皇家科学院作为大明基础性研究的地方，是理论科学的重要输出地，也因此，朱由校对皇家科学院的干涉反而要比皇家工程院要小得多。
朱由校也没有指望着皇家科学院能在短时间内给自己带来什么经济上的盈利，他只希望大明的皇家科学院在科学理论建设上赶超西方，甚至超过西方。
也只有科学理论和观念上领先了世界，在下游的科学研发才能取得进步，并使得国力远远超越其他帝国。
大明现在还没有完全脱离世界前列的轨道，一切都还来得及，而皇家科学院则要作为追赶与超越的引擎，虽然也花了朱由校的不少的银子，但带来的前景却是令人遐想。
比如茅元仪的蒸汽机一旦建成，肯定会改变整个国家的工业模式，以人为主的生产模式将改为以机械为主。
而人更多的精力将更多的应用于知识的革新与技术的进步和，当然还有战争的延伸。
不过，现在皇家科学院的人并不多，到现在院士也没到三十人，其中大多数一些好杂学旁收的老儒或者退休官员。
但这也是没办法，在一个儒家体系的王朝里，要想找几个搞科学的实在是难上加难，就这三十来个也是徐光启自己去民间召集到的，其中很多都是不被人重视甚至被人奚落的离经叛道之徒。
好在，现在的皇帝陛下朱由校跟他们一样“不务正业”，使得他们有了领着俸禄钻研自己兴趣的机会。
新思想的活跃，对程朱理学提出质疑也算是晚明社会少有的亮点，朱由校要做的就是将这个亮点放大，并使得大明在思想领域上来一次三千年之未有之大变局。
而不是让这股新思潮到清朝后就戛然而止，最后甚至自留下一堆奴才和麻木不仁的世态人心。
徐光启现在对孟德尔的遗传学定律简直是痴迷到了茶饭不思的地步，甚至在从朱由校提供的资料中得知孟德尔的豌豆自交实验后他自己还专门做了茉莉花的自交实验，但他惊讶的发现当花斑色茉莉花自交后却出现了白色、绿色、花斑色三种颜色的茉莉花。
朱由校一来皇家科学院，他就找到朱由校并有些质疑地提起这事来：“陛下，这叫孟德尔的人所说的不对啊，这要是真有什么他所说的那种什么遗传因子和遗传定律，这种杂色的茉莉花其后代也应该表现为绿色和白色，而且是三与一的比才对，怎么就出现了三种颜色。”
朱由校很想告诉徐光启，这茉莉花的花瓣颜色不是细胞核内基因决定，而是由细胞核外遗传物质决定的，而孟德尔的遗传学定律是针对细胞核内等位基因的。
不过，朱由校相信，徐光启只怕听了更加不懂，坦白讲，生物学研究搁在现代也还未得到大规模产业应用，算得上朝阳科学，很多理论体系都还未完全建立，更何况现在连理化科学都还只是处在启蒙阶段的大明朝，即便是西方的孟德尔提出这个分离定律与自由交换定律也是到十九世纪中叶以后的事。
但既然是皇家科学院，追求的就不是利益，而是科学的进步，因而朱由校并不打算阻止徐光启在生物学上越走越深的步伐。
可朱由校可以引导，生物学现象的发现不一定能直接促进生产力的进步，但却能间接改变人们的固有思想，如同达尔文的物种起源一提出，几乎就在整个西方思想界引起了震荡。
“叫孟德尔的是用的豌豆，你这个是茉莉花，如果这个世界上万事万物都遵循一套遗传规律，那只怕也是有不尽相同之处的”，朱由校含含糊糊的说着就随手折断一茉莉花，并又将一株野花也折断，朝徐光启说道：“你看着这虽然是不同的两种花，但其花心都是花蕊包着花柱，再比如你说那猴子为何同我们人一样有五根手指头，甚至脸也有些像，就是毛多一点，你难道没觉得这里面有什么关系吗？”
“陛下所说的是，微臣也从您给的天演论里看见过，要说这些还真是些骇人听闻之言论，像是异端邪说却又有几分道理，其实，微臣翻阅前朝典籍，宋时也有大臣们曾严肃讨论过胡人是不是人，而照此进化一论说来，只怕这些鞑子也还算不上是人，毕竟他们很多连其礼教都不懂，也是进化不足吧，照此理解。”
徐光启此言倒是让朱由校大为惊讶，他可没想到自己在这个时代抛售出达尔文的进化论却会被徐光启等理解后而衍生出种族歧视的观点来。
朱由校的本意只是想通过生物进化论的出现而使得整个大明彻底改变崇古拜今的思想模式，不要动辄以尧舜禹汤为偶像，甚至还要全力去恢复上古时候的制度与社会风貌，而是应该去相信文明的发展在总体上是进步的，大明王朝就不应该去遵循什么祖制，应该求变。
他真想告诉徐光启，这世界上每一个人都是一样的进化水准，都是智人，但一时也不知道该怎么说才能让这徐光启明白。
不过，这也让朱由校感慨的是，现在的明朝汉人的确是有优越感的，即便是看了达尔文的进化论，他们也觉得自己要比胡人进化的好。
就在朱由校不知道该如何与徐光启说时，却听见隔壁传来欢呼声，朱由校便不由得问道：“何事如此高兴？”
徐光启不由得笑道：“是茅元仪的声音，只怕是他那靠什么水汽而不靠人力推动的织机制造成功了。”
朱由校一听此便忙赶了过来，心里也不由得大感惊喜，暗道这蒸汽机要是能改良成功，可比造出燧发枪还要让人惊讶啊。
茅元仪一见朱由校来，也忙顾不得行礼，就忙道：“陛下快看，这是微臣重新改进后的蒸汽织机，微臣按照您提供的资料，把推动活塞后的热气先导入另一个缸子里冷却，这样一来，让热气损耗更小，您说的这个活塞也能转的快起来，另外，这里还有个阀门，可以通过这个阀门调节热气冷却程度，这样就可以调节快慢了，而一旦把阀门开到最大，就能让带动这个转盘，从而使整个织机也跟着动了起来。”
朱由校看了看这个半自主化（有些重要零部件来自系统购买）的大明版蒸汽动力机和与它连接的纺织机，不由得笑道：“再转给朕看看。”