洪承畴接到军令後，兼程赶往并令西北支援军团与华中後备军抵达乌鲁木齐後，以石河子至乌鲁木齐逐层构防，广筑碉堡、挖掘战壕，对博尔塔拉、伊犁、克拉玛伊三面实施广正面防御。
洪承畴又下一道军令，令唐通在克拉玛依只准战不准出，据城死守，并向博尔塔拉、伊犁方向警戒，维持大军後撤至石河子的道路畅通，接到命令後才能後撤，在以华中、西北两战区司令官的身分以正式公文行文给西北军参谋长茅元仪及西北军宪兵501指挥部指挥官马强胜，要求两人彻底执行他下达之军令，如唐通违抗军令，立即逮捕移送军法司，司令官一职由毛元仪暂代。
但在克拉玛依的唐通心中却不畅快，他原本认为自己独当方面军的指挥官机会来了，没想到朝廷却派了华中军区的洪承畴来接替，夺了他这建立勳功的机会，於是唐通回覆洪承畴:朝廷命总司令到职後接替职之西北军务，惟总司令目前尚未到职，所颁命令当属无效，所谓“将在外君命有所不受”职纵观西北战况，据城以守，当使军心尽失，如今职将兵进塔城，夺回失土，以报效国家，并竭力扫除敌寇，使洪总司令接任後，不必辛苦，新疆失地唾手可得。
唐通召集西北军剩余的两个军师长以上干部，决定起兵去夺塔城，各军指挥官皆认为不可，纷纷劝阻，但唐通却仍一意孤行。
宪兵指挥官马强胜道:「副总司令，你坚持下令就不怕违抗朝廷军令吗？」。
唐通道:「我是西北方面军大将，战区文武官员皆受我节制，我一心夺回失土，如何违抗军令？我的军令就是朝廷的军令」。
马强胜道:「依“海陆军作战指挥条例”规定，各级指挥官确有临机专断之权，但是在不违背军机处大方向的作战指导情况下，你与吴总司令都扩充这条文解释，都触犯军刑法中的专擅罪，贪功冒进，造成部队折损，断送这麽多条年轻生命，毁了这麽多的百姓家庭，你们却是为了升官发财、封侯拜相，这些一己之私，着实可恨」。
唐通道:「大胆，你身为西北地区宪兵指挥官，难道你不知道我是你直属上官吗？你不知当众侮辱上官罪吗？警卫宪兵，进来」。门外两名警卫宪兵转身入内。
唐通怒道:「我命令把你们指挥官逮捕，他触犯军刑法侮辱上官罪，把他移送西北军区军事法庭审讯」。
茅元仪起身道:「且慢，洪总司令军令:西北军区代总司令唐通，若不遵从本总司令军令，责立即对其逮捕移送北京全国最高军事法院审讯。此令西北、华中战区最高总司令官陆军大将洪承畴」。茅元仪念完後，将洪承畴的军令公文传视各将领。
马强胜道:「所以唐代总司令，在你坚持下令的那一刻起，你就已经不是西北军的总司令，而是违抗军令罪的涉嫌人，所有的话到了最高军事法庭再去和审判长说吧！警卫宪兵，将他拿下，移送最高军事法庭」。唐通气急，连声怒骂马强胜，两名宪兵则走上前去，取出手铐道:请代总司令配合，唐通一见无法反抗，便伸出双手让宪兵靠上带走。
茅元仪接替西北总司令一职，便下令第二军辖下三个师，立即对克拉玛依前缘一线及克拉玛依後方两侧，加强战壕挖掘，阻绝设施架设，第三军加强警戒，防敌突袭，其他配属单位如骑兵特遣师团、宪兵指挥部、特战旅等单位，则沿克拉玛依至石河子撤退路径两撤，构筑简易阻绝工事及诡雷陷阱，并实施警戒，保持後撤路线安全，等後洪承畴援军前来。
土耳其方面大维齐科普吕律，见首战便歼灭排湾军一个军的兵力，便分兵两路去夺博尔塔拉、伊犁，自己则亲率主力进犯克拉玛依，这新疆、西藏等地，皆由固始汗自治，而游牧民族本就居无定所，所谓城池，不过就是以石块砌累而成的简易军事碉堡，不像中原城池的观念，茅元仪知道凭这土垒，是无法长期抵抗土耳其军的，因此下令将成中物品弹药搬出，屯放於各豪沟碉堡下方，方便守军取用弹药，这空城则做为吸引敌军火炮之用，而各军下辖之炮兵营则分置克拉玛依城後方各处，挖掘炮阵地，强化隐蔽与掩蔽功能，火力直指排湾军的阵地前缘。
大维齐科普吕律兵临城下，便令全军驻紮，让火炮拼命炮击克拉玛依城，一阵炮击过後，城中窜起一柱大火，烈焰冲天，伴随着轰天巨响，大维齐科普吕律放声大笑道:怎麽这麽准，第一波火力试射就打掉他们的弹药库，那後面排湾军拿甚麽打我们，石头吗？左右土耳其将领也跟着大笑。其实城中大火与巨响只是茅元仪放置的火yao与数箱炮弹造成的，目的就是让土耳其误判。
大维齐科普吕律下令炮兵继续炮击克拉玛依城，待炮击结束後，号角声响起，土耳其骑兵随即向前冲锋，夺取克拉玛依城前缘排湾军阵地，土耳其骑兵快冲到阵前时，突然火炮四处从天而降，壕沟内的排湾军步兵也朝土耳其骑兵射击，第一波骑兵几乎没通过第一线豪沟，就全躺在草原上，第二波骑兵也遇到相同下场，这让第三波骑兵指挥官怯步，下令撤退，大维齐科普吕律见状大怒，便斩了第三波骑兵指挥官，命令骑兵重整後继续突进，一旁将领便道:大维齐，敌军在城後各处仍有火炮还击，是否城中爆炸是敌军欺敌之策？科普吕律怒道:这只是敌军残存的弹药还击，再过几波冲锋後，敌军便无弹可发了。
但是一连几十波的冲锋过後，几千名的土耳其骑兵死於草滩之上，科普吕律开始怀疑是否中了敌军之计，便命骑兵停止冲锋，改由步兵向前推进至敌军火力炮击范围外，就地卧倒隐蔽，炮兵在随後向前推进到步兵後方，架设完毕後，便朝排湾军的壕沟炮击，但是当时火炮无法精准射击到壕沟内，只能乱枪打鸟碰运气，对排湾军伤害不大，而且长途进击的土耳其军补给不易，也无法如此损耗弹药，几番炮击後，便命步兵进行冲锋，但下场还是如同前面的骑兵一样，纷纷中弹身亡，不然就是被火炮炸的肢离破碎，屍骨无存，科普吕律只得下令全军撤出敌军火力范围，科普吕律下令紮营坚守，令遣人通知去夺博尔塔拉、伊犁的两路兵马，迅速夺取两城，立即向克拉玛依进军合击，由侧翼突入排湾军阵地，共同围歼排湾军。
而何可刚的蒙古军西下後，原本靠向土耳其的部落，分分向何可刚请降，何可刚为了防止这些部落降而覆叛，反而断了自己退路，便要求各部落提供成年男子参加排湾军征伐，这些部落为了取信何可刚便照办，而何可刚则留下一部分兵力防御，防止俄军来袭或部落生变，於是蒙古军继续西行，进入阿富汗境内，打击哈萨克残军及土耳其军的各处补给点，科普吕律被牵制在克拉玛依城外，对於後方的变故并不知道，正积极准备与博尔塔拉、伊犁的两路兵马，共同夹及排湾军。