郑芝龙率着大小战船一千余艘，分为前中後三批前进，自己旗舰则居中军指挥，而孔有德则有斥候伪装渔船，由济州岛及连云港两处派出刺探郑军动向。
郑军的舰队群在上午九时左右，第三批舰队通过济州岛横向一线後，青岛舰队立即驶往郑军左翼，济州岛舰队则由右翼及後方包夹，郑军先发现左翼的青岛舰队，便展开横阵朝青岛舰队开火，郑军第一舰队也立即转舵左後回转朝青岛舰队包围，但因为太阳东昇缘故，造成东侧海平面强光，所以郑军较晚发现济州岛舰队，等到发现时济州岛舰队时，济州岛舰队已经进入射程，开始猛烈炮击，郑芝龙连忙下令尽速歼灭青岛舰队，郑军虽出动一千余艘船舰，但实际战列舰却只有二百余艘，其它八百艘皆为运兵船及补给舰，火力薄弱，当朝西面列阵对付青岛舰队时，这些轻武装船舰便全部置於战列舰东侧方向，当济州岛舰队贴近时，反而还阻挡了郑军战列舰右铉火炮的射击，运兵船几乎遭到全歼命运，而郑军的运兵船也是采郑和的宝船建造，一艘平均能载运一千五百人，八百艘载运了十二万郑军的登陆部队，几乎是郑军全部主力，结果在黄海一战全军覆没。
郑芝龙站在甲板上指挥战斗，两军交战已由上午九时缠斗到十一时，郑芝虎的座舰被击沉，身旁亲军赶紧将郑芝虎送上小艇，运往郑芝龙的旗舰。
郑芝虎靠近郑芝龙身旁大喊：「大哥，南边敌舰薄弱，从那突围吧！」。
郑芝龙转头看着郑芝虎道：「我们几乎全军覆没，突围又当如何？只是苟全一条小命罢了」。
郑芝虎说：「大哥，我们回吕宋、暹罗、甚至是麻六甲，那里都还有我们的势力」。
郑芝龙叹道：「自我十七岁跟着李旦大哥开始，纵横海疆四十年，先後击败荷兰、佛朗基等舰队，没想到却有今日之败，我不甘心我辛苦建立的舰队，就在这几个时辰内化作泡影」。
郑芝虎安慰道：「大哥，我们可已退回吕宋东山再起，我们在东南诸岛仍有为数不少的舰船，至於士卒再行招募就好，你又何苦学霸王，不肯过江东呢？」。郑芝龙振奋精神道了声:好，便船令各舰朝南航行，突破济州岛舰队包围。
这时济州岛及青岛舰队舰郑军转向，知道郑军想向南突围，便由左右两侧朝南向郑军包夹，而孔有德知道渤海湾只有向南才有出口，便令大连舰队向左右两侧航行，将郑军前、左、右三面严密包围，封锁在渤海湾内，郑芝龙最後弹尽援绝，将旗舰朝向排湾军战舰冲去，两舰碰撞激起强烈水花，郑芝龙与旗舰缓缓沉入黄海，结束了属於他的海上霸主时代。
郑成功在郑芝龙北上之时，向排湾国朝廷上了奏摺，称家父受西蜀毛贼煽惑有负皇恩，自己身为罪臣为报国恩却有损孝道，将驻守澎湖，继续拱卫中华海疆，郑成功得知父亲战败，沉舰入海的消息，不禁痛哭失声，立刻为郑芝龙披麻带孝，向朝廷递上辞呈，在家服丧守孝，仲坤贤一看原以为郑成功对郑芝龙之死怪罪於朝廷，但又想到郑成功在历史上他忠於明廷，抗击清军，击败荷兰，收复台湾，也是个顶天立地的民族英雄，便遣专使赴澎湖慰问，并授予靖海王爵位节制台湾北中南三处衙门，封地为台湾及东南诸岛，设王府於台南，兼任海军舰队训练司令部中将司令官，并要求扩建基隆与高雄两处军港，并鼓励原住民从军，成立海军陆战队两栖侦搜营及各军特种、特战部队，以原住民为骨干进行特战训练，让排湾帝国军拥有特种作战能力，郑成功再三婉拒，但见钦差专使诚心，并感谢朝廷并未因其父谋反而牵连降罪，反而委以重任，便接受封赏，并请专使回覆仲坤贤四个字“永固海疆”。
北京城里传来郑芝龙在黄海全军覆没的消息，城里城外却是两样情，排湾军士气大振，而蜀军则是军心涣散，担心排湾军不知何时会打入城来，李岩见此情况，便向毛承仪建议，率军南行避开西安李自成，进入洛阳，再下襄樊西进四川。
毛承仪叹道：「唉！这金銮殿的龙椅还没坐热，又得出城去当流寇」。於是下令全军出城，由刘宗敏殿军断後。
仲坤贤进入北京城後，只见一片断垣残壁，十室九空，景象凄凉，哪像是经过明朝两百年多年建设後的首都，不禁怒从中来，便令吴三桂统领一军，随後追剿毛承仪，又命吕豪沿南昌夺取武汉，打击罗汝才部後，协同吴三桂夹及毛承仪。
毛承仪一路南窜，知道排湾军在後追击，倒也不敢停留劫掠，死命向襄樊地区急行军，而吕豪则是经江西进湖北，在武汉遭遇罗汝才部，两军便争夺九峰与石门峰高地，吕豪先占领两处高地，便对前进的罗汝才部队展开攻击，罗汝才几番冲锋，皆未能拿下高地，眼见伤亡惨重，只好撤退向北进入猴山山区防御整补，而吕豪也不追击，迳自穿越猴山朝武汉攻击，这武汉守军大多是大魏灭亡时，当地卫所兵投降蜀军的新附部队，因此见到排湾军势大，便又开了城门，降了排湾军。
吕豪留下一个旅主导并配合降军守城，连忙西上襄樊阻击毛承仪，毛承仪原以为在襄樊恭候的正是西蜀大将罗汝才，随着路程的接近，心中也稍微解除些忧虑，谁知还未到襄樊城两侧却杀出程咬金，高举着排湾军的旗帜，往毛承仪大军集火射击，如此一来，蜀军顿时屍横遍野、乱成一团，前方部队调头向後就跑，各级军官连忙制止，溃军却仍如海水退潮般的止也止不住，後方部队一见也四下溃散，加上吴三桂赶了上来，又是反覆一阵冲杀，当真应了“兵败如山倒”这句话。毛承仪最後只带着李岩、牛金星等人，由刘宗敏开路向山区逃去，当初由北京撤出时的十万大军，眼下也就剩几千残兵，毛承仪也不敢走大路，便由当地土家人协助下，指引一条进入重庆的山路，便狼狈而走。
吕豪便乘胜接连收了两湖蜀军所占之地，吴三桂与吕豪会师後，便前来参见。
吴三桂向吕豪行了军礼道：「王爷，宁远一别後，匆匆十载，如今再见王爷，以非昔日千户」。
吕豪笑道：「将军，职务或许有所不同，但人不要变的不同就好」。便遣人准备酒席，庆祝吴三桂的加入与重逢，吕豪一想，当出陈一龙派人追杀，他一人逃往山海关，幸得吴三桂相助，这些都是他刚穿越到明朝不久後发生的事，尚且历历在目，仿如昨日，没想到已经过了十年，但是他与仲坤贤一直在南征北讨中度过，也一直没有找寻返回现代的方法，他心里暗中自我调侃一番:唉！这样也好，起码目前距离他生活的年代又近了十年。