重建管理学院。交大第一个管理专业建立于20世纪20年代，以后发展为交通管理学院。40年代中期又在学校工学院设置了工业管理系。解放后取消了管理专业，相关专业调整出交大，有的教师调出，有的教师被迫改行。理由是旧社会是资本主义，管理学科的一些管理办法是资本家用来剥削工人阶级用的，因此取消了。当然这是极“左”的说法。管理学作为一门科学，资本主义可以利用，我们社会主义也可以利用；他们用于剥削工人阶级，我们为什么不可用于造福工人阶级。因此，邓旭初上任后，于1979年恢复了工业管理工程系。这个系当年就为六机部、空军工程部和国家计委、上海市委组织部等单位举办了多期厂长进修班和干部进修班，为他们培养了急需的管理人才。1981年学校又创建了系统工程研究所，逐步建立了“系统工程”、“工业管理工程”、“决策科学”、“工业外贸”和“组织行为学”等专业和学科，形成一支初具规模的教师队伍。管院陆续完成和承担了一批重要的科研项目，培养了大批硕士研究生、本科生和企业干部进修生，为祖国四化建设输送了急需的管理人才，并广泛开展了国际间的学术交流，先后与美国宾夕法尼亚大学、加拿大不列颠哥伦比亚大学、德国西柏林工业大学和康斯坦茨大学、香港中文大学和理工学院等建立了协作关系。
为适应经济振兴和新技术革命的挑战，培养出更多更好的管理人才，1984年，邓旭初和交大党委决定重建管理学院。
6月12日，风和日丽，校园内彩旗飘扬，鲜花怒放，身披节日盛装的文治堂里掌声笑语不绝，上海市政府顾问杨恺、以海克尼校长为团长的美国宾夕法尼亚大学代表团等二百余名国内外来宾和交大领导、管理学院全体师生员工隆重集会，共同庆祝上海交通大学管理学院的恢复成立。
管理学院下设工业管理工程、决策科学、工业外贸三个系和系统工程研究所，人力资源管理研究室，计算机应用实验室。管理学院新任院长杨锡山教授说，管理学院的奋斗目标是“争取在1990年前，使我们的专业和学科跟兄弟院校一起携手前进，达到国际先进水平。”
在欢快的乐曲中，校务委员会副主任邓旭初向帮助交大建立管理学院的美国宾夕法尼亚大学校长海克尼（Ｈａｃｋｎｅｙ）和诺贝尔经济奖获得者克莱因（Ｋｌｅｉｎ）教授授予交大名誉教授证书，向宾大摩尔学院院长勃罗杜格拿（Ｂｏｒｄｏｇｎａ）先生、沃顿学院副院长希恩（Ｓｈｅｅｈａｎ）先生、两校合作主任泼列惠斯（Ｐｒｙｗｅｓ）和促进两校合作的朱传榘先生表示谢意！建立文学、艺术学科在全国工科院校中第一个建立文学艺术系。解放前，尤其是唐文治任校长时期，交大非常重视古文教学，因此当时交大的毕业生古文水平相当高，书法也很好。后来上海交大变成了纯工科大学，理科都调走了，文学艺术专业更不可能在此生长。一些毕业生缺乏人文素质，写文章文理不通，书法难以入目，更谈不上音乐美术素质了。一所理工科大学要不要办文科，当时分歧很大。1978年访美时，邓旭初考察了哈佛、斯坦福、麻省理工学院等世界著名高校，发现它们的理工科大学也可办文科，这关系到完善和优化学生的知识结构，提高人才素质的问题。
麻省理工学院原以工科著称，30年代把理科提到与工科并重的地位，二战后，又建立起与理工科并重的人文与社会科学学科，建成工、理、文并重的综合性大学。邓旭初想交大原以该校为模式，尽管困难重重，许多人不理解在工科院校建立文科，但该校的经验值得借鉴。基于这种思想，邓旭初认为一所重点大学，应该有各种学科协调发展。理工科主要是逻辑思维，文学艺术主要是形象思维。搞理工科的人，有些形象思维的陶冶，大有好处。不但不会妨碍理工科的学习研究，相反，大大有利于对工科的学习和研究。而且，多学科在同一所大学里，还会促进交叉学科的生长。如上海交大的音乐与电脑相结合，发展了电子音乐，就是一例。上海交大在这些思想指导下，于1981年1月成立了文艺办公室，邓旭初兼任主任，下设美术、音乐、汉语、人才学4个研究室。1月，成立了汉语教研室，6月成立美术研究室，10月成立了音乐教研室。聘请程十发、刘旦宅、唐云等上海著名专家担任顾问，引起较大震动。1985年6月，成立了文学艺术系。理工科大学建立文学艺术专业，这在全国还是首例，为建成第一流的综合性大学作了准备。
发展现代先进学科
访美归来，邓旭初和交大党委深深感知，上海交大已大大落后于科学技术发展新潮流，必须迎头猛赶，争取建立新兴学科与前沿学科。
引进系统工程专业。在访美代表团中，团员张钟俊院士，是在美国麻省理工学院取得的博士学位。在母校参观时，他了解到“系统工程”这一新学科，对祖国建设有用，当时就用心收集这方面的资料。回国后，在自动控制系抽调教师，建立了系统工程专业。这个专业后来发挥了重要作用。
上海交大计算机专业原来是有名无实的。几位教师搞了一些电子管在实验室里摆弄。第一次访美，代表团见到了王安先生，邓旭初把带出国的8万元美金中，抽出5万元，请他为母校配几台电脑，王安立即半卖半送，配置四台。这4台电脑成为上海交大计算机专业的发家之本。计算机专业在这一基础上，迅速发展成交大最强大的专业之一。
建立图像处理与模式识别专业。这个专业是美国匹茨堡大学教授施增玮一手扶植的。第一次访美时，代表团参观该实验室，知道这种新技术对遥感很有作用。当时交大校友施增玮，担任匹茨堡大学工学院代理院长和模式识别研究所所长。邓旭初等参观了施增玮的模式识别研究所，对这个新专业产生了浓厚的兴趣。参观后，感到这个专业很有发展前景，就想在交大也建一个这样的实验室。于是施增玮教授开了一个建实验室的详细清单，包括计算机、外围设备、图像处理设备等，当时估计下来购买这些设备大约需要30万美金。而这些设备当时在国内是根本买不到的，只能在美国和欧洲一些国家买。但1978年，国家刚刚开放，中美也才建交不久，对交大来讲，如何从国外买东西，如何办理相应手续都很困难；如何带出去这一大笔资金，由谁带出去也都是问题。毕竟让一个人带着这么一大笔钱出去买东西，万一不回来那还了得。当时教师的工资也不过100元左右，30万美金即使是现在也是一笔巨款，学校派一个人带钱出去必然要冒很大的风险。
邓旭初考虑再三，决定派李介谷出去买这些设备，让他到施增玮实验室学习，同时带30万元美金去购买。担此重任，李介谷非常感激领导对他的信任，决定不辜负学校对他的厚望，努力完成任务。
当然，学校决定派李介谷出去买这些设备，要通过层层审批。先是得到六机部柴部长的批准，又得到国家副主席王震同志的批准。柴树藩部长写信给中国驻美国大使馆的一个商务参赞（柴部长过去的一个部下），让他们协助交大购买这些设备，然后将现金直接汇到了中国驻美国大使馆。相关手续在交大副校长张寿同志的奔波下，在北京一个部门、一个部门办下来。
直到1979年10月，李介谷才去了美国。
到了美国，李介谷在施增玮教授的帮助下，一边联系各方面的厂商，一边在他的指导下进行专业学习，做一些相关课题，并在国外的期刊上发表了一些文章，逐步地深入这个专业。
购买设备的真正阻力来自美国政府，美国政府始终不同意出口这些设备。学校想了诸多办法，找那边的校友和当地官员等等，依然无济于事。将近两年，李介谷在美国始终没能办理下来这些设备的出口手续。但在这段时间内，中国与欧洲的关系有了很大发展，一些欧洲厂商带了类似产品到中国来推销，只是他们带来的产品都是些中档的，而交大当时向美国购买的是些高档设备。但考虑到美国始终不同意出口，学校只得退而求其次，向法国的一家厂商购买了第一套设备。1981年下半年，李介谷从美国学成回校，模式识别专业很快筹建起来。
模式识别这个专业从无到有逐步发展起来，上海交大的这个专业在当时第一批被评为国家重点学科博士点。90年代中期这个专业作为国家重点学科博士点的高校只有两所，一个是清华，一个就是上海交大。2001年，国家第二次评比中，上海交大的模式识别专业再次被评为国家重点学科博士点。目前，这个专业在校师生规模不断增大：博导8人，硕士生导师11人，博士生30多人，硕士生为五六十人，已经是上海交大最强的专业之一。
在新学科陆续萌发的基础上，学校发动全校教师对20世纪内的几个重要科学领域进行了研究与预测，并且根据学校的具体条件，确定了学校发展的重点。在信息技术、生物技术、船舶与海洋工程、能源工程、材料科学与工程、机械工程、应用科学与管理学等8大领域内，确定了37个学校重点发展学科，其中新建立的新兴、边缘学科约占三分之一。学校对这些新兴、边缘学科建设，都相应建立研究机构，配备一定的科研人员编制和现代化的实验设备，学校还决定每年把购置仪器设备经费的60％，用于这些新兴边缘学科，并选学术水平较高的教师作为学科带头人。从1978～1980的两年中，就千方百计调进学科带头人和急需教师100多人，解决了建立新兴学科的急需人才，使这些新兴学科在组织上和研究力量上得到保证。
恢复传统学科与开发新兴学科相结合
机械制造工艺与设备专业是上海交大实力较强的传统专业之一。但老专业不能适应科学技术发展的新潮流。邓旭初找机械系主任江厚宗教授来商讨，鼓励他引入电脑等高科技内容，在机械、电子一体化方面，迈出新的一步。经过努力，终于在机械工程系建立了国内高等学校第一个机器人研究室，完成了上海市焊接机器人、喷涂机器人和国家“863”装配机器人等多项研制任务。
又如动力工程系和声学结合起来，发展成一门与工业生产密切联系的“振动、冲击、噪声”新兴学科，成为国内该学科第一个可以授予研究生博士学位的单位。
学校又及时地将电类专业重点转移到信息科学和微电子技术上去，大力发展光纤技术、导波光学等，这里就不一一赘述了。
上海交大通过率先改革，恢复理科、重建管理学院、建立文艺系，特别是新兴学科与边缘学科如雨后春笋般地涌出，学科结构发生了根本性的变化，使古老学府焕发出青春和活力，为建成世界第一流大学，迈出了坚实的一步。
经过20多年来的不懈努力，现在的上海交大的学科建设又取得了更加巨大的发展。通信与电子系统、船舶与海洋工程、自动控制、复合材料、金属塑性加工等若干个学科已接近世界一流水平，大规模集成电路、计算机、光纤技术、系统工程等一批新兴学科在国内具有重要地位。学校已建设成16个国家重点学科，9个上海市重点学科，9个国家重点实验室、部委重点（开放）实验室，1个国家技术转移中心，2个国家工程研究中心。成立了船舶与海洋工程、机械与动力工程、电子信息与电气工程、材料科学与工程、理学、生命科学技术、人文社会科学、建筑工程与力学、化学化工、管理、外国语、农业与生物、环境科学与工程、药学、医学、法学、媒体与设计、信息安全工程、软件等19个学院和塑性成形工程、体育等2个直属系。建成了16个博士后流动站，涵盖理、工、文、管、农、经、法、教育等学科门类。建成了55个本科专业，14个一级学科博士学位授权点，57个二级学科博士点、103个硕士点，还有工程硕士、工商管理（MＢＡ）、公共管理（MＰＡ）、农业推广等4个专业硕士授权点。还建成了工科物理、工科数学、大学生文化素质教育和生物技术等4个国家教学基地。现在上海交大已成为一所以坚实的理科为基础，强大的工科为主干，管、农、文、法、医等学科具有特色、具有国内一流水平并有较大国际影响的全国重点大学。