组织基地里，灰原如以往一样在实验室里敲击着键盘，似乎天地轮转，日月交替都抹不了那象征着组织的黑色。
说是像以往，可却是有着天壤之别，组织对于她几乎是日夜监视。宫野志保被GIN抓回组织，GIN之所以没下杀手，是因为组织高层下达命令要留下宫野志保的命，作为已经到了研发后期的药物却一直没有得到最终的完成，组织归咎于没有宫野这个药物天才的研发，所以在灰原被抓回之后被组织要挟再度进行APTX-4869的研发。灰原知道如果她没有听组织的命令，很可能会造成更多的杀戮，为了暂时的平安，为了解药的研制，她别无选择。
这段时间里，GIN每天都会来，只不过跟以前态度相差很多，以前在组织他们有过一段特殊的关系。GIN对她有很强的占有欲，而她本就不在乎这些，她唯一在乎的是姐姐，没有过多的做作，也没有什么表示，只是率性而为，她不在乎这些，GIN也不会强求。
直到她逃离了组织，一直对组织忠心耿耿的GIN不念以往，一心追查她的下落，欲杀之而后快。在组织中最了解灰原的自然是GIN，但是最想杀她的也是GIN。人世间的感情本就复杂，前一刻是恩爱的情侣，下一刻也可能反目成仇，谁又能说清楚呢？
自从再一次回到组织，GIN没有再多说些什么，只是每次盯着她的眼神都很奇怪。
这天，灰原终于受不了GIN那古怪的眼神，她转动了座椅，虽然还是小孩的身体，但显然已经完全转换成大人的模式。
面对着GIN，灰原冷然道：“我不知道什么时候组织里杀人不眨眼的你还有这种盯人的习惯，难不成你是换了种折磨人的方式？”
GIN看着脸色冷淡的灰原，难得露出了个笑容，“虽然你身体变小了，脾气倒是没变，还是这么话里带刺的。我只是很好奇，那个男的对你的影响有这么大么？”
看着从GIN嘴里平淡地飘出来的话，灰原心中一惊，他看出什么来了么？
灰原表面上仍然保持着淡然，“我不知道你在说什么，我不觉得我变了。”
说完灰原转身继续研究。
GIN只是沉默了一会儿，没有再说什么，也关上门走了，之后一连几天都没有再来。
不过灰原心里并没有放心，因为她了解GIN，什么被他盯上的人都不会有好下场，显然工藤因为自己又被GIN看重了几分。
工藤宅，今天迎来了一位客人。
“哟，工藤，出来迎接我，好不容易来东京一趟，你小子终于名正言顺了。”熟悉的声音从门外传来。
一听这声音，还在二楼准备下楼的柯南就知道是服部那家伙了，以前就老是工藤工藤的叫着，害得他差点暴露。
“服部，你这么早来干嘛？”还有些睡眼朦胧的样子，柯南一步一步走下楼，而开门的自然是小兰了。
服部正在跟小兰打着招呼，“当然是听说你暴露了，特地来恭喜下，终于可以跟兰相认了。”
服部在那打着哈哈。小兰听到之后自然有着一丝欣喜，尴尬下找了个借口去准备早餐去了。
“嘿嘿，工藤，你还真找了个好老婆！”
看着服部那偷笑的样子，柯南气不打一处来，总觉得心里有些别扭，“你不是来跟我说废话的吧？”
“当然不是，我听父亲说警视厅也有组织成员参与，所以他要应付警界这边的事，看我没事做，打发我来你这边看看有什么可以帮忙的没，你看我连行李都带来了。”服部说完拍拍自己的行李袋。
柯南顿时觉得无语，不过有服部这个侦探来帮忙总是好的。
“纳，听说那个小姐姐被抓走了，你有没有很伤心啊？”服部靠过来小声说着。
“你这是什么意思，她因为救我被抓了，我当然很愧疚。”柯南有些不自然地说道。
“嘿嘿，安啦，我是问你你对她有没有意思，看得出来她对你有意思哦。”服部面露贼笑。
面对服部的逼问，柯南竟发现自己有些无法回答，也许在不久前他可以很迅速地说出他对灰原一点意思都没，只是普通朋友之间的关心，可是这些天以来他却发现自己的生活中似乎缺少了一部分，时而会怀念灰原跟他顶嘴，他不知道这种感觉是什么，难道自己真的有这个苗头？
想到这，柯南不禁使劲晃了晃脑袋，然后对着服部说了一大堆不可能的话，也不知道服部信了几句，反正他自己是没底气。
早餐过后，这两个高中生侦探讨论起了如何对付组织，只不过一时间手头线索还是不足。
半个月过去了，警方和FBI依然没有什么进展。
而就在某天午后，FBI的探测仪却出现了反应，是灰原的芯片发出的信号，这一发现自然是让众人齐聚。经过专业人员确认，灰原的芯片反应显示正在快速移动。
“组织一定是把灰原转移了，我们必须马上跟踪。”柯南在时隔半个月终于得到灰原的消息之后，显得异常激动。
一旁的小兰有了些许不安，也许是女人的直觉，她总觉得柯南和小哀之间有着一些不寻常的事情。
灰原的芯片在经过了几天的移动之后终于在一个地点停止消失了，而那显示的最后的地点竟然是南极大陆。
这让一众探员和侦探都疑惑不解，要是纯粹为了安全也不用到那么远的地方吧，看来还是必须派人走一趟。
“工藤，我去吧，这还是由你来坐镇吧，毕竟组织的老巢还在这，而且你去目标更容易暴露，组织与我没什么接触，我去也能方便行动。”服部对着柯南一脸严肃地诉说着。
本还想反驳什么的柯南在思虑了一番之后赞同了服部的决定，FBI和日本警方也表示会协助行动，所以在初步决定之后服部就动身了。
不过，就在走之前他找到柯南嘱咐了几句，令得柯南有时候莫名发呆了起来，服部的声音不断在耳边盘旋。
“工藤，我希望在我将灰原带回来之前，你能想清楚她和小兰对于你来说到底有什么样的意义，否则我宁愿她不要回来。”