吕豪率军浩浩荡荡开往台湾，吕豪兴奋不已，这是他熟悉的故乡，更何况他驻紮地点基隆，也是他服役时的部队驻地，那有许多快乐与痛苦的回忆。
吕豪与豪格的舰队缓缓驶入基隆港，而洪承畴与多铎的舰队则南下高雄，吕豪站在甲板上眺望着基隆屿，远观整个基隆外貌与他服役时的感觉相仿，随着船只缓缓进入港区，才把他拉回现实来，这是将近四百年前的台湾，自然不会有光华塔、基隆港区这些地标性建筑，连汉人也只有少量渡海拓荒，俗语说:六死三留一回头。可见得渡过台湾海峡是非常危险的，也有俗语说:台湾只有唐山公；没有唐山妈。只要在大陆老家过的好，就没有人愿意冒这个险渡海，因此早期的移民大多是穷苦居民或是遭官府通缉的犯匪，因此都是只身来台，才有这样的谚语。
吕豪下船後，看到旁边有一群高山族小朋友，好奇的打量他们，吕豪也很高兴的拿了些军用乾粮给他们，因为吕豪与仲坤贤的同学中有半数都是高山族同胞，而他们在四百年後的台湾，高山族原住民占全台总人口数极少，但是在他俩就读的军校却占了一半，仲坤贤分析给他听的主要原因是，一些平地人生活优渥，不愿意当军人或警察这些辛苦的职业，而原住民却以当上军人或警察这些公职人员为荣，而原住民同学体能也比平地人好，因此，许多同学都进到更艰苦的蛙人、特勤部队服务。
在台湾历史上，汉人并没有善待他们，汉人大移民後，高山族被汉人赶到山上，汉人占领着大部分平原地种植，一些平地的原住民也汉化了，所以後来有些人以为自己是汉人，结果一查证是平埔族或葛玛兰族等其他族血统，所以汉人占了所有好处。
明郑时期，为取得大量土地屯兵，便率军扫荡原住民部落，而奴役原住民比荷兰人更为严重、残酷，大将刘国轩还率兵剿灭反抗部落，不分男女杀到只剩六人，几乎灭族。
甚至清治时期还发生了许多汉人为了占地，而杀害原住民，激起原住民民变的事件。
如大甲社事件，汉人将熟番(已归化清政府)召来劳役，却将熟番拘捕，谎称是暴动生番(未归化清政府)首领，企图向上冒领军功。
南头水琏社事件，汉人将熟番诱骗工作，再以生番名义杀害，夺取土地。
而海盗蔡牵更认为原住民血可以避海难，因此经常赴台湾抓原住民杀害取血，涂抹船身。
甚至清政府在牡丹社事件，对日本声称生番为化外之民，非本国人民，造成日本以此为藉口，乘机派兵赴台讨伐，而清政府则任由高山族被日军欺凌。
到了日据时期也是一样，日本人为有效殖民高山族，让他们便於管理，便将吴凤故事神话，说他是舍身取义，让原住民改掉猎首习惯，立庙祭祀，这故事到国民政府来台一样延用，而经过考证及原住民的口耳相传，吴凤是利用通译的身分欺骗、剥削原住民才被杀害，这故事列入小学教科书，还曾经让汉、原小朋友打架，猎首确实是不文明，但杀人取血避难也同样不文明，但蔡牵杀害原住民的故事，及其他汉人迫害原住民的事，却没有一件进入教科书中。
而日本殖民期间也迫害原住民严重，所以才引发雾社事件，莫那鲁道率领三百壮士对抗日军机枪、毒气、大炮，日军遭受到强烈的反击，深为震撼，也利用原住民擅於丛林战特性，日後徵召原住民成立高砂义勇军，派他们到坚苦的南洋热带雨林作战。。
等到国民政府来台，才好了一点，将他们迁往较低的位置，方便控管，但是普遍来说早期的汉人非常瞧不起原住民，称他们番仔，认为自己的文化比他们优越，等到国民政府败退来台，带着大陆各省籍的士兵在台定居，结果早期移民的汉人(称本省人)，又瞧不起这些同为汉人的外省籍(称外省人)，甚至反对通婚，讽刺的是反而是这些高山族原住民同胞认同他们是一家人，与之通婚。
仲坤贤在了解这段历史後，才决定要为他这些汉人祖先赎罪，吕豪也大表赞同，於是他们俩想趁汉人还未大量移民前，先治理台湾，设立衙门与通译来沟通与管理原住民，设立学校以文化融合原住民，在制定法律保护汉人与原住民，让彼此在公平合理的环境下生存，而猎首的习俗短时间绝对不容易根除，必须保障汉人的安全，而汉人也不可占据原住民土地与杀害原住民。
吕豪便按仲坤贤要求在台北、台中、高雄三处设立县级衙门及驻军，凡有汉人赴台开垦，必须透过合理的价钱，向原住民购地，如果有官员串通汉人诈取土地，则加倍严惩，三处衙门由礼藩司及法务司分别督导，并以教导农耕、渔猎等先进技术为条件，与原住民头目协调让部落原住民入学受教育，并以诸葛亮度泸水故事，加强宣导以馒头代替人头祭祀。
经过一个月准备大抵就绪，吕豪向仲贤报告，也由渖阳方面委派官吏前来就任，经营台湾的任务，至此告一个段落，而钦天监水文司通报吕豪，登陆时间选定为三、四月最为适宜，东北换东南季风，海象较为平稳，也没有台风形成。
吕豪通令洪承畴利用这一个月时间加紧训练，暂定三月底进发闽、粤两省，登陆地点会以极机密公文派人送达，而吕豪也动员原住民参战，及担任後勤补给工作，希望以战功奖赏、封官赐爵，来增进原住民同胞对中华民族及中华排湾帝国的认同。
吕豪在台湾的行政措施，让郑芝龙十分不满，认为吕豪干预他的领地政策，吕豪报告仲坤贤，仲坤贤也遣钦差大臣向郑芝龙保证台湾仍属他的领地范围，只是在闽粤登陆作战时，由帝国做为前进基地，税收将仍由郑芝龙所掌握，郑芝龙才不再多说。但这只是仲坤贤的权宜之计，因为当初对郑芝龙的封赏是为了打击魏国，给予的优渥条件都是违宪的，按照帝国宪法规定，皇帝的薪俸都是有规定的，由财政部拨出，更别说王爵的薪俸，且郑芝龙还掌握军政大权，这些冲突，更注定了帝国与郑芝龙最後的决裂。
三月二十九号，吕豪在基隆祭旗誓师，随後便率大军朝福建平潭前进，而洪承畴则率军往广东市外海前进，而作战计画中，是要洪承畴於五月中旬前，占领广东全境，留下部分守备兵力，北上与吕豪会合，成立帝国江南行营临时政府，对闽粤两省推行帝国政策，取得赋税，避免帝国支出庞大军费。