普京上任伊始就宣布，对俄罗斯来说，“同独联体国家的合作，过去、现在和将来都是绝对优先发展的方面”。2000年6月28日批准的《俄罗斯联邦外交政策构想》明确提出：“俄罗斯外交政策的优先方向是保证与独联体国家进行的多边和双边合作符合国家安全利益。重点是发展与独联体所有国家的睦邻关系和战略伙伴关系。”普京又于2000年12月24日表示：“对于我们来说，与独联体国家的关系不是与独联体这个组织的关系，而与独联体各国的关系，过去是将来也是头号重点。”在复兴俄罗斯世界大国地位战略目标指导下，普京在强调外交为国内经济建设服务的同时，加强了对独联体的外交力度，重点是发展与独联体所有国家的睦邻关系和战略伙伴关系。
2001年1月26日，普京在俄罗斯联邦外交部的讲话中指出：“在这里，要优先考虑的任务是，在俄罗斯周围建立稳定的、安全的环境，建立能够让我们最大限度地集中力量和资源解决国家的社会经济发展任务的条件。”为改变独联体日趋严重的分裂倾向和空转现象，普京着重强调了独联体的改革和已签署的各类文件的落实，并积极通过独联体内次区域一体化合作，以增强独联体的凝聚力和实际功能。此外，普京总统本人也多次出访独联体国家，使双边关系得到进一步发展。但随着外部势力对独联体的渗透，格鲁吉亚、乌克兰及中亚的吉尔吉斯斯坦先后发生“颜色革命”，俄罗斯在独联体的战略利益受到严重挑战。
（一）欧亚经济共同体
欧亚经济共同体前身为1995年1月俄罗斯、白俄罗斯、哈萨克斯坦三国组成的海关联盟。1996年3月，吉尔吉斯斯坦正式宣布加盟。1998年11月24日，该联盟正式接纳塔吉克斯坦为新成员国。1999年9月底，俄、白、哈、吉、塔五国首脑会议在莫斯科举行，会议通过了10余项文件，签署了关于海关联盟的宣言。
2000年10月10日，俄、白、哈、吉、塔五国首脑在哈萨克斯坦首都阿斯塔纳举行会晤，并签署条约建立欧亚经济共同体，取代了原来的海关联盟机制，以进一步推动成员国的经济一体化进程。此次会议上，五国首脑一致赞成将该共同体建成欧盟机制的国际组织。欧亚经济共同体条约指出，成立欧亚经济共同体是为了有效地推动各缔约方建立海关联盟和统一经济空间的进程，以及实现上述海关联盟协定、关于加深经济和人文领域一体化条约、海关联盟条约和统一经济空间条约确定的各阶段的其他目的和任务。欧亚经济共同体设置跨国委员会、一体化委员会、跨国议会大会、共同体法院等机构。
2000年底，欧亚经济共同体五国总理签署了五国互免签证协议。2001年5月31日，欧亚经济共同体跨国委员会第一次会议在明斯克举行，会议宣布欧亚经济共同体正式成立。本次会议讨论并签署了关于共同体跨国委员会的决议、关于共同体一体化委员会的决议、共同体工作人员特权和豁免权公约等18项文件。五国领导人发表的联合声明指出，关于成立欧亚经济共同体的条约从即日起正式生效，在兼顾国家利益和共同利益的基础上，共同体的优先任务是为深化共同体成员国在经贸、社会人文以及法律领域的合作创造必要条件；各国将继续遵守以前签署的有关建立关税联盟和统一经济空间的各项协议。
欧亚经济共同体的成立将极大地推动独联体国家之间的合作，标志着五国关税联盟一体化进程进入了更高的水平，共同体将对所有愿意加入这一组织的其他独联体国家开放。此外，欧亚经济共同体在决策机制上也要比独联体灵活。与独联体元首、首脑理事会“一致通过”的决策原则相比，作为欧亚经济共同体执行机构的一体化委员会，对重大问题采取“2/3多数”原则，而且表决权分配根据经济实力来确定（俄、白、哈、吉、塔的表决权比例为4∶2∶2∶1∶1）。
欧亚经济共同体自成立以来，已经取得了良好的发展成果，其成员国之间的贸易额已有明显增长。2002年4月，欧亚经济共同体元首会议讨论了2003—2006年发展计划，并通过了一系列协议。普京说：“俄罗斯代表团对欧亚经济共同体峰会所取得的成果表示满意，所签署的一系列文件为促进成员国家的合作开创了广阔的发展前景。”
2002年9月，在欧亚经济共同体政府首脑例会上，俄总理卡西亚诺夫建议把卢布作为共同体结算货币。2003年2月，在莫斯科举行的首届欧亚经济共同体经济论坛上，卡西亚诺夫再次提出建立共同体统一货币的建议，共同体国家间委员会主席、哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫则更明确提出在2011年实现欧亚经济共同体统一货币。
2004年10月，中亚合作组织在俄罗斯圣彼得堡举行了成员国元首会议，并通过决定将该组织并入欧亚经济共同体。俄罗斯总统普京对这两个组织合并表示高兴，并希望合并的程序能在近期出台。包括哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫在内的其他成员国元首普遍认为，这两个组织的宗旨和任务完全一致，实现合并可避免机构重复，减少财政开支。中亚合作组织前身是成立于1998年的中亚经济共同体。该组织的成员起初包括哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦和塔吉克斯坦，俄罗斯于2004年加入该组织。欧亚经济共同体2006年1月在圣彼得堡举行元首非例行会议，与会者签署了一系列议定书，其中包括接纳乌兹别克斯坦为该组织成员国的议定书（乌兹别克斯坦于2005年正式退出“古阿姆”）。俄总统普京在会后举行的记者招待会上说，乌兹别克斯坦加入欧亚经济共同体是此次会议的最大成果，这将会大大增加该组织的潜能，使之更加有效地解决建立一体化市场的问题，实现利用水利和其他领域资源的计划，并为协调各大企业关系与合作项目开创新机。
（二）独联体集体安全条约组织
面对日益严重的恐怖活动和美国驻军中亚并加强对外高加索渗透的严峻形势，在俄罗斯的积极推动下，以反恐、安全为契机，独联体军事安全领域合作取得显著成效。
2000年1月，独联体莫斯科首脑会议通过了《独联体国家联合反对国际恐怖活动纲领》和《独联体反恐中心章程》。为在反恐中协调行动，2000年6月，独联体建立了为联合打击国际恐怖主义和其他极端主义提供信息、组织和行政保障的独联体反恐怖主义中心，作为独联体国家反对国际恐怖主义的常设领导机关。
集体安全战略是俄罗斯国家安全思想的一个重要内容。俄罗斯推动独联体集体安全合作的重要举措就是中亚联合快速反应部队的建立。2001年8月，参加集体安全条约的俄罗斯、亚美尼亚、白俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦六国正式组建约三万人的中亚快速联合反应部队。中亚快速联合反应部队平时驻守于各自国家，紧急情况下由联合指挥部统一调谴、快速部署。这支部队的组建，是独联体集体安全条约合作机制下军事领域合作的突破性进展，也是独联体范围内第一支多国联合常备武装力量，对保障独联体南部边界稳定和安全具有重要战略意义。中亚快速联合反应部队的组建标志着独联体国家向集体安全条约确定的第二阶段——武装力量建设迈出了关键性的一步。
进入新世纪以来，独联体集体安全条约组织先后进行了代号分别为“独联体南部盾牌2000”、“战斗合作2000”、“中亚维和营2000”、“独联体南部盾牌2001”等多次反恐联合军事演习。2002年4月，俄罗斯、白俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和亚美尼亚六国的元首在摩尔多瓦签署了成立独联体集体安全条约组织的协议及组织章程。5月14日，在独联体集体安全条约签署10周年之际，集体安全条约成员国元首在莫斯科举行理事会会议并通过决议，将“独联体集体安全条约”改为“独联体集体安全条约组织”。
10月，在摩尔多瓦首都基希讷乌的独联体峰会上，独联体集体安全条约六国总统签署了《独联体集体安全条约组织宪章》和该组织法律地位协议，将独联体集体安全条约正式升格为组织。独联体集体安全条约组织联合参谋部2004年1月1日起在莫斯科开始运作。该组织目前驻扎在中亚地区的集体快速反应部队有3500人。2005年6月23日，独联体集体安全条约组织成员国首脑会议在克里姆林宫举行，会议通过了首脑政治声明和11个文件。声明指出，独联体集体安全条约组织全体成员国一致反对“任何修改第二次世界大战结果的企图，反对对20世纪这场最大军事灾难在道德和伦理上进行重新审议”。
六国总统通过了关于独联体集体安全条约组织2005年下半年—2006年上半年工作优先方向的决定和全面加强该组织2006—2010年集体安全合作的计划。会议还任命俄总参谋长巴卢耶夫斯基为独联体集体安全条约组织联合司令部司令。
（三）萧墙内的困境
就在欧亚经济共同体宣布正式成立的同时，2001年6月7日，乌克兰、格鲁吉亚、乌兹别克斯坦、阿塞拜疆和摩尔多瓦五国总统在雅尔塔签署了五国《雅尔塔宪章》，宣布“古阿姆”集团正式成立。2002年7月，格鲁吉亚、乌克兰、阿塞拜疆和摩尔多瓦4国总统在雅尔塔举行“古阿姆”组织自2001年正式转为地区性国际组织后的首次峰会，并签署了九项文件。但乌兹别克斯坦总统卡里莫夫没有与会。“古阿姆”集团成立之初的主要目的，是共同建设一条向欧洲输送里海石油的运输走廊，以此加强成员国间及“古阿姆”与欧洲其他国家间的经济联系。因此，运输、能源、经贸领域是成员国间优先合作的方向。
此次峰会期间，四国总统签署了《关于建立自由贸易区的协定》，率先在独联体国家中启动自由贸易区。四国总统明确表示，要尽快完成《关于建立自由贸易区的协定》的国内审批程序，并制定和实施具体合作计划以充实该协定。
“古阿姆”的发展道路并不平坦，2001年的雅尔塔峰会曾两度推迟，而乌兹别克斯坦总统又未出席2002年峰会，并宣布乌兹别克斯坦现阶段暂停参加该组织的有关行动。但是，在格鲁吉亚和乌克兰相继发生“颜色革命”后，“古阿姆”活动渐趋活跃。2005年4月，“古阿姆”又举行成员国首脑会议，还邀请罗马尼亚、立陶宛总统和美国、波兰、匈牙利代表以及欧安组织秘书长参加会议。
会议在极力回避独联体问题的同时，却强调愿同欧盟、北约、美国等建立伙伴关系。不久，5月22—23日，“古阿姆”再次举行峰会，决定升级为正式国际组织，命名为“古阿姆民主与发展组织”，在基辅开设常驻机构。
“古阿姆”集团国家把加入北约、欧盟作为目标，并采取一系列对抗俄罗斯的举措，使独联体发生分裂。2005年8月，土库曼斯坦宣布退出独联体，由正式成员国变成联系国。同月，在独联体元首喀山峰会上，格乌等国一再对独联体的未来提出异议，使峰会没有取得任何成果。格鲁吉亚总统萨卡什维利甚至扬言，格要当“摧毁独联体的旗舰和先锋”。摩尔多瓦因德涅斯特河左岸问题与俄罗斯关系逐渐疏远，总统沃罗宁也多次强调摩有可能退出独联体。
不仅如此，2005年12月2日，乌克兰和格鲁吉亚倡导的“民主选择共同体”在基辅举行首次会议，并宣布该组织正式成立。乌克兰、格鲁吉亚、爱沙尼亚、立陶宛、拉脱维亚、摩尔多瓦、斯洛文尼亚、马其顿、罗马尼亚九国总统以及保加利亚副总统参加了此次会议。欧安组织、北约等组织也派代表出席会议。
“古阿姆”的目的，不仅是对抗俄罗斯，还向其他独联体国家输出“颜色革命”，使独联体真正面临生死存亡的考验。
（四）挑战“颜色革命”
随着“颜色革命”在独联体几个国家相继得手，普京对此高度重视。为防止“颜色革命”继续蔓延，俄罗斯当局正在采取一系列措施进行应对：立法取缔非法组织，加强对社会团体赞助人实施监督；建立“我们”和“欧亚青年联盟”
等亲政府青年组织；开展“为了诚实选举”的活动。同时，为防止在独联体地区出现“多米诺骨牌”效应，俄罗斯积极采取相应的举措展开回击。
1.对抗颜色革命：加强独联体的凝聚力、联合军演
在独联体生死存亡之际，俄罗斯迫切需要加强独联体的凝聚力，巩固自己在独联体中的核心地位。2005年4月，在塔吉克斯坦南部的“埃绍赫迈东”
军事训练场举行的代号为“界线2005”的军事演习增加了武力对抗“颜色革命”的科目，以吸取吉尔吉斯事件的教训，提高集体安全条约组织成员国军队对抗“颜色革命”的水平。军事演习原本计划于3月29日—4月2日期间在吉尔吉斯斯坦境内进行，但是由于吉尔吉斯斯坦发生了“颜色革命”，因此军演改在塔吉克斯坦境内进行。在演习中，“蓝军”利用民众对选举结果的不满情绪，力图迅速控制国家政权；而“红军”在独联体集体安全条约组织框架内组织并协调联合军事行动，来保卫主权和领土完整。
2005年5月8日，在莫斯科举行卫国战争胜利60周年庆祝活动前夕，10个独联体国家元首举行非正式会晤，讨论独联体的现状和发展前景，并签署了独联体国家人文合作宣言。据俄安全会议秘书伊万诺夫透露，在现阶段，独联体将在三个方面寻求新的发展：（1）加强政治磋商，共同制定解决地区和全球政治问题的战略原则；（2）增强独联体经济合作的分量；（3）加强安全合作。该组织在中亚建立了快速反应部队，还将进一步加强实力，以应对国际恐怖主义、毒品走私、非法移民以及有组织犯罪等威胁。
2005年6月25日，独联体集体安全条约组织“友谊2005”军事演习在俄罗斯展开。2006年5月18日，在莫斯科召开了独联体集体安全条约组织总参谋部部长工作会议，会议讨论了一些集体安全机制的重大问题，包括提高集体安全体系的效率、落实联盟军事架构的具体措施、完善中亚安全区快速部署部队管理系统等，甚至还涉及到了独联体军事安全条约组织与上海合作组织之间举行联合军事演习的问题。分析人士指出，此举的目的是挖掘两个组织的潜力，通过广泛的军事政治联盟，以建立制止西方、首先是美国在欧亚空间进行军事政治扩张的“防疫带”。同时，俄罗斯试图通过对独联体的改革加强凝聚力，反对通过暴力形式实现独联体国家民主化。