妖族经此内乱使妖族族人受到极大的苦难，需要修身养性的时候.巫族领地十二首领正在商量毁灭地球的恐怖活动.这十二首领又称十二祖巫，他们分别是:帝江(帝江没有耳目，但却懂得歌舞。)句芒(它鸟身人面，乘两龙.)蓐收(左耳有蛇，乘两条龙.)共工(蟒头人身，踏黑龙，缠青蛇;。)祝融(满身是火)烛九阴(人面龙身，口中衔火精)强良(虎首人身，拿两条黄蛇.)奢比尸(长着人的头颅和野兽的身体，一对大耳朵上戴着两条青蛇.)天吴(人面虎身)弇兹(人面鸟身，珥两青蛇，践两赤蛇.)玄冥(人面鸟身，两边的耳朵上各悬一条青蛇，脚踏两条青蛇形象颇为怪异。)厚土(后土娘娘的妹妹).
第二天，一个巫族人，此巫正是夸父秘密前往太阳星要毁灭太阳星.但被守护太阳的妖族三足金乌发现就用大法力转移太阳星.这就是夸父逐日.夸父一直追赶太阳星；他感到口渴，想要喝水，就到黄河、渭河喝水。黄河、渭河的水不够，又去北方的大泽湖喝水。还没赶到大泽湖，就半路渴死了。他遗弃的手杖，化成桃林。
后羿知道后要来太阳星要杀三足金乌，但走错了地方来到月亮星，他看到一位女神，这位女神就是守护月亮星妖族嫦娥，两人一见钟情就结为夫妻.三足金巫知道后羿要杀它，它就让它九只儿子去杀后羿，但九只三足金乌来到大地就如九个太阳地上妖族因天气酷热的缘故，也都从干涸的江湖和火焰似的森林里跑出来，在各地残害巫.后羿他从肩上除下那红色的弓，取出白色的箭，一支一支地向骄横的九只三足金乌射去，从此地上气候适宜，万物得以生长。这就是后羿射日.巫妖大战正式开始.....
而后羿厌恶了巫妖大战，就和嫦娥回到月亮星，后来后羿改名叫吴刚，因缺乏建筑木材，在月亮星只有一种树叫桂花树，吴刚只能砍伐桂花树，但桂花树随砍即合，吴刚每砍一斧，斧子砍下的枝叶就会长回树上，经过了这么久，吴刚仍然没能砍倒月桂树。吴刚和嫦娥生下一只玉兔，玉兔常伴母亲身边.这就是嫦嫦奔月.
妖族有东皇太一、帝俊、羲和、望舒、妖师鲲鹏，以及众多太古洪荒妖神（十二妖神：商羊、开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟），凭借周天星斗大阵守护地球
水神共工和火神祝融因故吵架而大打出手，最后两人同归于尽。期间，共工怒触不周山，不周山倒塌。那不周山是撑天的柱子，不周山崩裂了，撑支天地之间的大柱断折了，天倒下了半边，出现了一个大窟窿，地也陷成一道道大裂纹。剩余十大祖巫、大巫九凤和另一位强横古大巫一同，运转十二都天神煞大阵，对抗妖族摆下的周天星斗大阵，以阵破阵。由于十二祖巫没有聚齐，无法凝聚出接近于天道圣人肉身出手的威力，而东皇太一又执掌东皇钟（混沌钟），帝俊执掌屠巫剑，巫妖双方斗了个旗鼓相当。众大巫也与众妖族众人捉对厮杀。
最终，双方发死力，双双破败，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。其中，妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。
经此一战，太一、帝俊与祖巫俱身损，妖神、大巫死伤无数。剩余残存者有的隐退躲藏，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守北俱芦洲。巫妖两族由此势弱。两族同归于尽，自此没落。
女娲看到世间支离破碎，天塌下半边来，砸了很多窟窿，把地也砸裂了，地上的洪水及天河的水不停的漏下来，造成大地上水患。天破之后，不断的有陨石和天火从破开的天洞中落下，大地上的人类不是被陨石砸死就是被大火烧，面临着巨大的生存危机。女娲看到人类左躲西藏，无处容身的惨象，心中十分痛惜。她便遍历乾坤，为了解救生灵，决定采石补天，用五色石把天补起来，再用东海神龟的四只脚顶住苍天。女娲找来五色石块炼出五彩晶石，把已碎的象渔网似的天一点点的补了起来，眼看着补天的大功就要告成，但想不到五色晶石用完时，却发现五色石不够用，破碎的苍天还没补好。天上还有一个大大的窟窿存在着，只要还有破洞，天就随时会继续崩裂，那样的话，过去的工作就白做了，而万物亦从此永远的生活在这已如同炼狱的大地之上，女娲痛苦的思考了很久之后，只好牺牲自己的生命，所有的泥娃娃们都哭红了眼睛。经过几次努力，女娲用自己的身体，填补好了天上最后的大洞……终于补好了天，天地间恢复了宁静，还出现了五彩的云霞和彩虹。一切生物又都生机勃勃地活在大地上