我国的经济效益审计，类同于国外的绩效审计或“3E”审计，包括了经营审计和管理审计部分内容。“3E”审计，是指经济性审计、效率性审计和效果性（Effect）审计。对财务支出是否节约或浪费所进行的审计，为经济性（Econom—ics）审计。所谓经济性，是指以最低的支出和耗费开展经营活动，尽量节约，避免浪费。通过经济性审计，可以揭示被审计单位财政财务活动的恰当程度及其遵纪守法情况。效率性（Efficiency）审计，主要是指对投入与产出之间关系所进行的审计。通过该种审计，借以评价成本与盈利的情况，判明被审计单位的经济活动是否经济有效。其审计的主要内容是：判明被审计单位在管理和利用资源上是否经济有效；查明不经济、效率低的原因；检查是否遵守有关提高效率的法规等。效率审计，最终要揭示被审计单位管理结构的合理性和管理职能发挥的有效性，进一步寻求有利于提高效率的办法和措施。由于该种审计主要采用货币计量单位，以价值的形式计算比较，所以也称为价值审计。效果性审计，是指对计划目标完成情况所进行的审计，即审查产出是否达到了预期的效果，是否获得了理想的效益。效果性审计也称经营审计或经济效果审计。经营审计一般称为业务经营审计，是对企业供、产、销等业务经营活动进行的审核检查，以进一步挖掘潜力，提高经济效益的一种审计。管理审计，则是审核检查管理能力和水平，评价管理素质的一种经济效益审计。虽然业务经营审计和管理审计其根本目的是一致的，但它们有不同的侧重点：业务经营审计，主要是审查业务经营活动和生产力各要素的利用情况，也即是对企业的物质条件和技术条件的审查，具有直接性；管理审计，则主要审查管理组织机构的合理性、管理机能的有效性，以促进生产力各要素的有效配合，具有间接性。经营审计一般是由内部审计发展来的，它是业务审计的扩大化形式；管理审计产生于20世纪30年代，应用于60年代至70年代，它是从财务审计和内部审计发展而来的，其范围和技术更趋于综合性、绩效性与管理性。
我国《审计署2003年至2007年审计工作发展规划》中强调今后的主要任务是：继续坚持以真实性为基础，在财经领域打假治乱，促进整顿和规范市场经济秩序；继续严肃查处重大违法违规问题和经济腐败，推进廉政建设；积极开展效益审计，促进提高财政资金的管理水平和使用效益。实行财政财务收支的真实合法审计与效益审计并重，逐年加大效益审计分量，争取到2007年，投入效益审计力量占整个审计力量的一半左右。效益审计以揭露管理不善、决策失误造成的严重损失浪费和国有资产流失为重点，促进提高财政资金管理水平和使用效益，维护国有资产安全。一是要从实际出发，分层次地进行探索；二是突出重点，以揭露重大的损失浪费等问题为主，重点揭露决策失误管理不善造成的严重损失浪费和国有资产流失的问题。根据我国二十多年来的审计工作发展情况和国外大多审计机关普遍开展了效益审计的状况，认为开展效益审计符合现代国家审计发展方向。因此，新修订的审计法征求意见稿中新增了第二十六条，规定：
“审计机关对财政资金的使用效益情况进行审计监督。”
财政财务审计和经济效益审计虽然都有联系，但也有明显的区别，而且这种区别不仅仅表现在审计的具体内容上，还表现在审计的目的、依据、时间、执行者和方法等方面。从财政财务审计和经济效益审计比较中可以看出：前者的目的在于查明财务收支和经济核算资料的真实性、正确性和合理性，进行经济公证，借以确定和解脱经济责任，主要用于查错防弊，以保护原则为主；后者的目的在于确定经济效益并做出评价，借以寻求提高经济效益的途径，以建设性原则为主。前者审计以会计法、财政财务制度、财经法纪和财务活动事实为主要依据；后者除此外，还要以业务、技术经济效益考核标准和经济活动事实为依据。财政财务审计以事后审计及定期审计为主；经济效益审计则以事前、事中审计为主，定期审计与经常性审计相结合。财政财务审计主要由专业审计人员进行，主要使用审查书面资料和证实客观事物的方法；而经济效益审计，不仅是由专业审计人员进行，还要有工程技术等方面的内行专家参加，同时还要运用现代管理的一些先进方法。
3.经济责任审计
经济责任审计，是指以审查经营者应负经济责任为主要目的的审计。审计从其一产生，就包括了监督与监察活动，通过对物的检查去考核管物的人，而不是审物论物。我国早期经济责任审计主要有经营承包责任审计、租赁审计、厂长（经理）经济责任审计或破产责任审计等。在我国干部考核制度改革中，所引进的经济审计的做法，实质上主要是引进经济责任审计，即对经济部门的干部进行聘任前、任职中和离任前的经济责任审计。中办发［1999］20号文件，对县级以下党政领导干部任期经济责任审计和国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计作出了暂行规定。(1)为了加强对党政领导干部的管理和监督，正确评价领导干部任期经济责任，促进领导干部勤政廉政，在县级以下党政领导干部及党政机关、审判机关、群众团体和事业单位的党政正职领导干部，乡、民族乡、镇的党委、人民政府正职领导干部任期届满，或者任期内办理调任、转任，轮岗、免职、辞职、退休等事项前，对其任职期间所在部门、单位财政收支、财务收支真实性、合法性和效益性及有关经济活动进行审计，以确定或解除其应负的主管责任和直接责任。(2)为了加强对国有企业及国有控股企业领导人员的管理和监督，正确评价企业领导人员任期经济责任，促进国有企业加强和改善经营管理，保障国有资产保值增值，在企业领导人员（法定代表人）任期届满，或者任期内办理调任、免职、辞职、退休等事项前，以及在企业进行改制、改组、兼并、出售、拍卖、破产等国有资产重组的同时，对其任职期间所在企业的资产、负债、损益的真实性、合法性和效益性及有关经济活动进行审计，以确定或解除其应负的主管责任和直接责任。主管责任是指被审计领导干部在其任职期间，单位发生的财政财务收支不真实问题、资金使用效益差问题和违反国家财经法规问题，领导应负的经济责任；直接责任，是指被审计领导干部在其任职期间，对其本人侵占国家（公有）资产、违反廉政规定及其他违法违纪问题上应负的经济责任。
修订后的审计法中规定：审计机关依照国家有关规定，对国家机关、国有和国有资产占控股地位的企业和金融机构、有国有资产的事业组织以及管理、使用财政资金的其他单位的主要负责人，在任职期间对本地方、本部门或者本单位的财政收支、财务收支以及有关经济活动所负经济责任的履行情况，进行审计监督。在审计署审计工作发展规划中指出：经济责任审计，坚持“积极稳妥、量力而行、提高质量、防范风险”的原则，加强协调指导，全面推进县以下党政领导干部和国有及国有控股企业领导人员经济责任审计，扩大县以上党政领导干部经济责任审计覆盖面，推动部门单位开展经济责任审计。加强法规建设，逐步完善经济责任审计制度。五部委下发的“审经责发［2004］65号”文件，强调指出：从2005年1月1日起将党政领导干部经济责任审计范围从县级以下党政领导干部扩大到地厅级。同时，要突出重点，稳步推进，提高质量；统一思想，加强配合，形成合力；总结经验，探索方法，不断深化；重视成果运用，建立有效机制，充分发挥作用。
4.专项审计调查
专项审计调查是指国家审计机关主要通过审计方法，对与国家财政收支有关或者本级人民政府交办的特定事项，向有关地方、部门、单位进行的专门调查活动。其目的是为了及时向各级人民政府提供经济运行信息，促进宏观调控。