1859年夏秋之交，英国一家很有名的杂志《季度评论》的编辑威特惠尔·艾尔文收到了博物学家查尔斯·达尔文一本新书的样本。艾尔文饶有兴致地读完了这本书，认为它有一些价值，可是又担心它的主题过于狭窄，恐怕不足以吸引广大读者的目光。他要求达尔文写一本有关鸽子的书，“每个人都对鸽子感兴趣。”他热情地建议说。
艾尔文的热情建议没有被采纳，1859年11月底，《物种起源由自然淘汰的作用而来，或优良的族类在生存竞争中保存》正式出版了，每本定价为15先令。第一版上市的第一天就卖出了1250本，自那以后就一直未曾绝版过，而且由它所引发的争议，也一直从未停息过——对于一个喜欢蚯蚓到了无以复加的程度，要不是出于一时冲动环游了世界，终其一生很可能只是一个默默无闻的乡村牧师的人来说，这实在是一件非常了不起的事。
查尔斯·罗伯特·达尔文1809年2月12日生在英格兰中部偏西一个宁静的小市镇什鲁斯伯里。他的父亲是一位受人尊敬的内科医师，母亲是著名的制陶世家乔西亚·韦兹伍德的女儿，她在达尔文年仅8岁的时候就去世了。
达尔文从小生活条件优越，可是学习成绩平平，这使得他丧偶的父亲痛苦不已。“你除了打猎枪、玩狗、捉老鼠，什么都不挂在心上。你将丢你自己和整个家族的脸。”他父亲有一次曾经这样写道。凡是回顾查尔斯幼年生活的时候，几乎总是要引用他父亲的这句话。尽管达尔文感兴趣的是自然史，可是在父亲的坚持下，他还是勉强到爱丁堡大学学医。然而，他一见到血就犯晕，一碰到病人痛苦就神经高度紧张。有一次，他亲眼目睹了一位小孩的手术，小孩声嘶力竭的惨状——那时还未发明麻醉药——给他的精神造成了永远也无法抹去的创痛。他试着转学法律，但很快发现这门学科极其枯燥，实在令他难以忍受。最后，他并不十分顺利地从剑桥大学获得了一个神学学位。
乡村牧师的生涯似乎正在前面等着他，就在这时，一个更具诱惑力的机会不期而然地出现在了他的面前。海军探测船“贝格尔”号船长罗伯特·菲茨罗伊邀请达尔文一同去远航——菲茨罗伊的身份决定了他非得跟有教养的人交往——实际上是作为船长的餐桌伙伴。菲茨罗伊十分古怪，他挑选达尔文是因为他喜欢达尔文的鼻子的形状。（他认为这是性格坚强的体现。）达尔文并不是菲茨罗伊的首选，但是最终还是得到他的认可，因为他更中意的人选跑掉了。以今天的观点来看，两个人最显著的共同点莫过于他们都非常年轻。在他们出发时，菲茨罗伊年仅23岁，达尔文只有22岁。
菲茨罗伊的主要任务是绘制沿海水域图，可是他的爱好——实际上是极度的热情——是要为《圣经》中所描述的上帝创造人的文字寻找实证。达尔文曾经接受过神学训练，这是菲茨罗伊决定让他一同前往的主要原因。可是达尔文后来不但表现出自由主义的观点，而且并非全心全意地奉行基督教教义，这成了他们之间不断冲突的根源。
达尔文在“贝格尔”号上从1831年一直待到1836年。显而易见，这对于他来说，这既是一次增长阅历的大好机会，也是一次充满艰辛和困苦的旅行。他和菲茨罗伊船长一起挤在一个小舱里，这很可能不是一件容易的事，因为菲茨罗伊经常大发脾气，接着又恨得咬牙切齿，他们经常争吵不休。达尔文后来回忆说，这种争吵有时几乎到了“疯狂的边缘”。远洋航行即使在最好的时候也往往是一件令人烦闷的事——“贝格尔”号的前任船长就是在孤寂与忧伤中用子弹对准头颅结束了自己的生命的——而菲茨罗伊来自一个著名的患有抑郁症的家族。10年前，他的叔叔卡斯尔雷子爵在其担任英国财政大臣的任期内用刀子割断了自己的喉咙。（1885年，菲茨罗伊也以同样的方式自杀身亡。）即使在情绪稳定的时候，菲茨罗伊也是不可理喻的。他们的远航刚刚结束，菲茨罗伊就和一个他爱慕已久的年轻女子结了婚，这使达尔文吃惊不小，因为在他们长达5年的朝夕相处的过程中，菲茨罗伊竟然一次也没有表露过他的这种爱慕之情，他甚至连她的名字也从未提到过。
不过，在其他所有方面，“贝格尔”号航行是一次成功之旅。达尔文在远洋航行中所锻炼出来的冒险精神贯穿了他的一生，而在此期间他所收集的数量众多的标本足以供他研究一辈子，并且以此确立了他的声望。他发现了许多十分珍贵的大型古代化石，其中包括迄今为止最为完好的大地懒属；在智利，他经历了一次险些致命的地震；他还发现了一种新的海豚（他非常恭敬地将它命名为菲茨罗伊海豚）；他对整个安第斯山脉作了详尽而有用的地质考察，并且提出了一种有关珊瑚礁成因的新理论。他在这一备受世人推崇的理论中提出，珊瑚礁不可能形成于100万年以内——特别要指出的是，这是他第一次显露出他一贯认为地球上生命的演进过程是极其古老的。1836年，在离开家乡五年零两天之后，达尔文重新回到了家乡。此时他已27岁，从此他再未离开英格兰。
在远洋考察期间，达尔文并没有提出进化论（抑或任何理论）。进化作为一个概念到19世纪30年代已经存在了几十年，达尔文的祖父伊拉兹马斯在一首水平不高、名为《自然的神殿》的诗中，曾对进化理论发出由衷的赞美，当时达尔文还没有出生。直到年轻的达尔文回到英格兰并读到托马斯·马尔萨斯的《人口论》（认为呈算术级增长的食物供给永远也满足不了呈几何级增长的人口）之后，进化论的观念才开始在他的心中萌生。他意识到，生命是一个持续不断的竞争的过程，自然选择决定了某些物种繁荣，某些物种衰败。说得具体一些，达尔文观察到，所有的生物都为了争夺资源而相互竞争，那些天生具有优势的生物才会繁荣昌盛，并且将这种优势遗传给他们的后代。通过这种方式，物种持续不断地得到了改进。
这似乎是一种再简单不过的看法——这确实也是一个十分简单的看法，但是它解释了太多的问题，而达尔文准备将他的一生奉献给这种理论。在阅读《物种起源》时，T．H．赫胥黎曾喊着说：“我怎么这么愚蠢，竟然没有想到这一点！”从那以后，这种感叹声就一直不绝于耳。
有趣的是，在他的所有著作里，达尔文并没有使用“最适应者生存”这个词（虽然他确实对这个词由衷地赞赏）。它是1864年由赫伯特·斯宾塞在他的《生物学原理》一书里创造的，那是在《物种起源》发表5年以后。达尔文也没有使用“进化”这个词（那时这个词已经用得很广泛，有极大的诱惑力），而是代之以“后代渐变”。直到《物种起源》第6次印刷的时候，他才开始使用这个词。尤其重要的是，他的结论也绝不是他在加拉帕戈斯群岛期间注意到那里的效舌鸫的嘴多种多样，受到了启发才得出来的。通常的说法是（至少在我们许多人的记忆里通常是这样的），当他一个岛一个岛旅行时，达尔文注意到每个岛上的效舌鸫都非常适宜利用当地的资源——一个岛上的效舌鸫的嘴又短又坚固，适宜啄开坚果；到了下一个岛屿，效舌鸫的嘴也许又长又尖，适宜在岩缝中啄玉黍螺——正是这种现象使得他开始想到，也许这些鸟并不是生来就是这样，而是在某种程度上自己造成了这样。
事实上，确实是鸟类创造了它们自己，不过注意到这一点的并不是达尔文。在随“贝格尔”号远航时，达尔文是一个初出校园的学生，不是训练有素的博物学家，因此他并没有注意到加拉帕戈斯的鸟类全都属于同一类型。是达尔文的朋友——鸟类学家约翰·古尔德意识到，达尔文发现的不过是具有不同本事的效舌鸫。不幸的是，由于没有经验，达尔文并没有注意到这些鸟分别来自加拉帕戈斯群岛的哪一个岛屿。（他在观察乌龟时犯了同样的错误。）清理这种混乱状态让他花费了好多年的时间。
由于类似这样的种种疏忽，同时也由于需要将“贝格尔”号带回的成箱成箱的标本加以分门别类，直到1842年，在回到英国之后的第5年，达尔文才最终草拟出他的新理论的雏形。两年后，他将他的新理论进一步扩充成230页的“概要”。接着，他做出了一件惊人之举：他将他的笔记扔到一边，用了15年的时间忙于别的事情。他成了10个孩子的父亲，他花了将近8年的时间撰写一部关于藤壶的详尽的著作。（“我比以往任何人都讨厌藤壶。”在这项工作结束以后，他叹息着说。这是可以理解的。）他得了一种怪病，经常无精打采，头晕眼花，“心神不定”，他自己说。他时常感到恶心，心率失调，偏头痛，极度疲劳，浑身打战，眼冒金星，呼吸短促，“头脑变得轻飘飘的”，情绪极度低落，这是不足为怪的。
他得病的原因，至今没有定论。人们有许多猜测，但最无根据而又最有可能的是他患了一种热带慢性病夏格氏病，他有可能是在南美洲被寄生虫锥体虫叮咬而感染这种疾病的。一种比较符合实际的说法是一种身心疾病。无论是哪种病，痛苦是不言而喻的。他常常只能连续工作不超过二十分钟，有时甚至更短。
在他余生的许多时间里，达尔文尝试了一系列越来越绝望的治疗方法——洗冷水浴呀、泡醋呀、电疗呀，最后一种害得他不停地遭受小小的电击。他几乎成了一个隐士，很少离开他在肯特的家。搬家以后的第一个举措是在书房的窗外立了一面镜子，这样他可以提前发现，必要的话还可以回避来访之客。
达尔文没有把他的理论公之于世，因为他太清楚这将会对社会产生怎样的震撼了。在1844年，在达尔文把手稿锁进抽屉里的那一年，有一本名为《创造的自然史之残迹》激起了思想界的勃然大怒，因为它提出人类可能是从比较低等的灵长类动物进化而来的，在此过程中没有得到创造世界的神灵的帮助。作者事先估计到会掀起轩然大波，便十分小心地将自己的身份隐匿起来。这个秘密保守了40年之久，连他最亲近的朋友也不知道。有的人猜测作者可能是达尔文，有的人怀疑是阿尔伯特亲王。实际上，作者是一位成功而又不事张扬的苏格兰出版商，他的名字叫罗伯特·钱伯斯，他不愿意暴露自己有其实际的以及个人的考虑：他经营的是一家专门出版《圣经》的著名公司。《残迹》不仅受到国内外宗教人士的抨击，也饱受众多学术界人士的批判。《爱丁堡评论》用了将近整整一期的篇幅——长达85页——将它批得体无完肤。连进化论的拥护者T．H．赫胥黎也对这本书进行了猛烈的抨击，可是他一点儿也没有意识到，该书的作者是他的一位朋友。
达尔文的手稿也许到死也不会发表，可是一件意想不到的事情令他深感吃惊。1858年夏初，达尔文收到了一个来自远东的包裹，里面有一位名为阿尔弗雷德·拉塞尔·华莱士的年轻博物学家写的一封措辞友好的信，以及他的一篇名为《变种与原种永远分离的趋势》的论文草稿。该文提出了自然选择的理论，与达尔文未发表的手稿不谋而合，有一些语句甚至与达尔文的如出一辙。“我从未见过如此巧合的事情，”达尔文沮丧地说，“即使阅读了我写于1842年的手稿，华莱士也给不出比这更加精当的概括。”
华莱士并不像有时候认为的那样，是不期而然地闯入了达尔文的生活。他们两个人已经在通信，华莱士还曾不止一次大度地把他认为有点意思的标本寄给达尔文。在两人通信的过程中，达尔文曾委婉地告诉华莱士，他早已把物种起源作为自己独占的研究领域。“到今年夏天，我已经第20年（！）没有打开过我的第一部手稿了，里面论述了物种和变种是怎样彼此不同的。”早些时候，在给华莱士的信里，他曾这样写道，“我现在正准备出版我的著作。”他接着说，不过实际上他并没有打算这样做。
然而，华莱士没有领会达尔文的意思——无论如何，他当然不可能知道他的理论与达尔文已经研究了20年的学说会几乎一致。
达尔文被置于一种左右为难的境地。如果他抢先发表自己的作品以确保自己的优先权，他就会占了一位远在千山万水之外的无辜的仰慕者的便宜；如果他退让一步，就如发扬绅士风度所必须做的那样，他就会失去他自己独立研究所得的理论的发现权。华莱士自己也承认，他的理论是灵光一现的产物；而达尔文的理论则是十几年仔细研究、周密思考的结果。因此，这是绝对不公正的。
好像是为了增加他的痛苦似的，达尔文那和他同名的小儿子查尔斯感染了猩红热，病情极为严重。6月28日，病况危急到了顶点，小查尔斯去世了。尽管悲痛之极，达尔文还是抽时间给他的朋友查尔斯·莱尔和约瑟夫·胡克匆匆写了一封信，提出愿意给华莱士让路，但说要是这么做，那就是意味着他所有的工作“都将付诸东流，无论那成果有多大意义”。莱尔和胡克找到了一种两全其美的方法。他们将达尔文和华莱士观点的概要同时提交给林奈学会的一次会议，当时该学会正在为恢复自己作为科学权威的地位而努力。1858年7月1日，达尔文和华莱士的理论被公之于世。达尔文本人并没有参加会议。开会的那一天，他和他的妻子正在安葬他们的小儿子。
达尔文一华莱士的论文是那天晚上提交的7篇论文中的一篇——其他6篇文章中，有一篇是研究安哥拉的植物区系的——列席会议的听众大约有30名。即使他们意识到自己正目睹那一世纪科学领域最激动人心的时刻，他们也没有表现出来。接下来并没有讨论，在社会上也没有激起多大反响。达尔文后来高兴地注意到，只有一个人在文章中提到了这两篇论文，他是都柏林一位名叫豪夫顿的教授。他的结论是：“在这两篇文章中，凡是新的内容都是荒谬的，凡是旧的内容都是正确的。”
华莱士当时仍在远东，过了好久他才知道这一切，他表现得很平静，似乎对能够被列入进化论的发现者之列而感到十分高兴。他此后甚至一直将这个理论称之为“达尔文主义”。