冯锡范的第一舰队朝马尼拉湾方向靠近，外海西班牙的警戒舰发现便连忙通报，港内的西班牙舰队立即驶出迎战，两军甫一接战，冯锡范便令一、二战队向西朝海南岛三亚方向撤退，留下自己的旗舰与第三战队继续作战，这个举动让西班牙舰队指挥官认为排湾军舰队惧战，才会不顾旗舰指挥官安危，自行撤退，便下令各舰朝冯锡范旗舰猛烈炮击，冯锡范这时才命令第三战队也随同西撤，西班牙舰队不疑有他，便全数追击冯锡范。
而刘国轩的第二舰队则带领着陆战队登陆船团向马尼拉湾接近，而施琅的特种部队已先行进入吕宋岛东部海域，勘查地形与侦搜敌军兵力部署、弹药存放等特种作战先期准备工作，掌握敌军详细情资。第二舰队进入马尼拉湾时与西班牙的岸炮互相驳火射击，西班牙士兵一见排湾军舰队的规模，认为排湾军要进行登陆，便赶紧通报马尼拉城的总督派兵增援，城内的西班牙守军便只留下总督府的一个警卫连及负责城门守备的一个守备营留守，总兵力不超过七百人，而施琅率领的两个陆战队侦搜营就已经超过一千人，全体队员均是由台湾高山族勇士徵选而来，经过半年山地、水中、体能、爆破等严格训练後，通过结训测验的勇士才能成为队员。
施琅趁夜幕低垂的深夜展开代号“俘酋”行动，侦搜一营的勇士潜伏至马尼拉城边，这马尼拉城属西班牙式建筑，目的只是西班牙做为殖民之用，因此只是简易的阻绝土着进入，已土石堆累用以防御，拱卫居中的总督府，侦搜一营第一排战士以无声武器袭杀东墙的警戒士兵，掩护第一营各连进入，第二营则在东墙外埋伏，伺机策应。第一连第一排继续前进，找寻西班牙弹药库存放位置，执行爆破，二、三排则潜入总督府执行俘酋任务，而第二第三连则分由左右两侧袭杀警戒兵，控制边墙及堡垒。
突然一声轰天巨响，伴随着冲天巨焰，第二、三排则趁西班牙军对突然变故不及反应之际，射杀总督府的警卫士兵，直接进入总督府逮补西班牙总督，而施琅在城外一看，便知道第一营已经成功得手，便命第二营进入城内协同第一营扫荡西班牙军，西班牙军这时除部分兵力赶往救火外，其余的士兵则赶往城墙堡垒，进入战备位置，结果一靠近墙边便遭遇排湾军射击，只得退回总督府防御，西班牙军这时才发现遭到排湾军袭急，西班牙军指挥官便赶紧进入总督府，准备向总督报告军情，结果在总督府大门却看到总督被排湾军夹持走了出来，口中不断以西班牙语要求部队弃械投降，西班牙军见状便将武器放下，高举双手投降，接着便要求岸防部队全部投降，施琅便将敌军全数缴械，控制在城内，随即派人至海边施放信号烟火，刘国轩见状便命陆战登陆船团开始登陆，占领岸际各碉堡炮台，控制了整个马尼拉湾，施琅也命西班牙总督要求舰队返回投降，西班牙总督无奈下只得放出信鸽下令舰队返回。
西班牙舰队指挥官接到命令後大惊，只得连忙率舰返航，冯锡范舰西班牙军调头又命各战队集结，由三亚湾调头，尾随西班牙舰队，西班牙舰队进到马尼拉湾附近时，见到外海陈列的排湾军第二舰队，便相信总督府真的沦陷了，便令各舰悬挂白旗以示投降，并在排湾第一、第二舰队的警戒下，进入马尼拉港。
郑成功接获捷报後，便率陈永华前赴马尼拉接受西班牙请降，郑成功与西班牙总督在马尼拉城签订受降条约:
一、承认吕宋岛及周边列屿群岛，均为中国之领土及管辖范围。
二、凡属西班牙籍军民均可携带个人财物返国，库存之金银财宝、武
器及当地所获之奴隶，不在此限。
三、西班牙之武器、弹药及武装舰船，均应缴由中国。
四、中国将派武装舰队将西班牙军民护送遣返。
五、对之前杀害、剥削、强夺我中国旅居当地侨民，均需支付赔偿金，
可由库存中金银折抵，不足将以西国人留下服劳役折抵。
西班牙总督表示，相关条文仅能以其职权签订，除第一条需本国皇帝认可外，其余均可接受，於是郑成功上书朝廷，请遣使与西班牙交涉，便将西班牙总督监禁，等候朝廷旨意。仲坤贤与内阁商议後，便传旨要开战而暂驻英国的西班牙的特使返回西班牙交涉，并将吕宋岛划为靖海王封地，由郑成功按帝国宪法治理，并派遣理蕃司官员驻吕宋岛，另由华南军区派出少将接替靖海王郑成功的吕宋岛驻军指挥权。
郑成功则将库存财宝清点，扣除征伐军费，所余银俩尚不足补偿受害华侨，便要求西班牙总督依约留下一万人服劳役五年，而向来有人种优越感的白种人，如今也只能成为奴隶在吕宋岛上拓荒，建筑，唯一的保障是排湾帝国保障人权，朝廷禁止虐待俘虏，因此这些白人也只是每天工作八小时後，便被送回军营管制。
而西班牙方面则因逐渐丧失欧陆霸权及在海上面临英、荷、葡等国的崛起，无暇应付远东地区，所以只好全盘接受排湾国订定之条约，将其军事力量撤离远东地区。
这次作战中特种作战发挥有效的奇袭作战，让仲坤贤更为重视特战部队成立，於是晋升施琅为海军中将，担任海陆军特战学校校长，在台东太麻里山区及海岸从事各项特战训练，包括在山地、丛林、城镇、海域等地形，从事袭扰、渗透、破坏等诸般训练课程，并将结训学员投入个军区成立特战师，支援各军区从事战斗，而这次两个侦搜营营长分别是排湾族的郎阿朗中校及阿美族的瓦旦中校，俩人均因军功卓着，破格晋升大校军衔，担任特战学校总教官及陆战队特战师师长，这对台湾高山族百姓有着极大鼓舞效果，更增近高山族与汉族的融合。
西欧列强得知吕宋岛一战中国仅两日不到时间便取得胜利，便纷纷仿效中国军制，也对国内推行徵兵制，并遣使与中国进行军事交流，希望能得到中国支持，保障他们在远东地区的商业贸易利益。
这时在中国南边的越南却突然迅速崛起，越南王陈龙翔在并吞柬埔寨後，又对缅甸及暹罗国用兵，不到一年时间，暹罗王与缅甸王先後投降，整个中南半岛几乎都在其统治范围，但越南王却对中国颇为恭顺，只要节庆便遣使朝贡，送上大批珠宝、土特产，就是不亲赴北京觐见，这让仲坤贤更启疑窦，便遣情报人员潜入越南掌握越南国内情资，结果得到越南军在中国边境摆设重兵，且大量生产战舰，不断在南中国海进行演习，情资综合後，军机处向仲坤贤回报，越南军是以中国做为假想敌训练，仲坤贤便要求华南军区加强陆海军战备，防止越南对我突起攻击。
正当仲坤贤对越南产生怀疑之际，越南王却上表请求共击毛承仪，称毛承仪蜀军经常越界骚扰越南国境，造成越南居民困扰，而仲坤贤接到这奏表不禁感到犹豫，这越南肯出兵共击蜀军，对排湾帝国而言是件好事，但由最近越南军的动向看来，却又让人不得不怀疑，这越南军是否另有图谋？