他把一种植物命名为“阴蒂”（即蝶豆属）。许多人认为他很古怪，这是不足为怪的。然而，他的分类体系是极富魅力的。在林奈之前，植物的名字过分重于描述，长得不可开交。普通的酸浆属植物被叫做PhysalisamIloramosissimeramisangulosisglabrisfoliisdentoserratis。林奈把它缩短为Physalisanguulata（灯笼草）。这个名字现在依然沿用。由于名称不一，植物界简直一片混乱。一位植物学家不知道Rosasylvestrisalbatunrubore，folioglabro是不是就是指别的植物学家称之为Rosasylvestrisinodoraseucanina的同一种植物。林奈干脆把它叫做Rosacanina（多刺月季），从而解决了这个难题。这样大刀阔斧地缩短植物名称，使这些名称对大家有用并为大家接受。这需要的不仅是果断，还需要一种本能——实际上是一种天才，能够发现一个物种的显著特点。
林奈分类系统的地位已经牢固确立，我们很难想像还能有别的体系来取而代之。而在林奈之前，分类体系是极其随意的。动物的分类标准可以是：野的还是家的，陆生的或水生的，大的还是小的，甚至它们被认为是漂亮和高贵的还是无足轻重的。布丰根据动物对人的用途大小来进行分类，几乎不考虑解剖学上的特点。林奈按照生理特征来进行分类，把纠正上述不足作为自己毕生的事业。分类学——即分类的科学——再也没有走回头路。
这一切当然都要花时间。他的大作《自然体系》在1735年的第一版只有14页。但是，它越来越长，越来越长，到了第12版——林奈活着见到的最后一版——已经扩展到3卷，长达2300页。最后，他命名或记录了大约13000种植物和动物。别的著作覆盖面还要广泛——约翰·雷在一代人以前完成的3卷本英格兰的《植物通史》仅植物就包括了不少于18625种——但是，林奈有着没有人可以相比的地方：连贯、有序、简洁、及时。虽然他的作品早在18世纪30年代已经问世，但到18世纪60年代才在英格兰闻名遐迩，使林奈在英国博物学家的眼里成了个元老式的人物。别处都没有那样热情高涨地采用他的体系（这就是为什么林奈协会设在伦敦而不是设在斯德哥尔摩的原因之一）。
林奈不是完美无瑕的。他的作品里收集了怪兽和“怪人”，轻信水手和其他想像力丰富的旅行家的描述。其中有一种野人以四肢走路，还没有掌握语言艺术，是“一种长着尾巴的人类”。但是，我们不该忘记，当时是个很容易受骗上当的时代。18世纪末，接连传说有人在苏格兰沿海看到了美人鱼，连大人物约瑟夫·班克斯也对此很感兴趣，十分相信。不过，总的来说，林奈的差错被他那健全而往往又英明的分类方法抵消了。他取得了许多别的成就。其中，他认为鲸与牛、鼠和其他普通的陆生动物同属四足哺乳动物这个目（后来又改名为哺乳动物）。这是以前没有人做过的。
开头的时候，林奈打算以一个属名和一个数字来记录每一种植物——如旋花1号、旋花2号等等，但很快发现这种办法不大令人满意，接着又想出了以双名来分类的办法。直到今天，双名分类法仍是该体系的核心。他本打算把双名体系用于自然界中的一切，如岩石、矿物质、疾病、风等等。然而，不是人人都热情地赞成那种体系。许多人为这个体系往往比较粗俗而感到不安。这有点儿讽刺意味，因为在林奈之前，许多植物和动物的俗名也是很低级的。蒲公英被认为具有利尿作用，因此在很长时间里被人们称做“尿壶”。别的常用的名称包括母马之屁、裸体小姐、抽动的睾丸、猎狗之尿、光屁股和大便巾。一两个这类粗俗的名称也许在无意中还保留在英语里。比如，少女之发苔藓（即铁线苔藓）中的“少女之发”并不是指少女头上的头发。总之，长期以来人们觉得，自然科学里有的名称应当以传统的方式来重新命名，使之更加严肃。因此，当他们发现那位自封的植物王子竟然在他的作品里不时插入阴蒂属、性交属和外阴属这类名称，大家不免觉得有点儿不快。
在随后的年月里，许多这类名称渐渐地被弃之不用（虽然不是全部：普通的笠贝在正式场合仍被称做性交履螺属），为了满足自然科学越来越专门化的需要，又引入了许多别的高雅名称。尤其是，那个体系又渐渐采纳了一批等级名称作为基本架构。“属”和“种”，博物学家们在林奈之前已经使用了100多年；在18世纪50～60年代，生物学意义上的“目”、“纲”和“科”开始使用；而“门”是1876年才（由德国人海克尔）创造出来的；直到20世纪初，“科”和“目”一直被认为可以替换使用。植物学家使用“目”的地方，动物学家一度使用“科”，有时候几乎把大家搞得很糊涂。
林奈曾把动物界分为六类：哺乳动物类、爬行动物类、鸟类、鱼类、昆虫类和蠕虫类，凡是不能放在前五类的都放在第六类。从一开始就很明显，把龙虾和小虾都放在蠕虫类是不能令人满意的，于是就创建了许多新的种类，如软体动物类和甲壳动物类。不幸的是，这种新的分类在各国用得很不统一。为了重新统一步调，英国人于1842年宣布了一套新的规则，叫做斯特里克兰法则，但法国人把这看成是专横跋扈，动物学会马上予以反击，提出了自己的与之相矛盾的法则。与此同时，美国鸟类学会决定把1758年版的而不是别处使用的1766年版的“自然体系”作为所有命名的基础，原因不明。这意味着，在19世纪，许多美国鸟儿被归于与它们的欧洲兄弟鸟儿不同的属。直到1902年，在国际动物学代表大会的一次会议上，博物学家们才终于开始显示出妥协精神，采用了统一的法则。
分类学有时候被描述成一门科学，有时候被描述成一种艺术，但实际上那是一个战场。即使到了今天，那个体系比许多人认为的还要混乱。以描述生物基本横剖面的门的划分为例，有几个门是大家都很熟悉的，如软体动物（包括蛤蜊和蜗牛）、节肢动物（包括昆虫和甲壳虫）和脊索动物（包括我们以及所有有脊骨或原始脊骨的动物）；除此以外，情况很快变得越来越模糊。在模糊不清的门当中，我们可以列举颌胃门（海洋蠕虫）、刺胞亚门（水母、水螅水母和珊瑚）和锯棘门（或称小小的“阴茎蠕虫”）。不管熟悉不熟悉，这些都是基本的门类。然而，令人吃惊的是，在关于有多少门或该有多少门的问题上，人们的看法大相径庭。许多生物学家坚持认为总数大约是30个门，但有的认为20来个门比较合适，而爱德华·O．威尔逊在《生命的多样性》一书里提出的数字高达令人吃惊的89门。这取决于你以什么立场来进行分类——即生物学界人士所说的，取决于你究竟是个“聚合分类学家”还是个“分离分类学家”。
在更平常的层面上，对物种叫法不一的可能性更大。一种山羊草究竟应该被叫做Aegilopsincurva，Aegilopsincurvata还是Aegilopsovata，也许不是个大问题，不会激起许多非植物学家的热情，但在有关的人士当中可以引发非常激烈的争辩。问题在于，世界上总共有5000种草，其中许多连懂草的人看起来也极其相像。结果，有几种至少被发现和命名了20次，好像几乎没有哪种草不是被独立发现至少两次的。两卷本的《美国草志》用了密密麻麻的200页来清理所有的同义词，都是植物学界漫不经心地经常使用的重复名称。那还仅仅牵涉到一个国家的草类。
为了解决在全球范围存在的差异，一个名叫国际植物分类学协会的组织对次序和重复的问题作出裁决。它不时下达命令，宣布从今以后加州倒挂金钟（一种普通的假山庭园植物）要被称做柳叶菜；丛毛草现在可以被视为织丝柳叶草的而不是伪织丝柳叶草的同一种类。在通常情况下，这些都是归拢归拢的小问题，不会引起多少注意。但是，要是他们有时候触犯了人们心爱的庭园植物，就不可避免地会引发一片愤怒的尖叫声。20世纪80年代末，普通的菊花（根据表面看来是合理的原则）被逐出了同名的属，归到了不大有意思的山菊属。
种植菊花的可是一批自尊心很强的人，而且人数很多。他们向种子植物委员会提出抗议。这个委员会听上去很别扭，但实际上是存在的。（别的还包括蕨类植物委员会、苔藓植物委员会和真菌委员会，都对所谓“总报告人”的执行官负责；这样的机构真是值得爱惜的。）虽然关于命名的一些规定应该严格遵守，但植物学家们对情绪不是无动于衷的，于1995年撤消了那个决定。由于类似的情况，碧冬茄属、卫矛属植物，以及一种常见的朱顶兰属没有遭受降格的命运。但是，许多种老鹳草属植物不在其列，几年以前，在一片抗议声中，那些植物被转到了天竺葵属。这些争论在查尔斯·埃利奥特的《盆栽棚文献》一书中都得到了有趣的描述。
同样的争吵，同样的重新分类，也发生在所有别的生物领域，因此要得出个总数完全不是你想像的那么容易。结果，究竟有多少东西生活在我们这颗行星上，我们心里无数——用爱德华·O．威尔逊的话来说，“连个最接近的大概数”都不知道。这是个非常令人吃惊的事实。据估计，这个数字是从300万—2亿不等。更加不可思议的是，据《经济学家》杂志的一篇报道说，世界上多达97％的植物和动物物种尚待发现。
在已知的生物中，100种当中有99种以上只有一个简单的描述——“一个科学名称，博物馆里的几个样品，科学杂志上的零星说明。”威尔逊是这样描述我们的知识状态的。在《生命的多样性》一书中，他估计已知的各类物种——植物、昆虫、微生物、藻类以及一切——为140万种，但接着说那只是一个推测。别的权威认为已知的物种数量要稍稍多一点儿，大约在150万—180万种不等，但这些东西没有个集中记录的地方，因此无法去哪里核对数字。总之，我们实际上不知道我们实际上知道些什么。这就是我们目前令人不可思议的状态。
原则上，我们可以去找一找每个专门领域的专家，问一问他们的领域里有多少个物种，然后加起来得出个总数。许多人实际上也是那么做了。问题在于，任何两者得出的总数很少吻合。有的得出的已知的真菌有7万种，有的得出的是10万种——相差了将近50％。你可以找到很有把握的断言称已被描述过的蚯蚓是4000种，也可以找到同样很有把握的断言说是12000种。就昆虫而言，数量在75万—95万种不等。你知道，这一些是根据推测而已知的物种数量。至于植物，公认的数量是在248000—265000种之间。这个误差似乎不算很大，却是整个北美的有花植物数量的20倍以上。
把东西整理得有条不紊不是一件很容易的事。20世纪60年代初，澳大利亚国立大学的科林·格罗夫斯开始系统研究250多种已知的灵长目动物。结果发现，同一种动物往往被描述了两次以上——有时候是七次，而那位发现者还不知道自己在研究的动物在科学界早已知道。格罗夫斯花了40年时间才把这一切整理出来，那还是个比较小的群的动物，而且容易区分，总的来说也没有争议。要是有人试图对这颗行星上的大约2万种地衣、5万多种软体动物或40万种以上甲虫做类似的工作，天知道会有什么结果。
有一点是肯定的，世界上存在着大量生命，虽然实际数量只能根据推断——有时候是漫无边际的推断——来进行估计。20世纪80年代，在一次著名的实验当中，史密森学会的特里·欧文在巴拿马雨林里用杀虫剂喷洒了19棵树，然后捡起从树上掉进他网里的一切东西。在他的捕获品当中（实际上是几次捕获品，因为他按季节重复了这个实验，以确保逮住迁移的物种），有1200种甲虫。根据别处甲虫的分布情况、森林里别的树生物种的数量、世界上森林的数量、别的昆虫的种数等等变量，他估计整个地球上有3000万种昆虫——他后来说，这个数字还很保守。别人利用同样的或类似的数据得出的昆虫数量是1300万种、8000万种或1亿种。这清楚地说明，得出一个结论无论多么仔细，这样的数字少说也是推测和科学平分秋色。这是必然的。