，也不受来自其他方面的干涉，以体现真正的司法独立。
根据资产阶级三权分立的原则建立独立的司法机关，实行资本主义的诉讼与审判制度，是资产阶级民主派的共同主张。被誉为晚清“思想巨子”、在革命派中一度与孙中山齐名的章太炎，虽然对资产阶级议会制度有所批评，甚至否定，对资产阶级共和国的方案也表现了动摇，但对于三权分立的主张是始终坚持并寄予很大希望的。他的理想就是建立一个没有议会，而由平民直接行使权利的立法、司法、行政三权分立的总统制共和国。他认为，在三权分立的政权体制中，“惟刑官堪与政府抗衡”，司法可以限制元首权力，保障民权，“总统惟主行政国防，于外交则为代表，他无得与，所以明分局也。司法不为元首陪属，其长官与总统敌体，官府之处分，吏民之狱讼皆主之，虽总统有罪，得逮治罢黜”。由此，“当专以法律为治，而分行政司法为两途夫长吏不奸裁判之权，则无由肆其毒”。章太炎虽然引古制论证司法独立的必要性，但其立场已经直斥专制制度之非。他认为明代设布政使主管“理财、掌民、课吏”，设按察使“掌刑名廉劾之事”，就是司法与行政的分离，这是中国一统两千年来的“五善政之一”。另外，司法行政也必须与司法审判分开，司法行政权不能干涉司法审判权。司法独立当中，法部与大理寺也应当职责分明。法部掌司法行政，大理院掌司法审判。因此，大理院为最高裁判，而法部只能监督裁判。伍廷芳认为，所有大小各案，都归地方大小审判庭及大理院“援例讯谳，不出范围之外”。“司法神圣，不得而贬其权，更不准行政者越俎违章，稍作民权之侵犯”。同时，对于审判官，必须给予优厚待遇与崇高地位，必须使司法官俸薪高于行政官，以示优厚养廉。尊重人格，可使其养成“冰霜节操，免为功利所动”。章太炎指出，为保证司法独立，法律应由明习法律与通达历史、周知民间利弊的人士制定，而不能由官府和权势豪门制定，法律既定之后，总统不得擅改，百官不许违越，有不遵守者，人人均可诉于法吏，由“法吏逮而治之”。另外，还要保证司法官能够独立行使职权，不受强权者的干扰和出身的影响，因此政府不得任意黜陟司法官吏，并不得从豪门中选任，而应“明习法令者自相推择为之”。
应该说，上述学者对司法独立的认识各有侧重，思路有别，以现今标准评判，甚至有些学者对司法独立的理解也颇值商榷。但无论如何，行政独揽刑名的传统制度已弊端凸见，以西人行之有效的司法独立制度取而代之，成为有识之士的共识。这给审判独立原则的确立直至刑事诉讼制度的全面改革，都奠下了至关重要的理念基石。
二、从法律的家族主义到法律的国家主义
在国家产生以后，中国社会最基础的单位是“家”与“族”。因而，“中国古代是以家族为本位的，宗法血缘关系有着很强的约束力，在此基础上形成了人伦尊卑的等级秩序，即所谓伦理、伦常”。由此延伸，在家、族、国的组织结构关系上，呈现出一种严谨的一体性，使得家国同态，家国一体。这种特点便决定了家法族规能作为国家制定法的一种重要的补充形态绵存于世，具有了耶利奈克所谓的“实然所具有的规范力”，中国传统刑事诉讼亦显现出国家司法与“家族司法”
并存的二元结构。中国古代诉讼的历史实际，虽然不能为韦伯的“宗族有时不仅是超越法律（ｐｒａｅｔｅｒｌｅｇｅｍ），甚至还有抗拒法律（ｃｏｎｔｒａｌｅｇｅｍ）的效力”的观点提供明证，但却为梅因的“家族单位永久存在决定家族法长期存在”的观点提供了有力的证据：“古代社会的单位是家族团体永生不灭，因此，原始法律把它所关联的实体即宗法或家族集团，视为永久的和不能消灭的。既然家族集团是永生不灭的，其担当刑罚的责任是无限制的。”
古代中国按照法律规定，形成三级（秦汉时期的县、郡和中央）或四级（唐宋时期的（县、府、州、中央）或五级（清代的县、府、省、巡抚、中央）的司法等级制度，县或相当于县一级的州等地方审级是第一审机构。但实际上，由于中国地广民众，多民族一体及经济、文化发展的不平衡，国家法律的施行往往捉襟见肘，鞭长莫及。因此，县级司法乏力以致混乱的局面在所难免。在此条件下，“家族司法”作为一种最理想的补充形态，具有很大的现实作用和特殊地位，“成为官府治理地方的辅助工具”。如此，“家族司法”就演变成国家司法机构以外的实际上的第一级司法审级，县以下广大区域内国家司法机构管理乏力的缺空得以填补，由此形成一套“家族司法”——国家地方司法——国家中央司法的完整体系。这样，家长族正即有权“听断”
族内“大小事件”，重大案件送交州县审判。甚至清朝雍正皇帝曾谕令：家长族正“训诫子弟，治以家法，至于身死，亦是惩恶防患之道，使不法子弟知所儆惧改，情非得已，不当按律拟以抵偿。嗣后凡遇凶恶不法之人或以家法处治，至于身死，免其抵罪”。
因此，在中国古代，国家承认“家法、族规是适用于家族内部的法律，以补充国法的不足，从而体现了家法与国法的一致性”，“家族司法”与国家司法有着密切的统一、互补关系；同时，这种伦常关系也影响着立法，渗透于立法，使得中国古代的法典中，“伦理立法占有很大的比重”，成为反映中华法制文明特殊性的一个重要方面。为此，瞿同祖先生认为：“中国古代法律的主要特征表现在家族主义和阶级概念上”。
近代以来，对这种封建的家族主义及其法律，时人有全力的维护，更有尖锐的批判。曾疾呼“法治主义，为今日救时惟一之主义”的梁启超，便曾极力推崇与法治主义相合的国家主义：“国也者，积民而成”；“天下未有无国民而可以成为国者也”。而在《大清新刑律》的起草与修改过程中，这种分歧与争论则达到了高潮。
宣统二年（１９１０年）九月一日，资政院召集议员正式开会。十一月，议员议决新刑律，宪政编查馆派员代表政府，到议场说明新刑律的立法宗旨，争论由民间转入议场，而且因特派员的加入与演讲，有关法律的国家主义抑或家族主义的冲突成为矛盾的焦点。