6月22日山东分局、山东军区张云逸、康生、许世友、袁也烈致三野、中共中央军委电，提出攻击长山列岛的作战方案。粟裕、周骏鸣、张震于6月27日复山东军区并报中共中央军委电，指出：“夺取长山岛之作战，我们意见，由二十四军派出一个师，协同警四旅、警五旅攻取，较为稳当，并应详细侦察岛屿地形及敌岸上部队布防状况、工事状况（强处与弱处），我航渡水情、道路。在器材准备上，特别强调船只的组织训练、部队强渡的训练。在新区工作作战指导上，一切应作强渡的组织准备，而在战术手段上则应尽量争取偷渡成功，不成功时则继之以迅速勇猛的强攻”。中共中央军委于6月30日复电：“同意你们复山东军区关于夺取长山列岛的作战意见，最主要的是详查敌情地形，认真准备强渡强攻的战术和技术，但不放弃对于偷袭的争取”。参战部队经过一个多月准备，于8月11日发起战斗，经一天两夜激战，攻克长山列岛，生俘国民党守军1500余人，缴获运输舰1艘、各种炮63门。
6月23日中共中央复上海市委并告南京市委及华中局电，指出：“帝国主义者正在采用利诱和威迫的两种手法，正在采取争取合法地位（以便从内部进行破坏）和继续援助国民党的两面政策，只有坚决而又适宜的斗争，并且需要很长的时间才能巩固自己战胜敌人”。“对紫石英号的方针，必须英方承认不得人民解放军同意擅自侵入中国内河是错误的这一点（不着重谁先开枪，因为这是没有多大关系的，重要的是擅自侵入内河，只要是擅自侵入，我军就必须打它和扣留它；也不要着重正当渡江的时机，重要的是擅自侵入人民解放军控制的内河，不管什么时机，都是不能许可的），才能释放，否则决不能释放”。
6月25日出席华东局会议，讨论应对帝国主义和国民党封锁、发展城乡生产问题。
6月26日蒋介石下令组建舟山防卫司令部，决定以4个军6万余人驻守舟山群岛，企图使舟山成为封锁长江入海口、袭扰京沪杭地区的基地。国民党海军对长江口至山东半岛沿海实行封锁。
7月1日在上海纪念中国共产党成立28周年干部大会上讲话，再次敲响拒腐防变的警钟，指出：上海是个大熔炉，也是个大染缸。我们要立场坚定，在这里锻炼成钢，而不要跌到污水坑里去。
7月2日午时，发出冬午电令：“为完成攻占台湾任务，必须迅速加强海军，决调赵启民同志前往海军任副政委”。“为迅速完成部队正规化，打下近代化基础，必须集中力量培养大批干部，决以陈士榘为军大副校长，钟期光为副政委”。
同日三野第十兵团开始向福建进军，于7月底到达福建建瓯、古田、南平地区集结备战。
7月3日在上海复旦大学召开的南下服务团欢迎新团员大会上讲话。
7月6日上海各界举行纪念抗日战争12周年、庆祝上海解放大游行。陈毅、饶漱石、粟裕等检阅游行队伍。
7月7日中共中央军委致总前委并粟裕、张震、周骏鸣电，指出：“在我夺取舟山群岛及台湾以前，可能继续封锁下去，故你们的立脚点须放在长期被封锁的情形下考虑并解决问题”。紫石英号如逃走，应坚决打击。
同日中共中央政治局会议听取邓小平关于华东工作及渡江、接收京沪杭情况汇报。
7月9日中共中央军委致华南分局并告第四、第三野战军电：“我第三野战军的有力兵团现正在开始由上海南进，大约八、九两月可占福州、泉州、漳州等地，如有必要，可由该兵团于歼灭闽西、闽南等处敌人之后，以一部协助你们歼灭韩江流域之敌，并占领潮、汕”。
7月10日毛泽东致周恩来信：根据朱德建议，可考虑选派三四百人去苏联学习空军，并购买飞机一百架左右，连同现有的空军组成一个攻击部队，掩护渡海，准备明年夏季夺取台湾。
7月11日与唐亮联名签发《上海军政接管委员会接管工作总结报告》。
同日签发第三野战军调整组织、部署命令。
7月13日率领华东军区和第三野战军指挥机关由上海移驻南京。7月15日电报中共中央军委：已到南京。
7月20日与张震、周骏鸣联名发出致中共中央军委、陈毅、饶漱石电，报告：为准备攻占定海和台湾，调整淞沪地区部署。
7月22日中共中央致华东局、南京市委电，指出：“英美两国在中国问题上有矛盾，我们应当利用这个矛盾。请你们在确定的一般原则下运用的时候注意到这一点”。
7月26日中共中央军委电示粟裕、周骏鸣：“你们的沿江炮兵部署甚好”。
7月27日签发华东军区、第三野战军致各兵团各军电：八九月份整训与工作计划，各兵团重点整训内容。
7月30日午时，发出复中共中央军委7月26日指示“海军机构移青岛，并归军委指挥”电：为迅速完成攻占台湾的准备，建议华东海军暂缓北开。中共中央军委于8月2日复粟裕并告华东局电：“同意粟裕陷午电意见，张爱萍海军系统暂时不迁青岛，并仍归华东系统即归粟裕指挥”。同时指出：“你们积极准备攻台是正确的，必须从各方面准备攻台，打破干部中的畏难心理”。攻台时间暂不确定，“必须推迟到我方空海两军（特别是空军）条件充分具备之时”。
同日发出致中共中央军委、华东局电，报告浙东沿海作战部署，拟第一步8月15日左右夺取大榭等三点，第二步8月底或9月初攻击定海。
8月1日在南京人民大会堂庆祝八一建军节大会上讲话。
同日签发第三野战军司令部致中共中央军委、华东局电，报告第十兵团南下情况及福州厦门作战部署。
8月2日发出致华东局并中共中央军委电，报告剿匪作战方针和部署。华东局于8月5日复电：同意剿匪方针和部署。华东军区、第三野战军于8月6日召开剿匪作战会议，8月11日发出剿匪作战命令（沿字第1号命令）。8月25日，指令第二十五、第三十五、第二十四军七个主力师分赴华东各地，结合地方武装，展开剿匪作战。
同日作关于目前形势和任务的报告。
8月6日作《认清伟大胜利和严重困难》的报告。
同日毛泽东致彭德怀并贺龙、习仲勋电，指出：解决西北地区问题，“除用战斗方式解决外，尚须兼取政治方式”。批注：“此报加发华中局，湖南省委，刘（伯承）邓（小平）张（际春）李（达），华东局及粟裕”。
同日中共中央致在莫斯科的刘少奇、王稼祥电，鉴于国民党空军飞机轰炸长江下游几个大城市，请告苏联方面：“我们甚望高射炮三百六十门能提前订货并早日运来”。
8月10日唐亮、袁仲贤、周骏鸣联名发出致中共中央军委、粟裕、华东局电，报告攻歼福州守敌的作战部署。8月13日，粟裕指令第十兵团发起福州战役，于8月17日解放福州，并乘胜追歼逃敌，共歼敌四万余人。8月18日，又令第十兵团视情发展，力求缩短战役时间，完成全部解决闽南沿海各城及潮汕任务。
8月15日华东军区海军学校成立，负责培训由陆军转入海军的人员和国民党海军起义的尉级以下人员。1950年8月，中共中央军委决定，该校改为海军联合学校，归军委海军建制。
8月18日指令第七兵团第二十二军对舟山外围的大榭岛等岛屿发起攻击，于当天22时攻占该岛，并于8月20日全歼反登陆之敌。8月23日，粟裕与袁仲贤、周骏鸣联名向中共中央军委、华东局报告战果。
同日与袁仲贤、周骏鸣联名发出致中共中央军委、华东局并张爱萍电，转报第七兵团定海作战准备情况，并表示同意他们的部署，要求他们抓紧时间，充分准备，以求一举奏效。
同日与袁仲贤、周骏鸣联名发出致中共中央军委（转方方）、华东局并第七、第九兵团、二野电，报告：第十兵团已完成对福州的包围，封闭其海陆逃路，正部署围歼守敌。
8月26日三野第十兵团向三野报告漳（州）厦（门）战役预定部署及战后剿匪部署。三野于8月30日复电同意，并于9月3日上报中共中央军委和华东局。9月15日，与袁仲贤、周骏鸣联名发出致中共中央军委、华东局电，转报第十兵团漳（州）厦（门）战役部署。9月19日，第十兵团发起漳厦战役，9月25日完成第一阶段作战任务，解放以漳州为中心的闽南地区，歼敌17万余人，并控制厦门外围阵地，形成对厦门三面包围态势。
9月1日华东军区、第三野战军前委发出《关于开办军事政治大学的决定》，决定华东军事政治大学由华东军大、第三野战军干部学校和第八兵团直属队一部为基础组成，指出：“要建设正规化近代化的国防军，首先必须培养大批有战斗经验，有科学知识，经过正规训练的国防军干部”。10月18日，在南京举行开学典礼。1950年11月，中共中央军委决定，以华东军政大学和华北军政大学为基础组建军事学院，以华东军政大学一部分改建为第三步兵学校。
9月中旬率领第三野战军代表团出席9月21日在北京召开的全国政治协商会议，并参加10月1日中华人民共和国开国大典和此后中央军委召开的几次军事会议。9月12日，朱德在北京御河桥2号宴请程潜、陈明仁，刘伯承、陈毅、粟裕作陪。9月19日，毛泽东上午到北京饭店看望程潜，下午邀程潜、李明扬、张元济同游天坛，刘伯承、陈毅、粟裕作陪。9月23日，毛泽东、朱德宴请程潜、张治中、傅作义等，陈毅、粟裕作陪。9月25日，以第三野战军首席代表身份在全国政协第一次会议上发言，表示：“中国人民解放军是永远属于人民的，是人民自己的子弟兵，人民利益的保卫者和人民祖国的捍卫者”。“我们当坚决保卫革命已得胜利，加倍努力提高军队的政治觉悟和军事艺术，迅速完成正规化，建设近代化的国防军，以保卫国家领土主权的完整，巩固国防。”9月30日，当选为全国政协委员，并参加天安门广场人民英雄纪念碑奠基仪式。
9月19日唐亮、袁仲贤、周骏鸣致粟裕电，转报谭震林、宋时轮、吉洛对攻占定海兵力使用的意见。
9月20日华东局致中共中央并告南京市委电，提请批准南京市军管会委员名单。中共中央军委于9月23日复电同意。
9月26日三野第十兵团在福建泉州召开作战会议，研究攻取金门、厦门两岛的作战方案。会上就“金厦同取”、“先金后厦”、“先厦后金”三个方案进行讨论，决定金厦同时攻取，由第二十八军担任攻取金门任务，第二十九军、第三十一军担任攻取厦门任务。10月10日亥时，在北京收到袁仲贤、周骏鸣转报第十兵团10月7日电所报攻歼厦门金门之敌的部署：“决于本月中旬（内定十三日）同时发起攻歼金厦两岛”。于10月11日复电：“七日电十日收到。同意你们来电部署，依战役及战术要求最好是按来电同时攻歼金厦两地之敌。但请你们考虑：根据金厦两地敌之兵力及敌之内部情况（刘汝明、王修身之关系如何）及我之准备程度（尤其是船只），如以五个师攻厦门（有把握）同时以两个师攻金门是否完全有把握？如考虑条件比较成熟，则可同时发起攻击。否则，是否以一部兵力（主要加强炮火封锁敌舰阻援兵与截逃）钳制金门之敌，首求攻歼厦门之敌。此案比较稳当，但有使金门之敌逃跑之最大坏处。究如何，请你们依实际情况自行决定之，总以充分准备有把握的发起战斗为宜”。10月12日，第十兵团决定将同时攻取厦金两岛改为先取厦门再攻金门。10月15日，第十兵团发起厦门战斗，于10月17日攻克厦门，歼敌27万人。10月24日，第十兵团指令第二十八军发起金门战斗。第一梯队3个团登陆后，与3个军的敌人激战两昼夜，后续部队无船不能增援，全部壮烈牺牲。10月27日，粟裕接到第十兵团同日8时的报告后，当即于酉时（17~19时）转报中共中央军委和华东局，并于10月28日辰时与袁仲贤、周骏鸣联名发出致第十兵团叶（飞）陈（庆先）及福建省委电：“二十七日八时电悉。你们以三个团登陆金门岛，与敌三个军激战两昼夜，后援不继，致全部壮烈牺牲，甚为痛惜。查此次损失，为解放战争以来之最大者。其主要原因，为轻敌急躁所致。当你们前次部署攻击厦门之同时，拟以一个师攻占金门，即为轻敌与急躁表现。当时，我们曾电你们，应先集中力量，攻占厦门，而后再转移兵力攻占金门，不可分散力量。但未引起你们深刻注意，致有此失。除希将此次经验教训深加检讨外，仍希鼓励士气，继续努力，充分准备，周密部署，须有绝对把握时，再行发起攻击。并请福建省委，用大力为该军解决船只及其他战勤问题。至失散人员，仍望设法继续收容”。10月29日，中共中央军委致各野战军前委、各大军区电，全文转发粟裕、袁仲贤、周骏鸣10月28日电，指出：“当此整个解放战争结束之期已不在远的时候，各级领导干部主要是军以上领导干部中容易发生轻敌思想及急躁情绪，必须以金门岛事件引为深戒。对于尚在作战的兵团进行教育，务必力戒轻敌急躁，稳步地有计划地歼灭残敌，解放全国，是为至要”。同日，华东局致十兵团、七兵团电：“同意粟张二十八日电部署和指示，因局部失利而引起的消极情绪请注意说服，希从失利中总结积极经验”。第十兵团报告：“二十八日电敬悉”。“我们检讨造成此次金门作战之惨痛损失原因：主要是由于我们急躁胜利冲昏头脑盲目乐观轻敌所致”。
10月1日在北京天安门城楼参加开国大典。
10月5日出席全国文联为解放军代表举行的茶话会，并发表讲话，提出今后我军“要走向正规化、现代化”。
10月初出席中央军委召开的有各大区各野战军司令员参加的军事会议，讨论消灭国民党残余力量，解放全部领土问题，主要讨论解放台湾问题。
10月11日毛泽东邀民主人士周培善、张元济到中南海颐年堂共进晚餐，粟裕和陈毅等作陪。
同日第七兵团致电三野前委、华东局，报告定海敌情，我军攻定海兵力船只不足，请增调二十三军两个师参战，并请在上海各地征集一部船只。
同日蒋介石在定海召开陆海空三军将领会议，决定成立东南军政长官公署舟山指挥部，将岱山机场扩建为可保障重型轰炸机起落的机场，将海军第一、第二两舰队和第十、第六十七两军调到舟山，使守岛兵力达到九万人。为加强舟山外围据点登步岛防守，除原有一个团又一个营部队外，特派第二二一师师长加强指挥。
同日国民党政府要员纷纷逃离广州，“代总统”李宗仁逃到桂林，“行政院长”阎锡山逃到台湾，次日国民党中央党部及国民党政府迁移重庆。