1978年，邓旭初访美回来后，觉得国内高校与国外差距很大，就想以最快的速度把国际上高校方面好的东西搬到交大来，于是萌发了与国外联合办学的念头。1979年下半年，上海交大举办了一个计算机和管理的双硕士研究生班，这个班是与美国宾洲大学华顿学院合办的，而宾洲大学华顿学院在世界上具有一定的知名度。因此，与宾州大学合作办学，有利于为上海交大培养一批优秀的管理人才。当时这个双硕士班的教学任务由交大和宾洲大学各承担一半，双方各安排一部分老师，配备了较强的教师资源。通过联合办学，上海交大的双硕士班学生可以学到国外先进的技术和管理思想，而一部分老师也可以到国外进行深造，进而推动交大在管理等学科方面的发展。1983年迎来了第一批双硕士毕业生，许多留校任教，为上海交大该学科的发展做出了贡献。
说到上海交大早期的联合办学，不得不提到几个人，他们为上海交大与国外的合作办学作出很大贡献。其中一个是朱传榘，一个是陈启元，还有一个是丁忱。这后面两个都是交大的校友。朱传榘生于天津，在上海完成大学学业后赴美国深造，已融入美国主流社会。其夫人荣智珍女士是中国名门望族无锡荣氏家族中荣鸿元先生的长女，而荣鸿元先生是交大的校友。
他们3人一直在美国发展，非常有成就，交大与宾洲大学的合作就是在他们的资助下进行的。当时他们3个在宾州大学成立了专门资助联合办学的董事会，董事长是企业家鲁宾，朱传榘、陈启元、丁忱等都是董事。联合办学的费用，对方教师的讲课费用，交大老师出国深造的费用等等，都是由这个校董事会出资的。应该说，上海交大能够成功地与宾洲大学合作办学，在很大程度上有赖于他们3人的鼎力支持。
在与美国联合办学的同时，邓旭初还积极拓展与其他国家和地区的合作空间。1979年，开展与西德康士坦茨大学的合作，巴符州政府通过康士坦中国规划委员会给交大每年10名进修教师奖学金，共6年，还陆续派教授来交大讲学，并在汉字系统处理方面进行合作研究。
为了加强与康士坦茨大学和高工等西德高校的人员交流和科技合作，1983年10月9日至30日，邓旭初与副校长林栋梁、动力机械系系主任顾宏中、电工及计算机科学系宋云麟，访问西柏林和西德。10月23日至29日，访问了康士坦茨大学和高工，受到热情款待。康士坦茨的《南方日报》刊登了代表团参观的照片，康士坦茨城举办了中国周，挂中国国旗，卖中国商品。康士坦茨和高工两校校长和夏华刚教授亲自开车陪同参观两校有关实验室和巴符州有关工厂、企业。双方就进一步加强校际人员的交流和科技合作进行了深入的讨论，促成了康士坦茨大学与交大管理学院联合举办中德企业管理干部培训班（由德国提供办学资金经费，每期招收企业管理人员20人，在国内培训9个月，由德国派教授讲课，在德国实习1个月）。此外还落实了交大选派人员赴西柏林工业大学攻读博士学位的名额，扩大了在ＣＳＩ、ＣＡD方面合作办学的范围。
1983年，根据加拿大国际开发署（ＣＩDＡ）与国家前教育部1982年商定的经济管理教育合作项目，与ＵＢＣ建立了合作伙伴关系。向ＵＢＣ派出进修教师20人，ＵＢＣ来校开设“城市土地经济效益”、“企业”、“会计控制”、“策略规划”等多门新课程，并向交大赠送微机、复印机、图书杂志以及视听录像设备，增强了学校教学和科研能力，充实了师资力量。
与国外联合办学也遇到了不少阻力。最初上海交大向教育部请示，希望能够批准交大与国外联合办学的提议时，当时有关领导非常不赞同，认为“全国解放了，我们把帝国主义的教育权终于收归国有，而现在你们却又要送给人家”。面对这些困难，邓旭初说：“我们并没有把教育领导权送给国外，不管上面批还是不批，我们先搞起来。”阻力也好，波折也罢，终归还是将联合办学的工作搞了起来。后来其他高校也开始效仿进行合作办学，现在合作办学的学校和领域就更多更广了。
新时期，上海交大在原来合作办学的基础上，又迎来了新的发展机遇，新一代交大人继往开来，勇攀高峰，瞄准世界一流大学的目标，开展起新一轮的全方位、深层次的合作办学。
上海交大管理学院与新加坡人力资源管理学院在1990年起合作举办新加坡工商管理硕士课程教学班。管理学院派出经济管理教师多名赴新讲课，这是学校首次以培养外国学生为对象的合作办学。
1992年10月起与欧共体商谈，共同筹建上海交通大学中欧国际工商学院，1994年正式签署协议并宣告成立。这是中外合作办学的一次崭新探索。该学院得到国家教委与上海市政府的全力支持。办学旨在培养MＢＡ和在职MＢＡ，举办各类短期管理培训班及中外合作研究和教师培训。1995年5月在闵行校区招收首批学生60人，目前又有很大的发展，在国际上该专业的排名中已名列前茅。
1993年，学校在新加坡设立教学点，正式招收MＢＡ学生，授予中国MＢＡ学位。目前已经培养了数百名学生。2000年，与美国密歇根大学合作共建上海交大机械工程学院。材料科学与工程学院与英国ＱｕｅｅｎMａｒｙＣｏｌｌｅｇｅ建立合作关系，共同培养学生；管理学院与加拿大不列颠哥伦比亚大学（ＵＢＣ）商学院联办国际MＢＡ，与香港科技大学在上海推出为高科技企业培养管理人才的“技术管理硕士（MＴM）”学位教育项目；电子信息学院与澳大利亚悉尼大学计算机系联合培养博士研究生；农学院与英国诺丁汉大学也建立了合作伙伴关系。
与此同时，上海交大十分重视加强同国际跨国企业集团的合作。近年来，与国际上近50家跨国企业和研究机构建立了伙伴关系，共建联合实验室，合作培养人才，协力科技攻关。其中，与美国通用汽车公司联合建立了“动力技术研究院”和“车身制造技术卫星实验室”；与美国福特汽车公司联合建立了“ＣＡD/ＣＡM/ＣＡＥ＆ＰＩM实验室”；与美国德州仪器公司联合建立了“DＳＰ技术中心”；与罗克韦尔公司联合建立了“自动化实验室”；与朗讯公司建立了“上海交大—朗讯联合实验室”；与美国Ｓｕｎ公司联合建立了“制造业仿真实验室”；与施耐德电气公司联合建立了“培训与研究中心”；与香港新科（远东）公司联合建立了“集成电路联合设计中心”；与香港新能源环保技术开发有限公司联合建立了“新能源与环保技术开发中心”；还与德国巴斯夫公司、德国汉高公司、日本松下电气公司、日本日立公司、荷兰保险（ＩＮＧ）、飞利浦公司等多家国外企业建立了联合培训中心和科研合作关系。世界著名跨国公司阿斯利康医药公司提供200多万美元与长江计划特聘学者贺林教授研究室建立“精神疾病遗传学联合实验室”等。
目前，上海交大已以合作科研、联合办学、举办国际会议、学者讲学互访、互派留学生形式与美国、英国、法国、德国、加拿大、日本、俄罗斯、澳大利亚、比利时、乌克兰、新加坡、韩国等12个国家60多所大学签订了校际合作协议，展开了更加广泛的合作办学。
4.引进外资办学
多年来，我们总是在这个主义、那个主义，这种主义、那种主义中兜来转去，纠缠不清，对于哪些是爱国主义，哪些是卖国主义也在不停地争论。如：
学生出国深造与留学生回国效劳；海外华人赚了外国人的钱，回来为祖国办好事，这些事到底是爱国主义还是卖国主义，接受华人捐赠，是不是有损人格与国格等等。
邓旭初敢于接受“资本家”的捐款，建造图书馆和教师活动中心，也不可避免地要受到这些“主义”之争的影响。后来，在邓小平同志、王震同志、叶剑英同志等中央领导和柴树藩部长的直接关怀下，以邓旭初为首的交大党委，冲破极“左”思想束缚，高举爱国主义旗帜，为国家办了一件大好事，为高校接受海外华人的捐款进行办学开辟了先河。
建立包兆龙图书馆。
访美期间，邓旭初亲眼看到国外大学的图书馆之大，管理技术之先进。
回国后，他一直在想，交大要建成一所第一流的大学，必须要有一个图书充足、房屋宽敞、设施完备、功能齐全的图书馆。1980年10月，机遇来了。上海交大校务委员会副主任、六机部部长柴树藩同志和夫人应香港环球航运集团主席、世界船王包玉刚先生邀请，前往日本参加大阪造船厂为包玉刚先生建造的一条新船“世欣”号下水命名典礼。柴部长行前和邓旭初商量：
如果包玉刚先生愿意帮助上海交大，捐赠什么好？面对交大百废待兴的状况，邓旭初想，最主要的是学校要赶上世界先进水平，赶上国际科技潮流。